Ehrlichia ruminantium Welgevonden (South Africa): Erum1720
Help
Entry
Erum1720 CDS
T00224
Symbol
rpoB
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta chain
KO
K03043
DNA-directed RNA polymerase subunit beta [EC:
2.7.7.6
]
Organism
eru
Ehrlichia ruminantium Welgevonden (South Africa)
Pathway
eru03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
eru00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
Erum1720 (rpoB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
eru03021
]
Erum1720 (rpoB)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
eru03400
]
Erum1720 (rpoB)
Enzymes [BR:
eru01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
Erum1720 (rpoB)
Transcription machinery [BR:
eru03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
Erum1720 (rpoB)
DNA repair and recombination proteins [BR:
eru03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
Erum1720 (rpoB)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb2_6
RNA_pol_Rpb2_2
RNA_pol_Rpb2_3
RNA_pol_Rpb2_7
RNA_pol_Rpb2_45
RNA_pol_Rpb2_1
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CAH57888
UniProt:
Q5HC05
LinkDB
All DBs
Position
287245..291387
Genome browser
AA seq
1380 aa
AA seq
DB search
MSSSVTSKYVLNSFSSVPRLSYAKSIDIKDSLTDLIKIQRDSYNAFIGIDQDVDSGIKNI
FQSMFPIQDLLGRAVLQFVSYSIGEPQYDEYECIKRGITYSVPIRIVLRFIVWKVQEVSF
KEVKYVVDEETSEKSIKYIKEQEVSIGDLPTMTSYGTFIINGVERVIVSQMHRSPGVFFD
SDKGKTYSSGKLIYLARIIPYRGSWLDFEFDIKDILYFRIDRKRKLPVSLLLRALGLSNS
EILDTFYDKIRYERCENGWVVPFVVDRFRGVRLSYDLVDIDGNVLVKANTRITLRLAKKL
ASDGLKKYLVPFAEIQGLFIANDLVDPASNVMIMCAGESITSEHINKLKLFDINEIFILN
IDFLTVGPYILNTLFLDKNISYEDALFEIYKVLRSGESPSLDTMKAFFDGLFFEKERYDL
STVGRIKLNDHLGLDISEDVTVLTKDDIIHVIKKLVLLRDGEGFVDDIDHLGNRRVRSVG
EFIENQFRIGILRLERMIMDYMSSVNFDNAMPCDFVNPKVLATVLKDFFSSSQLSQFMDQ
TNPLSEVTHKRRLSALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLISSLAI
YARINKHGFIESPYRKVDNGVVTDKVEYLLAMQESNYYIADASATLDENNRFVDDMLYCR
HDGNFVMVKREQVDYIDVSPKQIVSVAASLIPFLENNDANRALMGSNMQRQAVPLLKADA
PLVGTGMESIVAAGSGTVVLAKRSGIVHRVDGLYIVIRAFDKEKNEYLGVDIYNLRKFQR
SNHNTCINQKPLVKPGDYVRENDVIADGSAIDQGELALGKNVLVAFMSWQGYNFEDSIVI
SSEVVKKDVFTSIHIEEFECVVRDTALGPEKIMRSIPDVNEDSLSHLDDVGIVNVGAEVS
AGDILVGKVTPRPPVSLPPETKLLVTIFGEKVFDCVDSSLYLPIDVEGTVVDVHVFVRRG
VEENDRSLLIKQNEINGFIKERDYEIDVVSEYFYDELKRVLVNTNTEYNNQNIEDYLKSI
PQKSWWDIKLSDESVLSQISDLKEKFDSMIENAHSKFDQKIDKLNYGYDLPQGVLCIVKV
FVAVKHNLQPGDKMAGRHGNKGVISRIVPVEDMPYLEDGTPVDIILNSLGVPSRMNVGQI
LETHLGWASVNLGKKIGNILDNIDELTIAHLRNFLDQVYDGQDLKYSIRSMSDDDLLAFA
ERLRDGVPMAAPVFEGPKDNQISNLLKLADLDVSGQVDLYDGRIGEKFDRKVTVGYIYML
KLHHLVDDKIHARSVGPYGLVTQQPLGGKSHFGGQRFGEMECWALQAYGAAYTLQEMLTV
KSDDIVGRVKIYESIIKGDSNFECGIPESFNVMVKELRSLCLDVALKQDKDFLHDRKINN
NT seq
4143 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcttcttctgtaacttctaaatatgtattaaattcttttagttcagtgcctaggtta
tcttatgcaaagtctatagatattaaagattcattgactgatttaataaaaatacagaga
gattcatataatgcgtttattggtatagatcaggatgttgatagtggtataaaaaatatt
tttcaatctatgtttcctatacaagatctgttaggacgtgctgtactccaatttgttagt
tatagtattggtgagccacaatatgatgaatatgagtgtataaaaagaggtattacttat
tctgtacctatacgtatagtgttgcgttttatagtgtggaaagttcaggaggtatctttt
aaagaagtaaaatatgtagttgatgaagaaacttcagaaaagagtattaaatatataaaa
gaacaggaagtttctataggtgatcttcctactatgacttcttatgggacatttattatt
aatggagtagagagagtaatagtatcacagatgcaccgttctcctggtgtgttttttgat
agtgataagggaaaaacttacagttctgggaaattgatttacttagctcgtattattcct
tataggggatcctggctagattttgagtttgatataaaagatatattatatttccgtatc
gatagaaaaagaaagttgccagtttctttgttattgagagctttaggtttatctaatagt
gaaattttagacactttttacgataaaatacgttatgagaggtgtgaaaatggatgggta
