Helicobacter pylori oki102: HPOKI102_04820
Help
Entry
HPOKI102_04820 CDS
T03182
Name
(GenBank) toxin outer membrane protein
Organism
hpyb
Helicobacter pylori oki102
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VacA2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AHN34902
LinkDB
All DBs
Position
981800..989308
Genome browser
AA seq
2502 aa
AA seq
DB search
MAFKKVRLISKFISKGSFKLNKISKKIFKLNQILKREKPLKCHKKTKSIKKPFNQNKSFL
KASVLLIGALGGLSHLRANECRYWSWSSWSYQDNIESGPNSPTHNSYCLFSSAQGSGTYY
LNTLTTYSAGGASFTQKFNGGTLNVGGNIRFGGTGINGGDVGYITGTYDAQTINFNSSRI
TTGNSYADGGGATLNFNAANHITINQASFDNGDAGTQHSYMNFKGSNINVSGSSFTDDTN
GGFSFSGNGTNSTISFNKTKFNQGTYKFTNSANLSFNNSAFNQGTYNFTDNASFNNDTFN
QGTYNFNTSKVSFSGANTLNSSSPFASLKGSVSFGSGAIFNLNQTLNNNQTYDILTTNGA
IQYGVYQSYLWDLINYKGDKAISHVGVGNNTYDVTFDINGQDETLQETFNKQSIITQFLG
DDLQQQAQKTYQQDLSNSQNALNNAADDSKIASNDTDYTNNQNTAIAKDAQGLENTNQQI
QQDEQALEKDLAQIKQLANSTTGFNEQAFNTAQKQEQQDEQTLQNEEKTFNAEQEGLKQA
IQQAQEQKQEQAQAQKTYQQDLSNSQNALNNVTSDNTIASNDTSYTQSKNATIAKDAQGL
ENTNQQIAQDEQALQGDLDKLKQLANSKTGFNEQAFNQAQDKEQQDEQTLQNEENAFNTE
QEELEQAIANAKPTSPTPTPTKHTAPNTPPNKVPPTPPTQNLPTTNVWNGVYNLQNQTYS
KQGVYYIDPNLSGQSGQSANTLSTYTANLFGRSFSVNIQNGTLIIGNNTESVNDNGLIWI
GHGGFGYITGTFNAANIYLTNNFKTGEGVSNSDGGGANITFKASDNITMDGLNYNDAETV
TKMIQTGASQHSYAAFDALNNISVTNSSFSDMTWGKFSFSAKNISFSNASFSGFTNPGGS
STISANASNSLSFINSRLNGGAIYNLQANSLIFNNTQAVFNVLYSRGTSNFNATTQLLGN
TNFMLSSQSLLNFNGDTTLQNNANITLGNKSQATFKNSLTLDNNSNLSLDNQSVLNANGS
SAFNNQASLNIYNGSQAIFNSLFFNGGILSLNANSKLNASNASFSNNTTINLDDSVLSAS
NTSSLNANINFQGTSQADFGGNTTIDTASFNFDSTSSLSFNNLTANGALNFNGYAPSLTK
ALMSVSGQFVLGNNGDINLSDINIFDNITKSVTYNILNAQKGITGISGANGYEKILFYGM
KIQNATYSDNNNIQTWSFINPLNSSQIIQESIKNGDLTIEVFNNPNSASNTIFNIAPELY
NYQASKQNPTGYNYDYSDNQAGTYYLTSNIKGLFTPKGSQTPQTPGTYSPFNQPLNSLNI
YNKGFSSGNLKTLLGILSQNSATLKEMIESNQLDNITSINEVLQLLDEIKITPVQKQALL
ETINHLTDNINQTFNNGNLVIGATQDNVTNSTSSIWFGGNGYSSPCVLDSATCSSFRNTY
LGQLLGSTSPYLGYINADFKAKSIYITGTLGSGNAFESGGSADVTFQSANNLVLNKANIE
AQATDNIFNLLGQEGIDKIFNQGNLANVLSQVAMEKIKQAGGLGNFVENALSPLSKELPT
SLQNETLGQLIGQNNLDNLLNNSGVMNEIQNIISKKLSIFGNFVTPSIIENYLAKQSLKS
MLDDKGLLNFIGGYIDASELSSILSVVLKDITNSPTSLQKDIGVVANDLLNEFLGQDVVK
TLENQGLVSNIINNIISQGGLSGIYNQGLGSVLPPSLQNALKENDLGALLSPRGLHDFWQ
KGYFNFLSNGYVFVNNSSFSNATGGSLNFVANKSIIFNGDNTIDFSKYQGALIFASNGVS
NINITTLNATNGLSLNAGLNNVSVQKGEICVNLANCPTTKNSSSTNSSVTPTNESLSVRA
NNFTFLGVIASNGAIDLSQVKNNSVIGTLNLNGNATLQANNLTITNAFNNASNSTANING
DFTLNQQATLSTNASGLNVMGNFNSYGDLVFNLSHSVSHAIINAQGTATIIANNNNPLIQ
FNTSSKETGAYTLINSTKAIYYGYNNQITGGSSLDNYLKLYTLIDINGKHMVMTDNGLTY
NGQAVNIKDGGLIVGFKDSQNQYIYTSILYNKVKIAVSNDPINNLQAPTLKQYIAQIQGI
QGVDSIEQAGGTQAINWLNKIFETKGSPLFAPYYLESHSTKDLTTIAGDIANTLEVIANP
DFKNDATNILQINTYTQQMSRLAKLSDTSTFARSDFLERLEALKNKRFADAIPNAMDVIL
KYSQRNRVKNNVWATGVGGASFINGGTGTLYGINIGYDRFIKGVIVGGYAAYGYSGFHAN
