Helicobacter pylori Rif2: C730_01460
Help
Entry
C730_01460 CDS
T02318
Name
(GenBank) toxin-like outer membrane protein
Organism
hei
Helicobacter pylori Rif2
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VacA2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFV44700
LinkDB
All DBs
Position
298029..306710
Genome browser
AA seq
2893 aa
AA seq
DB search
MKKFKKKPKSIKRSHQNQKTILKRPLWLMPLLISGFASGVYANNLWDLLNPKVGGEYVHW
VKGSQYCAWWEFAGCLKNVWGANHKGYDAGNAANYLSSQNYQAISVGSGNETGTYSLSGF
TNYVGGNLTINLGNSVVLDLSGSNSFTSYQGYNQGKDDVTFTVGAINLNGTLEVGNRVGS
GAGTHTGTATLNLNANKVNINSNINAYKTSQVNIGNANSVITIGSVSLSGDVCSSLASVG
IGANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNASGSFTFEENATFSGAKWNGGTYTFNKEFSATN
NTAFSSGSFNFKGVSSFNGTSFSNASYTFDNQATFQNSSFNGGTFTFNNQTNPTNNAQHP
QIQNSSFSGNATTLKGFVNFQQAFNNSNHQLTIQNASFNNATFNNTGKITIEKDASFNNT
TFNTSVDTNNMSVTGGVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSKITLAQGTTFNLTSLGSEKSVTIL
NSSGGITYSNLLNHAINGLTSALKTNESLSNPQSFAQGLWDIITYNGVTGQLLNENAATS
KPTDSSPSKSSTNSTQVYQVGYKIGDTIYKLQETFSHNSIIIQALESGTYTPPPVINGSK
FDLSASNYINADMPWYDHKYYIPKSQNFTESGTYYLPSVQIWGSYTNSFKQTFSANGSNL
VIGYNSTWTDHNVSSSGTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGTYSAYHVYITANL
RSGNRIGTGGAANLIFNGVDSINIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQSMDNSQNLNGLNSN
GKLSVYGTTFTNEAKDGKFIFNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEI
SAKNASFNNANFNNSASFNFNNSNATTSFVGDFTNANSNLQIAGNAVFGNSTNGSQNTAN
FNNTGSVNISGNATFDNVVFNGPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFNAHSV
INIAESITNGNPITLVSSSKEIEYNNAFSKNLWQLINYQGHGASSEKLVSSAGNGVYDVV
YSFNNQTYNFQEVFSQNSISIRRLGVNMVFDYVDMEKSDHLYYQNALGFMTYMPNSYNNN
LGNANNTIYYYDKSIDFYASGKTLFTKAEFSQTFTGQNSAIVFGAKSIWTSLSDAPQSNT
IIRFGDNKGAGSNDASGHCWNLQCIGFITGHYEAQKIYITGSIESGNRISSGGGASLNFN
GLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFISNSANIQAQNSYFIDDTAQNGGNPNFSFNALNL
DFSNSSFRGYVGKTQSVFKFNAKNAISFTNSTNLSSGLYQMQAKSVLFDNSNLSVSVGTS
SIKANAINLSQNASINASNHSTLELQGDLNVNDTSSLNLNQSTINVSNNATINDYASLIA
SNGSHLNFNGAVNFNSANITTSLNNSSIVFKGAVSLGGQFNLSNNSSLDFQGSSAITSNT
AFNFYDNAFSQSPITFHQALDIKAPLSLGGNLLNPNNSSVLDLKNSQLVFGDQGSLNIAN
IDLLSDLNDNKNRVYNIIQADMNSNWYERISFFGMHINDGIYDAKNQTYSFTNPLNNALK
ITESFKDNQLSVTLSQIPGIKNTLYNIGSEIFNYQKVYNNANGVYSYSDDAQGVFYLTSN
VKGYYNPNQSYQASGSNNTTKNNNLTSESSIISQTYNAQGNPISALHIYNKGYNFNNIKA
LGQMALKLYPEIKKVLGNDFSPSSLNALNSNALNQLTKLITPNDWKNINELIDNANNSVV
QNFNNGTLIVGATQIGQTDTNSAVVFGGLGYQTPCDYTDIVCQKFRGTYLGQLLESSSAD
LGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFNSQTSLILNQANIVSSQTDGIFSML
GQEGINKVFNQAGLANILGEVAVQSINKAGGLGNLIVNTLGSNSVIGGYLTPEQKNQTLS
QLLGQNNFDNLMNDSGLNTAIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPEKLIGSMSIN
DLLSKKGLFNQITGFISANDIGQVISVMLQDIVKPSNALKNDVAALGKQMIGEFLGQDTL
NSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDLIPNLGKKGLFAPYGLSQVWQKGDF
SFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHIAFTNHAGTLQLLSDQVSNINI
TTLNASNGLKINAANNNVSVSQGNLFVSASCAQQSDPTTANIANPCALSAQSTNGASSNN
ASNNAPIALSNNDESLMVAANDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNNAQFQAN
NLTISNQAVLEKNASFVTNNLNIQGAFNNNATQKIEVLQNLVIASNASLSTGIYGLEVGG
ALNNSGAIHFNLENTQTPTPLIQAEGIINLNTTQTPFMNVNNSMANNTTYTLLKSSRYID
YNINPNSLQSYLNLYTLININGNHIEEKNGALTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNASQ
NNILSLSVLYNQVKMSCGDKAMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNAIKWLSTLM
METKENPFFAPIYLKNHSLNEILGVTKDLQNTASLISNPNFRDNATNLLELASYTQQTSR
LTKLSDFRSREGESDFSLLELKNKRFSDPNPEVFVKYSQLSKHPNNLWVQGVGGASFISG
GNGTLYGLNAGYDRLVKNVILGGYVAYGYSDFNGNIMHSLGNNVDVGMYARAFLKRNEFT
LSANETYGGNATSINSSNSLLSVLNQRYNYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKPQVGL
SYHFIGLSGMKGNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLNMGLESRKYFGKNSYYFVTARLGRDL
LIKSKGSNTVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLVYVNAGVGLKMGLQYQD
INITGNVGMRVAF
NT seq
8682 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaaagtttaaaaagaaaccaaaaagtatcaaacgatcgcatcaaaatcaaaaaaca
atcttaaagcgtcctttatggcttatgcctttactcatcagcgggtttgctagtggggtg
tatgcgaataatctgtgggatttgttaaacccaaaagtggggggtgagtatgtgcattgg
gttaagggcagtcagtattgtgcatggtgggaatttgctgggtgtttaaagaatgtatgg
ggggcaaatcataaaggctatgatgctggaaacgccgctaactatttgtcttctcaaaac
tatcaagctatttcggtgggtagtgggaatgaaacggggacttatagtttaagcggtttt
accaattatgttgggggcaatctcacgatcaatctaggcaatagcgttgttttagattta
agcggttctaatagtttcacttcgtatcaaggttataatcaaggcaaagatgatgtaaca
tttacggttggcgcaatcaatttaaacggcactttagaagtgggtaatcgtgtgggatcg
ggagctggcacgcacaccggcacagccactttaaacttgaacgctaataaggtcaatatc
aattccaatatcaacgcgtataaaacttcgcaagtgaatataggcaacgctaacagcgtt
attaccattggttcggtttctttgagtggggatgtttgcagttctttagctagcgttggg
ataggggctaattgctccacttctgggcctagctattcttttaaagggacgactaacgct
actaacacggcgtttagtaatgcaagcggcagtttcacttttgaagagaacgccactttt
agcggggcgaaatggaatggggggacttatacctttaataaagagtttagcgctaccaat
aacaccgcctttagtagcggtagttttaattttaaaggtgtaagctcttttaatggtact
tcgtttagtaacgcttcttatacttttgacaatcaagccactttccaaaacagctccttt
aatggggggacttttacttttaataaccaaactaatccaactaacaacgctcagcacccc
caaattcaaaacagctcttttagtggtaacgctaccactcttaagggctttgtgaatttc
cagcaagcctttaacaattcaaaccaccaactaacgatccaaaacgcttcctttaataac
gccacttttaacaataccggtaaaatcactatagaaaaagatgcgagttttaataacacg
