Hydra vulgaris (swiftwater hydra): 100207789
Help
Entry
100207789 CDS
T01080
Name
(RefSeq) nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 isoform X1
KO
K14297
nuclear pore complex protein Nup98-Nup96
Organism
hmg
Hydra vulgaris (swiftwater hydra)
Pathway
hmg03013
Nucleocytoplasmic transport
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
hmg00001
]
09120 Genetic Information Processing
09122 Translation
03013 Nucleocytoplasmic transport
100207789
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
hmg03019
]
100207789
03036 Chromosome and associated proteins [BR:
hmg03036
]
100207789
Messenger RNA biogenesis [BR:
hmg03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
Transport factors
Nuclear pore complex
100207789
Chromosome and associated proteins [BR:
hmg03036
]
Eukaryotic type
Centrosome formation proteins
Spindle formation proteins
100207789
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Nup96
Nucleoporin2
Nup98_GLEBS
Nucleoporin_FG
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
100207789
NCBI-ProteinID:
XP_047126025
LinkDB
All DBs
Position
2:41032317..41088041
Genome browser
AA seq
1791 aa
AA seq
DB search
MFGAKTPFGGGGFGTTTNAFGSQQTPFGSSTGGLFGNKTPAAGTFGTPSFGSNTPAQGSL
FGSVSTGTNLFGAKTTQPSTGFGGFGTTNTSGGLFGSGVGGGTSLFQAPQTSNAFGATNT
GFGGFGTSAATTNPFGATSSTGLFGASTSVFGAQQTTGTTVKFVPVAGTEQVVKNGITMN
VKTQNQCITVMEQYKDKSVEELRLEDYDANRKGGSTSTGFGSLGSTGLFGATSNAAGTSL
FGNSTVSKPSVFGGFGASNTTSGGLFGQTGTSLFGAKTTPSLFGTTTTTTASGFGGFGTS
STGLFGNTQTSSLFSGGGFGTTTTTSASGGLFGSSFSFGQPASTATTGLFGSTAAKPTFG
FGSTPSTGFGTSNTFSTGGSLFGSTAKPTFGGFGTTTSGFGAATSGFGSTTTSTNSLFGN
NATGSLFGNKPTFGGFGTAATTSGTSLFGTNTFGLGNTGFNSLGGTTTGLAGVNPTIGGL
SNIDQSTLAALRQQQIIQQQIKAIANTPFGDSPLFRNLTDSSKEKKPPQQITVKESSSQY
KVFSRPTARVKPRPISSPSMGKYRLFEGLEEENDLSPSLMPKRNVKKLVIKKKSLSDNVA
DDVTLKFRTVDDDLIAPPPDIKPKSVLSPQSIVDSPQNGQVFDSTITELNHNAQTPLPTK
RKGYLLTPLSQSYQEESPVVTYTQTENGELPLSHIKLTRPEYYTKPPLKDLDEMVKNEQC
LVRDFIVGRDGYGEVKFLGVTNVYGLNLDEIVFFRRREVEVYPDNYVNKPEVGNELNKPA
EITLLKVWPNDKSTQTPIKTPERLKASGFIDRIEEKTLAMDAVFLDYKPKEGAWVFRVNH
FTRYGLHEQFIGEDAEIEHSKKSLLNLKKEKELSYIIDESIHFEKFGTQEEIISLVKEEA
KDRFPIKSFNPGLELTISKETSDTEMDDKEDNNPVQSSMSSQNELNYETQMEQDYLPFSH
QLGRVSQVKPFTLQGMKTSILCDDEDMVDVKQKPARKESHLFSNTSIFNESRRSSSVFQK
LDISKTKNPPDSLNNSVFLNLTLDNTVQSEPKAKKVNLFKNSLKQQIYASSDKEIVQVDN
TENPNIFIKCRSYGLVPYEKSLLYRKTRLLADASLTHGREFHVRWNNGLSFVHMGDCVGI
PKAETLKQGLYSGNFTQSCTQSPFGLSNMFVNVERLNSDVHQGSTQFIADCMNIALKNTE
FTFDSSSSLKKPKLSSLYNAIKSYTEKSLQFKQATSKFEKRFFTVHSEVWQLVDALWGKL
DPVEENSKYENQSLRRTALSKWLEIVLEEEVNEEVLTNKVKDDGHLSVIFSFLSGNKLCS
ACQVAKDNKEFRLASLLSQSAGDHHLKHYLRSQLTQWEESNIDLFMNVNRLKLYVLMSGM
MVWKSKKNMINLCDKLNWKRSLALHLWYHCSATATINDAFKEYQYSFKGTETYGSYSSYP
YPTYQKSDEEGTSKDICYHILNLYCKREHLLEKLLTPNTHVNNMVDYHLSWHLQRVLENL
GYTHLNDDRHALLQYSYAAQLESIGLWQWAVFVLMHLRDNETRESSVKRILSRYCLINEK
EGDMQFTEQEQMIIKDFQIPEHWMHEAKALHAKYIGRRYEETIHLIRAGHWGLAHVAAID
NLAADAIIEEDYENLKNILKDLCLPERCCTIKNWKLGGQVFLDYILLKEKLNQIHMKDTN
