Dermatophagoides farinae (American house dust mite): 124497908
Help
Entry
124497908 CDS
T08043
Name
(RefSeq) LOW QUALITY PROTEIN: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase-like
KO
K12854
pre-mRNA-splicing helicase BRR2 [EC:
5.6.2.6
]
Organism
dfr
Dermatophagoides farinae (American house dust mite)
Pathway
dfr03040
Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
dfr00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03040 Spliceosome
124497908
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03041 Spliceosome [BR:
dfr03041
]
124497908
Enzymes [BR:
dfr01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
124497908
Spliceosome [BR:
dfr03041
]
Complex B
U4/U6.U5 tri-snRNP components
U5 snRNP specific factors
124497908
Complex C
U5 SnRNP specific factors
124497908
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Sec63
SNRNP200_wHTH
DEAD
Helicase_PWI
ResIII
BRR2_plug
Helicase_C
HTH_61
YxiG
DUF603
TcA_RBD
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
124497908
NCBI-ProteinID:
XP_046917548
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
2179 aa
AA seq
DB search
MADAAARSQQFDYRANSNLVLQADTRLIERRPRDEATGEVVSLVGKLTTIKMGDRYQRTK
PQMEGKPSSKKHHHHHHHSDGNMMKMKKSLLSEDITESMGILYHPKTPETRETYELILAF
ISEMLGDQPRDVLCGAADEILQVMKADNTKEKEKKKECEALLGALVTEKFSMLSGLCRKI
TDFNFEDDNNQNNHANGDGNLDDTYGVNVQFEESDEEEFEGMTNEIRDDEDDEEEGEEAA
IDTAIKAASNTAAATASSSVGGSATNSSNEPMAKIRKGKDTNVHPREIDAYWLQRKLSKY
FDDPVAAQSKAAEVLKILKTARDDHEVEIQLIVLLGFDLFDFIKLLHHNRQTILFCTMLA
QAQRQSEKAKIIEKMKSDPDLMEILKKLETSQTDTTATSSSSLDHSKDSATSKTAATNED
EEDSIFSDKVKMLDLEDLSFQQGSHFMANKRCQLPEGSYRQQRKGCEIIHVPALKPKPFD
PDETLVPINKLPRYVQSAFDGFKTLNRIQSRLAPTLLETDENLLVCAPTGAGKTNVALLT
MMREIGKHIDPTTGLINTDEFKIVYIAPMKSLVQEMVANFSKRLSSYNIKVGELTGDHQL
STEQIVQTQIIVCTPEKWDVITRKGGERSYTQIVRLIIFDEIHLLHDERGPILECLVARM
IRSIETTQEDIRLVGLSATLPNYEDVATFLRVDLKKGLFYFDNSFRPVPLEQQYIGITEK
KAVKRFQLMNELLYEKTLEHAGRNQLLIFVHSRKETGKTARALRDMCLENDTLGMFLKEN
SASTEVLRSEAEQVKNLELKDLLTYGFAIHHAGMTRVDRTLVEDLFADRHIQVLVSTATL
AWGVNLPAHTVIIKGTQVYNPEKGRWIELGALDVMQMLGRAGRPQYDTLGEGILITQHSE
LHYYLSLLNQQLPIESQLISKLPDLLNAEIVLGNIQNVKDAVNWLGYTYLYVRMLRNPTL
YGISYDLLKEDPTLEQYRTNLIYTAASVLDKCNLIRFDRKSGNIQGTELGRIASHYYCST
ETMSIYNQFLKPTLSEIELFRVFALSAEFKNITIREEEKLELQKLMERVPIPIKESIEEP
SAKVNVLLQAYISQLKLEGLALMSDMVYVTQSAARLVRAIYEIVLFSGWAEMADKTLSLC
KMIDRRMWQSLSPLRQFKRIPEEVIKKLEKKGFPFERLFDLGPNEIGELLRLPKMGKLVH
KYIHMFPKLELSAHIQPITRSTLKVELTIQPDFQWDERIHGNSQAFWIIVEDVDSEVILH
HEYFLLKQKYSQDEHIVKFFIPIFDPLPPQYFIRVTSDRWIGAETVFPVSFRHLILPEKF
TPPTELLDLQPLPLSAFRNVQFERLYKNDFHSFNSIQTQVFNSLYNTNDNVFIGAPNGSG
