Helicobacter pylori OK310: HPOK310_0872
Help
Entry
HPOK310_0872 CDS
T02542
Name
(GenBank) toxin-like outer membrane protein
Organism
hpyl
Helicobacter pylori OK310
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
VacA_C
VacA2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BAM98300
LinkDB
All DBs
Position
934881..942074
Genome browser
AA seq
2397 aa
AA seq
DB search
MAFKKARLISKFISKGSFLNKISKKIFKLNQILKREKPLKRHKKTKSVKKPFNKNKSFLK
ASVLLIGALGGLSHLRASECRYWSWSSWSYHDNIESGSNSPTHNSYCLFNSAQGSGTYYL
NTLTTYSPGGASFTQKFNNGTLNVGGNIRFGGTGVNGGDVGYIIGTYDAQTINFNSSRIT
TGNSFSTGGGATLNFNATNHITINQASFDNSDAGTQHSYMNFSGSNINVSGSSFTDDTNG
GFSFSGNGANSNLSFDKTNFNQGTYKFTNSANLNFNNSNFNQGTYNFSSAQSAFENSNFN
QGTYSFTDNTGLNFDNDTFNQGTYNFNASKVSFSGTNTLNSSSPFASLKGSVSFGSGAIF
NLNQTLNSNQTYDILTTNKTIQYGVYQSYLWDLINYKGDKAISHVEVGSNTYDVTFDING
QDETLQETFNNQAITTQFLGDDLQAKAQATYQQDLSNSQTALNNATSDNKIASSDTGYTN
NQNTTIAKDAQNLENTSQQIAQDQKDLEQDLANVKQLANASTGFNEQAFKNAQSTEQQDL
QTLQENENTFSSEQEGLKQAIANAKPTSPTPSPTPTPTKHTAPNTPPNKVPPTPPTQNLP
TTNVWNGVYNLQNQTYSKQGVYYIDPNLSGQSGQSGNTLSTYTANLFGRSFGVNIQNGTL
IIGNNTESVNDNGLIWIGHGGFGYITGTFNAANIYLTNNFKTGEGVSGSDGGGANITFKA
SDNITMDGLNYNDAETVTKMIQTGASQHSYAAFDATNNISVTNSSFSDMTWGKFSFNAKN
ISFSNASFSGFTNPGGSSVISANAANSLSFNNSRLNGGAVYNLWANSLIFNNTQAVFNVL
YSRGTSNFNATTQLLGNTSFTLSSQSLLNFNGDTTLQNNANITLGNKSQAAFKNSLTLDN
NSNLSLDNQSVLNANESSAFNNQASLNIYNGSQATFDSLFFNGGIISLNANSKLNTSSAS
FSNNTTINLDDSVLSASNTSSLNANINFQGASQANFGGNTTIDAASFNFDSASSLSFNNL
TANGALNFNGYAPSLTKALMSVSGQFVLGNNGDINLSDINIFDNITKSVTYNILNAQKGI
AGISGANGYEKILFYGMKIQNATYSGNNNIQTWSFINPLNSSQIIQESIKNGDLTIEVLN
NPNSASNTIFNIAPELYNYQASKQNPTGYSYDYSDNQAGTYYLTSNIKGLFTPKGSQTPQ
IPGTYSPFNQPLNSLNIYNKGFSSGNLKTLLGILSQNSATLKEMIESNQLDNITNINEVL
QLLDKIKITPAQKQALLETINHLTDNINQTFNNGNLVIGTTQDNVTNSTSSIWFGGNGYS
SPCTLDSATCSSFRNTYLGQLLGSTSPYLGYINADFKAKSIYITGTVGSANAFESGGSAD
VTFQSTNNLVLNKANIEAQATDNIFNLLGQEGIDKIFNQGNLANVLSQVAMEKIKQAGGL
GNFVENALSPLSKELPASLQNETLGQLIGQNNLDNLLNNSGVMNEIQNIISKKLSIFGNF
VTPSIIENYLAKQSLKSMLDDKGLLNFIGGYIDASELSSILSVILKDITNTPTSLQKDIG
VVANDLLNEFLGQDVVKKLESQGLVSNIINNIISQGGLSGVYNQGLGSVLPLSLQNALKE
NDLGALLSPRGLHDFWQKGYFNFLSNGYVFVNNSSFSNATGGSLNFVADKSIIFNGDNTI
DFSKYQGALIFASNGVSNINITTLNATNGLSLNAGLNNVSVQKGEICINLANCPTTKNSS
STNSSVTPTNESLSVRANNFTFLGTIASNGAIDLSQVKNNSVIGTLNLNENATLQANNLT
ITNAFNNASNSTANINGNFTLNQQATLSTNASGLNVMGNFNSYGDLVFNLSHSASHAIIN
AQGVATIMANNNNPLIQFNTSSKETDTYTLIDSAKAIYYGYNDQIIGGNSLDNYLKLYTL
IDINGKRMVMTDNGLTYNDQAVNIKDGGLVVGFKDSQNQYIYTSILYNKVKIAVSNDPIN
NLQTPTLKQYIAQIQGVQSVDSIDQAGGTQAINWLNKIFETKGSPLFAPYYLESHSTKDL
TTIAGDIANTLEVIANPNFKNDATNILQINTYTQQMSRLAKLSDTSTFASADFHERLEAL
KNKRFADAIPNAMDMILKYSQRNRVKNNVWATGVGGASFINGGTGTLYGINIGYDRFIKG
