Helicobacter pylori ELS37: HPELS_03515
Help
Entry
HPELS_03515 CDS
T01798
Name
(GenBank) putative vacuolating cytotoxin VacA
Organism
hpe
Helicobacter pylori ELS37
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VacA2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFF20249
UniProt:
A0ABC7ZFH8
LinkDB
All DBs
Position
complement(711814..721377)
Genome browser
AA seq
3187 aa
AA seq
DB search
MIDKNDKTDLKNKRFKNRSFKGVKKKIAKKYKIKNSSLTIYPLKTHSNSSLSLNKKIFLG
LGFVSALSAEDYNSSVYWLNSVNENNSNKSYYVSPLRTWAGGNRSFTQNYNNSKLYIGTK
NASATPNNSSVWFGEKGYIGFITGVFKARDIFITGAVGSGNELKTGGGAILVFESSNELS
ANGAYFQNNRAGMQTSWINLISNHSVNLTNTDFGNQTPNGGFNAMGRKITYNGGIVNGGN
FGFDNVDSNGTTTISGVTFNNNGALTYKGGDGIGGSITFTNSNINHYKLNLNANSVTFNN
SALGSMPNGNTNTIGNAYILNASNITFNNLTFNGGWFVFMRPDSKIDFQGTTTINNPTSP
FVNMSAKVTINPNAVFNIQNYTPSIGSAYTLFSMKNGSIAYNDVSNLWNIIRLKNTQATK
DNSKNATSNNNTHTYYVTYNLGGTLYNFRQIFSPDSIVLQSVYYGANNIYYTNSVNIHDN
VFNLKNINDDRADTIFYLNGLNTWNYTNARFTQTYGGKNSALVFNATTPWANGSIPKSNS
TVRFGGYEGINWGKTGYITGTFTADRVYITGNMMSGNGAQTGGGATLNFVGATEINIAGA
DFKNLKTTSQNSYMTFMALGDSSESGKINVSQSDFYDWTGGGYDFTGNGVFDSVNFNKAY
YKFQGTENSYHFKNTNFLAGNFKFQGKTTIEKSVLSDASYTFDGANNTFNEDKFNGGSFN
FNHAEQTNAFNNNSFNGGSFNFNAKQVDFNGNVFNGGVFNFNNTPKASFTDDAFNVNNQF
KINGAQTDFTFSKGVVFNMQGLLNSLSVGTTYQLLSAKSVDYKDNNNALYQMLRWISGEN
PSGTLVNKDQSAPSNAKIYNVHFTDNGLTYYIKENFNNGITLTRLCTLGYTHCVNIHNEV
FHLKNINNNASNTVFYLNGMTTWKIAGTGVFTQDYSGADSVLVFNQTTPFLNGANPTSNS
VVGFGKTSGAEWGLVGYIQGAFKASQIDITGTIRSGNGAKTGGGATLVFNAQERLNIANA
HLNNDKAGLQNSWMNFIVNNGNLNVTNANFSNQTPHGGFNLKADNITWDKGSVSGGGNFG
VDNANANGNAVIKNVTFNDNGTLIYKGGENSTGNSLTLENNTFNSYNINARVQNLTFNNN
SFNGGSYSFNDTKNITFKGTNTLINSDPFSRLKGSVSIENNSIFNIERDLTNNTTYTLLS
GNNIKYNNEIVEDNVFSQNLWNLIHYGGERGTLLRAEKNTYFVQFTQSNGQRFVFEETFN
PGSITYKYFTIHSSSFHTDNDSKDIWSQVRKQFDFVPGKTPVCVGVCYIAPYKNQNLVGS
SAFAWSLNFGATVVGTLLLGSAQEKANNNGGSIWFGKNNLLYLHGNFNATNIFLTNNFNV
GNPNAGGGATINFNADETLRADGLNYTNFQTVAMGLQTSASQHSWANFNSRLSMEIKNSN
FRDFTWGGFNFNSGRITFENTTFSGWTNINGATESGSSYVNMVANTDLVFSNSILGGGIR
YDLKANNIVFNNTQMVIDVSKNVNQSSLNGNVTFNNSRLSVKPNAAINIGGSQTQTTLEN
ASSLSFYNNSVANFNGTTAFNGVSYLNLNPNAQLSFNQANFNNANVTFYGIPLFGKTPDF
GNSARLINFKGNTNFNQATLNLRAKNIHINFQGTSTFENNSTMNLAESSQASFNTLSVEG
ETNFNLNNSSLLNFNGDSVFNAPVSFYANNSQISFTHLATFNSDAFFDLSNNSTLNFQSV
LLNGALNLLGNGANALSINASGNFSFGTQGILNLSNVNLFDAENKPLVYNILQAQNIQGL