FTMYHLEDMENEIVSLINRINMMKVENSRERLCQSEMARTCSNMLKIVFNLMNSSENDID
DENPKWSSLKVASYVVDLPLPSDYYLKELRELLANYTQEIDSSHFNNHEEI
NT seq
5376 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtttggtgcaaaaaccccatttggtggaggaggatttggaactactactaatgcattt
ggttcacagcaaacaccctttggatcaagtactggaggcttgtttggaaataaaacacct
gcagctggcacatttggtactcctagctttggttctaatactcctgcacaaggtagtctg
tttggttcagtttcaacaggaactaatttgtttggtgcaaaaactacacaaccttcaaca
ggttttggaggttttggcactactaacacaagtggaggtttgtttggttctggtgttggt
ggaggcacaagtttgtttcaagcacctcaaacaagtaatgcatttggagcaacaaatact
ggatttggaggtttcggaacatcagctgcaactaccaatccatttggtgcaacatcatca
acagggttatttggtgctagtacttcagtatttggagcacagcagaccactggaacaact
gtaaagtttgtgccagttgcaggcactgaacaagttgtgaagaatggaataacaatgaat
gttaaaacacaaaaccaatgtattacagtaatggagcaatacaaagataaatctgttgag
gagttgcgactagaagactatgatgctaatagaaaaggtggctcaacttctacaggattt
ggttctttgggtagtacaggtttatttggagcaacaagcaatgcagccggaacttcttta
tttggtaactctacagtttcaaaacctagtgtttttggaggttttggagcatcaaataca
acttctggtggactgtttggtcaaactggtactagcttatttggtgctaaaacgacgcca
tctttatttggaacaacaacaactacaacagcaagcggctttggtggattcggaacaagt
tctacaggtttgtttggtaacacacaaacaagtagcctttttagtggaggtggatttggc
acaactactacaacatcagctagcggtggattgtttggttcaagtttttcatttggtcaa
ccagcttctacggctactactggtttatttggatcaactgctgcaaagccaacctttgga
tttggatctacacctagtactggttttggtacaagtaatacattttcaactggaggtagt
ttatttggttctactgcaaagcctacttttggtggttttggtacaaccacaagtggcttt
ggtgcagccacaagtggttttggttcaaccacaacatcaacaaatagtttgtttggtaat
aatgctactgggagcttatttggtaataaacctacatttggaggttttgggactgcagcc
acaacatcaggaacatctctttttggaactaacacgtttggtttagggaatacaggattc
aactctcttggagggacaactactggactagcaggtgttaatcctacaattggaggttta
tctaacatagatcaaagtacattagcagcacttcgtcaacaacaaattatacagcagcaa
ataaaagcaattgccaatacaccatttggtgactcgccacttttcagaaacttaactgat
tcaagcaaagaaaaaaagcctcctcagcaaataacagttaaagaatcttcgtcacaatac
aaggttttttcccgaccaactgcacgtgtaaaacctagacccatttcatctccttcgatg
ggaaagtatcgcttgtttgaagggttggaagaagaaaatgatcttagtccatcacttatg
cctaaaagaaatgtaaagaagcttgtaataaagaaaaaatcactttctgataatgtggca
gatgatgttacattaaaatttcgaactgtagatgatgaccttattgctcctcctcctgat
attaaaccaaaatcagttttgagccctcagagcatagttgattcacctcagaacggacaa
gtatttgatagtactataactgaattaaatcacaatgcccagactccattaccaacaaaa
cgtaaaggatacctattgactcctctttcgcaaagctaccaagaagagtctcctgttgta
acctatactcagacagagaatggagaacttccattgagtcatattaagttgacaaggcct
gagtactatactaagcctcctttaaaagatttggatgaaatggtaaaaaatgagcaatgt
ttagttcgagactttattgttggaagagatggttatggagaagttaaatttcttggtgtt
actaatgtttatggcttgaaccttgatgaaatagttttttttcgacggcgtgaagttgaa
gtctacccggataattatgtaaataagcctgaggttgggaatgaattaaataaaccagct
gaaattacattgctcaaagtttggccaaacgataaatcaacccaaacaccaataaagact
ccagaaagattaaaagcaagtggttttattgatcgtattgaagaaaaaacacttgccatg
gatgctgtgtttcttgattacaagccaaaggaaggtgcatgggtgtttagagttaaccac
tttacacggtatggcttgcacgagcaatttattggtgaagatgcagaaatagagcactca
aaaaaatccttacttaatttgaagaaagaaaaagaactttcttatattattgatgaaagt
