Hydra vulgaris (swiftwater hydra): 100211926
Help
Entry
100211926 CDS
T01080
Name
(RefSeq) E3 ubiquitin-protein ligase listerin
KO
K22377
E3 ubiquitin-protein ligase listerin [EC:
2.3.2.27
]
Organism
hmg
Hydra vulgaris (swiftwater hydra)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
hmg00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03009 Ribosome biogenesis [BR:
hmg03009
]
100211926
04121 Ubiquitin system [BR:
hmg04121
]
100211926
Enzymes [BR:
hmg01000
]
2. Transferases
2.3 Acyltransferases
2.3.2 Aminoacyltransferases
2.3.2.27 RING-type E3 ubiquitin transferase
100211926
Ribosome biogenesis [BR:
hmg03009
]
Eukaryotic type
Pre-60S particles
Ribosome quality control proteins
100211926
Ubiquitin system [BR:
hmg04121
]
Ubiquitin ligases (E3)
Single Ring-finger type E3
Other single Ring-finger type E3
100211926
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Ltn1_1st
UBC_like
LTN1_E3_ligase_6th
zf-RING_2
FANCL_C
zf-rbx1
zf-ANAPC11
HEAT_GCN1
RINGv
zf-RING-like
C1_1
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
100211926
NCBI-ProteinID:
XP_047128607
LinkDB
All DBs
Position
3:26566034..26678419
Genome browser
AA seq
1544 aa
AA seq
DB search
MSDKKGQRTKGNTKPSSSSRAAQFLQQEGQIEFTMFSGLKGTQVNDSSMLDGELKMLLRK
MSKKDTITKIKAIQEFTTICKEKDIDSIKSILIIWPRIFNKLSLDYDHRVREATLHAHYE
ISVRAGRNLGPYLKILLPCWLIVMFDPFVPCALIAQKSFNEIFLNGKKADVLKFCEKELI
QTITNNLLKETSETLSDPKTSPLEEREAKYIRVVSSSMLAFDYIIKNADLKMFEESIKVF
AADKTFWKYSKHSSGLIRSSFYTLILTCLLKSTVISEYISMLASTILNSFDEQDSTVVRP
LWDLILIFTSKFQECWSHVNVRKAVFPKLWKMLKNCGYGNITIIYPNLVLFLSHLPKEIV
GAENFFFNEFLSSLTEGLLTNANVLLPADVKLLINSYKECFQYMLLQNITNEKVKNYLLN
DQLHSTLQQFFNLKELASYGSFFFMQLNYLISFIKSKSSYDTNQLLNDVWSVISNVVIPP
SKTFLSANNHFYEMLLQFVECMCTDKITKNKSNLEDNQYLTNLLCSIYSCFDSSKEEYKY
IIKILCYYHDINVLKFILNTSDLNYEYVNNLDVCCKFHAYVLVPLTKNETNLEDISQLSI
SLHELLQQSEIVLYLNYIFKEKLSQEYSLSLLNKVLDSSDCSVLSWLKSEAQNIFIDLLN
YKNILNNLNTPLKYLMLLEGQELDHYANVFISTLKRYFHETYNTELAASFISICKSTCNV
TIEFVDVWFLILEKKRKADSQDALLCGFCKIANSSYRNDFHNVFMKWTIENCFDDIMYHD
DVLTILSYPGHEAFDGFCFKLAKDLLSVEYWKLKDSKKINAILFYSKFLERICLKFPLDS
ELVIDTTIRCMSEDNNVLENFVLNYEEHQIELFQKLIRTRSANELHYFLSIFQKHKRLDK
LLNKCFSLIIVENFTDKLCVAIGFLNEVSEIKRLADHYISELLSGVKVEEFKVLLKVIWC
ILSQWQQVDNNCNEEYKDYATDLLNYIVTWCSDNNHLLLLSTSISNDVSLDKNLMSLLCH
LLLTAGVCMRTEHWDFYLCSLVAWLQTCEETFLSSILTDCSIEFMISCYEMFRILAAIFD
KYTKCSYPPLIGLSISFDGLVNDTLISEWKEFFLPACHASIHNVAMKALLNEYPSVPEKL
CYAISSAMQFVSREYIIENLFKNITSEMQKKKVVGDLFRFLNKIIFNGPVHFKLESYHIL
SKLSDFIEEFLCKNIEPESSEYEQLRLFPDELLENITKSHDVVLLILSKTEVSITNPLRG
ITDKDHQSSLLTYLLSWQLVIQVFKMASPSNRSLFANFFHKFGTLNELITFLCCIMKQSY
