KEGG   Candidatus Johnevansia muelleri: CEM_087
Entry
CEM_087           CDS       T03696                                 
Symbol
rpoB
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  KO
K03043  DNA-directed RNA polymerase subunit beta [EC:2.7.7.6]
Organism
eme  Candidatus Johnevansia muelleri
Pathway
eme03020  RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:eme00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03020 RNA polymerase
    CEM_087 (rpoB)
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03021 Transcription machinery [BR:eme03021]
    CEM_087 (rpoB)
   03400 DNA repair and recombination proteins [BR:eme03400]
    CEM_087 (rpoB)
Enzymes [BR:eme01000]
 2. Transferases
  2.7  Transferring phosphorus-containing groups
   2.7.7  Nucleotidyltransferases
    2.7.7.6  DNA-directed RNA polymerase
     CEM_087 (rpoB)
Transcription machinery [BR:eme03021]
 Prokaryotic type
  Bacterial type
   RNA polymerase
    Core subunits
     CEM_087 (rpoB)
DNA repair and recombination proteins [BR:eme03400]
 Prokaryotic type
  SSBR (single strand breaks repair)
   NER (nucleotide excision repair)
    TCR (transcription coupled repair) factors
     DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
      CEM_087 (rpoB)
SSDB
Motif
Pfam: RNA_pol_Rpb2_6 RNA_pol_Rpb2_3 RNA_pol_Rpb2_7 RNA_pol_Rpb2_2 RNA_pol_Rpb2_45 RNA_pol_Rpb2_1
Other DBs
NCBI-ProteinID: CDZ16355
UniProt: A0A078KHE1
LinkDB
Position
I:86616..90698
AA seq 1360 aa
MIYSNTEKKVIRKHLGKIPQILGVPNLLSIQLDSYRYLLQNDVHHNNRVNIGIHAVLKSF
FPITSNSGNTYIEYKNYHINMPIDNLEYYKKQNYTYSASLIVLIRIIVFKKNENSLNLKI
KYINEQEVYMGDIPIMTENGTFIINGSERVIISQLHRSPGLYFTHDNGKTHSSGKLLYSA
RIIPKRGSWLDFEFDIKDNIYFRIDRNRKLPVTVFLYALGFTTEEIMSYFCKKYVIYIDN
GKFYIEFDQSNLYGNIAGFAIKNLQNKCIVQKGEIINHNHIYKIENAGIKYIHIQEDFLL
NKVLVLNVYDQKTGLLICPSNSIISKNILESLNAANIKYFEILYTNEINAGEYISNTLKI
DTSKSQIDALYDIYSILRPGETFKVNVASMLLNNLFFSSKNYDLSLVGRMKLNTRLNRKK
NHGPNILTLIDILDIIKELINIRNGYSKIDDIDNLGNRRIRSVGEIVEQYFHNSLICIDR
IIKERLLLLEKEKLMPQDIFNSKSIALKIKEFFILSPLSQFIDQNNPLSEINHKRRITAL
GPGGLTRDRVVFDVRDVHITHYGRLCPIESPEGPNIGLINSLAIYCLPNLFGFLETPYRK
VFNCKLTNEILYLSANEEKNFAIAPATANIDENNCLIDKFIQVRYNGEPTVIESDKINFI
DISSYQMLSVAASLIPFLEHNDANRALMGSNMQRQAVPLLKSEKPIVGTGMEYVVGKDSG
VCIIARRGGKVAFVDSLSIIINVNETELINNDPGIDIYKLIKYSRSNQNTLINQKPIVYV
GNIVFRGDIIADGSAIDMGELALGQNMRIAFMCWYGYNYEDSIIISEKVLQDDRFTSIHI
QELTCICRDNYIVKDIISIKVSNKKEHIFNKIDSSGIVYAGAQISPGDILVGKISPKIKK
LTSEEKLLYAICDEEAYSIKDTSLRAPAGTYGVVIDVNILIREYTEKEKRSILIDDKKSH
LIYNSLIDTLYNYENIIINKIKEKLLHIIKNISLKLSTGDILDAEYINSQPIKNLLNLRL
QDKNINNFIKKNKLYIINRYHETFNIYNNLIKNTFKMNDLAPGILKIIKVTLAIKRTIKT
GDKMAGRHGNKGVVSVINPIEDMPFDSEGIPIDIILNPLGVPSRMNVGQILETHIGLAAY
GLGRKIDNMIKDIRNKQISDIREFIKKIFNNKFIKYKELDSLSDHDLIEFAKRLTRGVPV
SIPVFDSINEYEIKDFLKSVDLPETGKLILYDGYTGDKFDQPVTVGYMYMFKLNHLIDEK
MHARSTGSYSLVTQQPLGGKALFGGQRLGEMEVWALEAYGAAHILQEMLTIKSDDINGRI
AIYNNIINNDHTMIPNIPESFNVLINEIRALCLNIDLKTR
NT seq 4083 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgatatactcgaacactgagaaaaaagtaattagaaaacatttaggtaaaataccccaa
atacttggggtacccaatttgttatctattcaacttgattcttatagatacttattacaa
aatgatgtacatcataataaccgggttaatataggtattcatgctgtattaaaatctttt
tttccaattaccagcaatagtggtaatacttatattgaatataaaaattatcatattaat
atgccaattgataatttagaatattacaaaaaacaaaattatacttattctgcatcctta
attgttttaatacgtattatagtttttaaaaaaaatgaaaattctttaaatttaaaaatt
aaatatataaatgaacaagaagtttatatgggtgatattcccataatgactgaaaacggt
acatttataattaatggaagtgagcgtgtgattatatctcaacttcatcgtagtccagga
ctatattttacacatgataatggaaaaactcattcttctggaaagttactttattctgcg
agaattattcctaaacgaggatcatggcttgattttgaatttgatattaaagataatatt
tattttcgtattgacagaaatcgtaaacttccagttactgtatttttatatgcattaggt
