Fructilactobacillus vespulae: R4B61_00075
Help
Entry
R4B61_00075 CDS
T11124
Symbol
mfd
Name
(GenBank) transcription-repair coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
fvs Fructilactobacillus vespulae
Pathway
fvs03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
fvs00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
R4B61_00075 (mfd)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
fvs03400
]
R4B61_00075 (mfd)
Enzymes [BR:
fvs01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
R4B61_00075 (mfd)
DNA repair and recombination proteins [BR:
fvs03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
R4B61_00075 (mfd)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
UvrB_inter
TRCF
DEAD
Helicase_C
CarD_TRCF_RID
ResIII
MFD_D3
Cas3-like_C_2
RecG_dom3_C
CdvA
IstB_IS21
UB2H
T1R_D3-like
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
XNW44731
LinkDB
All DBs
Position
complement(14339..17854)
Genome browser
AA seq
1171 aa
AA seq
DB search
MKLENMFAELPKYQMIVDNVKDQKRQLITGTNGIAQKLLLNEVKQDLQQPLIFITDTMDH
ADAAVKEFQAVMADELVFEFSSEELIAAEIATSSPQYRADRVCALNALQSGKNVVVVVST
AGLTKYLPNPIDFKQAQLHLELGADVNFTELQVQLANMGYLRKNLVAVPGEFAIRGSILD
IYPLNSEVPVRVDFFDTEVDSMRSFDVANQRSIENVEEVQILPATDFLLSQVDAEHGIKQ
LQKELQQQTDEKNVAAINQIIKGLQERKIDPQWRQYADLIFKQKTSILDYLPDNGIAVFD
DFSRIRDAGKRLKIDEGNWQKSVQDTDLFFANQTFSNDLTKVLENDQHARILLSLFQKGL
GRMRLDDVLDFKVRPMERFFGQMPNLKAEVNRYNQEKATVIVMVNDEKRLTKVSDTLTDF
QMDPIQTNINEIQPGRFQIVVGKFTEGFEIPLANFVIITESELFRRVTERKKPTRIRHQT
FTNAERIKNYTDLKKGDYIVHVNHGIGRYDGMQTMEVDGNHQDYLNISFKNDAHIFIPVT
QLNLIQKYVASEGKAPRLNKLGGSEWAKTKSKVSKKVDDMADELVELYSKREQEPGFAFP
VDDDYQFEFDNAFPYPPTPDQVRSTDEIKKDMEQPHPMDRLLIGDVGFGKTEVAMRAAFK
AVEAGKQVAFLVPTTVLAQQHYETILKRFADFPVTAGVLSRFNTPKQMKADLADLASGQL
DIIVGTHRLLSKDVVFKDLGLLIVDEEQRFGVRHKEKIKALRANVDVLTLTATPIPRTLN
MSMMGVRDLSVIETPPANRYPIQTYVMEQNPAAIVDGIRKEMDRDGQVFYLHNRVKDIEE
VSAKLEQLIPDARVAYIHGQMSENQLEQILYDFVNGEFDVLVTTTIIETGIDMPNVNTLF
VENADRMGLSQLYQIRGRIGRSNQVGKAYFMYQQNKVLTEAGESRLQAIKDFTELGSGFK
IAMQDLSIRGAGNVLGSQQHGFIDSVGYDMYTKMLSDAIAQKQGKQTVVAKTDATIELGI
EAYLPSDYIADQQQKIELYKRIRQMDSIEQFRELQSDLIDRFGDYPAAVDNLLKVDLIKM
LSDYALIDKIRKEKQNLVVSFSSRGTKLFGSKNILQAISKTNFRSTIRLNDNCFQVKLVV
QPTMKIVDWLDDLNKFLQALHDFKAKNENPK
NT seq
3516 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaacttgaaaatatgtttgcagagcttcctaagtatcaaatgatagtggataacgtt
aaagaccaaaaacggcaattaattaccggaacgaatggaattgcccagaaactattatta
aatgaggttaagcaggatttgcaacagccactgattttcatcacggatacgatggatcat
gcagatgccgctgtgaaagaatttcaagcagtaatggctgatgaactagtttttgaattt
tcctccgaagaattaattgcggcagaaattgcgactagttcaccacaataccgtgctgat
cgcgtttgcgcattaaatgccctacaaagcggtaaaaacgtggtcgtcgtcgtttcaaca
gccggtttgactaaatatcttcctaatccgattgattttaagcaagcacagctacatttg
gaattaggcgccgacgttaactttactgaattacaggttcagttagctaacatgggttat
ttgcgaaaaaacttggtagcggttcccggtgaatttgcaattcgtggttcaattctggat
atttatccgcttaattctgaagtgccagttcgagttgatttcttcgatactgaagttgat
tcaatgcgttcgtttgatgtggccaatcaaagaagtattgaaaacgtggaagaagtccaa