IIEKIEEFKVTTLAFEDLQTVSFHLFDSAMNCMPALIRSWFSKLDRKDAAYVEKFTSSYI
TPNLLKKEFNKVTNYKQDLSNNMSVKALPVAREIIAKYSIEEMTMELVLTLPTNYPLSPV
NVECGKRFGVSTAEWRQWMLQLTTFLSFQNGAVSDGLQMWKNNVNKRFEGVEECMVCFSI
IHPSNYSLPTIACKTCKKKFHPVCLYKWFGTSGKSTCPLCRDQF
NT seq
4635 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcagacaaaaaaggccaacgaactaaaggaaacacaaagccttctagtagtagtcgt
gcagcacaatttttacaacaagaaggtcaaatagaatttacaatgttttcaggacttaag
ggaacacaagtaaatgatagttctatgcttgatggagagctgaaaatgttattacgaaaa
atgtctaaaaaagatacaataacaaaaataaaggctatacaggagtttactactatatgc
aaagaaaaggatatcgattctattaaatcaatattgataatatggccacgaatatttaat
aaactttctctagactatgaccatcgcgtcagagaagcaactttacatgctcactatgaa
atttcagtaagggctggtcgaaatcttggtccttatttgaaaattcttttaccatgttgg
ctaattgtaatgtttgatccttttgttccttgtgctttaatagcacaaaaatcattcaat
gaaatttttctcaatggaaaaaaggcagatgttttaaaattttgtgaaaaagagcttatt
cagactattaccaacaatcttttgaaagaaacatcagaaactttaagtgatccaaaaact
tctcctttagaagaaagagaagcaaaatatataagagttgtttcaagttcaatgcttgca
tttgattatattattaaaaatgctgatttaaagatgtttgaagaatctattaaagtcttt
gctgctgataaaactttttggaagtattctaaacactcttctggtttgatacgttcatca
ttttacactttaatcttaacttgcttgctgaagtccacagttataagtgaatatatatca
atgttagcttcaactattctcaattcttttgatgagcaagactcaactgttgttcgacca
ttgtgggatttaattttgatttttacatcaaagttccaggaatgttggagccatgttaat
gttagaaaagctgtttttccaaaactctggaaaatgttgaagaattgtggttatggtaat
attaccataatttatcccaatttagttttgttcctaagccacctgcccaaagagattgta
ggtgcagaaaatttctttttcaatgaattcttgtcttcacttactgaaggactcttaact
aatgcaaatgttttattacctgctgacgtaaagttgcttattaattcttacaaagaatgc
tttcagtatatgctattgcagaatatcacaaatgaaaaagtgaagaattacttgttaaat
gatcagcttcattctaccttgcaacaattcttcaatttgaaagaattagcttcatatggt
tcttttttttttatgcagttaaattacttaatatcttttataaaaagtaaatcctcttat
gatacgaaccaattgcttaatgatgtttggtctgtgatttcaaatgtagttatccctcca
agtaaaacttttttgtcagcaaataatcatttttatgagatgctactacaatttgtggaa
tgcatgtgtacagataaaattacaaagaataaaagcaatttagaagacaatcaatattta
actaacttattatgcagtatttatagctgttttgattcaagtaaagaagaatataagtat
ataattaaaattttatgttactatcatgatataaatgttttaaaattcatacttaatact
tctgatctaaattatgaatatgtgaataatttggatgtttgttgcaagtttcatgcatat
gtgctagttccattgacaaaaaatgaaaccaatttagaagatatttctcaactttctatc
tccttgcatgagctacttcaacaaagtgagattgtgttgtatctcaactatatttttaag
gaaaaactatcacaagaatattcattgagtttgttgaacaaggttttagacagctctgat
tgttcagttttaagctggttaaaaagtgaagcacaaaatatatttattgatttattgaac
tacaagaatattttaaacaatcttaacacacctttgaagtacttaatgttattagaaggt
caagagttggaccactatgctaatgtatttatttcaacattaaaaagatattttcatgaa
acttacaacacggagttagcggcatcttttatttcaatctgcaaatcaacttgtaatgtc
actattgaattcgttgatgtatggtttttaattttggaaaaaaaaagaaaagcagattcc
