Entry |
|
Name |
(RefSeq) protocadherin Fat 4 isoform X1
|
KO |
|
Organism |
hmg Hydra vulgaris (swiftwater hydra)
|
Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:hmg00001]
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
04515 Cell adhesion molecules [BR:hmg04515]
100210072
Cell adhesion molecules [BR:hmg04515]
Cadherins
Cadherin related
100210072
|
SSDB |
|
Motif |
|
Other DBs |
|
LinkDB |
|
Position |
14:4349064..4466516
|
AA seq |
3376 aa
MVYLPSKKMRKFIMEFTLLLIVINFLLFNCQLPPTLYRYGDFYPKKGNNDAQNTEILISG
GIRDVIKRNSPRFRKILVRNSESNIDFQTEDSRLMTSRAKQKIDTLAGLVTTRFGKNMKV
NVLKAWTDVVEKEDKLSLHYEGRAFLIRASNNDKKLLSDLMVLAREAGFDWVYYKNEDSI
YLSVIPDVCQTKLDLSIVVDSSGSIGIVNFVKVKNFLTNLVDFFNVGLDETRIALISYSY
SVHVEFRLNEKQNKPAMKEAINKIKYQRSITATGDALMTLVNTIYNENNGMRRDKSIPKI
GVLLTDGYSNGDVDVFYAAKRVKEAGISMFVIGVSDSVYMSEILAIASPPVNQHYIVIDS
FTDLSGFLDQVTAVSCDEGALLSKCDNAETAVDGGSFKYFQTKFTGKNQRISVELVDKQG
LSFIYVSIKLRNPGPLSEEKDVNKSESNISPRIISIDLPSTGETIIYIAVQGQKDYNVFE
LSIWESLFITDQISVNISENEIAGHQVLVVQTLSHPESFNYIIKDGLNSGDFRIDNNGKI
TTNKSLDRESISSYKLSVIAEDKNDKCHKGLISIVINVDDKNDNKPEFEKQEYKVELRED
TPLNQFVIQVQATDKDTGKNAELTYELSGSNQDIFKIENKTGIIKTNKALDYESKSSYTI
GLVVFDSGANVLVGNASLIVTVTDVNEPPEFVNCKIPRSCNFRINENQPENTIVEKNLTA
IDPDTTPCSLIYSIVSLDKQYFKIIGNTIQTRMPLDREAKESYSLEVSVKDCGTPPLHAF
TIINVVLNDLNDNYPKFSESSYKCFAKEDLPKNATLCAVTANDIDAGINAKIIFSISSSN
EGIRINRNNGILTLDNSLDRETKPFIELVITAIDQGTPSLRSSVNLTIVVVDVNDNAPKF
IGNRKLNIDENVKTRTLVAKLGAVDIDEGLNAQVRFLITSGNTDDMFTINNQGELVTQKQ
PDREKIDFYSLNITVHDLGDPSLSNTAVYTIQINDLNDNSPVFDKSPYILTVKENQKNST
LITKIIATDMDLGINKEITYGILGGNQENVFFLDPNIGSLTLITTLKFRKQKKYTLNVAA
TDKGSPSRSSETVIEITVEDTNDFAPIFIDDPYKKSLNENVDIGTNVLLIKAKDNDTGPS
GDLTFSIQNLPSLPFIINSKTGLISTKGFIDYEVTPSFSFTVYVQDGGTPSFKANASVFI
QIVDLNDNAPIMANQTIYVVENEVKEKKIFVLNGVDKDSGSNSIIDYSLIDSKLPFKIQD
DQLRVNGILDRENISKYSLDIILTDRGIPPQKSISTIIVIINDENDNDPKFRKSLYDCSV
RENSPVGTFVCSVEASDVDVGENASLSFFIFDALLKIDKISGEITTNKSLDREVLNNITT
TIQVKDNGKKQRESTVTLSVTILDENDNKPAFSLVSYNYSFIEEQNAGTEVGKVFVTDED
IGSNKEIVFGVIGTDRFWIDSQDNGIGIIKAKKMNREEKDFYQFIIRASDKGTPSLSSFV
NVAVTITDINDNVPLIEEKMYQRNIKETVSNGTFVLKITASDLDIGKNGQFVYEIKSSPN
SDHFFINSNTGVITTAAALDYETVASYILNIETIDQGSPPLSDSAVVNISIINEDHTAPK
FEQVKGVSIYEDLGVNQPIMQFKATDADGSNLTYKIIGGNDEDTFQINQVTGLLSLKKSL
DRERKDFYNISVEASNEKKTEVVYLPVGVLDVNDNYPIFNHESYSGNVEEESDDFTRAIV
TVIATDKDLNLNAEIEYKIVSAHNNTFEVDSKLGILRSKIKLNREETETYIIEVAAVDKG
IPSLRTSVFITIDVADINDNYPKFENDVYNISVKENLGAGHFLIQLRAFDIDKNENGTVA