ITQSGSSNVNMGVYSRAFIKRSELTMSLNETWGYNKTFINSYDPLLSIINQSYRYDTWTT
DAKINYGYDFMFKDKSVIFKPQVGLAYYYIGLSGLRGIMDDPIYIYNQFRANADPNKKSV
LTINFALESRHYFNKNSYYFVIADVGRDLFINSMGDKMVRFIGNNTLSYRDGGRYNTFAS
IITGGEIRLFKTFYVNAGIGARFGLDYKDINITGNIGMRYAF
NT seq
7509 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcgtttaaaaaggttagattgatttctaagtttatttctaagggatctttcaaatta
aacaagatctcaaagaaaattttcaaattgaatcaaatcttgaagcgtgaaaagccctta
aaatgccataaaaaaacaaaatccattaaaaagccctttaatcaaaacaaatctttttta
aaagcttcggttttattgataggagcgttggggggattatctcacctaagggctaacgag
tgccgttattggtcatggtcgtcttggagttatcaagataatattgaaagcggccctaat
tcacccacgcacaactcctattgcctttttagtagcgctcaaggctctgggacttattat
ttgaacacccttaccacttatagcgctggtggggctagtttcacacaaaaattcaatggc
ggcacgcttaatgtgggagggaatatccgctttggaggcacgggtattaatggaggtgat
gtagggtatatcacaggcacttatgacgctcaaacgattaattttaattctagccgtatc
acaaccggcaactcatacgctgatggcggtggggccactctcaattttaatgcggctaac
catatcactatcaatcaagcgagttttgataacggcgatgcaggaacacagcactcttac
atgaattttaaaggctctaacatcaatgtgagcggctctagctttacagatgataccaat
gggggctttagtttcagcgggaatgggactaacagcactatctcctttaacaaaacgaaa
ttcaatcaagggacttacaaattcactaacagcgctaacttaagcttcaataacagcgct
ttcaatcaaggtacttacaactttactgacaacgccagcttcaataacgacaccttcaat
caaggcacttacaactttaatacaagcaaggtgagtttttcaggcgctaacactttaaat
tcaagttcgccttttgctagccttaaaggcagtgtgtcttttggttctggtgcgattttt
aacctcaatcaaacccttaataataatcaaacctatgacattctcactacaaacggagcg
atccagtatggggtttatcaaagctatttgtgggatctaatcaactataagggcgataaa
gctattagccatgttggagtgggtaataacacttatgatgtaacctttgatattaatggg
caagatgaaaccttacaagaaacctttaacaaacaatccatcattacccaatttttagga
gacgatttacaacaacaagcccaaaaaacctaccaacaagacttgagtaactcccaaaac
gctttaaataacgctgctgatgatagtaagatcgcaagcaatgatacagactacaccaac
aatcaaaacaccgctatcgctaaagacgctcaaggtttagaaaacaccaaccaacaaatc
caacaagatgagcaagccttagaaaaagatttagctcaaatcaaacaattagccaactcc
accacaggctttaacgaacaagcctttaatactgcgcaaaaacaagaacaacaagatgaa
caaaccttacagaacgaagaaaagacttttaacgctgaacaagagggattaaagcaagcg
atacaacaagctcaagaacaaaaacaagaacaagctcaagcccaaaaaacctaccaacaa
gacttgagtaactcccaaaacgctttaaataatgttactagcgacaacacgatcgcaagc
aatgatacaagctacactcaaagcaaaaatgctactatcgctaaagacgctcaaggttta
gaaaacactaaccaacaaatcgctcaagatgaacaagcgttacaaggagatttagacaag
ctcaaacaattagccaactctaaaacaggctttaacgaacaagctttcaatcaagcgcaa
gataaagagcaacaagatgaacaaaccttacaaaacgaagaaaacgcttttaatactgaa
caagaagaattggaacaagcgatagctaacgctaagcctacaagccccacacccactcct
acaaaacacaccgcgccaaacactccccctaataaagttccacccacaccccctactcaa
aatttacccacaacgaatgtgtggaatggggtctataacctccaaaatcaaacttactca
aaacaaggcgtttattatattgatcccaatctttcaggacagagcggtcaaagcgctaac
acgctcagcacttatacagccaatttgtttggaagaagttttagcgtcaatatccaaaat
ggcactttgatcatagggaataacacagagagcgtgaatgataacggcttgatttggata
