Helicobacter pylori Shi417: HPSH417_05485
Help
Entry
HPSH417_05485 CDS
T02039
Name
(GenBank) outer membrane protein HopL
Organism
hhr
Helicobacter pylori Shi417
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
HP_OMP
DUF5610
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFH98229
LinkDB
All DBs
Position
1142605..1146351
Genome browser
AA seq
1248 aa
AA seq
DB search
MIKKAKKFIPFFLIGSLLAEDNGWYMSVGYQIGGTQQFINNKQLLENESSINSITQSAID
IAGPTTGLITLSSQSVIDALGYGVSNTVGNQLEGISNILNQIGKRKDFFSSRQISNISQQ
IIGLKGSSDPLKAHSSQITAKLLFNTQSSFNQGIALSSNIISSINGLNASNNTKEVKAQL
QNTTQSMAELLQQIEHSITKTTSTTYAQSLLSNLTDAVNASSDNTAYVSALKNALTTLGV
GYFPTTTTTHVVLNPPGQIVFYPTNSILGSTSSNSNNQQQYNNTLLMNTLQGELSANNQN
NPNGCTNQVQCLEQFIQNLAPLAATPTSNNQANQQVQAIAQKLQSVAINTLDNNAINNTT
YNLNNLHNALNFQAYESTIEQYNNALKQISWISFTEPKNLLKNTSNNYQIGTVTNAQGQN
ISAYDCASATGSLSSNTSSGISCKATSSTNNTNNTNNTNNTNNTNNTNNTNNTNNTNSFD
NSLVATSKIQTIGGKEQIGVNSFNLVSQVWSVYNSLKTSEANLQNNAKILCPNGSNQDTC
NNNNSGGLSISGNSQLQNILSSTSGTSANIQAKSNAPKLKATVVVNNEEEAKTTNLNQSS
GATTQSPNSTVMGALNTVLQNVSNFQQSIQSAFQNQESNIQAWANAIYNTNGSQSQEMTP
NNNQNLRIQLRANFYQLINTINQQVPTNMSALIAQSQQTQQTSGTTSNNNACASGMNGSG
NNWCYQQWSDSKAYYSGLQSALGYQTQATTQSGSSGGNSITYNVQQITLTSNGLLNQIIT
NLKSVNGSSNGGSSGNGTSQINTAYQMLTDASDGKLGTYSSSNSGSNNGYTPCNSTNGSN
GTSGSNCYEPNKQQNATTATTSETNLQKVYDDAQKIANIIASSGNNKGVENGLKQFFEAL
KNNSSSLSNLCNGNSSTTCTGGLINLLGAIPTNGVSDTNNLINLLTEFIKTAGFIQNNDN
NSSSASLKSAFQAITSAISQGFQALQNDISPNAILTLLQEITSNTTTIQSFSQTLRQLLG
DKTFFMVQQKLIDAMINARNQVQNAQNQANNYGSQPILSQYVAAKSTQHGMSNGLGVGLG
YKYFFGKARKLGLRHYFFFDYGFSEIGLANQSVKANIFAYGVGTDFLWNLFRRTYNTKAL
NFGLFAGVQLGGATWLSSLRQQIIDNWGNANDIHSTNFQVALNFGVRTNFAEFKRFAEKF
HNQGVISQKSVEFGIKVPLINQAYLKSAGADVSYRRLYTFYINYIMGF
NT seq
3747 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgataaaaaaagctaaaaaatttataccattctttttaattggctctctcttagctgaa
gacaatggctggtatatgtctgtaggctatcaaatcggcggcacgcaacaatttatcaat
aacaaacaactcttagaaaatgaaagcagtatcaatagcatcactcaaagcgcgatcgat
attgcagggcctactaccggccttatcactttaagctctcaaagcgtcattgacgcttta
ggctatggcgtgagtaacaccgtgggcaaccaattagagggcatttctaatatcttaaat
caaattggcaaaagaaaagactttttttctagccgtcaaatctctaacatttcccagcaa
atcatagggcttaaaggaagctctgatcctttgaaagcccattcttcacaaatcacagcc
aaactcctctttaacacccaaagctcgtttaatcaaggcatcgcgctaagctctaatatc
attagctctatcaatggccttaatgctagcaacaacaccaaagaagtcaaagcccagctc
caaaacaccacgcaatccatggcagaattattgcaacaaattgaacacagcatcactaaa
accacgagcaccacttacgcgcaatccttactctccaatctgaccgatgcggtgaatgcc
tctagcgataataccgcttatgtgagcgctttaaaaaacgctttaaccactcttggggtg
gggtatttccctacgacaaccacaacgcatgtggtgctaaacccaccgggacaaatcgta
ttttatccaactaattccattttaggctctacttcttcaaacagcaataaccaacaacaa
tataacaacacccttttaatgaacaccctacaaggagaattaagcgctaataatcaaaat
aaccccaatggttgcaccaatcaagtccaatgcttagagcaattcatccaaaatttagcc
cctctagccgcaacccccacttcaaataaccaagccaaccagcaagtccaagccatcgct
caaaagcttcaaagcgttgctatcaacactttagacaacaatgcgatcaacaacaccacc