caggatgctcttctgtgtggcttttgtaaaatagcaaatagttcttatcgaaatgatttt
cataatgtttttatgaaatggacgattgaaaactgttttgatgatataatgtaccatgat
gatgttttaaccatattaagttatcctggtcacgaggctttcgatggattttgttttaaa
ctagcaaaggatttattgtctgttgaatattggaaattaaaagattccaaaaaaattaat
gcaattttattttattcaaaatttctggagaggatttgtctaaaatttccattagattca
gaattagttattgatactactattagatgcatgtctgaagataataatgtgttggaaaat
tttgttttaaattatgaagaacatcaaatagaactttttcaaaaacttataagaacaaga
tctgcaaatgaactgcattattttttgagtatatttcaaaagcacaaaagactagataaa
cttcttaataagtgcttttcattaataatagtagaaaattttactgataaactctgtgta
gccattggttttttaaatgaagtatcagaaataaaaagactcgctgatcattatatttca
gagttactttctggtgtaaaagttgaagagtttaaagttttattaaaagtgatatggtgt
atcttatcgcaatggcagcaggttgataacaactgtaatgaggaatacaaagactatgca
acagacttgttgaattatattgttacctggtgttctgacaacaatcatcttctactttta
tcaacatcaatcagcaatgatgtctcgttagataaaaatctaatgtcattgctgtgtcat
ctgttgctgactgctggagtttgtatgcgaacagaacattgggacttttatctatgttca
ttagtggcatggcttcagacttgtgaagaaacatttttgtcgtcaattctaaccgattgt
tcaattgagtttatgatctcatgttatgaaatgtttcgtattttggctgcaatatttgac
aaatacacaaagtgttcttatcctccattgattgggctaagtatatctttcgatgggctt
gtgaatgacacattaatttcagaatggaaagagttttttcttccagcttgtcatgcttct
attcataatgttgctatgaaagctcttttaaacgaatatccaagtgtacctgagaaacta
tgttatgctatatcatctgcaatgcagtttgtatctcgagaatatattattgaaaatctt
tttaaaaatatcacatctgaaatgcaaaaaaaaaaagtagttggcgacttatttagattt
ttaaacaaaataattttcaatggtccagtgcattttaaacttgaaagttatcacattcta
tcaaaattaagtgactttattgaagaatttctttgtaagaatattgaacctgagtcaagt
gaatatgaacaattaagattgtttcctgacgagcttcttgaaaatattacaaaaagtcac
gatgttgttttacttattttaagtaaaactgaagtttccattactaatcctctgcgaggc
attacagataaagatcatcaatctagtttgttaacatatttgttatcatggcaacttgtt
atacaagtattcaaaatggcttctcccagcaatcgatctttgtttgctaatttttttcac
aaatttgggacacttaatgaattaataacttttttatgttgcattatgaaacagagttat
atcattgaaaaaatagaagagtttaaagtgactaccttggcatttgaggatttgcagaca
gtttcttttcacttgtttgacagtgctatgaattgcatgccagcacttattagaagttgg
tttagcaagcttgatcgaaaagatgcagcatacgttgaaaagtttacatcttcatatata
actcccaatttgttaaaaaaagagtttaacaaagttacaaactataagcaagacctttca
aataatatgagtgttaaagcgttacctgtagctcgtgaaataattgcaaaatactcaatt
gaggagatgacgatggaattagtgttaactcttcctacaaattaccctctaagtccagtt
aatgttgaatgtggtaaaaggtttggagtatctacagccgagtggaggcaatggatgttg
caacttaccacatttttatcatttcaaaatggtgcagtatccgatggtctacaaatgtgg
aaaaataatgttaacaaaaggtttgaaggtgttgaagagtgtatggtttgtttctcgatt
attcatccttcaaattattctctgccaacaatagcatgtaaaacttgtaaaaagaaattc
catccagtttgcttgtacaaatggttcggaaccagcggtaaatccacttgtccactttgt
cgagatcaattttaa
DBGET
integrated database retrieval system