Helicobacter pylori Shi470: HPSH_01500
Help
Entry
HPSH_01500 CDS
T00742
Name
(GenBank) toxin-like outer membrane protein
Organism
hps
Helicobacter pylori Shi470
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VacA2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ACD47752
LinkDB
All DBs
Position
282908..291607
Genome browser
AA seq
2899 aa
AA seq
DB search
MKKFKKKPKSIKQSHQKTILKRPLWLAPLLISGFASGVYANNLWDLLNPKVGGEYVHWVK
GSQYCAWWEFAGCLKNVWGANHKGYDAGNAANYLSSQNYQAISVGSGNETGTYSLSGFTN
YVGGNLTINLGNSVVLDLSGSNSFTSYQGYNQGKDDVSFNVGAINLNGALEVGNRVGTGA
GTHTGTATLNLNANKVNINSNISAFKTSQVNIGNANSAITIGSVSLSGDTCSSLASVGVG
ANCSTSGPSYSFKGTTNATNTAFSNASGSFTFEENAAFSGAKLNGGTYTFNKGFSATNNT
AFNSGSFNFKGTSSFNGATFNNATYTFNNQATFQNSSFNGGTFTFNNQTNQTNSAQHPQI
LFENSSFSGNATTLKGFVDFQQAFNNSNHQLTVQNASFNNANFSNTGKITINESASFNDT
TFNTSINTNNMTITGSVTLSGKNDLKNGSTLDFGSSQVTLTQGTTFNLTSLGDKNSVTIL
NSSGGITYNNLLNHALNSLTSALKTNESSSDPQSFAQGLWDIITYNGVTGQLLSANIAAS
KPADSSPSKSSTNPTQVYQVGYKIGDIIYKLQETFSHNSIIIQALESGTYTPPPVISGSK
FDLSASNYIDSNTPWYDHKSYIPKSQNFTESGTYYLPSVQIWGSYTNSFKQTFSANGSNL
VIGYNSTWTDHNVSSSDTVSFGDTSGSALNGHCGPWPYYQCTGTTNGAYSAYHVYITANL
RSGNRIGTGGAANLIFNGVDSVNIANATITQHNAGIYSSSMTFSTQGMDNSQNWNGLNPN
GTLSVYGTTFTNQAKDGKFIFNAGQAVFENTNFNGGSYQFSGDSLNFSNNNQFNSGSFEI
SAKNASFNNANFNNSASFNFNNSNATTSFVGDFTNANSNLQIAGNAVFGNSNNGSQNNAN
FNNTGSVNISGNATFDNVVFNGPTNTSVKGQVTLNNITLKNLNAPLSFGDGTITFNAHSV
INIGEAITNGNPITLVSSSKEIEYNNAFSKNLWQLINYQGHGASSEKLVSSVGNGVYDVV
YSFNNQTYNFQEIFSPNSISIRRLGVGMVFDYMDMEKSDHLYYKNVAGFMTYMPNSYNNN
LGNSNNTIYYYDKSIDFYASGKTLFTKAEFSQTFTGQNSAIVFGAKSIWTNASDAPQSNT
IIRFGDNKGAGSNDASGHCWNLQCIGFITGHYEAQKIYITGSIESGNRISSGGGANLNFN
GLQGILLTNATLYNRAAGTQSSSMNFTSNSANIQAQNSYFIDDTAQNGGNPNFSFNALNL
DFSNSSFRGYVGKTQSVFKFNAANAINFTNSTNLSSGLYQMQAKSVSFDNSNLSVSVGTS
SIKANAINLSQNASINASNHSTLELQGGLNLNDTSSLNLNQSVINVSNNATINDYASLIV
NDGSRLNFNGTTNFNSANITTSLNHSSIVFKGAISLGGQFNLSNNSSLDFQGSSAITSNT
AFNFYDNAFSQSPITFHQALDIKAPLSLGGNLLNPNNSSVLNLKNSQLVFSDQGSLNIAN
IDLLSDLNDNKNRVYNIIQAGMNNNWYERINFFGMRINDGIYDAINQTYSFTNPLNNALK
ITESFKDNQLSVTLSQIPGIKNTLYNISSEVFNYQKVYNNANGVYSYSDDAEGVFYLTSN
VKGYYNPNQSYQASGSNNTTKNNNLTSDSSVISQIYNAQGNPISALHVYNKGYNFNNIKA
LGQMALKLYPEIKKILGNDFSLSSLSGLNPDALNQLTKLITPNDWKNINELIDNANNSVV
QNFNNGTLIVGATKIGQTNANSAVVFGGLGYQKPCDYTDIVCQKFRGTYLGQLLESSSAD
LGYIDTTFNAKEIYLTGTLGSGNAWGTGGSASVTFNSQTSLVLNQANIVSSQTDGIFSML
GQEGINKVFNQAGLANILGEVAMQSINKAGGLGNLVADMLGSNSVIGEHLTPEQKNQTLS
QLLGQNNFDNLMNDSGLNAVIKDLIRQKLGFWTGLVGGLAGLGGIDLQNPEKLIGSMSIN
DLLSKKGLFNQITGFISANDIGQVISVILQDIVKPSEALQNDVAALGKQMIGEFLGQDTL