attttaccagcgactgattttttattaagtcaagttgatgcagagcatgggattaaacaa
ttgcaaaaagaattgcagcagcaaacggatgaaaagaatgttgccgcaattaatcagatt
atcaagggcttacaggaacgaaaaattgacccacaatggcgccagtatgctgatttgatt
tttaaacaaaaaacctcaatcttagattatttacctgacaatggaattgcagtgtttgac
gatttttctagaattagagatgccgggaaacgattaaaaatagatgaggggaattggcaa
aaatccgttcaagataccgatctgttttttgcaaaccaaacctttagtaatgatttgacc
aaagttttggaaaatgatcagcatgctcgcattttactatcactttttcaaaaaggattg
ggtagaatgcggttggacgatgtccttgattttaaagttagacccatggaacgttttttt
ggacaaatgcctaatttaaaggcagaagttaatcgctataatcaggaaaaagccacagtc
attgtgatggttaacgatgaaaaacggttgactaaagtttctgacactttaaccgatttc
caaatggaccccattcaaacgaacattaatgagattcaaccaggtcgttttcaaattgtg
gttggtaaatttaccgaaggatttgaaattccactagccaatttcgtaattattactgaa
agtgaattgttcagacgggttacagagcggaaaaagccgacccgaattcggcaccaaacg
tttaccaatgcagaacgaattaaaaattataccgatttaaaaaagggtgactatattgtt
cacgttaatcatgggattggacgctatgatggcatgcaaaccatggaagtggatggtaac
caccaggattacttaaacattagttttaaaaatgatgcacatattttcattccggtgacg
caactaaacttaattcaaaaatacgttgcctctgaaggtaaagcaccgcgcttaaataag
cttggtggaagtgaatgggctaaaactaagagtaaggtttctaaaaaagttgatgatatg
gctgatgagttagtagagctctattcaaaacgagaacaagaaccgggcttcgcttttcca
gtcgacgatgattatcaatttgaatttgacaatgcttttccttatccacccacacctgat
caggtgcgtagtactgacgagattaaaaaggatatggaacaacctcatccaatggatcgt
ttattgattggagacgtgggttttgggaagaccgaagtggcaatgcgagcagcttttaaa
gcagtagaagcaggtaaacaggttgcatttttagtacctacgactgtattagctcagcaa
cactatgaaaccatcttaaaacggtttgctgattttcctgtaacggcaggggtgttatcc
cgctttaatacacccaaacaaatgaaagctgatttagcagacttagcgtctggacaacta
gatatcattgtggggacccatcgattattgtctaaagatgtggtttttaaagacctgggt
ttattgattgtcgatgaggaacaacgatttggggtccgccataaagaaaaaattaaagct
ttacgggctaatgttgatgttttgacgttaaccgctacccccattcctagaacgttgaat
atgtcgatgatgggagttagagatttatctgtaattgaaaccccaccagcaaatcgttat
cccattcaaacgtatgtcatggaacagaatccggccgcaattgtggatggaattcgaaaa
gaaatggatcgagatggccaggtattttatctgcataatcgggtaaaagatattgaagag
gtttcggcgaaactggagcaattaattccagatgcccgggtggcatacattcatgggcaa
atgagtgaaaaccagttggaacagattctatatgatttcgtgaacggtgaattcgatgtg
ttagttaccactaccattattgaaaccggaattgatatgcccaacgtaaatactttattt
gttgaaaatgcagatcgaatgggattgtcccaactttatcaaattcgcggtcgaattggg
cgcagtaatcaagtgggaaaagcttactttatgtaccagcaaaataaggttttgactgaa
gcaggtgaaagccgactccaagcaattaaagactttactgagttagggtctggttttaaa
attgccatgcaagacttatcaattcgtggtgcgggaaatgttttaggtagtcagcaacat
ggatttattgattcagttggttatgatatgtataccaaaatgttgtcggatgcgattgcc
caaaagcaaggtaaacaaacggtggttgctaaaaccgatgctaccattgaattgggaatt
gaggcttatcttccttcagattatattgccgaccagcaacaaaaaattgaattgtataag
cgaattcgtcaaatggatagcatcgagcagtttagagaattacaaagtgatttaattgac
cgatttggtgattacccagcagccgttgataacttgttgaaggtcgatttaattaaaatg
ctttctgactatgccttgattgataaaattagaaaagaaaaacaaaatttagtggtttcg
tttagtagtcgagggactaagctatttggtagtaagaatattttacaagcaatttcgaaa
actaattttagatcaacaattcgtctgaacgataattgcttccaagttaaactggttgtc
caaccaacgatgaaaattgtggattggttagatgatttgaataaattcttacaagcctta
catgattttaaagcgaaaaatgaaaacccaaaatag
DBGET
integrated database retrieval system
