Flavobacterium channae: LOS89_03685
Help
Entry
LOS89_03685 CDS
T08502
Name
(GenBank) T9SS type B sorting domain-containing protein
Organism
fcb
Flavobacterium channae
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
CHU_C
PKD_5
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
UGS24381
LinkDB
All DBs
Position
848353..854955
Genome browser
AA seq
2200 aa
AA seq
DB search
MKKLLLLLVLFGFTTTIAQVTSPTCDSAQAMCSGNQGPFNNVTGTPSFGNLGCLGSTPNP
AWFYLQVGTSGNIDMTLFQTSNASGNGIDVDFIMWGPFNTLNNICNNLALYSPGYTGPNN
VVDCSYSASATEQVNIAGAVAGQYYMLLVTNFSGQAGTYTLNQTGGTGGLSCSIVCGVTL
GPDRILCGSATNVTLTANFLQAPSAAGSPVYSWFLDGVFQYTTTTNTTTVTQNGVWSVSV
TRPGCSDIATDDVLVNIVGAVPYNDIGPFSSPAGECDPIFDLTEYLDDLVAPNDPSSFTF
EFTDGMTGNVITDPANYTTNDDTTIIVLISAGSCQELTTFDLFVDCVPATCDIDLTSAAN
TANQSICLNNAIVDIVYTATGDATDASVTGLPLGLSAVYNSGVFTISGTPTETGTFNYTV
ETIGCTPNLSLSGTITINPNPVFNSLTANGPICVGADAIFDLSGTSGATVLYTIGSGPVQ
ILILDGSGNGTVTVAGATSDVTILLSEIEIGNCELALTNTATVTVSPTPAVPTITTTPPT
CSTDGFSEITNYDGTVTYTFTPAGPTVGAGGLISGMTFGTSYTVTAGNATCTSVASASFT
NVATLSVPAVPTISVDAASCSVDGGATITNYDNTLIYTFTPAGPTVGAGGVISGMTFGTS
YVVNARNGSCSSVDSASFSVDAMLITPAVPTISTTAPTCSADGFSEITNYDATATYTFTP
AGPTVGAGGLISGMIFGTSYTVTSGNGTCTSVDSASFSNAATLAVPAVPTIAITAPTCSA
DGFATITNYNAALNYTFTPTGPTVSATGTVSGMTFGTSYVVNAGNGSCSSVDSASFTVDV
MLVTPAVPTISTTAPTCSADGFSEITNYNGALTYTFTPAGPTVGAGGLISGMTFGTSYTV
TSGDGTCTSTDSASFSNAAMLATPAVPTFSVTAPTCSADGFATITNYDNTLTYTFTPAGP
TVGAGGLVSGMTFGTSYVVNASNGSCSSADTASFTVNSMLVTPAVPTIATTAPTCSADGF
STISNYDGTATYTFSPAGPTVGAGGLISGMTVGTSYTVTAGNGSCTSVASASFSNAAMLA
TPAVPTFSVTAPTCSADGFATITNYNAGLTYNFTPAGPTVGAGGLVSGMTFGTSYVVNAG
NGSCSSADTASFSVNSMLVTPAVPTITSTAPTCSADGFSTISNYDGTVTYTFTPAGPTVG
AGGLISGMTVGTSYTVTAGNGSCTSVASASFSNAAMLATPAVPTVSVTAPTCSANGFATI
TNYNAGLTYTFTPAGPTVGAGGLVSGVTFGTSYTVTAGNGSCTSAQSASFTVNSMLVTPA
VPTVSVTAPTCSANGFATITNYNAALTYTFAPVGPTVGAGGLISGMTVGTSYTVTAGNGS
CTSAQSAPFTISGVLAIPAVPTVSVTPPTCMANGFATITNYNAGLTYTFTPAGPTVGAGG
LISGMTLATSYTVTTGNGSCTSAQSSSFSISQQLPQPTIVSVTNNGPICVNGTATFTINA
TSNTQVSYSINGNAPQTVAINASGVGVVSVTGVTGSTTLSTISVSDGICSSNVVVSSTVT
LYPNTTIALVSASGTDNQTRCAGVTIDPIQYQVTGTATNVVVTGLPTGITSSYNAATGLV
TISGSANNGGAYNYTITTSGGCSPQAVANGSVTITGRPVLSYTVTNTVCDGSTLDFVLSS
NLPGTTYVWSATVSNITGDYNTTTSGTEANINQVATLNNPEAIGSITMIIVPNANGCDGT
PQTVVITVNPNPVVETVTVTDDSVCSGSNVHVEITGNISGITYTWTAFTSGVNVVGGTTS
GTITATSATTGFDLQVVTSNPLVAGTIYFEVSAIRNGCPALLIKQSNIVTVNPNPGLPIP
SPIKTICSGEGADLRVDVSPLIAGTELTWQVLTEFGVSGAADGTGVAPVTINDILTTTTN