YSISADCKSFFSINESTGLLYALINFDREEKDSYTIKVKAFDRGIPSKSSETLVNIIVLD
VNDNAPVIQTKTLPAVNESVSIGTNLFQILADDSDIGINKVLVFSITPDIFRIDNNGNIF
LNRPLDRELVSQHNVLVKVEDTGTPRLHTSMNYIINVTDDNDNAPVFLNTSYYVDLEENF
QSKKLLFKAHANDIDIGINSQIAYSILNNKEIFLINASTGDIYTMKAVDYETIQSFVLNI
SASDWKFTTFATVVVTIINLNDNYPQFEMVEYFASILENATRNSLVVNVNANDLDAFGKL
SYILSNTTDLPFIIESETGSIKVLNNLDREKIGSYSFKVIVFDNGNPKLHNETNIVVKIL
DVNDNRPKFKSNSEVISLKENKPVGTSISLLSPTASDEDIEENAILRYEAVQNSYDLYVN
NVTGEIKTLRVFDREFQSSITFTYVAYDLGNPKLFSEKRTIILNIEDENDNAPMWITNPS
PNILEDYPINTQIFVMEASDNDLGQNADISYYIKDDSMFQISLSGAVSLKKSLDRETKDF
YNLTIFARDNGDIPLENFITVNITVLDVNDNYPIFNEDELHAEIKENSKGINELVKLQAT
DQDIGSNAQILYSLQHDLFSVNSTTGQVIVLRALDREEISQYNITVVARDNGNPSLHTEA
LLIVDVLDMDDNCPVFTSSFYKETILENLPYGTSILQVTATDKDIGANADLNYGILESND
RGAFKIDSVSGWITVMTSDKVDREFSEVYHLLIKAGSTSCGYTESDNVGEGGEVKNNYTV
ANVYITVTDINDNAPIILNVENKIYYENVLTTDIVVVNATDKDLGKGGEIEFSIMRIDQK
VVSNQVQNYVMIGVSDKGDKPLSSNATFIVINTVTCDAMYFSITEVGLLKVSSLCSVQNQ
NSQSEIVVLVNNSVSLSCIATGNSPVIYRWSKDGSLVSGWSNDGNISLPSVKPDYEGSYA
CIASSKPGVIQSSVTKLLIHEKPSILKQPTNVVVNEKETAILTVKATATPRPTYQWFKND
LPIKHATQDEFVLESTIPADSATYFCNITNNQGQVQSEKVKINVVNRESVVELNIKILKP
NIKNLCFDFFLEDFEEQAKVILNRPLYVTNFRNTENIKKLCNRTACSKNPCRNKGLCEII
DTGFQCVCTDSWQGQTCEENVNECAPDSNTCNKGNCTDIIGTFRCACPQGKSGNRCQYNS
NACQSNKCIEKNEVCVPFESNSETVNQTFRCISKSNIITLISKPIMNWSLPTQYDLELSL
NRIVKAINMSVPADRKRKRKDISVMDFGHCIVHVTDHVLKNDESKVFFILDCTISKLGSN
KSAIFFSPNVVKGFCLQLLSSDDTFSQCGQLDGFMHKPVVPKMTPLNANVHIVIKDGNEK
VLPADKAIQIMKENDFAYHLEKYNYKVISVRSAYDKPIQEKKGRTLVIAISVTCAFVIIA
VVFVSVYRRRCSKTNDKNNQSSIMFQRSMMVHDASTSNLIPDYTSKTNKAYDEKNDDDND
AAFMFEVPTDLISKKK |
NT seq |
10131 nt +upstreamnt +downstreamnt
atggtttacttaccaagtaaaaagatgagaaaattcataatggagtttacgctgctgcta
atagttataaattttctattattcaattgtcaattgccgccaacattatatcgttatgga
gatttttatcctaaaaaaggaaataatgatgcacaaaataccgagattttaattagtgga
gggatacgtgatgtcattaagagaaactcaccacgttttcggaagattctagttaggaac
tcggaatcaaatattgattttcaaactgaggattctcgtctaatgacatcgcgagcaaaa
caaaaaattgatacgcttgcaggtttggttacaacacgatttggaaaaaatatgaaagtg
aatgtacttaaagcatggacagatgtggtcgaaaaagaagacaaactatcattgcactat
gaaggtcgagcatttctgattcgtgcttcaaataatgacaagaaattgcttagcgatctt
atggttttagcacgtgaagccggattcgattgggtttattataaaaatgaggattctatc
tacctgagtgtgatccctgatgtttgccaaactaagttggatctttcgattgttgttgat
agctcaggaagtattggcattgtaaactttgttaaagtcaaaaactttttaacaaacctg
gttgatttttttaatgttggactagatgaaacaagaattgctttgattagctattcttat
agtgttcatgttgaatttcggctgaatgaaaagcaaaataaaccagctatgaaagaagca