MGNNGYEKIRFYGIQIDKADYSFNNGIHSWRFTNPLNTTETITETLHNNRLKVQISQNGV
SNNEMFNLAPSLYDYQQNPYDESSNSYNHTSGKAGTYYLSSNIKGFNQNNETPGTYNAQN
QPLQALHIYNQAITKQDLSVIASLGKEFLPKMAKLIASGDLDNLNLNSPNGFETLFGIFE
KYGITLNQENWKSLLKIINNFSNTANYHFSQGNLVVGAIKEGQTNTKSVVWFGGDGYKEP
CAVGDNTCQMFRQTNLGQLLHSSTPYLGYINANFRAKNIYITGTIGSGNAWGSGGSANVS
FESATNLVLNQANIDAQGTDKIFSYLGQGGIEKLFGEKGLANALSNIVYEESLNNNAIPK
DLANMIPKDFGSKTLSSLLSPTEVNDLLGVSAFKNAIMEILNSKTVGDVFGENGLLNALD
PIKRKEIDQMLLEQIQAHSSGFEKFIVKTLGIENVENFINNWYGKQSLSSFANNFVPGGL
NQALDKIGSSSDAKDLQSFLDKTTFGDILNQMINQAPLINKLISWLGPQDLSVLVNIALN
SITNPSKELLGAISGMGQKVLNDLLGEGVVNKIMNNQVLGQMINKIIADKGFGGVYHQGL
GSILPKPLQKELEQFGLGSLLKPKGLHNLWQKGNFNFVAKDYLFTNNSSFSNATGGELNF
IAGKSIIFNGKNTINFTQYQGRLSFVSKDFSNISLDTLNATNGLTLNAPRNDISVQKGQI
CVNVLDCMGKKKAHSSSATAPTDETLEVNANNFAFLGAIRANSLVDFSQVLQNTTIGTLN
LGPNATFKANNLIVNNAFNNNSNYRVNISGNFNVIKGATFSTNENGLNVGGNFNSEGPLT
FNLKRPTDKTILSVTGTSTIMSYNNQTLINFNTQLKQGAYTLIDAKRMVYGYDNQTILGG
SLSDYLKLYTLIDFNGKRMQLKGDSLSYDNQPVNIKDGGLVVSFKDNQGQMVYSSILYDK
VQVSVSDKPMDIHAPSLEYYIKYIQGSAGLNAIKSAGNNSILWLNELFAAKGGNPLFAPY
YLQDNPTEHIVTLMKDITSALGMLSKPNLKNNSTDALQLSTYTQQMSRLAKLSNFASFDS
TDFSERLSSLKNQRFADAIPNAMDVILKYSQRDKLKNNLWATGVGGVSFVENGTGTLYGV
NVGYDRFIKGVIVGGYAAYGYSGFYERITNSKSDNVDVGLYARAFIKKSELTFSVNETWG
ANKTQINSNDTLLSMINQSYKYNTWTTNAKVNYGYDFMFKNKSIILKPQIGLRYYYIGMT
GLEGVMNNALYNQFKANADPSKKSVLTIDLALENRHYFNTNSYFYAIGGFGRDLLVNSMG
DKLVRFIGNNTLSYRKGELYNTFASITTGGEVRLFKSFYANAGVGARFGLDYKMINITGN
IGMRLAF
NT seq
9564 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgattgataaaaatgataaaacagatttaaaaaacaaacgctttaaaaaccgctctttt
aagggcgttaaaaagaaaatcgctaaaaaatataaaatcaaaaactcgtctttgacaatt
tatcccttaaaaacgcattcaaattcttctctatctctcaataaaaaaatcttcttaggg
ctagggtttgtttcggctttgagcgctgaagattataatagttcagtgtattggctcaat
agcgtgaatgaaaataacagcaacaaatcctactatgtcagccctttacgcacttgggct
ggggggaataggagttttacgcaaaactataacaatagtaagttatatatagggacaaaa
aacgcttccgcaacgcccaataattcttctgtgtggtttggggaaaagggctatataggt
tttattacaggggtttttaaggctagagatatttttatcacaggagctgttggatcgggt
aatgagttaaaaaccggcggaggggcgatacttgtttttgaaagctcaaacgaattaagc
gctaatggggcttattttcaaaataacagagctgggatgcaaacttcttggatcaatttg
atttccaatcatagcgtgaatttgacaaacacggattttggcaaccaaacccctaatggg
ggctttaatgctatggggcgaaagattacttataatggcgggatcgttaatggcgggaat
tttggctttgataatgtggatagcaatggcacaaccaccattagcggggtaactttcaat
