Helicobacter pylori 2018: hp2018_0896
Help
Entry
hp2018_0896 CDS
T01914
Symbol
hopC
Name
(GenBank) Outer membrane protein/porin
KO
K15843
outer membrane protein HopC/AlpA
Organism
hpw
Helicobacter pylori 2018
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
HP_OMP
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ADZ51600
LinkDB
All DBs
Position
906038..907588
Genome browser
AA seq
516 aa
AA seq
DB search
MIKKNRTLFLSLALCASISYAEDDGGFFTVGYQLGQVMQDVQNPGGAKSDELARELNADV
TNNILNNNTGGNVAGALSNAFSQYLYSLLGAYPTKLNGNDVSANALLQGAVGSGTCAAAG
TANSSSLDNSQSACTAAGYYWLPSLTDKILSTIGSQTNYGTNTNFPNMQQQLTYLNAGNV
FFNAMNKALEAKNGTATNSGATGSDGQTYSTQAIQYLQNQQNILNNAANLLKQDELLLEA
FNSTVAANIGNKEFNSAAFTGLVQGIIDQSQAVYNELTKNTISGSAVNSAGINSNQANAV
QGRASQLPNALYNAQVTLNKINALNNQVRSMPYLPQFRAGNSRSTNIMNGFYTKIGYKQF
FGKKRNIGLRYYGFFSYNGASVGFRSTQNSVGLYTYGVGTDVLYNIFSRSYQNRSVDMGF
FSGIQLAGETVQSTLRDDPNVKLHGKINNTHFQFLFDFGMRMNFGKLDGKSNRHNQHTVE
FGVVVPTIYNTYYKSAGTTVKYFRPYSVYWSYGYSF
NT seq
1551 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgataaagaagaatagaacgctgtttcttagtctagccctttgcgctagcataagttat
gccgaagacgatggagggtttttcaccgtcggttatcagctcggacaggtcatgcaagat
gtccaaaacccaggcggcgctaaaagcgacgaactcgccagagagcttaacgctgatgta
acgaacaacattttaaacaacaacaccggaggcaatgtcgcaggggcgttgagtaacgct
ttctcccaatacctttattcgcttttaggggcttaccccacgaaactcaatggtaacgac
gtgtctgcgaacgctcttttacaaggtgcggtaggcagtgggacttgcgcggctgcaggg
acggctaatagcagctctcttgataatagccaaagtgcttgtaccgctgcgggctattac
tggctccctagcttgactgacaagattttaagcacgatcggcagccagaccaactacggc
acgaacaccaatttccctaacatgcaacaacagctcacctacttgaacgcggggaatgtg
ttttttaacgcgatgaataaggctttagaggctaagaatggaactgctactaatagcggt
gcgactggttcagatggtcaaacttactccacacaagccattcaataccttcaaaaccaa
caaaatatcctcaataacgcagcgaacttgctcaagcaagacgaattgcttttagaagct
ttcaactctaccgtagccgccaacattgggaataaggaattcaattcagccgcttttaca
ggtttggtgcaaggcattattgatcaatctcaagcggtttataacgagctcactaaaaac
accattagcgggagcgcggttaatagcgctgggataaattccaaccaagctaacgctgtg
caagggcgcgccagtcagctccctaacgctctttataacgcgcaagtaactttgaataag
atcaacgcgctcaacaatcaagttagaagcatgccttatttgccccaattcagagccggt
aacagccgttcaacgaatatcatgaacgggttttacaccaaaataggctacaagcaattc
ttcgggaagaaaaggaatatcggtttgcgctattatggcttcttctcttataatggggcg
agcgtgggctttagatccactcaaaacagcgtagggttatacacttatggggtgggaact
gatgtgttgtataacatctttagccgatcctatcaaaaccgctctgtggatatgggcttt
tttagcggtatccaattagccggcgagaccgtccaatccacgctcagagatgaccccaat
gtgaaattgcatgggaaaatcaataacacgcacttccagttcctctttgacttcggtatg
aggatgaacttcggtaagttggacgggaaatccaaccgccacaaccagcacacggtggaa
tttggcgtggtggtgcctacgatttataacacttattacaaatccgcagggactaccgtg
aagtatttccgtccttatagcgtttattggtcttatgggtattcattctga
DBGET
integrated database retrieval system