AQGYVIYRVRSSLGDCQGGYTDFRVNVNPSPRPVLADSNICITASGEVYQTYTLNTGLND
ADYDFEWFDTNGDPIPGETSSTLVVDAAGTYSVIATNWLTGCSSDPMLGSATATVNQTMP
ATTMAVIQSEYFSDNATITITVPDGTGTLLYQLDEGSFQSSNVFTGVSAGEHTVTVIDSE
GCTYMTEVVMIIDYPNYFTPNGDGINDTWNITGLNQADAKLYIFDRYGKLLKQLSATTDS
QGWDGTYNQELLPATDYWFSLDYTENGVAKQFKAHFSMKR
NT seq
6603 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaagaaattactattattacttgttttatttggttttacaactacaatagctcaagta
acatcacctacttgtgattcagctcaggcgatgtgttctggaaatcaaggaccttttaat
aatgttaccggtactccaagttttggaaatttaggttgtctaggaagcacacctaatcct
gcatggttttacttacaagtaggtacttcaggtaatattgatatgacattatttcaaaca
tcaaatgctagtggaaatggtattgatgttgattttatcatgtggggaccattcaataca
ttgaataacatatgtaacaacttggcactttattctcctggttatacaggacctaataat
gttgtagattgtagttattcggcttctgcaacagagcaagttaatattgctggtgcagtt
gctggtcaatattatatgttgttagttaccaatttttctggtcaagcaggaacttatact
ttgaatcagactggtggtacaggtggtcttagttgtagtattgtttgtggtgtaacttta
ggtcctgatagaattttatgtgggtctgctacaaatgtaactttaactgctaatttttta
caagcgccatcagctgctggttctccagtatattcttggtttttagatggtgtatttcaa
tatacaacaacaactaatacaactactgtaactcagaatggggtatggagtgtgagtgtt
acacgacctggttgttcagatattgcaacggatgatgttttggtaaatattgttggagca
gtaccttataatgatattgggcctttttcaagtccagcaggtgagtgtgatccaatattt
gatttgacggaatacttagatgatttggttgcgccaaatgatccttcgagttttacattt
gaatttactgatggtatgactggtaatgttattactgacccagcgaattatactactaac
gatgatacgacaattattgttcttatatcagcaggatcttgtcaggaattaacaactttt
gatttatttgtagattgtgttccagcaacttgtgatatcgatttaacatcagctgctaat
acggctaatcaatcaatatgtttaaataacgctattgtagatattgtttatacagctaca
ggtgatgcaacagatgctagtgtgacaggtttaccattagggttgtctgcagtttataat
tctggggtatttaccattagtggaactccaacagaaactggaacttttaattatacagtt
gaaacaattggttgtactcctaatttatctttaagtggtactattacaattaatcctaac
cctgtttttaattctttaactgcaaatggacctatttgtgtaggtgctgatgcaattttt
gatttatcaggtacatctggagcaactgttctttatacaataggttcgggtccagtacag
attttaattttagatggttcaggaaatggaacagttactgttgctggtgcaacttcagat
gtaactattttattaagtgaaattgaaattggaaattgtgaacttgcgttaacaaataca
gcaactgttacagtttcgcctactccagcagtcccaactatcactactacacctccaaca
tgttcgacagatggttttagtgaaattactaattatgatggtacagtaacttataccttt
actccagcagggccaactgtaggagcaggaggtttaatatctggaatgacatttggaact
tcttatactgttacggctggtaatgcaacttgtacttcagtagcttcggcctcatttaca
aacgttgctacattatctgttccagcggttccaacaattagtgttgatgcagcttcttgt
tcagtagatggaggtgctacaattacaaattatgataatacattaatatatacatttact
ccagcgggaccaacagtgggagctggtggggtaatttccggaatgacatttggtacaagt