aataacggcgcgctcacttataagggtggggatggtatcggggggagtatcaccttcact
aactctaatatcaatcattataaactcaatcttaacgccaatagcgttacctttaataac
agcgctctagggagcatgcctaatggcaacactaatactataggaaatgcctacattctt
aatgcaagcaatatcacttttaataatttgacctttaatggggggtggtttgtttttatg
aggccggattctaaaatagattttcaaggcacgaccacgattaacaatcccacttcgccc
tttgtcaatatgagcgctaaagttaccattaatcctaatgcggtttttaatattcaaaat
tacacgcccagcataggaagtgcttacacgctttttagcatgaaaaatggctctatcgct
tacaatgatgtcagcaacttatggaatatcatcaggcttaaaaacacgcaagccacaaaa
gataacagcaaaaacgccacttctaataacaacacccacacttactatgtaacttacaat
ttaggcggcacgctctataattttagacaaatttttagccctgattctattgttttacaa
tctgtctattatggtgcgaacaatatttactacaccaatagcgtgaatatccatgataat
gtctttaatttaaaaaatattaatgatgatagagctgacacgattttctatctcaacggc
ttaaacacttggaattacactaatgcgagattcactcaaacctatggcgggaaaaacagc
gctttagtctttaacgctacgaccccttgggctaatggcagcatccctaaatctaatagc
acggtgcgttttggggggtatgagggaatcaattgggggaaaacgggctatatcaccggc
actttcacagccgatagggtttatatcaccggtaacatgatgtctggtaacggcgctcaa
accggtgggggcgcgactttgaattttgtgggcgcgactgaaattaatatcgccggggct
gattttaaaaacctaaaaaccacttcacaaaactcttacatgacttttatggcgttaggg
gatagctctgagagcggcaagatcaatgtttctcagtctgatttttacgattggacgggt
ggggggtatgattttaccggtaatggcgtttttgatagcgtgaatttcaacaaggcttat
tacaaatttcaaggcactgaaaattcttaccattttaaaaacacgaattttttagcaggg
aatttcaaattccagggcaagaccaccattgaaaaatccgttttaagcgacgcttcctac
acttttgatggcgcgaataacacctttaatgaagacaaatttaatggcggttcgtttaat
ttcaaccatgcagagcagacaaacgcttttaataacaactcgtttaatggcggttcgttt
aatttcaacgccaagcaagtggattttaatgggaatgtttttaatgggggcgtgtttaat
ttcaataatacccctaaagccagttttactgatgacgcttttaatgtgaataaccaattt
aaaataaatggcgctcaaacggattttactttcagtaagggcgttgttttcaacatgcaa
gggcttttgaacagcctaagcgtaggcacgacttatcaattgctcagcgctaaaagcgtg
gattataaggataacaataacgctttgtatcaaatgttgcgttggattagcggggaaaac
cctagcggcacgctagtaaataaggatcaatccgcgccaagcaacgctaaaatttataat
gtccatttcacagataatggcttgacttactacatcaaagaaaattttaataacgggatc
acgctcactcgtttatgcactctagggtatacgcattgcgtgaatatccataatgaggta
tttcatcttaaaaatatcaataataacgccagtaacaccgtgttctacctcaacggcatg
acgacttggaagatcgctggcacaggcgttttcacgcaagattatagtggcgctgacagc
gttttagtgttcaaccaaaccacccctttccttaatggggcgaatcccacttctaatagc
gtggtgggttttgggaaaacttcaggggctgaatgggggctagtgggctacattcaaggc
gcttttaaagcgagtcaaattgatattaccggcacgattcgatctggtaatggggccaaa