tataatttaaacaacttgcacaacgctttgaatttccaagcctatgaaagcacgatagaa
caatacaataacgctttaaagcaaatttcgtggattagttttactgagcctaaaaacttg
ctcaaaaacacttctaataactaccaaatcggcaccgttaccaacgctcaagggcaaaat
atcagcgcctatgattgcgcaagcgctaccgggagcctttctagcaatacttctagtggg
atttcatgcaaagccacaagctccacaaataacacaaataacacaaataacacaaataac
acaaataacacaaataacacaaataacacaaataacacaaataacacaaatagctttgac
aattctttagtcgctacctctaaaatccaaaccatagggggcaaagagcagatcggcgtg
aattcttttaaccttgtttctcaagtgtggagcgtttataactccttaaaaacttcagaa
gccaatttacaaaacaacgccaagatactatgcccaaatggcagtaaccaagatacatgc
aataacaacaattcggggggtttgagcatcagcgggaactcccaattgcaaaatatttta
agctctactagcgggactagcgctaatattcaagctaaaagcaacgctcccaaactaaaa
gcgacggtggtggtgaataatgaagaagaagctaaaacgaccaacctcaatcaaagcagt
ggggcaaccactcaatcccctaacagcacggtaatgggcgctttaaacaccgtattgcaa
aatgtcagcaacttccaacaaagcattcaaagcgcttttcaaaaccaagaaagtaatatc
caagcttgggcgaatgcgatttataacactaatgggagtcagtcgcaagagatgactccc
aacaataaccaaaatttacgcatccaattaagagcgaatttttaccagctcatcaatacc
attaaccagcaagtgcctacaaacatgagcgctctaatcgctcaaagccaacaaacccag
caaacaagtgggacaacaagcaataataacgcatgcgcgagcggaatgaatgggagtggt
aataactggtgctatcagcaatggtcagattctaaggcttattacagcgggttacaaagc
gctttagggtatcaaacacaagcaaccactcaaagtgggagcagtggtgggaacagcatc
acctacaatgtccaacaaatcacgctcactagtaatgggttgctcaatcaaattatcaca
aatcttaagagcgttaatgggagcagtaatggaggaagcagtgggaacggaactagtcaa
atcaacacagcctaccaaatgctcacagacgccagcgatgggaaattagggacttatagt
agtagtaatagtggcagtaataacggctatacgccatgcaatagcaccaacggaagcaat
ggaacgagtgggagtaattgttatgaacccaacaaacaacaaaacgccactaccgcaacc
actagcgaaaccaacttgcaaaaagtctatgacgatgcccaaaaaatagccaacattatc
gccagctctgggaataataaaggcgttgaaaacggcttaaaacaattctttgaagcgtta
aaaaataatagtagcagtctcagtaatttgtgtaatggtaatagtagcactacttgcacc
ggtgggcttatcaaccttttaggggcaatccccacaaatggggtgagcgatacgaataat
ttaattaatttgctcaccgaatttattaaaaccgccgggtttatccaaaataatgacaat
aatagcagtagtgctagcttaaaaagcgcttttcaagccattacgagcgctatttctcaa
gggtttcaagccttgcaaaacgacattagccctaatgcgattttaaccttgctccaagaa
atcacctctaacaccaccaccattcagtcattctcgcaaaccttacggcagcttttaggg
gataaaacattctttatggtgcaacaaaaactcattgatgcgatgattaacgctagaaat
caggttcaaaacgcgcaaaatcaagccaataactacggttctcaacccattttaagccag
tatgtggccgctaaaagcacccaacacggcatgagcaatggcttaggggttggtttgggc
tataaatacttttttggtaaggcgagaaaattgggccttaggcattattttttctttgat
tacggctttagtgaaataggcttagccaatcaaagcgtgaaagcgaatatctttgcttat
ggggtaggcacggattttttatggaatctattcaggaggacttacaacactaaagcgttg
aattttgggctatttgctggggtccaactgggcggcgcaacctggcttagctctctaagg
caacaaatcattgacaactgggggaacgctaatgacattcattcaacgaattttcaagtg
gcgctgaattttggggtgcgcaccaactttgcggagtttaagcgttttgccgagaaattc
cacaatcaaggggttataagccaaaagagcgtggaatttgggatcaaagtgcctctcatc
aatcaagcgtatttaaaaagtgccggggctgatgtgagctataggaggctttatactttc
tatatcaattacatcatggggttttaa
DBGET
integrated database retrieval system