VIVGGYAAYGYSGFHANITQSGSNNVNMGVYSRAFIKRSELTMSLNETWGYNKTFINSYD
PLLSIINQSYKYDTWTTDAKINYGYDFMFKNKSVIFKPQIGLAYYYIGLSGLRGIMNDPI
YNQFRANADPNKKSVLTINFALESRHYFNKNSYYFVIADVGRDLFINSMGDKMVRFIGNN
TLSYRDGGRYNTFASIITGGEIRLFKTFYVNAGIGARFGLDYKDINITGNIGMRYAF
NT seq
7194 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcgtttaaaaaggccagattgatttctaagtttatttcaaagggatcttttttaaat
aagatctcaaagaaaattttcaaattgaatcaaatcttgaagcgtgaaaagcccttgaaa
cgccataaaaaaacaaaatccgttaaaaagccctttaataaaaacaaatcttttttaaaa
gcttcggttttattgataggagcgttggggggattatcccacctaagggctagcgagtgc
cgttattggtcatggtcgtcttggagttatcatgacaatattgaaagcggttctaattcc
cccacgcacaactcttattgcctttttaatagcgctcaaggctctgggacttactatttg
aacacccttaccacttatagccctggtggggctagtttcacgcaaaaattcaataatggc
acgcttaatgtgggagggaatatccgctttggaggcacaggtgttaatggaggtgatgta
gggtatatcataggcacttatgacgctcaaacgattaattttaattctagccgtatcaca
accggcaactcattttctactggcggtggggccactctcaattttaatgcaactaaccat
atcactatcaatcaagccagctttgataatagcgatgcagggacacagcactcttacatg
aatttcagcggttctaacatcaatgtgagcggctctagctttacagacgacaccaatggg
ggctttagtttcagcgggaatggggctaacagcaatctctcttttgacaaaacgaacttc
aatcaagggacttacaaattcactaacagcgctaacttaaacttcaacaacagcaatttc
aatcaagggacttacaactttagtagcgctcaatctgcttttgaaaacagcaatttcaat
caaggcacttatagctttactgacaatacaggtttaaactttgataacgacaccttcaat
caaggcacttacaactttaatgcaagcaaggtgagtttttcaggcactaacactttaaat
tcaagttcgccttttgctagccttaaaggcagtgtgtcctttggttctggtgcgattttt
aacctcaatcaaacccttaatagcaatcaaacctatgacattctcaccacaaacaagacc
atccaatatggggtttatcaaagttatttgtgggatttgatcaactataagggcgataaa
gctataagccatgttgaagtgggtagtaacacttatgatgtaacctttgacattaacggg
caagatgaaactttacaagaaacctttaacaatcaagccattaccacccaatttttaggg
gacgatttacaagccaaagcccaagcaacctaccaacaagacttgagtaactcccaaacc
gctttaaataacgctactagcgataataagatcgcaagcagtgatacaggctacaccaac
aatcaaaacaccactatcgctaaagacgctcagaatttagaaaacactagccaacaaatc
gctcaagatcaaaaagatttagaacaagatttagctaatgtcaaacaattagccaacgcc
tcaacaggctttaatgaacaagctttcaagaatgcccaaagcacagaacaacaagactta
caaaccttacaagagaatgaaaatacttttagtagcgagcaagaggggttaaaacaagcg
atagctaacgctaagcctacaagcccaacaccaagccctacacccactcccacaaaacac
acagcaccaaacactccccctaataaagttccgcccacaccccctactcaaaatttaccc
acaacgaatgtgtggaatggagtttataaccttcaaaatcaaacttactcaaaacaaggc
gtttactacattgatcccaatctttcaggacagagcggtcaaagcggcaacacgctcagc
acttatacagccaatttgtttggaagaagttttggcgtgaatatccaaaatggcactttg
atcatagggaataatacagagagcgtgaatgataatgggttgatttggatagggcatgga
ggctttggctatattacagggacttttaatgcggctaatatttacttgactaataatttt
aaaaccggtgaaggcgtttcaggctcagatggtgggggagcgaacatcacctttaaagca
agcgataatatcactatggatggcttgaattataatgacgctgaaaccgttactaaaatg
