Candidatus Johnevansia muelleri: CEM_088
Help
Entry
CEM_088 CDS
T03696
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
eme
Candidatus Johnevansia muelleri
Pathway
eme03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
eme00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
CEM_088 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
eme03021
]
CEM_088 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
eme03400
]
CEM_088 (rpoC)
Enzymes [BR:
eme01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
CEM_088 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
eme03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
CEM_088 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
eme03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
CEM_088 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Peptidase_M23
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CDZ16356
UniProt:
A0A078KB07
LinkDB
All DBs
Position
I:90722..94828
Genome browser
AA seq
1368 aa
AA seq
DB search
MNIFKNANNKLKINFEKTKKFQKQLESFNYIKISLASPKIIESWSFGEIKTSDTINYRTL
KPEHDGLFCTKIFGPVVDYECWCGKYNHKMFPTVICEKCNVEIIKAKSRRERMGHINLFT
PVAHIWFIKSQPNMLSLLLNMSIFNIERVIYYESFIVLNPGITPLQKGQLLTNNQYSEAR
KEFNDEFEADMGAKAIKKLLIDINIDMEIFYLKKYESNLKNYNKLKVLQAFKESGNNPDW
MILDVIPVLPPDLRPLLPLEGGRFANSDINDLYRNIIHRNNRLKKLFNIQSPDIIIKNEK
RMLQEAVDALIDNGRNGRMVTNNKRPLKSIANLIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRTVITV
GPKLRLYQCGLPKKMALELFKPFVFSILQSYEKALTIQSAKKSFKLESKEVWDALKTVIK
DHPIILNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEEKAIKLHPLVCSAYNADFDGDQMAVHIPLTLEAQ
LEARTLLMSSNNLLSPANGTPIIVPSQDIVLGLYYMTHIKIHAKGEGLIFSNIDEIESAL
NTKKIDLHAIIKVRICEWRRNKNTGVLRKKCSIYQTTVGRALLFRLLPHGIEFELVNKPL
KKKAISKLINAVYRRSGIKETVIISDKLMEIGFNLATFSGTTIGVDDLIIPNSKKSTIDY
AENTIKNLNLQFNKGLITENEKYNKTIDVWLKTNETIAKNMMGGISKEIFINKEGINIQQ
YSFQNIFIIADSGARGSETQIRQIAGMRGLMAKPDGSIIETPIKANFREGLTVLEYFIST
HGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVSQDVVITEINCGSQSGLSMESIIDGSNVLVSLS
DRVLGRVLSRDIVDSYNNVLIIKNTLIDETLCKKIDYLKIRKIWVRSILTCNTMYGACAM
CYGRDLARGSLVNVGEPVGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHFGGAVSRSLIIDSITVKYGGI
VKFNNIKLIYGVTNILVSRYSSISILDEEFNLEIEYYKVPYGAEIFVNDAEHIDSGRIIA
KWDPYMHPIITEFSGKVKFVNMEEGVTISSIVYENTISIRILYEKNRPYLGSYKQPRIIL
LDKNDNPVMYYKSNIPVQYILPGGAIVLVINGLYINSGYILARIPIDLSVNKDITGGLTR
VANIFEARRPQNAAILAEMSGTVTFGNEIKGKRNLIITPDKGDPYESLLPISRNLNVLEG
EIVKKGEIISDGLLDPHDILRLLGISELSKHITNEIQEVYRLQGVSINDKHIEVIIRQML
SKVEIIDPGDSEFLKGEKIEFLKVIKKNLILKKNNMLPIKYNRIILGITKASLITESFIS
AASFQETTRILIDAALAGKCDYLKGLKENVIVGRLIPAGTGLMTHQKF
NT seq
4107 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaatatatttaaaaatgctaataataaattaaaaattaattttgaaaagactaaaaaa
tttcaaaaacaactggaatcttttaattatattaaaatttctcttgcatctccaaagatt
atagaatcttggtcttttggtgaaattaaaacttcagatactattaactatcgtacacta
aaacctgaacacgatggtcttttttgtacaaaaatttttggtccagttgtagactatgag
tgttggtgtggcaaatataatcacaaaatgtttccaactgtaatttgtgaaaaatgtaat
gttgaaattataaaagcaaaatcccgtcgggaacgtatgggtcacattaatttatttact
ccagttgctcatatttggtttattaaatcgcagcctaatatgttaagtttgttattaaat
atgtctatttttaatatagagcgtgtaatttattacgaatcttttattgttttaaatcca
ggtattaccccccttcaaaagggccaattacttactaataatcaatattccgaagcacgt
aaagagtttaatgatgaatttgaggctgatatgggcgctaaggctataaaaaaattactt
attgatattaacatagatatggaaattttttatttaaaaaaatatgaaagtaatttaaaa
aattataataaattaaaagtattacaagcatttaaggaatctggaaataatccagattgg
atgatattagatgtaataccagtattacctccagatttacgacctttattaccattagaa