gggcatggaggctttggctatattacgggaacttttaatgcggccaacatttacttgacc
aataattttaaaaccggtgaaggcgtttcaaattcagatggtgggggagcgaacattacc
tttaaagcaagcgataacatcactatggatggcttgaattataatgacgctgaaaccgtt
actaaaatgattcaaacgggggctagtcagcattcctatgccgcttttgacgctctaaat
aatatcagcgtaaccaattctagttttagcgatatgacttgggggaaattcagttttagc
gctaagaatatttcgttttctaacgcttcgttcagcggctttacaaaccctggaggatca
agcactatcagcgctaacgcttctaattctttaagctttatcaattctcgtttgaatggt
ggagcaatctataatttgcaggctaatagccttattttcaataacacgcaagcggttttc
aatgtcttgtattctagggggacaagcaattttaacgctacgacacagcttttaggcaac
acgaattttatgctcagctctcaaagtttgctgaactttaatggcgatacaaccttgcaa
aacaacgctaatatcacgcttggcaataaaagtcaagccacttttaaaaattctttaacg
cttgataataattctaatttaagcttagacaatcaaagcgttttgaatgccaatggatca
agcgcttttaacaatcaagcgagtctcaatatttataacgggagtcaagcaatctttaat
agcctcttttttaatggcgggatactcagtcttaacgctaacagcaagctcaacgcttct
aacgctagtttttcaaacaacaccactatcaatttagacgatagcgttttatcggctagt
aacacaagctctttaaacgctaatatcaattttcaaggcacaagccaggctgattttgga
ggcaacacgactattgatacagcaagctttaattttgacagcacaagctcattgagtttt
aataaccttacggctaatggggcgttgaattttaatggttatgcgccctctttgactaaa
gctttaatgagcgttagcgggcagtttgttttagggaataatggggatattaatttatct
gacatcaatatttttgataatattacaaaatctgtaacctacaacatcctaaacgctcaa
aaagggattactggcattagtggggctaatggctatgaaaaaatccttttttatggcatg
aaaatccaaaacgctacctatagcgataacaataacattcaaacttggtcgtttataaac
cctctcaattcttctcaaatcattcaagagagcattaaaaatggggatttaaccatagaa
gtttttaataaccccaactcggcttctaacactatttttaatatcgctcctgagctttat
aattaccaagcttctaagcaaaatcctaccggttataactatgattatagcgataaccaa
gcaggcacttattacttgacaagcaacattaaaggtcttttcacccctaaaggctctcaa
acgcctcaaaccccaggcacttatagcccatttaaccagcctttgaatagtttgaatatc
tacaataagggtttttctagtggaaatttaaaaacgcttttagggattctttctcaaaat
tccgctaccttaaaagaaatgattgaatccaaccaattagacaatatcactagcatcaat
gaagtgttgcaactcttagatgagattaagatcaccccagtgcaaaagcaagcgctccta
gaaaccatcaaccatttgactgacaacatcaatcaaacctttaataacgggaatctcgtg
ataggcgctactcaagataatgttacaaactctaccagctctatatggtttgggggcaat
ggctatagcagtccttgcgtgctagatagcgccacttgttcttcttttagaaacacttac
ttggggcaattattaggctcaacttccccctatttaggctacatcaacgctgattttaaa
gctaaaagcatttatatcactggaacgcttggaagcggtaacgcctttgagagtggaggg
agtgcggatgtaacctttcaaagcgctaataacttagtgttgaataaagctaacatagaa
gctcaagccacagacaatatctttaatcttttgggtcaagaagggattgataaaatcttt
aatcaagggaatttagcgaatgtcctcagtcaagtggctatggaaaaaatcaagcaagcc
ggcggtttagggaactttgtagaaaacgctctaagccctttgagtaaagaattacccact
agcttgcaaaatgaaaccttaggccaacttataggtcaaaataatttagataatttattg
aataatagtggagtcatgaatgaaatccaaaatattatcagtaaaaaactaagcattttt
ggtaattttgttaccccatccatcatagaaaactaccttgctaagcagtctttaaaaagc
atgctagacgataaagggcttttgaatttcatcggtgggtatatagacgcttctgaatta