NSLESLLQNQQIKSVLDKVLAAKGLGPIYEQGLGDLMPNLGKKGLFAPYGLSQVWQKGDF
NFNAQGNVFVQNSTFSNANGGTLSFNAGNSLIFAGNNHISFTNHAGALNLLSNQVSNINI
TMLNVSNGLKINAANNNVSVSQGNLFINASCAGQSDPATANIANPCVLSTQSANGASSSN
ASNNAQIALNNNDESLMVTANDFNFSGNIYANGVVDFSKIKGSANIKNLYLYNNAQFQAN
NLTISNQAVLEKNASFMANNLNIQGAFNNNATRKIEVLQNLTIASNASLSTGIYGLEVGG
ALNNFGAIHFNLENIQTPTPLIQAEGIINLNTTQTPFMNVNNSMANNTTYTLLKSSRYID
YNINPNSLQSYLNLYTLININGNRIEEKNGVLTYLGQRVLLQDKGLLLSVALPNSNNAHQ
NNILSLSVLHNQIKMSYGDKVMDFTPPTLQDYIVGIQGQSALNQIEAVGGNNAIKWLSTL
MMETKENPLFAPIYLKNHSLNEILGVAKDLLNTASLISNPNFRNNATNLLELASYTQQTS
RLTKLSDFRAREGESDFSERLLEFKNKRFSDPNPSEVFAKYSQPNKHPNNLWVQGIGGAS
FISGGNGTLYGLNVGYDRLVKNVILGGYVAYGYSGFNGNIMHSLANNVDVGMYARAFLKR
NEFTLSANETYGGNASNINSSNSLLSVLNQRYSYNTWTTSVNGNYGYDFMFKQKSVVLKP
QVGLSYHFIGLSGMKGKMNDAAYKQFLMHSNPSNESVLTLNMGLESRKYFGKNSYYFVTA
RLGRDLLIKSKGGNVVRFVGENTLLYRKGEVFNTFASVITGGEMHLWRLVYVNAGVGLKM
GLQYQDINITGNVGMRVAF
NT seq
8700 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaaagtttaaaaagaaaccaaaaagtataaaacaatcgcatcaaaaaacaatctta
aagcgtcctttatggcttgcgcctttactaatcagtgggtttgctagtggggtgtatgcg
aataatctgtgggatttgttaaacccaaaagtggggggtgagtatgtgcattgggttaag
ggcagtcagtattgcgcatggtgggaatttgcagggtgtttaaagaatgtgtggggggca
aatcataaaggctatgatgctggaaatgccgctaactatttatcttctcaaaactatcaa
gctatttcggtgggtagcgggaatgaaacggggacttatagtttaagcggttttaccaat
tatgttgggggcaatctcacgatcaatctaggcaatagcgtcgttttagatttgagcggt
tctaatagtttcacttcgtatcaaggttataatcaaggcaaagatgatgtaagctttaat
gttggcgcaatcaatttaaacggtgctttagaagtgggcaatcgtgtgggaactggagct
ggcacgcacaccggcacagccactttaaacttgaacgctaataaggtcaatatcaattct
aatatcagcgcgtttaaaacttcgcaagtgaatataggcaatgctaacagcgctattact
atcggttcggtttctttaagtggggatacttgcagttctttagctagtgttggcgtaggg
gctaattgctccacttctgggcctagctattcttttaaagggacgactaacgctactaat
acggcttttagcaatgcaagcggcagtttcacttttgaagagaacgccgcttttagcggg
gcgaaattgaatggtgggacttatactttcaataaaggatttagcgctaccaataatacc
gcctttaatagcggcagttttaattttaaaggcacaagttcctttaatggcgcgactttc
aacaacgctacatacacttttaataatcaagccactttccaaaacagctcctttaatggg
gggacttttactttcaataaccaaaccaatcaaactaacagcgctcagcacccccaaatt
ttatttgaaaacagctcttttagtggtaatgccaccactcttaagggctttgtggatttc
cagcaagcctttaacaattcaaaccaccaattgacggtgcaaaacgcttcctttaataac
gccaatttcagcaataccggtaaaatcaccattaatgagagcgcgagtttcaatgacacg
acttttaacacttctattaatacaaacaacatgaccattaccggtagcgttactttaagc
ggtaagaacgatttgaaaaatggctcaacccttgattttgggagttctcaagttaccctc
actcaagggacgactttcaacctcacaagtttaggggataaaaatagcgtaacgatttta
aattccagcggtgggatcacttataataatcttttaaaccatgcgctcaatagcttgaca
