Crotalus tigris (Tiger rattlesnake): 120307150
Help
Entry
120307150 CDS
T08476
Symbol
COL1A2
Name
(RefSeq) collagen alpha-2(I) chain isoform X1
KO
K06236
collagen type I alpha
Organism
ctig
Crotalus tigris (Tiger rattlesnake)
Pathway
ctig04510
Focal adhesion
ctig04512
ECM-receptor interaction
ctig04820
Cytoskeleton in muscle cells
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ctig00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
120307150 (COL1A2)
09140 Cellular Processes
09144 Cellular community - eukaryotes
04510 Focal adhesion
120307150 (COL1A2)
09142 Cell motility
04820 Cytoskeleton in muscle cells
120307150 (COL1A2)
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
ctig00536
]
120307150 (COL1A2)
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
ctig00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
120307150 (COL1A2)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
120307150
NCBI-ProteinID:
XP_039197428
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
1363 aa
AA seq
DB search
MLSFVDTRILLLLAVTSCLATSQYVNEATDIRRGPRGDKGPRGERGPAGPPGKDGEDGPR
GPPGPPGPPGIGGNFAAQYDISKSADMGPGPMGLMGPRGPPGTNGPPGSPGFQGPSGEPG
EPGQAGPQGSRGPMGPPGKPGEDGHPGKPGRSGERGVPGPQGTRGFPGTSGLPGFKGIRG
HNGLDGRKGEPGAAGNKGEPGAPGENGTPGQAGARGLPGERGRVGAPGSVGARGSDGSVG
PVGSAGPIGAAGPSGFPGAPGAKGEIGSAGNAGPSGPAGPRGDIGLPGAAGPVGPAGNPG
ANGLSGAKGAAGLPGVAGAPGLPGPRGIPGPAGAAGAAGARGLAGEPGPPGSKGETGNKG
EPGVAGPAGPAGPSGEEGKKGPNGEPGSSGLPGSAGLRGVPGSRGLPGSDGRAGGLGLPG
SRGATGPAGAKGPSGDTGRPGEPGLMGARGFPGQSGSPGPAGKEGPPGSSGPDGRPGPTG
PAGPRGEPGNIGFPGPKGPNGEPGKPGDRGSVGLTGSQGPPGADGNNGAQGPPGLTGSAG
PKGETGPAGAPGFQGLPGPSGPVGEAGKPGERGAHGDFGLPGPAGARGERGAPGESGAVG
PAGPLGSRGPSGPAGSDGNKGEPGAVGALGSAGPSGPSGVHGERGAAGSPGGKGEKGPTG
FRGDAGATGRDGGRGAPGAVGAPGPAGASGERGESGSSGPAGPAGPRGSSGERGEGGPAG
PPGFAGPAGAAGQTGVKGERGQRGPKGDVGPQGSIGAVGSAGPAGPVGQAGPSGARGDGG
PPGPNGFPGNAGRSGPPGPAGITGPPGPPGPAGKEGIRGPRGDTGPMGRSGETGIAGPPG
FSGEKGPSGEAGAAGPPGSSGPQGILGAPGILGLPGSRGERGLPGLSGALGEHGPVGISG
PTGARGPSGPIGSSGVNGAPGEAGRDGNPGNDGPPGRDGAPGYKGERGAPGNTGPAGALG
APGPHGSVGPVGKTGNRGERGPAGVTGPSGPAGSRGPAGAQGARGEKGVAGDKGPRGLPG
FKGHNGLQGLPGIAGHHGEQGSAGITGPAGPRGPSGPSGPAGKDGRNGLPGPVGPAGLRG
SHGSQGPTGPPGSPGLPGPPGPNGGGYEIGYDMEYYRADQPSLRPKDYEVDATLKTLNNQ
IETLLTPEGSKKNPARTCRDLKLSHPEWNNGFYWIDPNQGCTMDAIRAYCDFSTGESCIP
ANPGNFPAKNRYIGKKPDEKKLVWFGETINGGTQFEYNEEGVSTKDMATQLAFLRLLANH
ASQNITYHCKNSIAYMDEETGNLKKAVVLQGSNDVEFRAEGNSRFTFTVIEDGCSRKTNE
WGKTVIEYRTNKPSRLPFLDIAPLDIGGADQEFRLDVGPACFK
NT seq
4092 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgctcagctttgtggatacacggattttgttgctgcttgcagtaacttcatgcctagca
accagtcaatatgtaaatgaggcaacggacatacggaggggtccaagaggagataaaggg
ccacgaggagaaaggggtccagcaggtccaccaggcaaagatggtgaagatggtccacga
ggtcctccaggcccccctggtcctcctggtattggtggaaactttgctgctcaatatgac
atatccaaatcagctgatatgggccctggacctatgggattaatgggacctagaggccca
cctggaaccaatggacccccaggttctcctggcttccaaggtccttcaggtgaaccgggt
gaacctggacaagccggaccccaaggttctcgtggtccaatgggtcctcctggaaaacct
ggtgaagatggccatcctggaaaacctggacgatctggagagagaggtgttcctggacct
cagggtactcgtggctttcctggaacttctggtctgcctggattcaaaggaataagggga
cacaatggtttggatggtcgcaaaggagaacctggtgctgccggtaacaagggtgaacct
ggtgcccctggtgaaaatggtaccccaggacaagctggtgctcgtggtcttcctggtgaa
agaggaagagttggtgctcctggctcagttggtgctcgtggcagtgatggaagcgttggc
cctgttggttctgccggccctattggtgctgctggtccttctggattccccggtgctcct
ggagccaagggtgaaatcggttctgctggaaatgctggcccaagtggacctgctggtcct