agctctattttaagcgtggttttaaaagacattactaattctcctacaagcttgcaaaaa
gacattggtgtggtggcgaacgacttgttgaacgagtttttaggacaagatgttgttaaa
acgctagaaaatcaaggcttagtgagcaatatcattaataatattatttctcaaggcggg
ttaagcggcatttataatcaaggtttggggagcgtgttgccgccctctttacaaaacgcg
ctcaaagaaaacgatttaggcgctcttttatcgcctagaggcttgcatgatttttggcaa
aaagggtattttaattttttaagcaatggctatgtttttgtcaataatagctcttttagc
aacgctacagggggcagtttgaattttgtcgccaacaagtctattatttttaatggcgat
aatacgattgattttagcaagtatcaaggcgcattgatttttgcttctaatggtgtttct
aatatcaatatcaccaccctaaacgctactaatggcttaagccttaatgcaggtttgaat
aatgtgagcgttcaaaaaggggaaatttgtgtcaatttagccaattgccccacaaccaaa
aacagctcttctacaaactctagcgtaacccccactaatgaatctttaagcgtgcgcgct
aacaacttcactttcttaggcgtcatcgcttctaatggggctattgatttgtctcaagtg
aaaaataatagcgttataggcacgctcaatctcaatggaaacgcgaccttgcaagccaat
aatttaacgatcactaacgcttttaacaacgcctctaactctacagctaacattaatggt
gatttcaccttaaaccaacaagcgaccttaagcactaacgctagtggcttgaatgtcatg
gggaattttaatagctatggcgatttggtgtttaacctcagccattcagttagccatgct
attatcaacgctcaaggcacagcgacgattatagctaataacaataaccccttaatccaa
ttcaacacttcttcaaaagaaacaggtgcttacacgcttattaatagcactaaggccatt
tattacgggtataacaaccaaatcacaggaggcagtagcctagataattaccttaagctt
tacacgctcattgacattaatggcaagcacatggtgatgactgacaacggcttaacctat
aacgggcaagccgtgaatattaaagatggcggtttaattgtaggctttaaagattctcaa
aatcaatacatttacacttccattctttataataaagtgaaaatcgctgtttctaatgat
cctatcaataacctacaagcccccactttaaaacaatatatcgctcaaattcagggcatt
caaggcgtggatagcattgagcaagctggaggcactcaagcgattaattggctcaataaa
atctttgaaactaagggaagtcctttattcgctccctattatttagaaagccattccaca
aaagatttaaccacaatcgctggagacatcgctaacactttagaagtcatcgctaaccct
gattttaaaaatgatgccactaatattttacagatcaatacctacacgcagcaaatgagc
cgtttagccaagctctctgacacttcaactttcgctcgttctgatttcttagaacgctta
gaagcccttaaaaacaagcgattcgctgatgcaatccctaacgctatggatgtgatttta
aaatactctcaaagaaacagagtcaaaaataatgtgtgggcgacaggagttggaggggct
agttttattaatggaggcactgggactttatatggtatcaatatagggtatgacaggttt
attaagggcgtgattgtggggggttatgccgcttatgggtatagcgggtttcatgcaaac
atcactcaatcaggctctagcaatgtcaatatgggtgtttatagccgagcgtttatcaaa
agaagcgaattaacgatgagcttgaatgaaacttggggatacaataagactttcatcaac
tcttatgaccccctactctcaatcatcaatcagtcttacagatacgacacttggacgact
gacgctaaaatcaattacggctatgatttcatgtttaaagataaaagcgttatttttaaa
cctcaagtaggcttagcctattattacattggtttgtctggtttaaggggtattatggat
gatcctatttatatttataatcaattcagagccaatgctgaccccaataaaaaatccgtt
ctaacgattaattttgccctagaaagtcggcattatttcaataaaaactcttattatttt
gtgattgcggatgtgggcagagacttattcattaattctatgggggataaaatggtgcgt
ttcatcggtaataacaccctaagctatagagatggcggcagatacaacacttttgctagc
attatcacaggcggagagataaggttattcaaaaccttttatgtgaatgccggcataggg
gctaggtttgggcttgattataaagatattaatattaccggaaatattggtatgcgctat
gctttttaa
DBGET
integrated database retrieval system