KTVCAEISILRLFMVAKEAKCVYVTPKQQLAQIIHSQWNRKFASLEKSVVLLTGDTTVDL
KLLAKGDIVVTTHEKWDLLSRRWKKSKHVQNVNLFIADDLQLLGGQDGPVYEIICSRIRY
MSSQIEKSIRIVALSSPIANAKDIAQWLGCSHGHTFNFHPSVRPLPLEINIRGFNQTHNA
TRLLAMSKPVYQTILSRSLQNSVLIFVPSRRQARLTAIDMLTYAAADARPNRFLHCEEDD
ENFQKFLKEITDPTLRETISNGVAYLHEGTKMKDRRIIETLFEAEAIQIIVISANLCWST
TISAHLVLIMDTQFYNGRIHSYEDYPISDIIQMVGHSGRNSLRNDECSKCVIFCQNTKKE
FFKKFLLEPLPIESHLDHSLHDHFNAEIVTRTVENKQDAVDYLTWTFLYRRMSKNPNYYN
LSGLTHRHLSDHLSELVENTLKDLEDSKCISIENDIDLSPLNFGMIAAYYYIHYSTIELF
SLSLNAKTKIRNLIEIISSASEYENIPIRHREDGILQQLHSKVPNKIPQAKMSDPHTKAN
LLIQAHLSRISLSAELQQDSEEIVMKTIRLIQACVDVISSNGWLTPAIAAMELAQMITQA
MWNKDSVLRQLPHFTTDIIERCTRNDINIIFDLMDMDDDDRIKLLKLDDNKLMDVARFCN
RYPNISLEHEILDKDSIESDSPVNVMVYLEREDDMVGPVIAPFFPQKREEGWWLVIGDTK
TNTLISIKRISLQKKAKVKLDFEAPATSGHYNYMLYFMCDCYMGCDQEYKFELNVREQPA
KLSSSSNRKRKASEQDNDQ
NT seq
6540 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggctgatgctgctgcacgatcgcagcaatttgattatcgagccaattctaatttggtt
cttcaagctgatacccgtctcattgaacgtcgaccacgagatgaagcaacgggtgaagtt
gtatcattagtcggtaaattgactacaatcaaaatgggtgatcgttatcaacgtacaaaa
ccacaaatggaaggtaaaccatcatcgaaaaaacatcatcatcatcatcatcattcggat
ggtaatatgatgaaaatgaagaaatcattattatccgaagatataaccgaatcgatggga
atactttatcatccaaaaacacccgaaacacgtgaaacatatgagttaatattggcattt
atatccgaaatgcttggtgatcaaccaagagatgtactttgtggtgctgccgatgaaatt
cttcaagtaatgaaagcagataatactaaagaaaaggaaaagaaaaaagaatgtgaagct
ttattaggtgcattagtgacggaaaaattttccatgctatccggtctttgtcgaaagata
accgattttaattttgaagatgataataatcaaaataatcatgcaaatggtgatggtaat
cttgatgatacctatggtgtaaatgtacaatttgaagaatcagatgaagaagaattcgaa
ggcatgacaaatgaaattcgtgatgatgaagatgatgaagaagaaggtgaagaagcagct
atagatacggctattaaagcagcatcaaatacagccgctgctactgccagttcttctgtt
ggtggttcggcaacgaattcatcaaatgaaccaatggctaaaatacgtaaaggtaaagat
acaaatgttcatccacgtgaaatcgatgcatattggcttcaacgtaaattgagcaaatat
tttgatgatccggtggctgcacaatcaaaagcagctgaagtgttgaaaatactgaaaaca
gcacgtgatgatcatgaagtagaaatacagcttatcgtgttacttggttttgatcttttt
gattttattaaacttttacatcataatcgacaaacgatattattttgcacaatgttggca
caagcacaacgtcaatcggaaaaggcaaaaattattgaaaaaatgaaaagcgatccagat
ttgatggaaattttgaaaaaacttgaaacaagtcaaacagatacaacagctacatcgtca
tcatcattggatcattcaaaagattctgctacatctaaaacggcggctactaatgaagat
gaagaagacagtattttttctgataaagtaaaaatgttagatcttgaagatcttagtttt
caacaaggatcacattttatggcaaataaacgttgtcaattacccgaaggtagttatcgt
caacaacgtaaaggatgtgaaattattcatgtaccagcattgaaaccgaaaccattcgat
ccggatgaaacattggtgccgataaataaattaccacgttatgttcaatcagcatttgat
ggttttaaaacattgaatcgtatccaatcacgtttagcaccaacattgttggaaacagat
gaaaatctattggtctgtgctcctactggtgctggtaaaaccaatgttgcattgttgaca