accggtgggggcgcgactttagtctttaacgctcaagagcgtttgaatatcgctaacgct
catttgaataacgataaagccggtttgcaaaattcatggatgaatttcattgtcaataac
ggcaacttgaatgtaacaaacgcaaattttagcaaccaaactccgcatggaggctttaac
cttaaggccgataacattacttgggataaaggctctgtgagtggaggggggaattttggc
gtggataacgccaacgctaatgggaatgcagtgattaaaaatgtgactttcaacgataat
ggcactttgatttataaggggggcgaaaacagcaccggaaattccctaaccttagaaaac
aataccttcaattcttataatatcaacgccagagtgcaaaaccttactttcaataataac
tcgtttaatggcggtagctattcgtttaacgacactaaaaacattacttttaaaggcaca
aacacgctcattaatagtgatcctttcagtcgccttaaaggatcagtttctattgaaaat
aatagtatctttaacattgaaagggatttgaccaacaacaccacctacacgcttttaagc
gggaataacattaaatataataatgaaattgtggaggataatgttttctcgcaaaattta
tggaatttgatccattatggtggtgagagagggactttattaagggcggagaaaaacact
tattttgtgcaattcacccaaagcaacggccaaagatttgtttttgaagagacttttaat
ccgggttctatcacctataaatatttcactatccattcttcatcttttcacacagataat
gattctaaggatatttggagtcaggtgaggaagcaatttgattttgtgcctggaaaaacc
ccggtgtgcgttggcgtgtgctatattgcgccctataaaaatcaaaatcttgttggctct
agcgcttttgcgtggtcgctgaactttggggctacagtggtggggactttgcttttaggg
agcgctcaagaaaaagccaataacaatggcggctcgatctggtttggtaagaataatttg
ctgtatttgcacggcaatttcaacgcgactaatatctttttaaccaataactttaatgtc
ggcaaccctaacgccggcggtggggcaacgattaattttaacgctgatgaaaccttgagg
gctgacgggttgaattacacgaatttccaaaccgtggctatgggcttacaaaccagcgcg
agccagcattcatgggcgaattttaattctaggctttctatggagattaaaaactctaac
tttagggatttcacatggggaggctttaattttaattcagggcgtatcacttttgaaaac
accacttttagcggctggaccaatattaacggagcgactgagagtggctcatcgtatgtg
aatatggttgcgaatacggatttggtattttctaattccattttaggagggggcattcgc
tatgatttgaaagctaataacattgttttcaataacactcaaatggtgattgatgtgtct
aaaaacgtgaatcagtcttcattgaatgggaatgttactttcaataattccaggctttca
gtcaagcccaacgctgctattaatattgggggtagccaaacccaaacgactttagaaaac
gcttcaagcctttctttttacaacaacagcgtagcgaattttaatggcacaaccgctttt
aacggggtgtcttatttgaacttgaaccctaacgctcaattaagcttcaatcaagcgaat
ttcaataacgctaatgttaccttttatggcattcctttatttggtaaaacgcctgatttt
ggcaactctgcacgcctgattaatttcaaagggaatacgaattttaatcaagcgacgctc
aatttaagggctaaaaatatccatatcaatttccaaggcacttctacttttgaaaataac
tctacgatgaatttagctgaaagttcccaagcgagttttaatacgcttagcgtagagggg
gaaacgaatttcaatctcaataactcaagcttattaaatttcaatggcgatagcgttttt
aacgctcctgtgagtttttatgccaataattctcaaatttctttcactcatttggcgact