gtaccatttgttgtagatagatttagaggagttaggttatcttacgatttggttgatata
gatgggaatgtgttagtgaaggctaatacgagaattaccttaaggctggcaaaaaaatta
gctagtgatggattaaagaaatatttagttccatttgctgagattcaaggattatttatt
gctaatgatttagtagatcctgctagtaatgtaatgattatgtgtgcgggtgaaagtatt
actagtgagcatataaataagttgaaattgtttgatattaatgaaatttttattttgaat
atagatttcctaacagttggtccatatatattaaatactttatttttagataagaatata
tcgtatgaggatgctctttttgaaatatataaggtcttacgttctggtgaatcgcctagc
ttagatacaatgaaagcattttttgatggactgttttttgaaaaggaaaggtatgattta
tctactgttggaagaatcaaattaaatgatcatcttggattagatattagtgaagatgtt
actgtgttgactaaagatgatataattcatgttataaaaaagttagtattgctaagagat
ggggaaggttttgttgatgatatagatcatcttggtaatagaagagtaagatctgttggt
gagtttattgaaaatcaatttaggatcggtatattaagacttgaaaggatgataatggat
tatatgtcttctgtaaattttgataatgcgatgccatgtgattttgtcaatcctaaagta
ttagcgacagtgttaaaagatttctttagttcttctcagctttctcaatttatggatcaa
acaaatccattatctgaagttacacataaacgtagattatctgcacttgggccaggtggt
ttaacaagagaaagagctggttttgaggttagagatgttcatccaactcattatggtaga
atttgtccaattgaaactccagaaggtcaaaatattgggttaataagtagtttagctata
tatgctcgtattaataaacatgggtttattgagagtccatataggaaagtagataatggt
gttgttactgataaagttgagtacttgttagctatgcaagaaagtaattattatattgct
gatgcgagtgctactcttgatgagaataacaggtttgttgatgatatgttatattgtaga
catgatggcaactttgttatggttaaaagggagcaagttgactatatagatgtgtcacca
aagcaaattgtatctgtggctgcgtctttaattcctttcttggaaaataatgacgcaaat
cgtgctttgatgggatctaatatgcaacgtcaggcagtaccgttgttaaaggcagatgca
cccttggtgggtacgggaatggaatcaatagttgctgctggttcaggtactgttgtttta
gcaaaacgtagtggtatagttcatcgtgtggatggtttatatatagttattcgtgcgttt
gataaggaaaaaaatgagtatttaggtgttgatatttataatttaagaaagtttcaacgt
tctaaccataatacttgtattaatcaaaaaccattagtaaaacctggggattatgtaagg
gagaatgatgtaattgctgatggatctgctattgatcaaggagagcttgctttagggaaa
aatgtgttagttgcctttatgtcatggcaagggtataactttgaggattcaatagttatt
tcaagtgaagttgtaaaaaaggatgtatttacctcgatacatatagaggaatttgaatgt
gtagtaagagatactgcacttggcccagaaaagattatgagatctattcctgatgttaat
gaggatagtttgtctcatttggatgatgttggtattgtaaatgttggtgctgaagtttct
gcgggtgatattttagtagggaaagtaactcctagacctccagtctctctacctccagaa
acaaaattgttggttactatatttggtgaaaaagtatttgattgtgtagattcatcttta
tatttaccaattgatgttgagggaacagtagttgatgtacatgtgtttgtacgtcgtggt
gttgaagaaaatgatagatctcttttgattaagcaaaatgaaattaatgggtttatcaaa
gaaagagattatgaaattgatgttgtaagtgagtacttttatgatgagctaaaaagagtt
ttggtaaatactaatacggaatataataatcaaaatatagaagattatttaaaatctatt
ccacagaagagttggtgggatatcaaattatctgatgagtctgtgttgtcccaaattagt
gatttaaaagaaaaatttgattcaatgattgaaaatgctcatagtaagtttgatcaaaag
atagataaacttaattatggttatgatcttcctcaaggtgttttatgtatagtaaaggtt
tttgttgcagttaaacataacctgcaacctggtgataagatggcaggtagacatgggaat
aagggggttatttctcgtattgtacctgttgaagatatgccatatttagaagatggtact
cctgttgatattatacttaattctttaggtgtcccttctcgtatgaatgttggacaaatt
ttagaaactcatttagggtgggcatctgttaatttaggtaagaagataggtaatatatta
gataatattgatgaattaacaattgctcatcttcgaaatttcttagatcaagtatatgat
ggacaggatttgaaatatagtatccgctctatgagtgatgatgatttattagcttttgct
gagaggttacgtgatggtgtaccaatggcagcaccagtatttgaagggccaaaagataat
caaatttctaacttattgaaattagctgatctggatgtttctggtcaagtggatctttat
gatgggcgtataggtgagaaatttgatcgtaaagtaactgttggatatatatatatgctg
aagttgcatcacttagttgatgataagatacatgcaagatctgtaggtccatatggatta
gtaactcaacaaccattaggagggaaatctcattttggtggtcaacgttttggggagatg
gagtgttgggcattgcaagcttatggtgctgcttatactttacaagaaatgttgacagta
aaatctgatgatattgttggaagagttaaaatttatgagtctatcattaagggtgatagt
aattttgagtgtggtataccagaatcatttaatgtgatggtaaaagaattacgttcattg
tgtttggatgttgctttaaagcaggataaagatttcttgcatgatagaaagattaacaat
tga
DBGET
integrated database retrieval system