atgatgcgtgaaattggtaaacatattgatccaactactggcctaataaatacagatgaa
tttaaaattgtttatattgcaccaatgaaatcattagtacaggaaatggttgcaaatttc
tccaaaagactatccagttataatattaaagttggtgaattaactggcgatcatcaactg
agtacggaacaaatcgttcaaacacagattattgtttgtactccagaaaaatgggatgtt
atcacacgtaaaggcggtgaacgttcatatacacaaattgtacgtttaatcatatttgat
gaaattcatcttcttcatgatgaacgtggaccaatcctggaatgtcttgttgcacgtatg
attcgttcaattgaaacaacacaggaagatatccgtttagttggcctatcggctacatta
ccaaattatgaagatgttgccacatttctacgtgttgatctaaagaaaggtttattttat
tttgacaatagtttccgacctgtaccattggaacaacaatatattggtattactgaaaag
aaagcggtgaaaagatttcaattaatgaatgaattgttgtatgaaaaaaccttggaacat
gctggccgtaatcaattattgatttttgttcattcacgtaaagaaaccggaaaaacggca
cgtgctttacgtgatatgtgtcttgaaaatgatacacttggaatgtttttgaaagaaaat
tctgcttcaaccgaagttttaagatctgaagctgaacaagtaaaaaatctggaattaaaa
gatctacttacctatggtttcgctatccatcatgccggtatgacacgtgttgatcgtaca
ttggttgaagatttatttgctgatcgccatatacaggtattggtttcaacggccacatta
gcttggggtgtcaatctgcctgcacatacggtcattatcaaaggtacccaggtttataat
ccagaaaaaggtcgttggattgaattgggtgctctggatgtaatgcaaatgcttggtcgt
gctggtcggccacaatatgatacacttggtgaaggaatcctgattacacagcattctgaa
ttacattattatttatcattattgaatcaacagctacctattgaatcacaattgatatca
aaattaccagatttattgaatgctgaaattgttttgggcaatattcaaaatgttaaagat
gccgttaattggttaggttatacctatctttatgttcgtatgctacgcaatccaacatta
tatggtatttcgtatgatctgttgaaagaagatccaacactagaacaatatcgtacaaat
cttatctatacggctgcatctgttttggataaatgtaatctaatacgttttgatagaaaa
tccggtaatattcaaggcaccgaattgggtcgtattgcatcacattattattgttctact
gaaacaatgtcgatatataatcaatttcttaagccaacattatcagaaattgaattattc
cgtgtatttgctctatcagcagaatttaaaaacattaccatacgtgaagaagaaaaatta
gagctacaaaaattaatggaacgtgtaccgataccgataaaagaatcgattgaagaacca
tcagctaaggttaatgtattgttacaggcatacatatcacaattgaaacttgaaggttta
gcattaatgtccgatatggtttatgtaacacaatcagcagcaagattagtacgtgctata
tatgaaattgttttgtttagcggatgggcagaaatggctgataaaacattatcattatgt
aaaatgattgatcgtcgtatgtggcaatcattatcaccattacggcaatttaaacgtata
ccagaagaagtgataaaaaaattggagaaaaaaggtttcccattcgaacggttatttgat
cttggaccgaatgaaattggtgaattattacgattaccgaaaatgggcaaattggttcat
aaatatattcatatgtttccaaaattggaactttctgctcatattcaaccgataacaaga
tcaacattgaaagttgaacttaccatacaaccagattttcaatgggatgaacgtatacat
ggaaattctcaggcattctggatcattgtcgaagatgttgatagtgaagttatactgcat
catgaatattttttactaaaacaaaaatattcacaagatgaacatattgttaaatttttc
ataccaatttttgatccattaccgccacaatattttatacgtgtaacatccgatcgatgg
attggtgccgaaaccgtttttcctgtttcgtttcgtcatttaattttgccggaaaaattt
acgccaccaactgaattattggatcttcagccattaccattatcggcatttcgtaatgtt
caatttgaacgtctttataaaaatgattttcattcattcaattcaatacaaacacaggta