attcaaacgggggctagtcagcattcctatgccgcttttgacgctacaaacaacatcagc
gtgactaattccagttttagcgatatgacttgggggaaattcagttttaacgctaaaaac
atttcgttttctaacgcttcgtttagcggctttacaaaccctggaggatcaagcgttatc
agcgctaatgccgctaattctttaagctttaacaattctcgtttgaatgggggagcggtt
tataatttgtgggctaatagccttattttcaataacacgcaagcggtttttaatgtcttg
tattctagggggacaagcaattttaacgctaccacacagcttttgggcaacacgagtttt
acgctcagctctcaaagtttgctaaactttaatggcgatacaaccttgcaaaacaacgcc
aatatcacgcttggcaataaaagtcaagccgcttttaaaaattctttaacgcttgataat
aattctaatttaagcttagacaatcaaagcgttttgaatgcaaatgaatcaagcgctttt
aacaatcaagcgagtctcaatatttataacgggagtcaagcaacctttgatagcctcttt
tttaatggcgggataatcagtcttaacgctaatagcaagctcaacacttctagcgctagt
ttttcaaacaacaccactatcaatttagacgatagcgttttatcggctagcaacacaagc
tctttaaacgctaatatcaattttcaaggcgcaagccaggctaattttggaggcaacaca
actattgatgcagcaagctttaattttgacagtgcaagctcattgagttttaataacctt
acggctaatggggcattaaattttaatggttatgcaccctctttgactaaggctttaatg
agcgttagcggacagtttgttttagggaataatggggatattaatttatctgacatcaat
atttttgacaacattacaaaatctgtaacctacaacatcctaaacgctcaaaaaggcatt
gctggcattagtggggctaatggctatgaaaaaatccttttttatggcatgaaaatccaa
aacgctacctatagcggcaataataacattcaaacttggtcgtttataaaccctctcaat
tcttctcaaatcattcaagagagcattaaaaatggggatttaaccatagaagttttaaat
aaccctaactcagcttctaacactatttttaatatcgctcctgagctttataattaccaa
gcttctaagcaaaatcctaccggttatagctatgattatagcgataaccaagcaggcact
tattacttgacaagcaacattaaaggtcttttcacccctaaaggctctcaaacgcctcaa
atcccaggcacttatagtccgtttaaccagcctttgaatagtttgaatatctacaataag
ggtttttctagtggaaatttaaaaacgcttttagggatcctttctcaaaattccgctacc
ttaaaagaaatgattgaatccaatcaattagacaatatcactaacatcaatgaagtgttg
caactcttagataagattaagatcaccccagcgcaaaagcaagcgctcctagaaaccatc
aaccatttgactgacaacatcaatcaaacctttaataacgggaatctcgtgataggcact
actcaagataatgttacaaactctactagctctatatggtttgggggcaatggttatagc
agtccttgcacgctagatagcgccacttgttcttcttttagaaacacttacttggggcaa
ttattaggctcaacttccccctatttaggctatatcaacgctgattttaaagctaaaagc
atttatatcactggaacagtgggaagcgctaacgcctttgaaagcggagggagtgcggat
gtaaccttccaaagcactaataacttagtgttgaataaagctaacatagaagctcaagcc
acagacaatatctttaatcttttgggtcaagaagggattgataaaatctttaatcaaggg
aatttagcgaatgtcctcagtcaagtggctatggaaaaaatcaagcaagccggcggttta
ggaaactttgtagaaaacgctctaagccctttgagtaaggaattgcccgctagcttgcaa
aatgaaaccttaggccaacttataggtcaaaacaatttagataatttattgaataatagt
ggagtcatgaatgaaatccaaaatattatcagtaaaaaactaagcatttttggtaatttt
gttaccccatcaatcatagaaaactaccttgctaagcagtctttaaaaagcatgctagac
gataaagggcttttgaattttatcggtgggtatatagacgcttctgaattaagctctatt
ttaagcgtgattttaaaagatattactaatacccctacaagcctgcaaaaagacatcggt
gtggtggcgaacgacttgttgaacgagtttttaggacaagatgttgttaaaaagctagaa
