Flavobacterium pectinovorum: Q1W71_09000
Help
Entry
Q1W71_09000 CDS
T09245
Name
(GenBank) T9SS sorting signal type C domain-containing protein
Organism
fpec
Flavobacterium pectinovorum
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
DUF8696
DUF8694
Glyco_hydro_123_N_2
Gly_rich_2
PKD_4
KH_N4BP1_2nd
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
WKL49906
LinkDB
All DBs
Position
complement(2166889..2171913)
Genome browser
AA seq
1674 aa
AA seq
DB search
MRLKLCLLLVFIITFSWAQTTKTFVTNGAFPVPNGVTSINVSAWGGGGSGGGASGAGLLL
GRGAAGGGGGAFASSTLTVTPGANLNVVVAGQTLGASGANGTAGGNSTITGYESLFLAAG
GSGGGGNNAGGTPVGGIGGTVANSKGTVRFAGTSGGNGSTSLLSLLLSSGAGGAGGNAGG
AGGASLSSLILGTAPGNAGSSPGGGGGGAINSALGAAQVGGTGAAGQLTISYTCPTYNVT
STTATNVCASNGTTSTVTLTSGASSLPVGNYVVTYNRSNPSATALTANLTVSTAGTGVFT
AVGLNTVGSSTITVTKITSQSCSSTINANNTATVIISPATVAGTVTGGTTINAGSTSGLL
TLSGHTGSVVKWQSAVSPFTTWVDIANTNTTYTSGTLTATTQFRAVVQSGACAAVNSAAT
TVTVVPLPTITGLAANSVCTSDDAQSTALSYSATTGSPITYSIVWNSSPANSFTAVTDAV
LPSSPITIAVPAEAAAGTYTGTLTVKNANGGISTGSVFTVTINETPTIISDGVFSLICAN
GNSQTSTLFYVASFGNPTSYALDWNNAANAALLADIPDTSYNFASSGGVQIQIPANALPG
TYNGSFIVKNGSCSSASTVTITIIGQAVGGTVTGGTTINSGETSGLLTLSDHTGSVVKWQ
SSVSPFTTWEDIDNTNTTYTSGVLTETTQFRAVVRNGFCPVVNSAATTVTVEDLPTIEII
STTSACSSAVEQEVLLVYGETTGSPITYSIVWDSSPLNSFAAVIDKPLSGGTVQFIEITV
PPGTTAGTYTGTLTVKNANGGTSAGSIFTVTVNATPTLTTDEEFSVVCAGSASVSALTYT
ASSGNATSYAIDWDNAANEAFLSDIPDTLQNFDPDGGKIEIAIPANALPGTYEGLFTLEN
EFCSSQYPVTITIFPATVGGTVIGGTTINPGETSGLLKLIDHTGFVLKWQSSVSPFTTWV
DIANISSIYFSEPLTETTQFRAVVRSGNCEIVSSEPTTVTVEDLPTITISDGTFPICPAD
EERVTNLYYSETTGSPVTYSIVWDSSPANSFAAVTDAALPESPIGIHVPAGTEEGSYTGT
LTVKNASGVVSTGSSFTVTINEKPTITTDGTISPVFTSTNSQITSLTYAAVTGNPIGYYI
EWDVFSGNSPMQNQGTTSFTFAPGGGVINTIEVSPNVPPGTYIGSLVIYNGTCISAAQEV
SIVINPEAPTITAAESTDAVCSRVSAQGAALSYSATTGSPVTYSIVWDSSPTNSFAAVTD
AALPASPIKINVPGGTAEGTYTGTLTVKNASGVSSAGSLFTVTVNPLPTITTNGEITPVF
TSTSSQTTSLAYTAVTGNPTEYSVKWNVISTNSPIQNQGLTPFTAAPGGGVINTIEISPN
VPSGTYVGLLTIYSGTCKTDLAVTIQVNDVVLPPTITVAESTNAVCSSDNAQGAALSYSA
TTGSPVSYSIVWDSSPVNSFAAVTDAALPASPIKINVPGGTAGGTYTGTLTVKNASGISS
SPYSISVTVNEVAVIISTTPQTSGSLGSIFVENLPEGNSLVAISPGGTIYESNTGSLLIA
DLTSGTYLLKILSEQGCDQDITVGVPYQFFAPENPASANNTISIASKNKVINVETLNENI
DEVLVYDMSGSLLYKKEKIGDSKLVIDNLTNRHQILIVKVVLDNNRTETKKVSY
NT seq
5025 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagactaaaattatgtttattgctcgtttttattattactttttcctgggcgcagacc
acgaaaacatttgtcaccaatggagcatttcctgttcctaatggtgtaacttctattaat
gtaagtgcatggggcggaggaggatccggcggaggtgcgagcggtgccggattgctttta
ggaagaggtgctgccggtggaggtggaggtgcctttgcaagctccacacttacagttact