ttcaattcattatacaatacgaatgataatgtatttattggtgcaccaaatggtagtggt
aaaactgtttgtgctgaaatatccatattgcgtttgtttatggtggcaaaggaagcaaaa
tgtgtttatgtaacacctaaacaacaattggcacaaataattcattcacaatggaataga
aaatttgcatcgttagaaaaatctgtcgtattacttactggcgatacaactgttgatttg
aaattattggctaaaggtgatattgtagtcactacgcatgaaaaatgggacctattatca
agacgttggaagaaaagtaaacatgtccaaaatgttaatctattcattgccgatgatcta
cagctattgggtggtcaagatggtcctgtttatgaaatcatttgttcacgtattcgttat
atgtcatcacagattgaaaaatctatacgtatagttgcattatcatcaccgattgccaat
gcaaaagatatcgcacaatggcttggttgtagccatggtcatacatttaattttcatcca
agtgttcgaccattaccattggagattaatatacgtggttttaatcaaacacataatgca
acacgtttgttagcaatgtccaagcctgtttatcaaaccattttaagtcggtcattacag
aattctgtgttgatatttgttccatcacgtcggcaggcacgattaactgcaatcgatatg
cttacatatgcagcagcggatgcaagaccaaatcgttttttacattgtgaagaagatgat
gaaaattttcaaaaatttcttaaagaaataactgatccaactctacgggaaaccatttcc
aatggtgttgcatatctacatgaaggtactaaaatgaaagatcgaagaattattgaaaca
ttatttgaagccgaagctatacaaattattgtcatatcagccaatctttgttggtcaaca
acaatatcggcccatttggtattgattatggatacacaattctataatggacgtatacat
tcatatgaagattatccaatatcggatattatacaaatggttggacattctggtcgtaat
tcattgcgtaatgatgaatgctctaaatgtgttatattttgtcagaataccaaaaaagaa
tttttcaaaaaatttctacttgaaccattaccaattgaatcacatttagatcattcatta
catgatcattttaatgctgaaattgttaccagaacagttgaaaataaacaagatgcagtg
gactatctaacatggactttcctatatcgtcgtatgtccaagaatccaaattattataat
ctatctggactaacacatcgtcatttatcggatcatctttcggaattggttgaaaataca
ttaaaagatcttgaagattctaaatgtatatcgattgaaaatgatattgatttaagtcca
ttgaattttggaatgattgccgcttattattacatacattattcgacaattgaattgttt
agtttatcattgaatgcaaaaactaaaattcgtaatctaattgaaattattagtagtgca
tctgaatatgaaaacataccgattagacatcgtgaagatggtattctacaacaattacat
tcaaaagtgccgaataaaataccacaagccaaaatgtctgatccacatacgaaagctaat
ctgttgattcaagctcatctatcacgaatatcattgtcagcagaattacaacaagattcc
gaagagattgtaatgaaaactattcgcctgattcaagcatgtgttgatgttatcagttcg
aatggatggcttacaccggcaattgctgccatggaattggcacaaatgatcacacaggca
atgtggaataaagattctgtattgagacaattgccacatttcacaaccgatattattgaa
cgttgcactcgaaatgatatcaacattatattcgatctaatggatatggatgatgatgat
cgaattaaattgctaaaattggatgataataaattaatggatgtagcaagattctgtaat
cgttatccaaatatttcattagaacatgaaatattggataaagattctatcgaaagtgat
tcacctgtaaatgttatggtctatcttgaacgtgaagatgatatggttggtccagtgatt
gcaccattctttccacagaaacgtgaagaaggatggtggctagtgattggtgatacaaaa
accaatacattaatatcgataaaacggatatcattacagaaaaaggccaaagttaaattg
gattttgaagcaccagcaacaagtggtcattataattatatgctttattttatgtgtgat
tgttatatgggttgtgatcaggaatataaatttgaattgaatgtacgtgaacaaccggct
aaattatcatcatcatcgaatcgaaaacgtaaagcatccgaacaagataatgatcaataa
DBGET
integrated database retrieval system