tatgtagttaatgctagaaatggaagttgttcttctgtagattcagcttcattcagtgtt
gatgcaatgttgattactccggcagtaccaacaatttcgacaactgcaccaacatgttcg
gctgacggttttagtgaaatcactaattacgatgctacagctacttatacctttactcca
gcaggaccaacagtgggagcaggaggattaatttcgggaatgatatttggtacttcttat
acagttacatctggaaatggaacatgtacatctgtagattctgcatcatttagtaatgcg
gctacattagctgttccggcagtgccaacaattgcaataactgcaccaacttgttcagcc
gatggatttgctactattaccaattataatgcagctttaaactatacttttacacctact
ggtccaacagtaagtgcaacaggaacagtttcaggaatgacatttggtacaagttatgtt
gttaatgctggaaatggaagttgttcttctgtagattcagcatcgtttactgttgatgta
atgttggttactccagcagtcccaaccatttcgacaacagcaccaacatgttcggcagat
ggtttcagtgagattaccaattacaatggggctttaacatatacatttactccagcagga
ccaacagttggagcaggagggttgatttcaggaatgacatttggtacttcttatactgtt
acttcaggagatgggacatgtacatctacggattcagcttcatttagtaatgcggctatg
ttagctacaccagcagtaccaacatttagtgttacagcaccaacgtgttcggcagatggc
tttgcgacaattacaaattacgataatacattaacatatacttttacaccagcaggtcca
acagttggagcgggtggattagtttcaggaatgacatttggaacaagttatgtggttaat
gcatcaaatggaagttgttcttctgcggatacagcatcatttacagtaaactcaatgttg
gttactccagcagtgccgactattgctacaacagcgccaacatgttcagcagatggtttt
agtactatttcaaattatgatggtacagcaacttatactttttctccagcaggaccaaca
gttggagcgggaggattgatttcaggaatgacagttggaacatcatatacagtaactgca
ggaaacggaagttgtacttcagtggcttcagcatcatttagcaatgcagctatgttagct
acaccagcagtaccaacattcagtgtaacagcaccaacatgttcagctgatgggtttgca
acgattaccaattataatgcaggtttaacctataactttactccagcaggaccaacagtt
ggagcaggaggattggtttcgggaatgacatttggaacaagttatgtggttaatgctgga
aatggaagttgttcttctgcggatacagcgtcgttttcagtaaactctatgttggttact
ccagcagtaccgactattacttcaacagcaccaacatgttcagcggatggtttcagtact
atttcaaattatgacggtacagtaacctatactttcaccccagcaggaccaacagttgga
gcaggaggattgatttcaggaatgacagttggaacatcatatacagttacagcgggtaat
ggaagttgtacttcagtggcttcagcatcatttagcaatgcagctatgttagctacacca
gcagtaccaacagttagtgttacggcaccaacgtgttcagcaaatggttttgcaacaatt
accaattataatgcaggtttaacctatacttttactccggcaggcccaacagtaggagca
ggaggattagtttcaggagtaacatttggaacatcatatacagtaactgcaggaaacgga
agttgtacttcagcacaatcagcatcgtttacagtaaattcaatgttggttactccagct
gttccaacagttagtgttacagcaccaacatgttctgcaaatggctttgcaacgattacc
aattacaatgcagctttaacatatacttttgctccagtaggaccaacagtaggggctgga
ggattgatttcaggaatgacagttggaacatcatatacagttacagcaggtaatggaagt
tgtacttcagcgcaatcagcaccatttacgatttcgggagttttagctataccagcagta
ccaacagttagtgtaacaccaccaacgtgtatggcgaatggttttgctacgattaccaat
tataatgcaggtttaacctatacttttactccagcaggcccaacagtgggagcgggagga