gggggacgttttgctaattctgatattaatgatttatatcgtaatataattcaccgtaat
aatagattaaaaaaattatttaatattcaatctcctgatattattatcaaaaatgagaaa
cgcatgctacaagaggcagttgacgcattaattgataatggtcgtaatggtagaatggtt
actaataataagcgtcctttaaaatctattgctaacttaattaaaggaaaacaaggtagg
tttagacaaaatttacttggtaaacgcgttgattattctggtaggacagttattactgta
ggtcccaagttacgtttatatcagtgtggtttacctaaaaaaatggctttagaacttttt
aaaccttttgttttttcaatattacaaagttatgaaaaagctcttactatacaaagtgca
aaaaaaagttttaaacttgaatctaaagaagtttgggatgctttaaaaactgttattaaa
gaccatccaataattttaaatagagctcctacattacataggttggggatacaagctttt
gagcctgtattaatagaagaaaaggcaataaaattacatcctttagtttgttcagcttat
aatgctgattttgacggagatcagatggctgtacatattccactaacattagaagcacaa
cttgaagcaagaacgttactgatgtctagcaataatttattatctccagctaatggaact
ccaattattgttccatctcaagatattgttttgggtttatattacatgactcatataaaa
attcatgctaaaggtgaaggattaattttttcaaatattgatgaaattgaaagcgcatta
aatacaaaaaaaattgatttacatgctattataaaagttagaatttgtgaatggaggcgt
aataagaacacaggtgttttaaggaaaaagtgttctatttatcaaactacagttggtaga
gctttgttgtttcgattattaccgcatggaatagaatttgaattagttaataaaccgttg
aaaaaaaaagctatatcaaaacttattaatgcagtatatagacgttcaggtattaaagaa
actgttataatttcagataaacttatggaaattggatttaatttagcaactttttctggt
acaactattggagtggatgatttaattatacctaattctaaaaaatcaacaattgattat
gcagaaaatacaattaaaaatcttaacttacaatttaataaaggtttaataactgaaaat
gaaaaatataataaaactattgatgtttggttaaaaactaatgaaaccattgctaagaac
atgatgggaggcatttctaaagaaatttttattaataaagaaggaataaatattcaacaa
tattcattccaaaatatttttattattgctgattcaggtgcacggggctctgaaacacaa
attcgtcaaattgctggaatgcgaggtttaatggctaaaccagacggttcaattattgaa
actcctataaaagcaaattttagagaaggattgactgtacttgagtattttatatcaaca
catggtgcacgtaaaggattagcagatactgcattaaaaacagcaaattctggttattta
actaggcgtcttgttgacgtatcccaagatgtagttattactgaaattaattgcgggtct
caatcagggttaagtatggaatcaataattgacggtagtaatgttcttgtttctctttca
gatagagttttaggtagagttttatctcgtgatatagtagattcatataataatgtatta
ataataaaaaatacgttaatagatgaaacgttgtgtaaaaaaattgattatcttaaaata
aggaaaatttgggtacgtagcattcttacttgcaacacaatgtatggtgcatgtgctatg
tgttatgggcgtgatttagccaggggatctttggtaaatgttggtgaaccagttggtgtt
atagcagctcaatcaattggtgaaccaggaacccaattgacaatgcgtacttttcatttt
gggggagctgtatcacgttctttgattatagattcaattactgtaaaatatggtggaata
gttaaatttaataatattaaattaatatacggggtaactaatatattagtttctagatat
agttccatatcaatattagatgaagaatttaatttagaaattgaatattataaagtacct
tacggggcagaaatttttgtgaatgatgcagaacatattgattcaggaagaattatcgca
aaatgggatccttatatgcatcctataattactgaattttcaggtaaagttaaatttgta
aatatggaagagggtgtgacaatatcaagtattgtttatgaaaacactatatctataaga
attctatacgaaaaaaatagaccatatttaggatcttataagcagccaaggattatattg
ctagataaaaatgataatcccgtgatgtattataaatctaatataccagttcaatatata
ttacctggaggtgctattgtattagtaattaatggcttatatattaattcaggatatata
ttagcacgtattcccatagacttatctgttaataaagatattactgggggtttaacccgt
gtggcaaatatatttgaggcacgtagaccacaaaatgcagctattttagctgaaatgtca
ggtactgttacttttggaaatgaaataaaaggtaagcgtaatttaataataaccccagat
aaaggtgacccgtatgaaagtttactacctatatcgcgtaatctaaatgtattagaagga
gaaatagtaaaaaaaggagaaataatttcagatggattacttgatcctcacgatatttta
cgtttattaggtatttcagaattatctaaacatattacaaatgaaatccaagaggtatat
agattacaaggtgtaagtattaatgataaacatatagaagttattatacgtcaaatgttg
agtaaagtagaaattattgatccaggagatagcgaatttttaaaaggtgaaaaaattgaa
tttttaaaagttataaaaaaaaatcttatacttaaaaaaaacaacatgttacctataaaa
tataatagaattatattggggattacaaaagcttctcttataacagaatcatttatatct
gcggcttcctttcaagaaacaacaagaatattaattgatgctgcacttgctggtaagtgt
gattatttaaaaggattaaaggagaatgttatagtaggaagattaattcctgctggtaca
ggtcttatgactcaccaaaaattttaa
DBGET
integrated database retrieval system
