KEGG   Daktulosphaira vitifoliae (grape phylloxera): 126907669
Entry
126907669         CDS       T09738                                 
Name
(RefSeq) helicase SKI2W
  KO
K12599  antiviral helicase SKI2 [EC:5.6.2.6]
Organism
dvt  Daktulosphaira vitifoliae (grape phylloxera)
Pathway
dvt03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:dvt00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    126907669
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis [BR:dvt03019]
    126907669
Enzymes [BR:dvt01000]
 5. Isomerases
  5.6  Isomerases altering macromolecular conformation
   5.6.2  Enzymes altering nucleic acid conformation
    5.6.2.6  RNA 3'-5' helicase
     126907669
Messenger RNA biogenesis [BR:dvt03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   Transport factors
    eIF4F and regulatory proteins
     126907669
  mRNA degradation factors
   3'-5' decay
    Ski complex
     126907669
SSDB
Motif
Pfam: DSHCT DEAD DEXQc_Suv3 Helicase_C Intein_splicing Helicase_dom4_arc nSTAND3 Ski2_beta-barrel AAA_22
Other DBs
NCBI-GeneID: 126907669
NCBI-ProteinID: XP_050545074
LinkDB
Position
Unknown
AA seq 1171 aa
MDNIKYEVPGGIDSIMPNIKMDLLSYINCIEDLPLYKGESNLPKRNINFKSLYADSSLNV
NPTELIPNRDLKTGKIIQYEEVVYDPNYENDIDSMPCEKLVKNQSFKDCTIEINLDYDAY
NLPVAPSMSKKLDVKKSDKNSSFVSPVNDMIFNDEWNEDFQGIWDEEIPCITEDIQPVES
FEEINHIKNDNIILKISGNYERSLVKSQWVEELDISKPIDNFDELLPDPAYKWEFELDTF
QKQAVLKLEEKSSVFVAAHTSAGKTVIAEYAVALAKKHQLRCIYTSPIKALSNQKFRDFK
KKFGDVGLITGDFQVKPEAQCLIVTTEILCSMLYSDSDKIKETEFVVLDEVHYVNDRDRG
HIWEQILIMLPKRVKLVMLSATVTNVIDFADWIGRTRSSKIYVVFTLYRPVPLEHYLYVG
SNTSVDFKENMHLIRKADSGFLIQGYRKASEQFKKIQETKKYHDSKNVKDQKPKWINFLK
FLDKNSMFPAVVFILSRKKCDMIAESLKNSVNFLLTSKESQANEYFFNKAIQKLKPEDQA
LPQVVLMKELLCQGIAVHHSGILPILKEIVEMQFQQSLVKCLFATETFAIGINMPARTVV
FESISKFDGIEKRNLAPAEYTQMAGRAGRRGHDKSGTVIIMATEQLINDRELTNMMLGKS
AKLESQFKVGYSIILNMFKKKKCDTLEAILGSSFIEAARAKKKDEYTEELNHLKIIDEKD
DWHPTGKQELAVKEFYLAAKAYLDCRKEDWDKLYAAADKKFSEIGRFVIITHQHYIGHLA
IIISCNVKKVPREFRVLILENKKLEIDDEKPDSWYKFMYLSQKRKLSEKASDIISNSDHT
LLTIPSTSIMAITKFSENFDANSIIKNWEMRQNERFKDAAVSTSCQRAVKILSENTINLN
RSESNNSILSILDLGIDLFDLHRIKLHLHALENQLYDIDLSDIIAFEDIFEKLYKYQTRK
ERITELEHQTSSKALQLYNEYINKVEVLKELKYIDPRNEITTQKGTIAATMGSHELLITE
LLLSNMFEEMKPEEIAAVLSCLVCESKSDFDIESIKEENLIKGMDIIKEKHNEIQIVESM
YLSNFERIDLNFNLVKVLHLWAQEKPFSEIMDVTDIQEGIIVRCIVQLNEILTVIKNAAK
TIGTNKISEKMQNVLDKIKRDIVFTPSLYME
NT seq 3516 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atggataatataaaatatgaggtacctggtggtattgattcgattatgcctaatatcaaa
atggatttattaagttacattaactgcatagaagatttaccattatacaaaggagaatca
aatctaccaaagagaaatatcaattttaagtcattatatgcagatagtagtttaaatgtt
aacccaactgaattaattcctaatagagatcttaaaactggaaaaattatacaatatgaa
gaagttgtttatgatccaaattatgaaaatgatatagattctatgccttgtgaaaaatta
gtgaaaaatcaatctttcaaagattgtacgatagaaataaatttggattatgatgcatat
aatttaccagtagcacctagtatgtctaaaaaattggatgtaaaaaagagtgataaaaat
agttcttttgtgtctcctgttaatgatatgatatttaatgatgaatggaatgaagatttt
caaggaatttgggatgaagaaataccttgcataacggaggacatacagccagttgaatct
tttgaagaaatcaatcatattaaaaatgataatataattttgaaaatatctggaaattat
