Francisella halioticida: CDV26_01320
Help
Entry
CDV26_01320 CDS
T04972
Symbol
rpoB
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta
KO
K03043
DNA-directed RNA polymerase subunit beta [EC:
2.7.7.6
]
Organism
fha
Francisella halioticida
Pathway
fha03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
fha00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
CDV26_01320 (rpoB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
fha03021
]
CDV26_01320 (rpoB)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
fha03400
]
CDV26_01320 (rpoB)
Enzymes [BR:
fha01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
CDV26_01320 (rpoB)
Transcription machinery [BR:
fha03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
CDV26_01320 (rpoB)
DNA repair and recombination proteins [BR:
fha03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
CDV26_01320 (rpoB)
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb2_6
RNA_pol_Rpb2_1
RNA_pol_Rpb2_3
RNA_pol_Rpb2_2
RNA_pol_Rpb2_45
RNA_pol_Rpb2_7
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ASG67205
UniProt:
A0ABM6LX34
LinkDB
All DBs
Position
235615..239691
Genome browser
AA seq
1358 aa
AA seq
DB search
MSYSYAEKKRIRKEFGDLPHILDVPYLLSIQTESYKKFLNAAEAKGRLHSGLELVLKQSF
PVESKNGQYELHYVDYQIGEPSFDETECQVRGATYDAPLNVKLRLVVYNKEALPSEKIVE
DIREEYVYMGDIPLMTTNGTFIINGTERVVVSQLHRSPGVFFSKDDSEEGVFSARIIPYR
GSWLDFEFDAKGIVWARIDRKRKFCATVILKALRYTQEEILENFSDSKTITFDNKGFALK
LDDLPSMKGELLKFDIVGDQGKTIVKKNKKLTSRDIKKIKDAKIDSVAIDFDLVSTLRVA
KDIVNEATGEVIACANDDVTENLLDACVSVGMLELEVIDFITTEKGRYISDTLKYDLTKN
TDEALVEIYKVLRPGDPPAAASVKALFEGLFFIESRYSLSDIGRMKLNARLDSDKVSKDI
YTLENSDIVGVLEELINIRDGKGKVDDIDHLGNRRVRSVGEMVENQFRIGLYRVEKGIRE
SMSLVHKDKLMPKDIVNSKPITAAIKEFFTSGALSQFMDQDNPLSEVTHKRRISALGPGG
LSRDRAGFEVRDVHATHYGRLCPIETPEGPNIGLINSLASYSRVNDFGFLEAPYRKVVAG
RVTDEIEYLSAIDEDNYVIAQASTELDKDNHFVEDLIQCRSGGEAIFTESSRVQYMDVSA
KQMVSAAAALIPFLEHDDANRVLMGANMQRQAVPTLKADKPLVGTGMEKIVARDSGNCII
AKNAGQIAEVDSNRIVIKVDTSKSKDNKLVDIYSLTKFKRSNKNTCINQRPIVNVGDKVE
AGDILADGFATDFGELSLGHNLMVAFMPWNGYNFEDSILLSERIVKDDKYTSIHIEEFTC
VARDTKLGPEEITSDIPNVSELGLAKLDESGIVHIGANVEAGDILVAKITPKAEQQLTPE
ERLLRAIFNEKASNVADSSLRMPSGTSGTVINVQVFENDKGGKSLRALQIEKELIDKARK
DFDEEFAVIESVVRSSVENDIVGAKLQKAKGLKKGAVLTKEFLEKLPFAKWLEISFEDKK
LNDRVEKAKEYYDEAKIAVDAKFEVKKKSITQSNELSPGVIKTVKVFVAIKKRIQPGDKM
AGRHGNKGVVSRVLPVEDMPYMEDGTPVDVCLNPLGIPSRMNIGQILEAHLGLASYGLGK
RIEETLEQTKKVAELRKTLEEVYNSVGNKKVDLESLSDEEVLTLCENLKDGVPIATPVFD
GAKEEDIKSLLKIGGFASNGQMKLFDGRTGQSFDRHVTVGYMYMLKLDHLVDDKMHARST
GSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALQAYGAAYTLREMLTVKSDDIAGRSKMYKNI
VDGKLTMNVDVPESFNVLRNEVRALGIDMDFDYSSEEE
NT seq
4077 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcttactcatacgctgagaaaaaaagaattcgtaaagagtttggggatcttcctcat
atcttagatgtaccatatttactttcgattcagacagagtcttataaaaagtttttaaat
gctgccgaagctaaaggtaggcttcactctggtcttgaattggtgcttaagcaatctttt
ccggtagaaagtaaaaatggtcaatatgaacttcattatgttgattaccaaataggtgag
cctagttttgatgaaacagagtgtcaagtgcgtggtgcgacttatgatgctccgttaaat
gtaaaattaaggttagttgtatataataaagaagctcttccaagtgagaaaatagtagaa
gatattagggaagagtatgtgtatatgggcgatatcccattaatgacaacaaatggtacg
tttattattaatggtacagaaagagttgttgtatcccagttacatagatcaccaggagtc
ttttttagtaaagatgattcagaagagggtgtattttcagcacgtattattccatataga
ggatcttggcttgactttgagtttgatgcaaaaggcattgtatgggctagaattgataga
aaaagaaaattctgtgcaacagtcattttaaaagctcttagatatacacaagaggaaata
ttagagaatttctctgatagtaaaactattacgtttgataataaaggttttgcccttaag
ttagatgaccttccaagtatgaagggagagttacttaagtttgatattgtaggagatcaa