cgtggtgatattggactccctggcgctgctggacctgttggccctgctggtaaccctggt
gccaatggcctttctggtgctaaaggtgctgctggtcttcctggtgtggctggtgctcct
ggcctgcctggtcctcgtggtatacctggtccagctggtgctgctggtgcagctggtgca
agaggacttgctggtgaaccaggtccacctggatccaagggagagactggtaacaagggt
gaacctggtgttgctggcccagctggtcctgctggtccatctggtgaggaaggcaaaaag
ggtcccaatggtgaacctggctcctctggtctaccaggatctgcaggtttaagaggtgta
cctggatctcgtggtctcccaggatctgatggaagagctggtggtttaggcctgcctggc
agtcgtggtgcgactggtcctgctggtgctaaaggtcccagcggtgacacaggtcgtcct
ggtgagcctggtctcatgggtgcaagaggtttcccaggacagtctggaagcccaggtcca
gctggaaaagaaggtcctcctggttcttctggacctgatggtcgccctggtccaactggc
ccagctggtccacgaggtgaacctggaaatatcggattcccaggaccaaaaggtccaaat
ggtgaacctggcaaacctggtgacaggggcagtgtgggtctgactggttcacagggtcct
cctggtgctgatggaaacaatggagctcagggtccacctggtctcactggcagtgcaggt
ccaaaaggtgaaactggtccagctggtgctcctggcttccaaggccttcctggtccctct
ggtccagttggtgaagctggcaaaccaggtgaaagaggtgctcatggtgactttggtctc
cctggtcctgctggcgcaagaggcgaacgtggtgcaccaggtgaaagcggtgctgttggt
cctgcaggccctctgggaagccgtggcccatcaggtccagcaggttctgatggtaataag
ggtgaacctggagccgttggtgcacttggttctgcaggcccatctggtcctagtggagtc
catggtgagaggggtgctgctggtagcccaggtggcaaaggtgaaaagggtccaactggc
ttcagaggagatgctggagcaacaggaagagatggtggacggggagcccctggtgctgtt
ggtgccccaggacctgctggtgcttctggtgaaagaggtgaaagtggttcttctggcccc
gctggccctgctggacctcgtggatcctctggtgaacgtggtgaaggcgggcctgctggt
cctcctggatttgctggtcctgctggtgcagctggtcagacaggtgttaaaggagaaaga
ggacagagaggtccaaaaggtgacgtaggccctcagggttccattggtgctgtcggtagt
gctggtcctgctggtcctgttggtcaagcaggtccttctggagcccgtggtgatggtggt
ccacctggtcccaacggttttcctggtaacgctggcagatccggacctcctggccctgct
ggtatcactggtccacctggcccccctggtcctgccggcaaagagggaattagaggccca
cgtggtgatactggcccaatgggtcgttctggtgaaactggcattgctggaccccctggt
ttcagtggagagaaaggcccatcaggagaagctggcgctgctggtcctcctggctcctca
ggtcctcaaggtatccttggagcacctggtatccttggtcttccaggctctagaggagaa
cgtggtcttccaggcttgtctggagcacttggtgaacatggacctgttggcatttctggt
cccacaggtgcccgtggcccatctggtcccatcggttcttctggtgtaaatggtgctcct
ggtgaagctggacgtgatggaaatccaggtaacgatggtcctcctggccgtgatggtgct
cctggttacaagggtgaacgtggtgctcctggcaacactggtcctgctggtgctcttggt
gctcctggtcctcatggctctgttggccctgttggcaaaactggaaatcgtggtgaacgt
ggtcctgctggagttactggccccagtggtcctgctggttcaagaggtcctgctggcgca
caaggtgcacgtggtgagaaaggtgttgctggtgacaagggtcccagaggtttgccaggt
ttcaagggacataatggacttcagggactgcctggtattgctggtcatcatggagaacaa
ggttctgctggtattactgggcctgcgggaccaaggggtccttccggtccttcaggccct
gctggaaaagatggtcgcaatggtcttcctggacctgttggtccagctggtttgcgagga
tctcatggtagccaaggacccactggtccaccaggatcacctggtcttcccggcccacct
ggtcccaatggtggtggctatgaaattggctatgatatggaatactatcgtgcagatcag
ccatctcttagacccaaggattatgaagttgatgccactctgaaaaccctgaacaaccag
attgagaccctcttgaccccagaaggctccaagaaaaatccagctcgcacttgccgtgac
ttaaaactcagccaccctgaatggaacaatggtttctactggattgatcctaatcaaggc
tgcacaatggatgctattcgtgcatattgcgatttctccactggtgagagttgtatccct
gctaatcctggaaacttcccagccaagaaccggtacattggcaagaaacctgatgagaag
aaacttgtttggtttggagaaaccatcaatggtggtacccagtttgaatataatgaggaa
ggtgtgtctaccaaggacatggctacccaacttgctttcctgaggctgctggctaaccat
gcttcccagaacattacttaccactgcaagaacagcattgcttacatggatgaggaaaca
ggcaaccttaaaaaggctgtggtgctgcagggatccaatgatgttgaattccgagctgaa
ggcaacagccggtttactttcactgttattgaagatggctgctctagaaagaccaacgaa
tggggcaaaacagtgattgaatacagaacaaacaagccttcccgtttgcccttccttgat
attgcacctttggacattggtggcgctgaccaagaattccgtttggacgttggcccagcc
tgtttcaaatga
DBGET
integrated database retrieval system