ccaggagctaacttaaatgtagtggtggctggtcaaactttgggagcttccggagctaat
ggcacagctggaggcaattctactattacagggtatgaatctttatttctagccgccgga
ggttcaggtggaggaggaaacaatgcaggtggaacacctgttggtggcattggaggaaca
gttgccaattctaaaggaacagttcgttttgcaggaacttcaggaggcaatggtagtaca
tcactattatcattattgctttcttcaggagctggtggagctggtggtaacgcaggaggt
gcaggaggtgcatcgttatcgagtttaattctgggtactgcacccgggaatgctggttca
tctccaggtggcggtggcggtggggcaataaattctgcattaggtgccgctcaagttgga
ggaactggtgcggcaggtcagctaactatttcttatacgtgtccaacttataatgttacc
agtacaacagccactaatgtgtgtgcttctaatggtacaacatcaacagtaacgttaact
tctggcgcatcatcattaccggttggtaattacgtagtgacttataacagaagtaatccc
agtgctacagcattaacagcaaatttaacagtgagcacagcaggaaccggtgtttttaca
gcagtaggattaaatactgtgggttccagcacaataacagtaaccaaaattacttctcag
tcttgttcttcaactattaatgctaataatacagccacagtaattatttcgcctgcaaca
gttgcaggaacagtaactggcggaacaacaattaatgcaggaagcacaagtggtttgtta
actttatcaggccatacaggatctgttgttaagtggcagtcagctgtaagtccgtttacg
acatgggttgatattgcaaatacaaatacaacttatacttcaggaacattaacagcaact
acgcaatttagagcagttgttcagagtggtgcttgtgctgcagtaaattctgctgcaaca
acggttacagtagtgcctttacccactataacgggattagctgcaaatagtgtatgtacg
agtgatgatgcacaaagtacagctctaagttacagtgcaacaacgggatctccaattacc
tatagtatagtttggaattcttctcctgcaaatagctttacagctgttacagatgcagta
ttgccatctagtccaattacgattgcagttcctgccgaagctgccgccggaacttatacc
ggaacattgactgtaaaaaatgcaaacggtggtataagtacaggttcagtttttactgta
actataaatgaaactcctacaattatatcagatggagtattttctctaatttgtgcaaac
ggcaattcacaaacatcaactttattttatgttgcttcttttggtaatcctacaagttat
gcccttgattggaataacgcagcaaatgcagctttgttagcggatatccctgatacttca
tataattttgcttcaagtggaggagtccaaatccaaatacctgcaaatgctttaccggga
acctataacggatcatttatagtaaaaaatggatcttgcagttctgcatctacggtaacc
ataacaataattgggcaagctgttggaggaacagtaactggcggaacaacaattaattcg
ggagaaacaagtggtttactgactttatcagaccatacaggatctgttgttaaatggcag
tcatcagtgagtccgtttacgacctgggaagatattgacaatacaaatacaacttacact
tcaggagtactaacagaaactacacaatttagagcagttgtacgaaatggattttgtccg
gttgtaaattctgctgcaacaactgtaacggtagaggatttacctactatagagataata
tcgacaactagtgcatgttcgagtgcagtagagcaggaggtactgttagtatatggtgaa
acgaccgggtctccaattacatacagtatagtatgggattcttctcctttaaacagtttt
gcagcggttattgataaaccattgtctgggggcactgttcagtttatcgagattactgtt
ccaccaggtactactgccggaacttataccggaacattaactgtaaaaaatgcaaacggg
ggtacaagtgcaggttcaatttttactgtaactgtaaatgcaactccaacacttacaaca
gacgaagaattctctgtagtttgtgcaggtagcgcttcggtatctgctttaacatatact
gcttcttccggaaatgctacaagttatgctattgattgggacaatgcggcaaatgaagcc
ttcctttcagatattcctgatacattacaaaattttgatccagatggaggaaaaatcgaa