agcgccttaaaaacgaacgaaagctcttcagatccgcaaagtttcgctcaaggtttgtgg
gatataatcacttacaatggggttaccggacagcttttgagtgcaaacattgcggcctct
aaacccgctgactcttcgccctctaaatcctctacaaaccctacacaagtctatcaagtg
ggctacaaaataggggatattatctacaaactgcaagaaacttttagccataattccatt
attattcaagctttagagagcgggacttacacgccaccccctgtcattagcggctccaaa
tttgacttatccgcttcaaattatattgattctaacacgccttggtatgatcataaatct
tacatccccaaatcccaaaattttacagagagcgggacttattacttgccgagcgttcaa
atatgggggagctatacgaactcgttcaaacaaacctttagcgcaaatggtagtaatctg
gtgattgggtataactcaacatggactgatcataatgtttcttctagcgacacggtgtct
tttggggacacttcagggagcgctcttaatgggcattgcgggccttggccatattatcaa
tgcacaggcacgactaatggcgcttatagcgcttatcatgtgtatatcacagcgaatctg
cgttctggcaatcgtataggcacgggtggggcagccaatctaatctttaatggggtagat
agcgtcaatatcgctaacgctaccatcacgcaacataacgccgggatttattcaagctct
atgactttttccacgcaaggcatggataattcgcagaattggaatggtctaaatcctaac
ggcacgctttcagtgtatggcacaactttcactaaccaagccaaagacgggaaattcatt
ttcaatgcagggcaagcggtttttgaaaacaccaactttaatggagggagttatcaattc
agcggcgatagcttgaatttttcaaacaacaaccaatttaatagcggttcgtttgagatt
agcgcaaaaaacgcttcgtttaataacgctaactttaacaatagcgcttcttttaatttc
aataattctaacgcaaccacttcgtttgtgggggatttcactaacgctaattcaaatttg
caaatcgccgggaacgctgtttttgggaactctaataatggctctcaaaataacgctaat
ttcaataataccggctctgttaatatttcagggaatgcaacctttgataatgtggttttt
aatggccctacgaatacgagcgtgaaagggcaggttactttaaataacatcactttaaaa
aatctaaacgctcctttgtcttttggcgatgggacaattacttttaacgctcattctgtt
attaatattggtgaagctattactaatggcaaccctatcacccttgtaagctcttctaaa
gaaattgaatacaacaacgcttttagtaaaaatctatggcagctcatcaactaccaaggg
catggggcaagtagcgaaaagctcgtttctagtgtgggtaatggcgtttatgatgtggtg
tattctttcaataaccaaacctataatttccaagagattttttcaccaaacagcatttct
atccggcgtttgggtgttggcatggtgtttgattatatggatatggaaaaatcggatcat
ttgtattataaaaatgttgccggttttatgacctacatgcccaatagctataacaataat
ttagggaattcaaacaacaccatttactattacgacaagagcattgatttttatgcgagc
gggaaaactttattcactaaggcggaattttctcaaacattcaccgggcaaaacagcgcg
atcgtttttggggctaaaagcatatggacgaatgcgagcgatgcgccacaatccaataca
atcattcgctttggggacaataagggggcagggagtaatgatgcgagcgggcattgctgg
aatttgcaatgcataggctttattacagggcattatgaagcgcaaaagatttacatcacc
ggtagcattgaaagcgggaatcgcatttctagcggtgggggcgcgaaccttaattttaac
gggcttcaaggcattcttttaacgaacgcgactttgtataaccgtgccgctggcacgcaa
agctcgtctatgaattttacctctaatagcgcgaacattcaggctcaaaactcctatttt
atagacgataccgcgcaaaatggaggcaaccctaatttcagtttcaacgctttgaacctg
gatttttctaacagctcttttaggggctatgtggggaaaacgcaatctgtttttaaattc
aatgccgccaatgcgattaatttcaccaacagcacgaatttaagctctggtttgtaccaa