tttaattctgacgctttttttgatttaagcaacaacagcaccctgaattttcaaagcgtt
cttttaaatggtgctctaaaccttttaggcaatggcgctaacgctctatccattaatgca
agcgggaatttcagctttggaactcaagggattttgaacctgtctaatgtgaatttattt
gacgcagaaaacaagcccttagtttataatattttacaagctcaaaatattcagggtttg
atggggaataacggctatgagaagatccgtttttatggcatacagattgacaaggctgat
tactcgtttaataacggcattcattcgtggagatttactaacccgctcaatacgactgaa
acgattacagaaaccttgcataacaaccgcttgaaagtgcagatctctcaaaacggcgtt
tctaataatgagatgttcaatctcgctcctagcttgtatgattaccaacaaaacccttat
gatgaaagctctaattcctataatcacacaagcggcaaagccggcacttattatttgagt
agcaatatcaaaggctttaatcaaaacaatgaaacacctgggacttataatgcgcaaaac
caaccattacaagccttacacatttataatcaggctatcactaagcaggatttaagcgtt
attgccagcttgggtaaggaatttttgcctaaaatggctaagcttatcgcttcaggggat
ttggacaatctcaatctcaatagcccgaatggttttgaaactctttttggtatctttgaa
aagtatggtatcactttaaaccaagaaaattggaagagcttattaaagattatcaataat
ttttccaacacggctaattatcatttctctcaaggcaatctcgtggtaggggcgatcaaa
gaggggcaaacgaacactaaaagcgtggtgtggtttggaggcgatggctataaagagcca
tgcgcggttggggataacacttgtcagatgtttagacagactaatttagggcagttgctc
cattctagcacgccttatttgggctacattaacgctaattttagggctaaaaacatttac
attaccggaaccatcggcagtgggaacgcttgggggagcggagggagtgcgaatgtgtct
tttgaaagcgcgacgaatttagtgcttaatcaagccaatattgacgctcaagggactgat
aaaatcttttcttatctagggcaaggtggcattgaaaagctttttggagaaaaaggctta
gcgaatgcgctttctaatattgtttatgaagagagcttgaataataacgctatccctaaa
gatttagccaacatgatccctaaagattttggatctaagactttaagctctttgcttagc
cctactgaagtgaatgatctcttaggcgtgagcgcttttaaaaacgcgatcatggaaatt
ttaaattctaaaacggtgggcgatgtttttggtgaaaacgggcttttaaacgcgctagat
cctataaaaagaaaagaaatcgatcaaatgcttttagagcaaatccaagcccattcttca
gggtttgaaaaattcatcgtgaaaactttagggattgaaaatgtagagaatttcatcaat
aactggtatggcaagcaaagcttgagttcttttgccaataattttgtgcctggaggcttg
aatcaagccctagataaaataggctctagctctgatgccaaagacttacagagtttcttg
gataaaacgacttttggggatattctcaatcaaatgatcaatcaagcccccctaatcaat
aagctcatttcttggctcggtccacaggatttgagcgtgttagtgaatatcgctttaaat
agcatcactaaccctagtaaggaattattgggcgcgatttctggaatgggtcagaaagtg
ctgaacgatttgctaggcgaaggcgtagtgaataaaatcatgaacaatcaagtcttaggg
caaatgatcaataaaatcattgctgataagggctttggaggcgtttatcatcaaggtttg
ggatccatattgcctaaacctttacaaaaagaattggaacaatttggcttgggctctttg
ctcaaacctaaaggcttgcacaatctttggcaaaaagggaatttcaattttgtggctaaa
gattatttatttactaataacagttcgtttagtaacgccacagggggggaattgaatttt
