Flavobacterium agricola: K5I29_08235
Help
Entry
K5I29_08235 CDS
T09474
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
fag
Flavobacterium agricola
Pathway
fag03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
fag00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
K5I29_08235 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
fag03021
]
K5I29_08235 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
fag03400
]
K5I29_08235 (rpoC)
Enzymes [BR:
fag01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
K5I29_08235 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
fag03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
K5I29_08235 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
fag03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
K5I29_08235 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RPOC_hybrid
Apocytochr_F_C
Peptidase_M23
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
UYW00536
LinkDB
All DBs
Position
complement(1652360..1656658)
Genome browser
AA seq
1432 aa
AA seq
DB search
MSKNKDKSTVKRFNKISIGLASPESILAESRGEVLKPETINYRTHKPERDGLFCERIFGP
VKDYECACGKYKRIRYKGIVCDRCGVEVTEKKVRRDRVGHINLVVPIAHIWYFRSLPNKI
GYVLGLPSKKLDMIIYYERYVVIQPGNAVNAEGEPVKKLDFLTEEEYLNILDSLPMENQY
LDDNDPNKFIAKMGAECIMDLLARTDLATLSADLRYAANNETSKQRKTEALKRLQVVEAF
RESNKNRENRPEWMILKVISVIPPELRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVIIRNNRLKRLV
EIKAPEVILRNEKRMLQEAVDSLFDNTRKASAVKTESNRPLKSLSDSLKGKQGRFRQNLL
GKRVDYSARSVIVVGPELKLYECGLPKDMAAELYKPFVIRKLIERGIVKTVKSAKKIIDK
KEPVVWDILENVIKGHPVLLNRAPTLHRLGIQAFQPKLIEGKAIRLHPLVCTAFNADFDG
DQMAVHLPLGPEAILEAQLLMLASHNILNPANGAPITVPSQDMVLGLYYMTKERKSTPEH
PILGEGQIFYSVEEVHIAINEGKLDLNAGVKVRAKDFNENGELVYKIISTTAGRILFNEV
VPEAAGFINEVLNKKSLRDIISSILAKTDVPTTAQFLDDIKNMGYGYAFKGGLSFSLGDI
KIPEQKPALIADANAQVDVISMNYNMGLITNNERYNQVIDVWTSTNAMLTEAAMRNIRED
QQGFNSVFMMLDSGARGSKEQIRQLTGMRGLMAKPKKTAAGGGEIIENPILSNFKEGLSI
LEYFISTHGARKGLADTALKTADAGYLTRRLHDVAQDVIVNIEDCGTLRGIEIEALKKND
EVIESLGERVLGRVALLDVVNPLTGDVIVAEGQLITEAIAKQINESPVENMEVRSPLTCE
AKKGICVKCYGRNLATNNIAQRGDAVGVVAAQSIGEPGTQLTLRTFHVGGVAGGISEESS
LLTKFAGRLEIEDLKTVKGEDTEGNVVDIVVSRSTEYKLVDTTTGIVLNTHNIPYGSSIF
VKDGDVVEKGAVICKWDPYNGVIIAETDGKIAYEDLEQGQTFQVEIDEQTGFTEKVISEA
RNKKLVPTLLMYSKDGELIRSYNLPVGSHLMVNDGEKIKSGKILVKIPRRSSKASDITGG
LPRITELLEARNPSNPAVVSEIDGVVSFGKIKRGNREIIVESKFGEIKKYLVKLSNQILV
QENDFVKAGSPLSDGAITPEDILRIKGPSAVQQYLVNEIQEVYRLQGVKISDKHFEVVIR
QMMRKVRIEDPGDTLLLEEQLVHTHDFILENDKLYGMKFIEDAGDSENLKAGQIISAREL
RDENSLLKRNDQNLVIARDVVPATATPILQGITRASLQTKSFISAASFQETTKVLNEAAV
AGKVDSLEGLKENVIVGHRIPAGTGLRDYDDTIVGSKEEYNELIANKESFNF
NT seq
4299 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagtaaaaataaagataaaagtaccgtaaaaaggtttaacaagatttctataggtctt
gcttctccagaatctattttggctgagtcaagaggtgaggtgttaaaaccagaaactatt
aattatcgtacacacaaacctgaacgtgatggtcttttctgtgaaagaattttcggtcct
gtaaaagattacgaatgtgcttgtggtaaatataaaagaattcgctacaaaggaatcgtt
tgtgaccgttgtggtgttgaagttaccgagaaaaaagttcgtcgtgaccgtgtagggcac
atcaacttagtggtgccaattgcacacatttggtacttccgttctttaccaaacaaaatt
ggttacgttttaggcttaccatctaaaaaattagatatgattatttactacgaacgttac
gtagtaattcaaccaggtaatgctgtaaatgcagaaggtgaaccagttaaaaaattagat
ttccttactgaagaagaatatttaaatattcttgattcattaccaatggaaaatcaatat
ttagatgataacgatccaaataaattcatcgctaaaatgggtgctgaatgtattatggat
ttattagcgcgtacggatttagcaactttatctgctgatttacgttatgctgcgaataac
gaaacatctaaacaacgtaaaactgaagctttaaagcgtttacaagttgttgaagctttc
cgtgaatcaaacaaaaacagagaaaaccgtcctgaatggatgattttaaaagtaatttcg
gttattccaccagaattacgtccgttagttccgttagatggtggtcgttttgcaacttca
gatttaaatgatttataccgtcgtgttattattcgtaacaaccgtttaaaacgtttagtt