atgcaagctaaaagcgtgtcgtttgacaattccaatttaagcgtttcagtggggacaagc
agtattaaagccaatgcgatcaatctttctcaaaacgcctctatcaatgcgagcaaccat
tcaaccctagagcttcaaggcggtttgaatttgaacgacaccagctcgctcaacctcaac
caaagcgtcattaatgtttccaataacgccacgatcaacgattatgcgagtttgattgtg
aatgatggctcacgccttaattttaatgggacaaccaattttaattcagcgaatatcact
acgagtttgaatcattcttctatcgtgtttaagggagcgatctctttaggagggcagttt
aatttaagcaataactcttctttagattttcaaggctctagcgctattacttctaacacg
gcgtttaatttctacgataacgctttttctcaaagccccattactttccatcaagccctt
gacattaaagcgcccttaagtttgggaggcaacctcttaaaccctaacaacagcagcgtg
ctgaatttaaaaaacagccagcttgttttcagcgatcaagggagtttgaatatcgctaac
attgatttactaagcgatctaaacgataataaaaatcgtgtgtataacatcattcaagcg
ggtatgaacaataattggtatgagcgtatcaacttctttggcatgcgcatcaatgatggg
atctatgatgctattaaccagacttatagtttcactaaccctctcaataacgccctaaaa
atcaccgagagttttaaagacaaccaactaagcgttacgctctctcaaatcccgggtatt
aaaaacacgctttataacattagctctgaagtctttaactaccaaaaagtttataacaac
gctaatggcgtgtattcttatagcgatgatgcagaaggcgtgttttacctcactagcaat
gtgaaaggctattataaccctaaccaatcctatcaagccagcggtagtaataacaccacg
aaaaataataatcttacctctgattcttctgtcatctcgcaaatctataatgcgcaaggc
aaccctattagcgcgttgcatgtctataacaagggctataatttcaataatatcaaagcg
ttagggcaaatggctctcaaactctaccctgaaatcaaaaagatattagggaatgatttt
tcgctctcaagtttgagcggcttaaaccctgatgcactaaaccagcttaccaaactcatc
acgcctaacgattggaaaaacattaacgagttgattgataacgcaaataattcggtggtg
caaaatttcaataacggcactttgattgtgggagcgactaaaatagggcaaacaaacgcc
aatagtgcggttgtttttgggggattaggctatcaaaagccttgcgattacaccgatatt
gtgtgccaaaaatttagaggcacttatttagggcagcttctagagtctagctcggctgat
ttgggctatattgacacgacttttaacgctaaagaaatttatcttaccggcactttaggg
agcgggaacgcatgggggactggggggagcgctagcgtaacttttaacagccaaacttcg
ctcgttctcaaccaggctaatatcgtaagctcgcaaaccgatgggatttttagcatgctg
ggtcaagagggtattaataaggttttcaatcaagccgggctcgctaatattttgggcgaa
gtggcgatgcaatccattaataaagccgggggattagggaatttggtagcggatatgcta
gggagtaatagcgtgattggagagcatttaacgcctgaacaaaaaaatcaaaccctaagc
cagcttttggggcagaataattttgataacctcatgaacgatagcggtttgaatgcagtg
attaaggatttgatcagacaaaaattaggcttttggaccggactagtggggggattagcc
gggttggggggcattgatttgcaaaaccctgagaagcttatagggagcatgtcaatcaat
gatttattgagtaaaaaagggttgttcaatcagatcaccggctttatttccgctaacgat
atagggcaagtgataagcgtgatattgcaagatattgtcaaaccgagcgaggctttacaa
aacgatgtagcggctttaggcaaacaaatgattggcgaatttttaggccaagacacgctc
aattctttagaaagcttgctgcaaaaccagcagattaaaagcgttttagacaaagtccta
gcggctaaaggcttagggcctatttatgaacaaggcttgggggatttgatgcctaatctt
ggtaaaaaagggcttttcgctccttatggcttgagtcaagtgtggcaaaaaggggatttt