tttactacagaagaaataatgagttatttttgtaaaaaatatgttatttatatagataat
ggtaaattttatattgaattcgatcaatcaaatttatatggtaatatagctggttttgca
attaaaaatttacaaaataaatgtatagtacaaaaaggtgaaattattaatcataatcat
atttataaaatagaaaatgccggaataaaatatattcatatacaagaagattttttgtta
aataaagttttagtacttaatgtatatgatcaaaaaactggtttgttgatttgcccctct
aatagtattattagtaaaaatattttagaatcacttaatgctgcaaatattaaatatttt
gagatattatatactaatgagattaatgctggtgaatatatttcaaatacattaaaaatt
gatacatcaaaatctcagatagatgctttatatgatatttatagtatattgcgaccaggg
gaaactttcaaggtcaatgttgcttcaatgttattgaacaatttatttttttcatcaaag
aattatgatctttcattagtaggtagaatgaagcttaacacacgtttgaatcgtaagaaa
aatcatggacctaatattttaacacttatagatatattagatataattaaagaactaatt
aatattagaaatggatacagtaaaattgatgatattgataatttaggtaatcgtcgaatt
cgtagtgttggagaaattgttgaacaatattttcataatagtttaatatgtattgataga
ataattaaagaacgattattattattggaaaaagaaaaattaatgccacaagatatattt
aattctaaatcaatagctcttaaaataaaagaattctttatattaagtccactatctcag
tttatagatcaaaataatcctttatctgaaataaatcataaacgacgtattactgcttta
ggtccaggtggattaacacgtgaccgggttgtatttgacgtacgtgatgttcatattacc
cattatggtcgtctttgcccaatagagtctcctgaaggacctaatatagggttaattaac
tctttagcaatttattgcttacctaatctttttggttttttagaaacaccatatcgaaaa
gtttttaattgtaaattgaccaatgaaattttgtatttatctgctaatgaagaaaaaaat
tttgctattgctccagctacagcaaatattgatgaaaataattgcttgatagataaattt
attcaagttcgctataatggagaacctacagttattgaatctgacaaaataaactttatt
gatatttcttcttatcaaatgctatctgttgctgcatccctaattccgtttttagaacac
aatgatgctaatcgtgctttgatgggttcaaatatgcaacggcaagcagttcctcttttg
aaatctgaaaaacctatagttggtactggtatggagtacgttgttggtaaagattctgga
gtttgtattatagcacgtcgtggaggtaaagtagcttttgtagattcattaagtattatt
attaatgttaatgaaactgaattgattaataatgaccctggtatagatatatataaatta
attaagtattctcgttctaatcaaaatactttaataaaccaaaaaccaattgtatatgtt
ggtaatatagtttttagaggagacataattgctgatgggtcagctattgatatgggtgaa
ttggcattaggacaaaatatgcgcattgcatttatgtgttggtatggatataattatgag
gattcaattattatttcagaaaaagttttacaagatgacagatttacaagtatccatata
caagaattaacatgtatatgtcgtgataattatattgtaaaagatataatttctataaag
gtttctaataagaaagaacatatttttaataaaattgattcatcaggaattgtttatgca
ggtgcccaaatttctccaggggatattttagtaggtaaaatatcacctaaaattaaaaaa
ctaacatcagaagaaaaacttctatacgccatttgtgatgaagaagcttattctataaaa
gatacatcattgagagcccctgcggggacatatggtgttgttattgatgttaatatttta
atacgagaatacacagaaaaagagaaaagatctatattaatagatgataaaaaaagtcat
ttaatatataatagtcttatagacacattatataattatgaaaatataatcattaataaa
ataaaagaaaaacttttacatataattaaaaatatatctttaaaattaagtacaggagat
attttggatgctgaatatataaattcacagcctattaaaaatttgttaaacttacgctta
caagataaaaatataaataatttcataaaaaaaaataaattatatataataaatagatat
catgaaacatttaatatttataataatttaataaaaaatacatttaaaatgaatgatttg
gctccaggtattttaaaaataataaaggttacattagcaataaaacgtaccattaaaact
ggtgataaaatggctggtcgtcatggaaacaaaggtgttgtttctgtaattaacccaata
gaagatatgccttttgattctgaagggataccaattgatattatactaaatccattaggt
gtaccttctcgtatgaacgttggtcaaattcttgaaacacatataggattagcagcttat
ggtcttggaagaaaaatagataatatgattaaggatatacgtaataagcaaatttcagat
attcgtgaatttattaaaaaaatatttaataataaatttattaaatataaggaattagat
agtttatctgaccatgatcttatagaatttgctaaaagacttacacgtggtgtccctgtt
tcaatccctgtatttgatagtataaatgaatatgaaataaaagattttttgaagagtgtt
gatttacctgaaacaggaaaactaattttatatgatggatatactggtgataaatttgat
caacctgtaacagtaggttatatgtatatgtttaaattaaatcatttaattgatgaaaaa
atgcatgcacgttctactggatcatactctttagtaactcaacaaccattaggtggaaaa
gctttatttggtggacaacgtttgggtgaaatggaagtttgggcattagaggcatatggt
gcggctcatattctacaagagatgcttactattaaatctgatgatattaatggtcgtatt
gcaatatataataatattattaataatgatcatacaatgattccaaatattccagaatca
tttaatgttttaataaacgaaattagggcattatgtttaaatattgatttaaaaacaaga
taa

DBGET integrated database retrieval system