| Entry |
|
|---|
| Name |
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase, beta subunit
|
|---|
| KO |
|
|---|
| Organism |
fph Francisella philomiragia subsp. philomiragia ATCC 25017
|
|---|
| Pathway |
|
|---|
| Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:fph00001]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
Fphi_1046
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:fph03021]
Fphi_1046
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:fph03400]
Fphi_1046
Enzymes [BR:fph01000]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
Fphi_1046
Transcription machinery [BR:fph03021]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
Fphi_1046
DNA repair and recombination proteins [BR:fph03400]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
Fphi_1046
|
|---|
| SSDB |
|
|---|
| Motif |
|
|---|
| Other DBs |
|
|---|
| LinkDB |
|
|---|
| Position |
1130400..1134476
|
|---|
| AA seq |
1358 aa
MSYSYAEKKRIRKEFGVLPHILDVPYLLSIQTESYRKFLNADDAKGRLHSGLELVLKQSF
PVESKNGQYELHYVDYQIGEPTFDETECQVRGATYDAPLNVKLRLVVYNKEALPSEKVVE
DIREEYVYMGDIPLMTTNGTFIINGTERVVVSQLHRSPGVFFSKDDSEEGAFSARIIPYR
GSWLDFEFDSKGIIWARIDRKRKFCATVILKALGYTQEEILNRFSDSKTISFNNKGFALK
LDDLSSMKGEVLKFDIIDEKDNTIVKKNKKLTSRDIKKIKDAGVDSVAIDFDLVSTLRVA
KDIVNEATGEVIAYANDDVTENLLEACVEAGMLELEVIDFITTERGRYISDTLKYDLTKN
TDEALVEIYKVLRPGDPPAAASVKALFEGLFFIESRYSLSDIGRMKLNARLGSDNVSKDI
YTLENSDIVGVIEELINIRDGKGKVDDIDHLGNRRVRSVGEMVENQFRIGLYRVEKGIRE
SMSLVHKDKLMPKDIVNSKPITAAIKEFFTSGALSQFMDQDNPLSEVTHKRRISALGPGG
LSRDRAGFEVRDVHATHYGRLCPIETPEGPNIGLINSLASYARVNDYGFLEAPYRKVVNG
KVTNEIEYLSAIDEDHYVIAQASTKLDKNNHFVEDLIQCRSGGEAIFTESSRVQYMDVSA
KQMVSAAAALIPFLEHDDANRVLMGANMQRQAVPTLKSEKPLVGTGMEKIVARDSGNCII
ARNAGEIAEVDSNRIVVKVDTEKSKTSKLVDIYSLTKFKRSNKNTCINQRPIVNVGDKIE
AGDILADGFATDFGELSLGHNLMVAFMPWNGYNFEDSILLSERIVKDDKYTSIHIEEFTC
VARDTKLGPEEVTADIPNVSESSLAKLDESGIVHIGANVEAGDILVAKITPKAEQQLTPE
ERLLRAIFNEKASNVADSSLRMPSGTSGTVINVQVFENDKGGKSKRALKIEKELIDKARK
DFDEEFAVIESVVKSSIETDVIGAKIQKAKGLKKGAVLTKEFLATLPFSKWLEISFEDEK
LEQKVQNAREYYEEAKIAVDARFEAKKKSIMQSNELSPGVLKTVKVFVAIKKRIQPGDKM
AGRHGNKGVVSRVLPVEDMPYMEDGTPVDVCLNPLGIPSRMNIGQILEAHLGLASYGLGK
KIEQTLEKTRKAAELRKTLEEVYNSVGDKKVDLKALNDEEILNLCENLKGGVPIATPVFD
GAKEEDIKSLLKIGGFATNGQMKLFDGRTGKPFDRHVTVGYMYMLKLDHLVDDKMHARST
GSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALQAYGAAYTLREMLTVKSDDITGRSKMYKNI
VDGKLTMNVDVPESFNVLRNEVRALGIDMDFDYSSEEE |
|---|
| NT seq |
4077 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgtcttactcatacgctgagaaaaaaagaattcgcaaagagtttggggttcttcctcat
atcttagatgtgccatatttactttccattcaaacagagtcttatagaaaatttttaaat
gcagatgatgcaaaaggtagacttcactctggtcttgaattagtgcttaagcaatctttt
cctgtagaaagtaaaaatgggcaatatgaacttcattatgtcgattatcaaattggtgaa
cctacttttgatgaaacagagtgtcaggtacgtggtgctacatacgatgctccattaaat
gtgaagttaagattggttgtatataacaaagaagcccttcctagcgaaaaagtggtagag
gatattagagaagaatatgtctatatgggcgatattcctcttatgacaactaatggtact
tttataattaatggtacagaaagggtagttgtatcacagttacatagatcacctggtgta
ttctttagtaaggatgattcagaggaaggtgcgttttcggcacgtattattccttacaga
ggttcatggcttgattttgagtttgactcaaaaggtattatatgggctagaatcgataga
aaaagaaaattttgcgctacagtaattttaaaagctcttggatatacgcaagaggaaata
ttaaatagattctctgatagtaagacaattagttttaataataaaggttttgcacttaag
cttgatgatctttctagtatgaaaggtgaagtgcttaagtttgatattattgatgaaaaa
gataatacaattgttaagaaaaataaaaaattaacatctagagatattaagaaaatcaaa