atcaacaaaataaagtaccagagatcaatcactgctacaggtgatgccttaatgacttta
gtaaatacaatttataatgaaaataatggcatgagaagggataaatctataccaaagatt
ggagttttattgactgatggttactcaaatggtgacgttgatgttttttatgcagcaaag
cgtgttaaggaggctggtattagcatgtttgttattggagtatctgatagtgtgtatatg
tctgaaatactagcaattgccagtccaccagtaaatcaacattacattgtaattgacagt
tttacagatctttctggtttccttgatcaagttactgctgtttcctgtgatgaaggggct
ctactgagtaaatgtgataatgcagaaacagctgttgatggtggatcctttaaatacttt
caaactaagtttacaggaaaaaatcagcgtatctctgttgaattagttgataagcaaggc
ttgtcttttatttatgtttcaataaagctacgaaatcctgggcctttatcagaagaaaaa
gatgtaaacaaaagtgaaagcaacatatcaccacgaataatatcaatagatctaccttct
actggtgaaactatcatttacattgctgtccaaggtcaaaaagattacaatgtgtttgaa
ctgagtatatgggaatcattatttataactgatcaaatctctgttaacatatcagaaaat
gaaatagctggacaccaagttttggttgtacaaacattaagtcatccagaaagctttaac
tatataatcaaagatggtttgaatagtggtgacttccgaattgacaacaatggaaaaata
acaacaaataaaagtcttgacagagaaagcatatctagttataagttaagtgttatagct
gaagataaaaatgataaatgtcacaaaggtttaatatcaattgtaataaatgttgatgat
aaaaatgacaacaaaccagaatttgaaaaacaagaatacaaagtagaactaagagaagat
actccattaaatcagtttgtcatacaggttcaagctacagacaaagatactggtaaaaat
gctgagctgacctatgaactatctggctcaaatcaagatatttttaaaattgaaaacaaa
acaggtataattaaaacaaacaaagctcttgattatgaatctaaatcaagttatacaatt
gggttagttgtttttgattcgggtgctaatgtactagttggaaatgctagcctgattgta
actgtgactgatgtgaacgagccaccagagtttgtaaattgtaagataccaagaagttgc
aattttagaattaatgaaaatcaaccagaaaacacaattgttgaaaaaaatttaactgct
atagatccagatacaacaccatgcagcctaatctacagtattgtttctcttgataaacag
tattttaaaattataggtaacacaatacaaacaagaatgcctcttgatagagaagcaaaa
gaaagttattctttagaagtgtcagttaaagattgtgggacacccccactccacgcattc
acaattattaatgtggttttaaatgatttaaacgataattatccaaaattctctgaatct
tcttataagtgttttgctaaagaagatttacctaaaaatgctacactgtgtgcagttaca
gcaaatgatattgatgctgggattaatgctaaaattattttcagcatttccagttctaat
gaaggtatacgtatcaatagaaataatggaatactcaccttggataatagtttagacaga
gaaacaaaaccatttattgaattagtaataactgctatagaccaaggaacgccttcactt
cgttcttcagtcaacttaacaattgttgtggtagatgtcaatgataatgctccaaaattc
attggaaatagaaagcttaatattgatgaaaatgttaaaactagaacgctggttgccaaa
cttggggctgtagatattgatgaaggtctcaatgctcaagttcgttttttaatcacttct
ggtaatacagatgacatgtttactatcaacaatcaaggagagttagttactcaaaagcaa
ccagatcgtgaaaagattgacttttatagtcttaatataactgtgcatgatttgggtgat
ccatctttatcaaatacagctgtgtatacaattcaaatcaatgatcttaatgacaacagt
cctgtttttgataagtctccatacattttaactgttaaagaaaatcaaaaaaacagcaca
ttaataacaaagatcattgctactgatatggatcttggcattaataaagagatcacttat