gaaagatcacttgtaaaatctcaatgggtggaagaattagatatttcaaaaccaattgat
aattttgatgaactcttgcctgatccagcatacaagtgggaatttgaattagataccttt
caaaaacaggctgtgttaaaacttgaagaaaaaagtagtgtatttgtagcagctcataca
tcagctggtaaaactgttatagctgaatatgctgtagctttagctaaaaaacatcaatta
agatgtatatacacatctcctattaaagcattatctaatcaaaagtttagggattttaaa
aaaaaatttggagatgttggacttattacaggagattttcaagttaagccagaagctcag
tgtttaattgtaactacagagattttatgttcaatgttatacagtgactctgataaaatt
aaagagactgaatttgttgtactagatgaagttcattatgttaatgatagagatagagga
catatttgggaacaaatattaatcatgctcccaaaacgagtgaaattagttatgttaagt
gcaactgttacaaatgtaattgattttgctgattggattggacgaactcgttcatcaaaa
atttatgttgtatttacattgtatcgaccagtacctcttgaacattatctatatgtgggc
tcaaatacttcagttgactttaaagaaaatatgcatctaattagaaaagctgacagtggt
tttcttattcaaggctatcgaaaagcttcagaacaatttaagaaaatccaagaaacaaaa
aaatatcatgactctaaaaatgttaaagaccaaaaacctaaatggattaattttttaaaa
tttcttgataaaaatagtatgtttccagctgtggtgtttattttatctagaaaaaaatgt
gacatgattgctgaatctcttaaaaattcagtcaatttcttattaactagtaaagaatca
caagctaatgaatattttttcaataaagcaattcagaaattaaaacctgaagatcaagca
ttaccacaggtcgttttaatgaaagaactgctgtgtcaaggaatagcagttcatcacagt
ggtattttaccaatacttaaagaaattgttgaaatgcaatttcaacagagtttagttaaa
tgtctatttgccactgaaacatttgctattggtataaacatgccagcaaggactgtagta
tttgaatctattagtaagtttgatggaatagaaaaaaggaacttagctcctgctgaatac
actcaaatggctggaagagctggacgtcgtggtcatgataaaagtggtacagtaattata
atggctactgaacagttaataaatgatagggaactgactaatatgatgctaggaaaatca
gccaaattagaatctcaatttaaagttggttattccattatattgaatatgtttaaaaaa
aaaaaatgtgacacattagaagcaattttgggaagcagctttattgaagctgcaagagct
aaaaaaaaagatgaatatactgaagaattaaatcatttaaaaattatagatgaaaaagat
gattggcatccaacaggaaaacaagaattagctgtaaaagaattttatcttgctgccaag
gcatatttagactgcagaaaagaagattgggataaactgtatgctgcagcagataaaaag
ttcagtgaaattggaagatttgtcataataactcatcagcattatattggtcatttagct
attattatatcttgcaatgtaaaaaaagttccaagagaatttcgggtattaatattagaa
aataaaaaattggagattgatgatgaaaagccagattcatggtataaatttatgtatttg
tcacagaaaaggaaactaagtgaaaaagcttctgatataatatctaatagtgatcatact
ctattaaccataccttctacttcaattatggctattacaaaattttctgaaaactttgat
gccaattcaataataaaaaattgggaaatgagacaaaatgaacgttttaaagatgctgca
gtttcaacatcatgccaacgtgctgttaaaattttatctgaaaataccattaatttgaat
agatcagagagtaacaactcaatattaagcattttagatctaggaattgatttatttgat
ttacatagaattaaactacacttacatgcacttgaaaatcaattatatgacattgattta
agtgatattattgcatttgaagatatttttgaaaaactctacaaatatcaaactcgtaaa
gaaaggataactgaattagaacatcagacatcaagtaaagcattacaactttacaatgaa
tatataaataaagtagaagtgcttaaagaacttaaatatattgatccacggaacgaaata
actactcaaaaaggaacaattgctgctacaatgggatcacatgaacttcttattactgaa
ttacttttaagtaacatgtttgaagaaatgaaaccagaagaaatagctgcagttctttca
tgtttagtttgtgaatctaaatcagactttgacattgaatctattaaagaagaaaattta
attaaaggaatggatattatcaaagaaaaacataacgaaatacagattgtggagtctatg
tatttgagtaactttgaacgtattgatctcaactttaatttagtcaaagtactacatcta
tgggctcaagaaaagcctttttctgaaataatggatgtaaccgatattcaagagggaatt
attgttcggtgtattgttcaattaaatgaaatcttaacagttatcaaaaatgcagcaaaa
acaattggaactaataaaattagcgaaaaaatgcaaaatgttctggataaaattaaaaga
gatattgtatttactccttcactatatatggaataa

DBGET integrated database retrieval system