acattcaacacttctgttgatacaaacaacatgagtgttaccggtggcgttactttaagc
ggtaaaaatgacttgaaaaatggctcaacccttgattttgggagttctaaaatcactctc
gctcaagggacgactttcaacctcacaagtttaggcagtgagaagagcgtaacgatttta
aattctagcggtgggatcacttatagtaaccttttaaaccatgcaatcaacggcttgaca
agtgccttaaaaacgaacgaaagcctttcaaatccgcaaagtttcgctcaaggtttgtgg
gatataatcacttacaatggggttaccgggcagcttttgaatgaaaacgctgcaacatct
aaacccactgactcttcgccctctaaatcctctacaaactctacgcaagtctatcaagtg
ggttacaaaataggggatactatctacaaactgcaagaaactttcagccacaattccatt
attattcaggctttagagagcgggacttacacgccaccccctgtcattaacggctccaaa
tttgacttatccgcttcaaattatatcaatgctgacatgccttggtatgaccataaatat
tacatccctaaatcccaaaattttacagagagcgggacttattacttgccgagcgtccaa
atatgggggagctacactaactcgtttaaacaaacttttagcgcaaatggtagtaatctg
gtgattgggtataactcaacatggactgatcataatgtctcttctagcggcacggtgtct
tttggggacacttcagggagcgctcttaatgggcattgcggaccttggccgtattaccaa
tgcacaggcacgactaacggcacttatagcgcctatcatgtgtatatcacagcgaatctg
cgttctggcaatcgtataggcaccggtggggcagctaatctaatctttaatggggtagat
agtatcaatatcgctaacgctaccatcacgcaacataacgccggaatctattcaagctct
atgactttttccacgcaaagcatggataattcgcagaatttgaatggtctaaattctaac
ggcaaactttcggtgtatggcaccactttcactaacgaagctaaagatgggaaattcatt
ttcaatgcagggcaagcggtttttgaaaacaccaactttaatggagggagttaccaattc
agcggcgatagcttgaatttttcaaacaacaaccagttcaatagcggttcgtttgaaatt
agcgcaaaaaacgcttcgttcaataacgctaactttaacaacagcgcttcttttaatttc
aataattctaacgcgaccacttcgtttgtgggggatttcactaacgctaattcaaatttg
caaatcgccgggaacgctgtttttgggaactctactaatggctctcaaaataccgctaat
tttaataataccggctctgttaatatttcagggaatgcaacctttgataatgtggtgttt
aatggccctacgaacacgagcgtgaaagggcaggttactttaaataacatcactttaaaa
aacctgaacgcccctttgtcttttggcgatgggacgattacttttaacgctcattcggtg
attaatattgctgaatctatcactaatggcaaccctatcactcttgtaagctcttctaaa
gaaattgaatacaacaacgctttcagtaaaaatctatggcagctcatcaactaccaaggg
catggggcaagcagtgaaaagctcgtctctagcgcgggtaatggcgtttatgatgtggtg
tattctttcaataaccaaacctacaatttccaagaggttttttcacaaaacagcatttct
atccggcgtttgggcgttaacatggtgtttgattatgtggatatggaaaaatcggatcat
ttatattatcaaaacgctctcggttttatgacctacatgcctaatagctataacaataat
ttagggaatgcaaacaacaccatttactattacgacaagagcattgatttttatgcgagc
gggaaaactctattcactaaagcggaattttctcaaacattcaccgggcaaaacagcgcg
atcgtttttggggctaaaagcatatggacgagcttaagcgatgcaccgcagtctaacacc
atcattcgctttggggacaataagggagcagggagtaatgatgcgagcgggcattgctgg
aatttgcaatgcataggctttattacagggcattatgaagcgcaaaagatttacatcacc
ggtagcattgaaagcgggaatcgcatttctagcggtgggggcgcgagccttaattttaac
gggcttcaaggcattcttttaacgaacgcgactttgtataaccgcgccgctggcacgcaa
agctcgtctatgaattttatctctaacagcgcgaacattcaggctcaaaactcctatttt