agtcaaggcttagtgagtaacatcattaataatatcatttctcaaggcgggttaagcggc
gtttataatcaaggtttagggagcgtgttgccgctctctttacaaaacgcgctcaaagaa
aacgatttaggcgctcttttatcgcctagaggcttgcatgatttttggcaaaaagggtat
tttaactttttaagcaatggctatgtttttgtcaataatagctcttttagcaacgctaca
gggggcagtttgaattttgtcgccgacaagtctattatttttaatggcgataatacgatt
gattttagcaagtatcaaggcgcattgatttttgcttctaatggtgtttctaatatcaat
atcacaaccctaaacgctactaacggcttaagccttaatgcgggtttgaataatgtgagc
gttcaaaaaggggaaatttgcatcaatttagccaattgccctacaacaaaaaacagctct
tctacaaattctagcgtaacccccactaatgaatctttaagcgtgcgcgctaacaacttc
actttcttaggcacaatcgcttctaatggggctattgatttgtctcaagtaaaaaataat
agcgttataggcacgctcaatcttaatgaaaatgcgaccttgcaagccaataatttaacg
atcactaacgcttttaacaacgcctctaactctacagctaacattaatggtaatttcacc
ttaaaccaacaagcgactttaagcactaacgctagtggtttgaatgtcatggggaatttt
aatagctatggcgatttggtgtttaacctcagccattcagctagccatgccattatcaac
gctcaaggcgtagcgacgattatggctaataacaataaccccttaatccaattcaacact
tcttcaaaagaaacagacacttacacgctcattgacagcgctaaggccatttattatggg
tataacgaccaaatcataggaggcaatagcctagataattaccttaagctttacacgctc
attgatattaatggcaaacgcatggtgatgactgataacggcttaacttataacgaccaa
gccgtgaatattaaagatggcggtttagttgtaggctttaaagattctcaaaatcaatac
atttacacttccattctctataataaagtgaaaatcgctgtttctaatgatcctatcaat
aacctacaaacccccactttaaaacaatatatcgctcaaattcagggcgttcaaagcgtg
gatagcattgatcaagctggaggcactcaagcgattaattggctcaataaaatctttgaa
actaagggaagtcctttattcgctccctattatttagaaagccattccacaaaagattta
accacgatcgctggagatattgctaacactttagaagtcatcgctaaccctaattttaaa
aatgacgccactaatattttacagatcaacacctacacgcagcaaatgagccgtttagcc
aagctctctgacacttcaacctttgctagcgctgatttccatgagcgtttagaagccctc
aaaaacaagcgattcgctgatgcgatccctaacgctatggatatgattttaaaatactct
caaagaaacagagttaaaaataatgtgtgggcgacaggagttggaggggctagttttatt
aatggaggcactgggactttatatggtatcaatatagggtatgacaggtttattaagggc
gtgattgtgggtggttatgccgcttatgggtatagcgggtttcatgcaaacatcactcaa
tcaggctctaacaatgtcaatatgggtgtttatagccgagcctttatcaaaagaagcgaa
ttaacgatgagtttgaatgagacttggggatacaataagactttcatcaactcttatgac
cccctactctcaatcatcaatcagtcttacaaatacgacacttggacgactgacgctaaa
atcaattacggctatgatttcatgtttaaaaataaaagcgttatttttaaacctcaaata
ggcttagcctattattacattggtttgtctggtttaaggggcattatgaatgatcctatt
tacaaccaattcagagccaatgctgaccctaataaaaaatccgttctaacgattaatttt
gccctagaaagtcggcattatttcaataaaaactcttattattttgtgattgcagatgtg
ggcagggatttattcatcaattctatgggggataaaatggtgcgtttcatcggtaataac
accctaagctatagagatggcggcagatacaacacttttgctagcattatcacaggcggg
gagataaggttattcaaaaccttttatgtgaatgccggcataggggctaggtttgggctt
gattataaagatattaatattaccggaaatattggtatgcgctatgctttttaa
DBGET
integrated database retrieval system