atagcaataccagcaaatgctttgccgggaacctatgaaggattatttacattagaaaat
gaattttgcagttctcaatatccggtaaccataacaatattcccagcaactgttggcgga
acagtaattggtggcacaacaattaatcctggtgaaacaagtggtttactgaaattaatt
gatcatacaggattcgttcttaagtggcagtcatctgtaagcccgtttacgacatgggtt
gatatcgcaaatataagttctatttatttttcagaaccattaacagaaactacacaattt
agagctgttgtacgaagtggtaattgtgaaattgtaagttctgagcccacaactgtaacg
gtagaggatttgccaactattaccatatcagacggaacctttcctatttgtccagctgat
gaagaacgagtaacaaatttatattatagtgaaacaacgggttctccagttacttatagt
attgtttgggattcttctccagcaaatagttttgcagcagttacagatgcagcattacct
gaaagtcctatcggtattcatgttcctgcgggaactgaagagggatcttataccggtaca
ttgactgtgaaaaatgcaagtggcgtagttagtacaggctcatcttttactgtaactata
aatgaaaaacctacaattacaacagatggaacaatctccccagtttttacaagtacgaac
tcgcaaattacatcattaacatatgctgcagttacaggaaatcccataggatattatatt
gagtgggacgttttttcaggtaatagtccaatgcaaaatcaaggtacaacttcattcact
tttgctcccggcggaggtgtaataaatacaattgaagtatctcctaatgttccgcctgga
acctatattggaagtttggttatttacaatggaacttgtatctcagcagctcaggaagta
tcaatagtaattaaccctgaagcacccactataacagcagcagaatcaacagatgctgtt
tgttcaagagtttctgcgcaaggagcagcattaagttatagtgcaactacaggttctcca
gttacttatagtattgtttgggattcttctccaacaaatagttttgcagccgttacagat
gcagcattacctgccagtccaattaagattaatgtgcctgggggaactgctgagggaact
tataccggaacattgactgttaaaaatgcgagtggtgttagtagtgcaggctcacttttt
acagtaactgtaaatccacttcctacaattacaacaaatggagaaattacaccggttttt
acaagtaccagttcgcaaacaacatcattagcatatactgcagttacaggaaaccctaca
gagtattctgttaaatggaatgttatttccactaacagtccaatacaaaaccaaggttta
actccattcactgcagctccaggcggaggcgtgataaatacaattgaaatatctccaaat
gtcccgtcaggaacctatgttggactactgactatttatagcggaacttgtaaaacggat
ctagcagtaacaatacaagtgaatgatgtagtactaccaccaacaataacagtagcagaa
tcaacaaatgctgtttgttcaagcgataatgcgcaaggagcagcgttaagctacagtgca
acaacaggatctcctgtctcttatagtattgtttgggattcttctcctgtaaatagtttt
gcagccgttacagatgcagcattacctgccagtccaattaagattaatgtgcctggggga
actgctgggggaacttataccggaacattgactgttaaaaatgcgagtggtataagcagt
agtccatattctatatctgtgactgttaatgaagtagccgttataatttcaactacacca
caaacatccggatctttgggaagtatttttgtagaaaatttacctgagggtaattcgttg
gtagcgattagtccaggcggaacaatttacgaatcaaatacaggttctttactaattgct
gatttgacatcgggcacttatcttctaaaaatactttcagagcaaggttgtgatcaggac
ataacagttggtgttccttatcaattttttgcaccagaaaacccagcatcggcaaacaat
acaatttcaatagcttctaaaaacaaagtgattaacgttgaaactttaaatgaaaatatt
gatgaggtccttgtttatgatatgtcaggtagtttactctacaaaaaagagaaaattggc
gattcaaaattggttatagataatttaactaaccgtcatcagattttgatagtcaaagtg
gttttagataataatcgaactgagacaaaaaaagtaagttattaa
DBGET
integrated database retrieval system