ggaattttgggtggaaaccaagaaaatgttttttttcttgatcccaacataggaagttta
accttaataactactcttaaattcaggaagcaaaaaaaatacaccctgaatgtagctgca
actgataaaggatcaccatcaagatcttcagaaactgttattgaaattactgtggaagat
acaaatgattttgcaccaatatttattgatgatccttataaaaagtctttaaacgagaat
gtagatattggaactaatgttttgctaatcaaagctaaagataatgatactggtccgagt
ggagatcttacattttcaatacagaatctgccaagtttaccatttattataaattctaaa
acaggtttgatttcaacaaaagggtttattgattatgaagtaactccaagtttttcattc
actgtctatgttcaagatggtggaaccccatctttcaaagctaatgcatcagtttttata
caaattgttgatttgaatgataatgctccaatcatggcgaatcaaaccatttatgtagta
gaaaatgaagttaaagagaaaaaaatatttgttttaaatggtgtagacaaagatagtggt
tcaaactctataatagattactctttaattgattcaaaattaccttttaaaattcaggat
gatcaactaagggttaatggcattcttgatcgagaaaatattagtaaatatagcttagat
atcattttaactgatcgtggcataccaccgcaaaaaagtatatcaacaattattgtcatt
attaatgatgaaaatgataacgatcctaagtttcgaaaaagtttgtatgattgctctgtt
cgagaaaattctcccgttggtacatttgtatgttctgttgaagcaagtgatgttgatgtt
ggagaaaatgcctcattgtcattttttatttttgatgccctgttaaaaatagataagata
agtggtgaaattactaccaacaaatctctagatagagaagtgttaaataacataacaact
acaatccaagttaaagacaatggcaaaaaacagagagaatctacagttactttaagtgta
acaatacttgatgaaaacgacaataaaccagcatttagtttggtcagctacaattatagt
tttattgaagaacaaaatgctggaacagaagttgggaaagtttttgtcactgatgaagac
ataggaagcaacaaagaaattgtgtttggtgtaataggcactgatagattttggattgat
agccaagacaatggtataggtattataaaagcaaaaaaaatgaatcgtgaagaaaaggac
ttctaccagtttataataagagcctctgataaaggaacaccttctctttcttcttttgtc
aatgttgctgttactattacagatataaatgataacgtgccattaattgaagaaaagatg
tatcaaagaaatattaaagaaactgtatcaaatgggacgtttgttctaaagattactgcc
tctgaccttgatattggtaaaaatggtcagtttgtttatgaaattaaaagcagcccaaat
tccgatcatttttttattaattcaaatacaggtgtgatcacaacagctgcagccttagat
tatgagacagttgcatcttatattttgaatattgaaactatagatcaagggtcaccccct
ttatctgacagtgcagttgttaacataagtatcattaatgaggaccacacagctccaaag
tttgaacaagtaaagggagtatctatatatgaagatcttggagttaatcaacctatcatg
cagtttaaggcaactgacgctgatggttcaaacttaacatataaaattattggaggaaat
gatgaggatacatttcaaattaaccaagtcacagggttattatctttaaaaaaaagtcta
gatcgcgagaggaaagatttttataacatcagtgttgaagcttccaacgaaaaaaaaaca
gaggttgtttacctaccagttggagtcctagacgttaatgataattatcctatttttaat
catgaatcttattctggaaatgttgaagaagagagtgatgattttacaagagccattgtt
actgttattgcaactgacaaagatttaaacttaaatgcagaaattgagtacaaaattgtt
tctgcacacaataatacatttgaagtagactcaaaattaggtatattacgttctaaaata
aaattgaatcgtgaagaaacagagacttacataattgaagttgcagctgtggataaaggt
ataccttctcttcgcactagtgtttttatcactatcgatgttgctgatattaatgacaac
