Francisella philomiragia O#319-036: LA56_947
Help
Entry
LA56_947 CDS
T03618
Symbol
hrpA
Name
(GenBank) RNA helicase HrpA
KO
K03578
ATP-dependent RNA helicase HrpA [EC:
5.6.2.6
]
Organism
fpm
Francisella philomiragia O#319-036
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
fpm00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
fpm03019
]
LA56_947 (hrpA)
Enzymes [BR:
fpm01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
LA56_947 (hrpA)
Messenger RNA biogenesis [BR:
fpm03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
Other RNA degradation factors
Others
LA56_947 (hrpA)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DUF3418
OB_NTP_bind
Helicase_C
DEAD
HA2_C
AAA_22
AAA_19
RsgA_GTPase
HA2_N
NTPase_1
AAA_23
T2SSE
nSTAND3
ABC_tran
Flavi_DEAD
NACHT
ResIII
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AJI55107
LinkDB
All DBs
Position
complement(961673..965473)
Genome browser
AA seq
1266 aa
AA seq
DB search
MSTNKASFNDYLNQIPTKLRGKFISAINNNKLPRQQLLTDLQLLAEQTSQKVLPKITYTD
LPVAEKVDDIKKLIQDNQVIVVAGETGSGKSTQLPKICLDLGLGKRGLIGHTQPRRLAAR
SIASRVATEIGDQSKVSFKIRFSDQTSENTLIKVMTDGVLLSEIKNDKFLSQYEVIIIDE
AHERSLNIDFLLGCIKKILPYRPDLKVIITSATIDHQKFIDYFQNAKDITISGRTYPVEI
SYQNDEDFEEFSLQERILYALDELGRGDVLVFLPTERDIHETLAYLNKQDLRFTEVLPLF
SRLSNKDQNKIFNPEGSVRRVILATNVAETSLTVPRIKYVIDSGLARISRYSYRTKVQRL
PIEKISQASANQRAGRCGRLSAGVCIRLYSEEDFNNRKEYTDPEILRTNLASVILQMLFL
KLGSIQDFPFIDSPDSRFVKDGFKLLFELRAISELNYSKPKITDDGIKMAIMPLDPKLAK
IVIEGHRQNTLREIVSIVSFLSVQDPRERPLNFQQKADEKHAIDKDKSSDFIAILNLANR
LNSDLKGLSNREKKEYFKKNFISPVRFNEWNDIYRQIVEVVHQFKWKLSSNEKLDYENLH
KAIASGFLSNIGFNYENAEYLGARGLKFFIFPGSSQFKVKPKWLLSSEIVETTKTYARNV
AKIEPEWLENLAEHLIKKHYDEPVWSKKRRAVVVNERVTLYGLEIVSKRSVQYAKINPQE
AREIFIREALVNGDFDSKAYFYQQNLKLINQVEELENKSRRKDILVDEEVMFAHYDSFIP
DDVCSGATFDKWLKSVTKEQQKGFIFDIESLMQHDAKEITQQKFPDVLTVGDMHLPLEYH
FDPLDERDGVTVTVPIVFINDINPAVLEWGVYGFLYDKIVALLRALPKNIRKNCVPVPTY
AQAIFESTDFDKDRYSPLKSVIAKHITRIVGFVVDETVWQDEELEKHLVLNVKVVDEQGK
TLAVGKDIHILKQKLKNLVAKPKQEVDETVYYDWDFSDIAMTSQIKEYSITVKVYNCLEE
YKDGVRLSYKATFDEAKLCMQKSLKRLIKLRLQNQLSKNIKSNDLTSLSMSLKLSDSKDN
VVDKAIDLSFFDNIELPYTKADFEKFYALGMRKFASNKTKVEALLLEITKFKSQLEKKLN
AKKIPFNFIELFTDVRHEFTELFTDDYISQPVEFLQRYKYYLQALENRLEKAKLNLQRDR
GYQIEVNELRSKLAKKITANHIGKSELIGIRVSNLIQELWVSWYLQSVKTIESVSYKKIL
AYINEI
NT seq
3801 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagtacaaataaagcttcatttaatgattatcttaatcagatacctaccaaacttcgt
ggcaagtttatttcagccattaataacaataagttaccaagacagcagctactgactgat
ttacagcttttggctgaacagactagccaaaaggttttgcctaaaataacttatacggat
cttcctgttgctgaaaaagttgatgatataaaaaagcttatacaagataatcaagttata
gttgtagcaggagagacaggttctggtaagtcaacacaattacccaagatatgccttgat
ttgggcttaggcaagcgtggtttaataggacatactcaaccaagaagacttgcagctaga
tctattgctagtagggttgctactgagattggtgatcaatcaaaagtatcttttaaaata
cgtttttcagatcaaacttctgaaaatactttaatcaaagtaatgacagatggtgtgcta
ctatctgaaatcaagaatgataagtttttatctcaatatgaggttattattattgatgag
gctcatgaaagaagtttaaatattgactttctacttggttgtataaaaaagatactacca
tatagacctgatttaaaagtaatcattacctcagcaactatagatcatcaaaagtttata
gattattttcagaatgctaaagatattacaattagtggtagaacataccctgttgaaatc
agttatcaaaatgatgaggattttgaagagttttcattacaagagagaatattgtatgct