attcattttgaaaagtttggcacgcaggaagagataatatcacttgtaaaggaggaagca
aaagatcgttttcctattaaaagctttaatcctggactagaattaacaataagcaaagaa
acttctgacactgaaatggatgataaagaagataacaatccagtgcaatctagtatgagt
tctcaaaatgagttgaactatgaaacacaaatggaacaagattatcttccattttctcat
caacttggtcgtgtttctcaagttaagccattcactttgcaaggaatgaaaacatctatc
ctttgtgacgatgaggatatggttgatgttaagcaaaaacctgcaagaaaagaaagtcat
ctcttttcaaatacatctatatttaatgagtcgagacgttcatcttctgtttttcagaaa
cttgatatttcgaaaacaaagaatccacctgactcattaaataattctgtgtttcttaac
ttaactttagacaatacagttcagagtgaacctaaagctaaaaaagtcaatttatttaaa
aacagtttaaagcagcaaatttatgcttcatctgataaagagatagttcaagttgataat
acggaaaatccaaatatttttattaaatgtcgttcatatggcttagtaccgtacgaaaag
tccttgttatacagaaaaacacggcttttggctgatgctagtttaacacatggaagagaa
tttcatgtgcgatggaataatgggttaagttttgttcacatgggagactgtgttggaata
cctaaagcagaaactttaaaacaagggttatattcaggaaacttcactcagtcttgtact
cagtctccatttggtctttccaatatgtttgttaatgttgaacgtttaaattctgatgtt
catcagggaagtacacaatttattgcagattgtatgaatatagcattaaaaaacactgaa
tttacctttgactcaagtagctctctaaaaaagccaaaattatcttctctttataatgct
attaaaagttatactgaaaagtctttacagtttaaacaagctacttcaaaatttgaaaaa
aggttttttactgttcactctgaggtatggcaattggttgatgctctttggggtaaacta
gatccagttgaagaaaattctaaatatgaaaatcaatctttacgacgtactgcactttca
aaatggcttgaaattgttttagaagaagaggttaatgaagaagtattgactaataaagtt
aaggatgatggacatctctctgtaattttcagttttctttctggaaataaattgtgttct
gcatgtcaagttgcaaaagataataaagaatttcgactcgcatcattactttcacaatca
gctggtgaccatcatttaaaacattacctacgaagtcagttgactcagtgggaagagtct
aatatcgatttgttcatgaatgtaaatcgtttaaagttgtatgtgttgatgtctggtatg
atggtttggaaatcgaaaaaaaacatgatcaatttatgtgataaactaaattggaagaga
agtcttgctttgcatttatggtaccattgttcagccacagccacaatcaatgatgctttt
aaagaataccaatattcatttaaggggactgaaacatatggatcttattcatcttaccct
tatcctacgtaccaaaaaagtgatgaagaaggtacctcaaaggatatttgctatcatatt
ctaaatctttattgtaaacgagaacatttacttgaaaaacttttaacacccaatacccac
gtcaataatatggtcgactatcatctcagttggcaccttcaaagagttttagaaaatctt
ggttacactcacttaaatgatgatcgccatgctctattgcaatatagttatgctgcacaa
cttgaaagtattggtttatggcaatgggcagtttttgttctcatgcatttaagagacaat
gaaacacgagagagctctgtaaaacgcattctttcaagatactgtttaataaatgagaag
gagggtgatatgcagttcacagaacaagagcagatgatcattaaagattttcaaatacct
gaacattggatgcatgaagctaaggcactacatgcaaaatacattggcagaagatatgaa
gaaactattcatttaatcagagcagggcattggggattagctcatgttgctgccatagat
aatttggcagcggatgcaattattgaagaggattatgaaaacttgaagaacattttgaaa
gatttgtgtttacctgaacgctgttgtacgataaaaaactggaaacttggtggacaagtc
tttcttgactatattttgttgaaagaaaagttaaaccagatacatatgaaagatacaaat
ttcacaatgtaccatttggaagacatggagaatgaaatagtgtctttgataaatcggatt
aatatgatgaaagttgaaaattcaagagaaaggctatgtcaatcagaaatggcccgtacg
tgctctaatatgctaaagatagttttcaatttaatgaattcgagtgaaaatgatatcgat
gacgaaaatccaaagtggtcttctttaaaagttgcgtcttatgttgttgatttaccctta
ccgtcagattattatttaaaagaactacgcgagttacttgctaactacactcaagagatt
gatagttctcattttaacaaccacgaagaaatttaa
DBGET
integrated database retrieval system