tatccaaagtttgaaaatgatgtttataacatttctgtcaaggaaaatttaggagctggt
cactttttaatccagttaagagcatttgatattgacaagaatgaaaacggaacagttgct
tacagtattagtgcagattgtaagagttttttttcaattaatgaatcaactggactgtta
tatgcattgattaattttgatagagaggaaaaagattcttatacaatcaaagtgaaagct
tttgatcgtggtattccatcaaaatctagtgaaactttagttaacatcatagttttagat
gtaaatgataatgcacctgtaatccaaacaaaaactttacctgctgtaaatgaaagtgtt
tctataggaacaaatctttttcagatcttagcagatgattctgatattggtattaataag
gttttagtttttagcatcacacctgatatctttcgcattgataacaatggaaatattttt
ttaaatagacctttagatcgtgagcttgtttctcaacataatgttttggtaaaggttgaa
gatacaggtacacctagacttcacacaagtatgaattatatcataaatgtcacagatgat
aacgataatgcaccagtatttttaaacacttcttattatgttgatttagaagaaaatttt
caatcaaaaaagttattatttaaagcccatgctaatgatattgatattggaataaattct
caaatagcttatagtattcttaacaacaaagaaatttttttgatcaatgcttctacgggt
gatatttataccatgaaagctgtagactatgaaactatacaatcttttgtattaaatatt
tctgcttctgattggaagttcactacctttgctactgttgtagttactattattaatctt
aatgataattatcctcaatttgaaatggtggaatattttgcttctatacttgaaaatgct
acaagaaatagtcttgttgtaaatgtaaatgccaatgatcttgatgcatttggaaagctt
agttacattttatccaatacaacagatcttccttttataattgagagtgaaacaggaagt
atcaaagtattaaataatttagatagagagaaaattggaagttattcctttaaagttatt
gtttttgacaatggcaatccaaaattacacaatgaaactaatattgtagttaaaatctta
gatgtcaatgacaaccgtcctaaatttaaatcaaattcagaagttatttctttaaaagaa
aataaaccagtaggcacatcaatatctttattatcacccacagcatctgatgaagatatt
gaagagaatgccattctgcgatatgaggctgttcaaaatagttatgatctttatgtaaat
aatgtaactggtgaaattaaaacattgcgtgtttttgacagagagttccagtcaagtata
acttttacttatgttgcgtacgatcttggaaatcctaaactgttttctgaaaagcggaca
ataattctaaatattgaagatgagaatgacaatgctccaatgtggattacaaatccatct
ccaaatattcttgaagattatccaattaatactcaaatttttgttatggaagcctctgac
aatgacctaggacagaatgctgatataagctattatattaaagatgattcaatgtttcaa
atttcattatcaggtgcagtttctttaaaaaaaagtttggatcgagaaacaaaagacttt
tataatttgacaatttttgcgcgtgataatggagacatacctcttgaaaattttattact
gttaatatcacagttttagatgtcaatgacaattatccaatttttaatgaggatgaattg
catgcagaaataaaagagaacagtaaaggaataaatgaattagtgaagcttcaagcaaca
gatcaagatattggtagtaatgcacagatattgtactctcttcaacatgacttattttct
gttaattctacaactgggcaagtcatagttcttcgagcactagatcgtgaagaaataagt
caatataatattacagttgttgccagagacaatgggaatccttctctgcacacagaagct
ttattaattgtggatgttttagatatggatgacaactgtccagtatttacctcgtctttt
tataaagaaacaattttagaaaatctaccatatgggacatccattttgcaagtgacagcc
actgacaaagatattggggcaaatgctgatttgaactatggcattctagagagcaatgat
cgtggggcatttaaaatagactctgtttcaggctggattactgttatgacttcagataaa