aacttcaacgcacaaggcaatgtttttgtgcaaaattccactttctctaacgctaatgga
ggcacgcttagttttaacgcaggaaattcgctcatttttgccggaaacaatcatatttca
ttcactaaccacgctggagcgctcaatttattgtctaatcaagtttctaacatcaacatc
accatgcttaatgttagcaacggccttaagattaacgctgctaataacaatgtttctgtg
tctcaaggcaatctgtttatcaacgctagttgtgcgggacaaagcgatccggctacagct
aacattgcaaacccttgcgtgcttagcactcaaagtgcaaatggcgcttcttctagtaat
gcgtcaaataacgcgcaaatcgccttgaacaataacgatgaaagcttgatggttacggcg
aatgatttcaatttttcaggcaatatttacgctaacggggtggtggatttttcaaagatt
aaaggctctgcaaacattaaaaacctgtatctttacaataacgctcaattccaagccaac
aacctcactatttccaatcaagcggtgttagaaaaaaacgccagctttatggccaataat
ttaaacattcaaggggcgtttaacaacaacgccacgcgcaaaatagaggtgcttcaaaat
ttaacgatcgcttcaaacgcttctttaagcactgggatttatgggttagaagtggggggg
gctttgaataattttggagcgatccattttaatttagaaaatattcaaacgccaacgccg
ctcattcaagcagaagggatcattaatctcaacaccacccaaacgccttttatgaatgtc
aataacagcatggcgaataacacgacttacactttattgaaaagcagccgttacattgat
tacaatatcaaccccaacagcttgcaatcgtatttgaatctctataccttaatcaatatc
aacggaaaccgcatagaggaaaaaaacggcgtattgacctatttgggccaacgggttttg
ttgcaagataaggggttattattgagcgtagcgttgcctaactcaaacaacgcccatcaa
aacaacattttaagcctttctgtccttcataaccagattaaaatgtcttacggcgataaa
gtgatggattttaccccccctactttacaagattacattgtgggcattcaagggcaaagc
gcgctaaatcaaattgaagctgttggggggaataacgctatcaagtggctttcaacattg
atgatggagactaaagaaaacccgctttttgcgccgatttatttaaaaaaccactctttg
aatgaaatcttaggcgtggctaaagatcttttaaacaccgcaagcttgatttctaaccct
aattttaggaataacgctaccaaccttttagaattggcgagttacacccaacaaaccagc
cgtttaacaaaactctctgattttagggctagagagggagagtctgatttttctgagcgc
ttgttagagtttaaaaacaagcgttttagcgatcctaaccctagcgaagtttttgccaaa
tactcacaacccaacaaacacccaaataacctttgggttcaagggattggtggagcgagc
tttatttctgggggcaatggcacgctttatggcttgaatgtgggctatgatcggttggtt
aaaaatgtgatccttgggggatatgtggcttatgggtatagcggttttaatgggaatatc
atgcattctttggctaataatgtggatgtggggatgtatgcgagggcttttttaaaaaga
aacgaattcactttgagtgcgaatgaaacttatgggggcaatgcaagcaatatcaattct
tctaattccttgctttctgtgttgaaccaacgctatagttacaacacctggacaacgagc
gtgaatgggaattacggctatgatttcatgttcaagcaaaaaagcgtggtgttaaaacct
caagtgggcttgagctatcatttcataggcctaagtgggatgaagggcaaaatgaatgat
gccgcttacaaacaatttctcatgcattcaaacccctctaacgaatcggttttaacgctc
aatatggggttggagagccgtaaatattttggtaaaaattcttattattttgtaacggcg
aggttgggtagggatcttttgatcaaatctaaaggcggcaatgtggtgcgttttgtaggc
gaaaacactttattgtatcgcaaaggggaagtttttaacacttttgcgagcgtgattaca
gggggcgaaatgcatttgtggcgtttggtgtatgtgaatgcgggggtggggcttaagatg
ggcttgcaataccaagacattaatataaccgggaatgtgggcatgcgagtggcgttttag
DBGET
integrated database retrieval system