ggtaaaacaatagttaagaaaaataaaaaacttacgtctagagatattaaaaaaattaaa
gatgcaaaaattgactcagttgctatagactttgatttagtaagcactcttagagttgct
aaagatattgttaacgaagctactggtgaagttattgcttgtgcaaatgacgatgttact
gagaatttattagatgcatgtgttagtgttggcatgcttgagttagaagttatcgatttt
ataaccactgagaaaggtaggtatatctctgatactttaaagtatgatcttacaaaaaat
actgatgaagctttggttgaaatctataaggtcttaagacctggagatcctccggcagca
gcatcagttaaagcgttatttgaaggtttgttttttatcgaaagcagatatagtttatct
gatattggtagaatgaaactaaatgcaagattagattcagataaggtttctaaagatatt
tataccttagaaaatagtgatattgtgggtgtattagaagagctaattaatattcgtgat
ggtaaaggtaaagttgatgatattgatcacttaggtaacagacgtgtacgttctgttggt
gagatggttgaaaaccaatttagaataggtctttaccgtgtagagaagggtatccgtgaa
agtatgtctttagtacataaagataaacttatgcctaaagatattgtaaattctaaacca
attacagctgctattaaagagttctttacatctggtgctttatcacagtttatggatcaa
gataatccattatcagaggttacacataaacgtagaatctctgcgttaggcccaggtggt
ctatcacgcgatagagcgggttttgaggttcgtgatgtacatgcaactcactatggtaga
ttatgcccaattgaaactccagagggtccaaacattggtcttatcaattcgttggcaagt
tattctagagtaaatgactttggtttcttagaagcgccatatagaaaagttgttgctggt
agagtcactgatgagattgaatacttatcagctattgatgaagataattatgtaattgct
caggcatcaacagagcttgataaagataatcattttgttgaagatcttattcagtgtcgt
tcaggtggtgaagcaatatttactgaatctagcagagttcaatacatggatgtttctgct
aagcagatggtttcagcagctgcagcattaatacctttcctagagcatgatgatgctaac
agggtattaatgggtgcaaacatgcaacgccaagctgtaccaactcttaaagcagataag
cctttagttggaactggtatggagaaaattgttgctagagattctggtaactgtatcatt
gcaaaaaatgctggccagattgctgaagtagattcaaataggatcgtaattaaagtagat
actagcaagtctaaagacaacaagttagtggatatttatagcttaactaaattcaagcgt
tcaaataaaaatacttgtattaaccaacgtccaatagttaatgttggtgataaagttgag
gctggcgatatcttggcagatggttttgctacagattttggtgagctatctcttggtcat
aacctaatggtcgcttttatgccatggaacggttataactttgaggattcaattttactg
tcagaaaggatcgtaaaagatgataaatatacaagtatacatattgaagagtttacttgt
gttgctcgtgatactaagcttggtcctgaggagataacttcagatattcctaacgtaagt
gaattaggtttggcaaagcttgatgagtcaggaattgtacatattggtgctaatgttgaa
gcaggtgatattcttgtggctaaaattacaccaaaagctgagcaacagttgactccagaa
gaaagacttttaagagctatttttaatgagaaagcttcaaatgttgctgatagttcatta
agaatgccaagtggtacttctggtacagttattaatgttcaggtttttgaaaatgataaa
ggtggtaaaagcttaagagcactccaaattgaaaaagagttaatagataaagctcgtaag
gattttgatgaagagtttgctgtaattgaatcggtagttagatcttcagtagaaaatgat
attgttggtgctaagcttcaaaaagctaaaggtcttaagaaaggagctgttctaactaaa
gaattcctagaaaaacttccgtttgctaaatggctagagatatcttttgaagataaaaag
cttaatgatagagtagaaaaagctaaagagtattacgatgaagcaaaaatagcggtagat
gctaaatttgaagttaagaagaaatctattactcaaagtaatgaactgtctcctggtgtg
attaaaacagttaaagtttttgttgctatcaaaaaacgtattcagccaggtgataaaatg
gctggtagacatggtaacaaaggtgtagtatctcgtgtactacctgttgaagatatgcca
tatatggaagatggtactcctgtagatgtttgtctaaaccctctaggtattccatctcgt
atgaatattggtcagattcttgaagcacatttaggcttagcatcttatggtctgggtaaa
cgaattgaagaaactctagagcagactaaaaaagtagctgaactaagaaaaaccttagaa
gaagtttataatagtgttggtaataaaaaagttgacctagaatctttaagtgatgaagaa
gtattaactctttgtgaaaacttaaaggatggtgtaccaattgcgactcctgtgtttgat
ggtgctaaagaagaagatattaaatctttactgaaaataggtggttttgcaagtaatggt
cagatgaaactttttgatggtcgtactggccagtcatttgatagacatgtgacagttggt
tatatgtatatgttgaaacttgatcacttagtagatgataagatgcatgctagatcaaca
gggtcttatagtttagttacgcagcaacctctaggtggtaaagcacagtttggtggtcaa
agattcggtgagatggaagtttgggcattacaagcatacggtgctgcttatacgttaaga
gaaatgttaacagttaaatcagatgatatagctggtagatctaaaatgtataagaatata
gttgatggtaagttgactatgaatgttgatgttccagaatcgtttaatgttttaagaaat
gaagttagagcattgggtatagatatggattttgactattcatctgaggaagaataa
DBGET
integrated database retrieval system