atagacgataccgcacaaaatggcggtaaccctaatttcagtttcaacgctttgaatctg
gatttttctaacagctcttttagaggctatgtggggaaaacgcaatctgtttttaaattc
aatgccaagaatgcgatcagtttcaccaacagcacgaatttaagctctggtttgtatcaa
atgcaagctaaaagcgtgttgtttgacaattccaatttaagcgtttcagtggggacaagc
agtattaaagccaatgcgatcaatctttctcaaaatgcctctattaatgcgagcaaccat
tcaaccttagaacttcaaggcgatttgaatgtgaacgacaccagctcgctcaacctcaac
caaagcacgattaatgtttccaataacgccacgatcaacgattatgcgagcttgattgcg
agtaatggctctcaccttaattttaacggggcggttaatttcaattcagcgaatattact
acgagtttgaataattcctctatcgtgtttaagggggcggtctctttaggagggcagttt
aatttaagcaataactcttctttagatttccaaggctctagcgctatcacctctaacacg
gcgtttaatttctatgataacgctttttctcaaagccccatcactttccatcaagccctt
gacattaaagcgcccttaagtttgggaggcaaccttttaaaccctaacaacagcagcgtg
ctggatttaaaaaacagccagcttgtttttggcgatcaagggagtttgaatatcgctaac
attgatttactaagcgatctaaatgataataaaaatcgtgtgtataacatcattcaagcg
gacatgaatagtaattggtatgagcgtatcagcttctttggcatgcacatcaatgacggg
atttatgatgctaaaaaccaaacttatagtttcactaacccccttaataacgccctaaaa
atcaccgagagctttaaagacaaccaactaagcgttacgctctctcaaatcccgggtatt
aaaaacacgctctataacattggctctgaaatttttaactaccaaaaagtttataacaac
gctaatggcgtgtattcttatagcgatgatgcacaaggcgtgttttatctcacaagcaac
gtgaaaggctattacaaccctaaccaatcctatcaagccagcggcagtaacaacaccacg
aaaaataataatctaacctctgaatcttctatcatctcgcaaacctataacgcgcaaggc
aaccctattagcgcgttgcacatctataacaagggctataatttcaacaatatcaaagcg
ttagggcaaatggctctcaaactctaccctgaaatcaaaaaggtattagggaatgatttt
tcgccctcaagtttgaacgctttaaactctaatgcgctaaaccaacttaccaaactcatc
acgcctaacgactggaaaaacattaacgagttgattgataacgcaaacaattcggtggtg
caaaatttcaataacggcactttgattgtgggagcgactcaaatagggcaaacagacacc
aatagcgcggttgtttttgggggcttgggctatcaaacaccttgtgattatactgatatt
gtgtgccaaaaatttagaggcacttatttaggacagcttttagagtccagctcggctgat
ttgggctatattgacacgacttttaacgctaaagaaatttatcttaccggcactttaggg
agcgggaacgcatgggggactggggggagcgcgagcgtaacttttaacagccaaacttcg
ctcattctcaatcaggctaatatcgtaagctcgcaaaccgatgggatctttagcatgctg
ggtcaagagggtattaataaggttttcaatcaagccgggctcgctaatattttgggcgaa
gtggcggtgcaatccatcaacaaagccgggggattagggaatttgatagtaaatacgcta
gggagtaatagcgtgattggggggtatttaacgcctgaacaaaaaaatcaaaccctaagc
cagcttttagggcagaataactttgataatctcatgaacgatagcggtttgaatacggcg
attaaggatttgatcagacaaaaattaggcttttggaccgggctagtggggggattagcc
ggactagggggcattgatttgcaaaaccctgaaaagcttataggcagcatgtcaatcaat
gatttattgagtaaaaaagggttgttcaatcagatcaccggctttatttccgctaacgat
atagggcaagtcataagcgtaatgttgcaagatattgtcaaaccgagcaacgctttaaaa
aacgatgtagcggctttaggcaagcaaatgattggcgaatttttaggccaagacacgctc
aattctttagaaagcttgttgcaaaaccagcagattaaaagcgttttagacaaagtccta
gcggctaaaggtttagggcctatttatgaacaaggcttgggggatttgatacctaatctt