ttgatctcagggatgactctagcaacatcttatacagttacgacaggtaatggaagttgt
acttcagcacaatcatcatcgtttagtatatcacaacaattgccacaaccaacaattgta
agtgttactaataatggacctatctgtgttaacggaacagcaacatttacaataaatgca
acgtctaatacacaagtaagttatagtattaatggaaatgcaccacaaacagttgcaatt
aatgcatcaggagttggagtggtttcggttacaggagttacaggtagtactacattgagt
acaataagcgtgtcggatggtatctgctcttcaaatgtagttgtgagttcaactgttacg
ttatatccaaacacaactattgcattagtttctgcatcaggaactgataatcaaacaaga
tgtgcaggagttactattgatccaattcaatatcaagtaacaggaacagcaacaaatgtg
gtagttactggtttacctacaggtattacttctagttataatgcagctacaggtttggtt
acaatttctgggtctgctaataatggaggtgcttataattatacaattactacttcagga
ggatgtagtcctcaggctgtagcaaatggttctgtaacgataacaggtcgtccagtattg
agctatacggtaactaatacagtatgtgacggaagtactttagattttgtactaagtagt
aatttaccaggtacaacctatgtttggagtgcaacagtatcgaatatcacaggagattat
aatactactacaagtggtacagaagctaatattaatcaagtagcaacattaaataatcca
gaagctattggaagcataacaatgattattgttccaaatgccaacggatgtgatggaact
cctcaaacagttgtaataacagtaaaccctaatccagtggttgaaactgttacagtaacc
gatgattctgtttgttcagggtcaaatgtacatgtggaaattacaggtaacattagtggt
attacctacacttggacagcatttacaagtggtgttaatgttgtaggaggaactacatct
ggaacaataacagctacatcggctacaacaggattcgatttgcaagtagttacaagtaat
ccattagttgcaggaacgatttattttgaagtaagtgcaattcgcaacggatgtcctgca
ttattaattaaacaaagtaatattgtaacggttaatccaaatccaggcttaccaattcct
tcaccaatcaagacaatttgtagtggagaaggagcagatttacgagttgatgtttcaccg
cttattgcaggaactgagttaacatggcaagtattgacagaatttggtgtttcaggagca
gctgacggaacaggagtggcaccagttacaataaatgatattttaacaactacaacaaac
gcacaaggatatgttatttaccgagttcgttcgagtttaggagattgtcaaggaggttat
acagactttagagtaaatgtaaatccgtcaccacgaccagtattagctgatagcaatatt
tgtatcacagcatcaggagaggtatatcaaacgtatacattaaatacagggttgaatgat
gcagattatgattttgaatggtttgatacaaatggtgatccaattccaggagaaacaagt
tcaactttagtagtagatgctgcaggaacgtatagtgtaatagctacaaactggttaaca
ggatgttcttcagatccaatgttaggttcggcaacagcaacagtaaaccaaacaatgcca
gcaacaacaatggcggtgattcaaagtgaatactttagtgataatgctactataacgata
acagtaccagatggaacaggaacattattgtatcagttagatgaaggatcattccaatca
tcaaatgtatttacaggagtaagtgcaggagagcatacagtaaccgttatcgattcagaa
ggatgtacctatatgactgaagtagtaatgataattgattatccaaactacttcacgcca
aatggagatggtatcaacgatacatggaacataacaggattgaatcaagcagatgctaaa
ttgtacatttttgaccgttatggtaaattattaaaacaattaagtgcaacaacagatagt
caaggttgggatggaacatataatcaagaattgttaccagcaaccgattattggttctca
ttagattacacagaaaatggagtcgctaaacaatttaaagcgcatttttcgatgaaacga
taa
DBGET
integrated database retrieval system