gaaattaaagcgccagaagtaattttacgtaatgaaaaacgtatgttacaagaagcggta
gattcactattcgataacacacgtaaagcatctgctgttaaaacagaatctaacagacca
ttaaaatcgttatcagattcgttaaaaggtaaacaagggcgtttccgtcaaaacttactt
ggtaaacgtgtagattattctgcgcgttcggtaattgttgttggacctgaattaaaatta
tacgaatgtggtcttccaaaagatatggctgctgaactttacaaaccattcgtaattcgt
aaattaattgagcgtggtattgtaaaaactgttaagtctgctaaaaagattatagataaa
aaagagccagttgtttgggatattttagaaaatgtaattaaaggtcacccagttttatta
aaccgtgctcctacgttacaccgtttaggtatccaagcattccagcctaagttaattgaa
ggtaaagcaatccgtttacacccattagtgtgtactgcgttcaacgccgatttcgacggt
gaccagatggcggttcacttacctttaggaccagaagctattttagaagcgcaattatta
atgttagcttctcacaatatcttaaaccctgcaaatggtgcgcctattactgtaccatct
caggatatggttcttggtctttactacatgactaaagaaagaaaatctactccagaacat
ccaattctaggtgaaggtcaaattttctattcggtagaagaagttcatattgctattaac
gaaggtaaattagatcttaacgcaggtgttaaagtacgtgctaaagattttaatgaaaat
ggtgaattagtatacaaaattatttctactacagctggtcgtattttatttaacgaagta
gttccagaagcagcaggatttattaacgaggttttaaataaaaaatcgttacgtgatatt
atttcaagcatattagctaaaactgatgtaccaactacggctcagttcttagacgatatt
aaaaacatgggatatggttacgcgtttaaaggtggattatctttctctttaggtgatatc
aaaattccagaacaaaaaccagctttaattgctgatgctaacgctcaggttgatgtaatt
tctatgaactataacatggggcttattaccaacaacgaacgttacaaccaagtaattgac
gtttggacatcaacaaacgccatgttaacagaagcggcgatgcgtaatatccgtgaagac
caacaaggattcaactcagtatttatgatgcttgattctggtgctcgtggatctaaagag
cagattcgtcagttaacaggtatgcgtggattaatggctaaacctaagaaaactgctgca
ggaggtggtgaaattattgaaaacccaattttatctaactttaaagaaggtttatcaatt
cttgaatactttatctctacgcacggtgctcgtaaaggtcttgccgatacggctcttaaa
actgccgatgctggttatttaactcgtcgtttacatgatgttgctcaagatgttattgtt
aacattgaagattgtggtactttacgtggtatcgaaatcgaagcacttaagaaaaatgat
gaagttattgaatcattaggtgaaagagttttaggacgtgtagcattattagatgttgtt
aacccattaactggtgatgtaattgttgctgaagggcaattaattactgaagccattgca
aaacaaatcaacgaatctcctgttgaaaatatggaggtgcgttcaccactaacttgtgaa
gctaaaaaaggtatttgtgttaaatgttacggacgtaacttagcaacaaataacattgcg
caacgtggtgatgctgttggtgtagttgctgcacaatctattggtgaacctggtactcag
ttaacgcttcgtacattccacgttggtggggttgcaggaggtatttctgaagaatcaagc
ttactaactaaatttgcaggacgtttagaaatcgaagatttaaaaacagttaaaggtgaa
gatacagaaggtaacgttgtagatatcgttgtttctcgttctacagaatataaattagta
gatacaacaactggtattgttttaaatacgcataacattccttacggttcatcaatcttt
gtaaaagatggtgatgttgtagaaaaaggagctgttatttgtaaatgggacccatataac
ggggttatcattgcagaaacagatggtaaaattgcttatgaagatttagagcaaggacaa
acgttccaagttgagattgacgaacaaacaggttttacagaaaaagttatttctgaagca
cgtaataaaaagttagttccaactttattaatgtattctaaagacggcgaattaattcgt
tcatacaacttaccagtaggttctcacttaatggttaacgatggagaaaaaattaaatca
ggtaaaattttagttaaaattccacgccgttcatctaaagcaagtgatattacaggaggt
ttaccacgtattacagagttattagaggctcgtaacccgtcaaacccagctgtagtttca
gaaatcgatggtgtagtttcattcggtaaaattaaacgtggtaaccgtgaaatcattgtg
gaatctaaattcggtgagattaaaaaatacttagtaaaattatctaaccaaattttagtt
caagaaaatgacttcgttaaagcgggatcaccattatcagacggagcaattactcctgaa
gatattttaagaattaaaggaccatctgcggtacaacaatatttagtaaacgaaattcaa
gaagtttatcgcctacaaggggtaaaaatttctgacaagcactttgaggtagttattcgt
caaatgatgcgtaaagttagaattgaagatccaggagatacgcttttattagaagagcaa
ttagttcatactcatgattttattcttgaaaatgacaaattgtatggaatgaagtttatt
gaagatgcaggagattctgaaaacttaaaagcaggtcagattatttctgctcgcgaatta
agagatgagaattcattgctaaaacgtaacgatcaaaacttagtaattgctcgtgatgta
gttcctgcaactgcaacaccaatattacaaggtattacaagagcatcgttacaaactaag
tcattcatttctgcagcatcgttccaggaaacaactaaagtattaaacgaagcagctgta
gctggtaaagttgatagcttagaaggattaaaagaaaacgttattgttggacatagaatt
cctgccggaactggtttaagagattatgacgataccattgttggatctaaagaagaatac
aacgagttaattgcaaacaaagaaagttttaacttttaa
DBGET
integrated database retrieval system