ggtaaaaaagggcttttcgctccttatggcttgagtcaagtgtggcaaaaaggggatttt
agtttcaacgcacaaggcaatgtttttgtgcaaaattccactttctctaacgccaatgga
ggcacgctctcttttaacgcaggaaattcgctcatttttgccggaaacaatcatattgca
ttcactaaccacgctggaactcttcaattattgtccgatcaagtttctaacattaacatc
accacgcttaacgctagcaacggccttaagattaacgccgctaataacaatgtttctgtg
tctcaaggcaatctgtttgtcagcgctagctgcgcgcaacaaagcgatccaactacagct
aatattgcaaacccttgcgcgcttagcgcccaaagcacgaatggcgcttcttctaataat
gcgtcaaataacgcgccaatcgccttgagtaataacgatgaaagcttgatggttgcggcg
aatgatttcaatttttcaggcaatatttacgctaatggggtggttgatttttcaaagatt
aaaggctctgcaaacattaaaaacctgtatctttacaataacgctcaattccaagccaac
aatctcactatttccaatcaagcggtgttagaaaaaaacgccagctttgtaacgaataat
ttaaacattcaaggagcgtttaacaacaacgccacgcaaaaaatagaggtgcttcaaaat
ttagtgatcgcttcaaacgcttctttaagcaccgggatttatgggttagaagtagggggg
gctttgaataattctggagcgatccattttaatttagaaaatacccaaacgccaacgccg
ctcattcaagcagaggggatcattaacctcaacaccacccaaacgccttttatgaatgtc
aataacagcatggccaataatacgacttacactttattaaaaagcagccgttacattgat
tacaatatcaaccccaacagcttgcaatcgtatttgaatctctacactttaatcaatatc
aacgggaaccacatagaggaaaaaaacggcgcattgacttatttgggccaacgggttttg
ttgcaagataaggggttattgttaagcgtagcgctgcccaactcaaacaacgcttctcaa
aacaacattttaagcctttctgtcctttataaccaagttaaaatgtcttgcggcgataaa
gcgatggattttaccccccctaccttacaagattacattgtgggcattcaagggcaaagc
gcgctcaatcaaattgaagctgttggggggaacgctatcaagtggctttcaacattgatg
atggagactaaagaaaacccgttttttgcgccgatttatttaaaaaaccactctttgaat
gaaatcttaggcgtaacaaaagatcttcaaaacaccgcaagcttgatttctaaccctaat
tttagagataacgctaccaatcttttagaattggcgagttacacccaacaaaccagccgt
ttaacaaaactctctgattttagatctagagagggagagtctgatttttctttgttagag
cttaaaaacaagcgttttagcgatcctaatccagaggtttttgtcaaatactctcaactt
agcaaacacccaaataacctttgggttcaaggggtgggaggagcgagctttatttctggg
ggcaatggcacgctttatggcttgaatgcgggctatgacaggttggttaaaaatgtgatc
cttgggggttatgtggcttatggctatagcgactttaatgggaacatcatgcattctttg
ggtaataatgtggatgtggggatgtatgcgagggcttttttaaaaaggaacgaattcact
ttgagcgcgaatgaaacttatggaggcaatgcaactagtatcaattcttctaattctttg
ctctctgtgttgaaccaacgctacaactacaacacctggacaacgagcgtgaacgggaat
tacggctatgatttcatgttcaaacaaaaaagcgtggtgctaaaacctcaagtgggtttg
agctatcatttcataggtctaagtgggatgaaaggcaatgatgccgcttacaaacaattc
ctcatgcattcaaacccctctaacgaatcggttttaacgctcaacatggggttggagagc
cgtaaatattttggtaaaaattcctattattttgtaacggcgagactaggtagggatctt
ttgatcaaatctaaaggcagcaatacggtgcgttttgtgggcgaaaacactttattgtat
cgcaagggggaagtttttaacacttttgcgagcgtgattacagggggcgaaatgcatttg
tggcgtttggtgtatgtgaatgcgggggtggggcttaagatgggcttgcaataccaagat
attaatataaccgggaatgtgggcatgcgagtggcgttttag
DBGET
integrated database retrieval system