atagcgggtaagtctattatctttaatgggaaaaacacgattaatttcacgcaatatcag
ggcaggctttcttttgtatctaaagatttttctaatatttcattagacaccttaaacgct
accaacggcttaacgctgaatgcaccacgaaacgatattagcgttcaaaaaggtcagatt
tgcgtgaatgttttagattgcatgggcaagaaaaaagctcattcttcaagcgcgacagcc
ccaaccgatgaaacgctagaagtgaatgcgaataatttcgctttcttaggcgcaattaga
gcgaacagcttagtggatttttcacaagtcttacaaaatacgactattgggactttaaat
ttagggccaaacgctacttttaaagcgaataatttgatcgtgaataatgcttttaacaac
aattctaattacagggtcaatatcagcggtaatttcaatgtgattaagggcgcaactttt
agcacgaatgaaaatggtttgaatgtgggggggaattttaacagcgaagggccattgact
ttcaacctcaaacgcccaactgataaaacgatattgagcgtaactggcacttccacgatc
atgtcttataacaaccagactctaatcaactttaacacccaactcaagcaaggcgcttac
acgcttatagacgctaaacgcatggtttatggctatgataatcaaacgattcttggaggg
agcttgagcgattacctcaagctttacactctcattgattttaacggcaaacgcatgcaa
ttaaagggcgattcactaagctatgacaaccaaccggtcaatattaaagatgggggtctt
gtggtgagctttaaagacaatcaagggcaaatggtgtattcatctatcctttatgataaa
gttcaagttagcgtctcggataagcccatggatattcatgcccctagtttggagtattac
atcaaatacattcaaggcagcgctggtttgaatgcgatcaaatctgcgggcaataattcc
attctgtggttgaatgagctttttgcggctaaggggggtaatcccttgttcgctccttat
tatttgcaagacaatcccactgaacacattgttactttaatgaaagatattaccagcgct
ttaggcatgctttctaaacccaatcttaaaaacaattccaccgatgctttacagctcagc
acttacacgcaacaaatgagccgtttagccaagctttctaatttcgcttcctttgactca
acggattttagcgaacgcttgagcagtcttaaaaaccaaagatttgctgatgcaatccct
aacgcgatggatgtgattttaaaatactctcaaagggataaactaaaaaacaacctttgg
gcaaccggcgttgggggcgtgagctttgtggaaaatggcacaggaacgctctatggtgtc
aatgtgggctatgacagattcattaagggtgtgattgttggagggtatgcggcttatggg
tatagcggtttttatgaacgcatcactaattctaaatccgataatgtggatgtgggcttg
tatgcgagggctttcattaaaaagagcgagctgacttttagcgtcaatgaaacttggggg
gctaataaaacccaaatcaactccaacgacactctgctttctatgatcaatcagtcttat
aaatacaacacatggacgacgaacgcaaaagtcaattacgggtatgatttcatgtttaaa
aataaaagcatcattttaaaacctcaaattggtttaaggtattactatattggcatgacc
ggtttagaaggggttatgaataatgcgctctataaccagtttaaagcgaacgccgatccg
tctaaaaaatccgttttaacgattgatcttgctttggagaaccgccattatttcaacaca
aactcttatttttatgcgattggcggctttggtagagacttattagttaattctatgggg
gataaattggtgcgttttattggtaacaacactttgagctacaggaaaggcgagctttat
aacacctttgcgagcatcactacaggcggggaagtgaggttgtttaaaagcttttatgcg
aatgctggggtgggggctaggtttggattggattacaaaatgatcaacattaccggaaac
attggaatgcgtttagcgttttaa
DBGET
integrated database retrieval system