gtagatcgtgagttttcagaagtatatcaccttttaataaaagctggctctacatcatgt
ggatatactgaaagtgacaatgtgggtgaagggggggaagtaaaaaataattacacagta
gcaaatgtctatattactgtaacagatataaatgataatgcaccaataattttaaatgtt
gaaaataaaatctattacgaaaatgttctcacaactgatattgttgttgttaatgcaact
gataaggatttaggaaaaggtggagagattgaatttagtataatgcgcattgaccagaaa
gttgtttctaatcaagttcagaactatgtcatgataggtgtctcagataagggtgataaa
cctttatcaagtaatgccacttttattgttatcaacactgttacatgtgatgctatgtat
ttttctatcactgaagttggtcttttgaaagtaagcagtttatgctctgtgcaaaatcag
aattcacaatctgagattgtagttttggtaaacaattcagtttctttgtcatgcattgca
actggcaattctcctgtaatctatcgatggtcaaaagatggaagtcttgtttctgggtgg
tctaatgatggcaatatatcattgccatcagtaaaacctgattatgaaggatcctatgca
tgcattgcatcaagtaaaccaggagttattcagtcaagtgtgacaaaactgttaatacat
gaaaaaccctcgattctgaaacaacctactaacgttgttgtaaacgaaaaggagacagct
attttaacagtcaaagctaccgcaactccacgtccaacatatcaatggtttaaaaatgat
ttaccgataaaacatgcaactcaagatgaatttgttttggaatcaacaataccggcggat
tctgctacttatttttgtaatattacaaacaaccaaggacaagttcagtccgaaaaagta
aagataaacgttgttaatcgggaaagcgtggttgaactaaatataaagatattaaaacca
aacattaaaaatttgtgttttgattttttcttagaagattttgaggagcaagctaaagtt
atattaaatcgaccactgtatgttacaaactttcgaaataccgaaaacataaaaaaactt
tgtaaccgaacagcttgcagtaaaaatccttgccgaaataaaggtttatgcgaaatcata
gataccgggtttcaatgtgtttgcacagactcctggcaaggtcaaacatgcgaagaaaat
gttaatgaatgcgctccagattcgaacacttgtaataaaggaaattgcactgatataatc
ggtacgtttagatgtgcttgtccgcaagggaagtctggaaatcggtgtcaatataattca
aatgcatgccaaagtaacaagtgtattgaaaagaatgaagtttgcgtacctttcgagagc
aacagtgaaacagtaaatcaaacatttcggtgcattagtaagtctaacataataacgctt
atatcgaaacccattatgaattggagtcttccaacacaatacgatttggaactttctctt
aatcgcatagtaaaagcaataaacatgtccgtacctgcagatagaaaacggaaaaggaaa
gatatttctgtcatggatttcgggcactgcattgtacatgtgacagatcacgttttaaaa
aatgatgaatcaaaagtgttttttatacttgattgcacaattagtaagttgggtagcaat
aaatcggccatcttcttttcacctaacgttgtaaaaggattttgtttgcaattactttcc
agcgatgatacttttagtcagtgcggacaacttgatggatttatgcataaacctgtagtg
ccaaaaatgacgccattgaacgccaatgttcacattgtaataaaagacggcaacgaaaaa
gtactaccagctgataaagccattcaaatcatgaaggaaaatgattttgcttatcattta
gaaaaatacaattataaagttataagtgttcgaagtgcttacgataaaccaatacaagaa
aaaaaagggcgaactctcgtgatagctatttccgtcacctgcgcttttgttataatagct
gttgttttcgtgtctgtttatcgacgccgttgctcaaaaacaaacgataaaaataaccaa
tcatctattatgtttcagcgatctatgatggtccacgacgctagtacttctaatcttatt
cctgattatacaagcaaaacaaataaggcttatgatgaaaaaaacgatgatgataatgac
gcagcatttatgttcgaagtgcctactgatcttatttcaaaaaaaaaataa |