gatgcaggagttgattctgtagcgattgattttgatttagttagtactcttagagtggca
aaagatatcgttaatgaagctacaggtgaagtgatagcttatgctaatgacgatgttaca
gaaaatttattagaagcatgtgtagaagcgggcatgcttgaattggaagttattgatttt
ataactaccgaaagaggtagatatatatcagataccctaaaatatgatcttactaaaaat
acagatgaagcacttgtagaaatatataaggttcttagacctggtgatcctccagcagca
gcttctgtaaaagcgctatttgagggactattcttcattgaaagtagatatagcttatct
gatataggtagaatgaagctaaatgcaagattgggttctgataatgtatctaaagatatt
tatactttagaaaatagtgatattgtaggtgttatcgaagagcttattaatatccgtgat
ggtaaaggcaaggtcgatgatatcgatcatttaggtaatagacgtgttcgttctgttggt
gagatggttgagaaccagtttagaattggtctttatagagtagaaaaaggtatccgtgag
agtatgtctttggtacataaagataagcttatgcctaaagatattgttaactctaaacca
attacagcagcaatcaaagaattctttacatcgggtgctttatctcagtttatggatcaa
gataatccactatctgaagtaactcataaaagaagaatttcagcactgggtccaggtggt
ttatcgcgtgatagagcaggctttgaagttcgtgacgttcacgcaactcactatggtaga
ctatgtcctattgagactccagagggtccaaacattggtctgattaactcattggcaagt
tatgcgcgagttaatgattatggctttttagaagcaccatatagaaaagtagttaatggt
aaagtaactaatgaaattgagtatttatcagctattgatgaagaccattacgtgattgcc
caagcatcaactaaacttgataaaaataatcactttgtagaagatcttattcagtgtcgt
tctggcggtgaggcaatatttactgagtcaagtagagttcagtatatggatgtttctgct
aaacagatggtttcagcagctgcagcattaataccattcttagagcatgatgatgctaac
agggtattgatgggtgcaaacatgcaacgtcaagctgtaccaacgcttaaatctgaaaag
cctctagtcggtactggtatggagaagattgttgcgagagactcaggtaactgtattatc
gcaagaaatgctggtgagatagcagaagttgattctaatagaatagttgttaaagttgat
actgaaaaatctaaaacaagcaagttagttgatatttacagcctgactaagtttaagcgt
tcaaacaagaatacttgtatcaatcaacgtccaatagttaatgttggtgataagattgaa
gctggtgatattttggctgacggttttgcaactgattttggtgagttatcacttggtcat
aatcttatggttgctttcatgccgtggaatggttataactttgaggattcaattttactt
tctgagagaatagtaaaagatgataagtatactagtatccatattgaagagtttacatgt
gtggctcgtgatactaaattaggtcctgaagaagtaacagcagatattccaaatgtaagt
gagtcaagtcttgctaagcttgatgagtcaggtattgtccatatcggtgctaatgttgag
gctggagatattcttgtcgctaagattacaccaaaagctgagcagcagttaactcctgaa
gaaagacttcttagagcaatctttaatgaaaaagcatcaaatgttgctgatagttcatta
agaatgcctagtggtacttcaggtactgtaattaatgttcaggtttttgaaaatgataaa
ggtggcaagagtaaaagagctcttaaaattgagaaagaactaattgataaagcgcgtaaa
gatttcgatgaagaatttgctgtgattgaatctgtagttaaatcatctatcgagacagat
gtgattggagctaagatacaaaaagcaaaaggacttaagaaaggtgctgttcttacaaaa
gaatttttagcaactttacctttttctaaatggctggaaatttcttttgaagatgaaaaa
cttgagcaaaaagtacagaatgctagagagtattacgaagaagcaaaaatagctgtagat
gctagatttgaagctaagaaaaaatctatcatgcaaagtaatgagttatctcctggtgta
cttaagactgttaaagtttttgtcgctattaaaaagcgtattcagccaggtgataagatg
gctggacgtcatggtaacaaaggtgtggtttcacgagtgttaccagtagaggatatgcca
tatatggaagatggtactcctgtagatgtctgtttgaatccactaggtattccttcgcgt
atgaatatcggtcagattctagaggctcatttaggattagcttcttatggcttaggtaaa
aaaatagagcaaactctagaaaaaacaagaaaagcagcagaattaagaaaaactttagaa
gaagtctataatagtgtaggtgacaagaaagttgatcttaaagctttaaatgatgaagag
atattgaatctttgtgaaaatctaaaaggaggagtgccaattgctacccctgtatttgat
ggtgcaaaagaagaagatattaaatcattgctaaaaataggtggctttgcaactaatggt
cagatgaaactatttgatggtcgtaccggtaaaccatttgataggcatgtaaccgttggt
tatatgtatatgcttaagttagaccatttagtagatgataaaatgcatgctagatcaaca
ggatcttatagcttagttacgcaacaaccattaggtggtaaagcgcaatttggtggtcaa
agattcggtgagatggaagtttgggcgttacaagcatatggtgctgcttatactctaaga
gagatgttaacggttaagtcagatgacataactggtagatctaagatgtataagaatata
gttgatggtaagttaactatgaatgtagatgttccagaatcattcaatgttttaagaaat
gaagttagagcattgggtatagatatggattttgactattcatctgaggaagaataa |
|---|