cttgatgagcttggcagaggagacgttttagtctttttgcctacagaaagagatatccat
gaaacattagcatatttaaacaaacaagatcttagatttacagaggttttgcctttgttt
tcgagattatcaaataaagatcaaaataaaatattcaacccagagggttctgtacgtagg
gttatcttagcaaccaatgttgctgaaacatctctgacagtgccacgcataaaatatgtg
atagattcaggcttagcgcgaataagcagatatagctatcgcaccaaggtgcaacgccta
ccgatagagaaaatttctcaagcaagtgctaatcaaagagccggtcgctgtggtagatta
tcagctggtgtttgcatacgtctatatagtgaggaagattttaataatcgtaaagaatat
accgatcctgagatacttcggacaaatttggcatctgttatcttgcaaatgttgtttttg
aaattaggaagtattcaagattttccatttatagattctccagactccagatttgttaaa
gatggctttaagctcttatttgaattacgagctatctccgagcttaattattcaaagcct
aaaattactgatgatggtatcaaaatggcaattatgccattagatcctaagttagcaaaa
atagttatagaaggtcatagacaaaatactcttagagagattgtctccattgttagcttt
ttaagtgtacaggacccgcgtgagagacctctgaattttcagcaaaaagctgatgaaaaa
catgctattgataaagataaatcttctgatttcatagcaattttaaatttggcaaataga
ctaaattctgatttaaaaggtttatcaaatagagaaaaaaaagaatattttaaaaagaat
tttatttcaccagtcagatttaatgagtggaatgatatttatcgacaaattgttgaagtt
gttcaccagtttaaatggaaattatcgtcaaatgaaaagcttgattatgaaaacctacac
aaagccatagccagtggatttttgagtaacattggatttaattatgaaaatgctgagtat
ctaggagctagggggcttaagttttttatattccctgggtcttctcagtttaaagtaaag
ccaaagtggttactttcatcggaaatagttgaaactaccaagacatacgctcggaatgtt
gcaaaaatagagcctgaatggttagagaatttagcagagcatcttataaaaaaacattat
gatgagcctgtttggagcaaaaagcgtagagctgttgtagtcaatgaaagagtaactctt
tatggcttagagatagtttcaaaaagatctgtgcaatacgctaagataaatcctcaagag
gctagagagatattcattcgagaagctcttgtaaatggtgattttgattctaaagcgtat
ttctatcagcaaaatctcaagcttataaatcaagttgaagagctcgaaaacaaatcacgc
cgaaaagatattttggtcgatgaagaggtaatgtttgcacattatgatagctttatccca
gatgatgtttgtagtggtgcaacatttgataagtggctaaagtcagtcacaaaagagcag
caaaagggctttatctttgatatagaaagtctaatgcagcatgatgctaaagaaattacg
caacagaagtttccagatgttttgactgttggagatatgcatttgccattagaatatcac
tttgaccccttggatgagagggatggtgtaacagttactgtaccaatagtttttatcaat
gatataaatcctgctgttttagagtggggggtgtatggttttttgtatgacaagattgtc
gctttgttacgtgctttaccaaaaaatattcgtaaaaattgtgtgccagtgccaacttat
gctcaagctatatttgaatcaacagattttgataaggatagatactctcctttgaagtct
gttattgctaaacatattacgcgaatagtgggttttgtggtagatgagacagtgtggcag
gatgaggaactggagaagcatcttgtgctgaatgtaaaagttgttgatgagcaaggtaaa
acactagctgttggtaaggatattcacatattaaagcaaaagctcaaaaaccttgttgct
aagccaaaacaagaagttgatgagacggtttattatgattgggatttttcagatattgcc
atgactagtcaaatcaaagagtacagtataacggtcaaagtctataattgtttggaggag
tataaagatggtgtaaggctatcttataaggcaacattcgatgaggctaagctatgtatg
caaaagtctttgaaaaggttaattaaactacgcttacagaatcagttatcaaaaaatatc
aaaagtaatgacctaacaagtttatcaatgtcgttaaaactaagtgactcaaaagataat
gtggttgataaagctatagatttgagtttttttgataatattgaattgccatataccaaa
gcagattttgaaaaattctatgctttggggatgcgaaaatttgcttcaaataagaccaaa
gttgaagcattgcttttagaaataacaaagtttaaatcgcagcttgaaaaaaagcttaat
gctaaaaaaataccatttaattttatcgaactttttacagatgttaggcatgagtttact
gagctttttacagatgattatatatctcaacccgtagagtttttacagaggtataaatat
tatcttcaagctttagaaaataggctagaaaaagctaaattaaatctccaaagagatcga
ggatatcaaatagaagttaatgagctaagatctaagttggctaaaaaaataacagctaat
catattggtaaaagtgagttgattggtataagagttagtaacttaattcaggaattatgg
gtgtcttggtatttacaaagtgttaagaccatcgagtcggtatcatataagaaaatttta
gcttacataaatgagatatag
DBGET
integrated database retrieval system
