Candidatus Ishikawaella capsulata: ICMP_195
Help
Entry
ICMP_195 CDS
T04149
Symbol
dnaE
Name
(GenBank) DNA polymerase III subunit alpha
KO
K02337
DNA polymerase III subunit alpha [EC:
2.7.7.7
]
Organism
icp
Candidatus Ishikawaella capsulata
Pathway
icp03030
DNA replication
icp03430
Mismatch repair
icp03440
Homologous recombination
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
icp00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03030 DNA replication
ICMP_195 (dnaE)
03430 Mismatch repair
ICMP_195 (dnaE)
03440 Homologous recombination
ICMP_195 (dnaE)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03032 DNA replication proteins [BR:
icp03032
]
ICMP_195 (dnaE)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
icp03400
]
ICMP_195 (dnaE)
Enzymes [BR:
icp01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.7 DNA-directed DNA polymerase
ICMP_195 (dnaE)
DNA replication proteins [BR:
icp03032
]
Prokaryotic type
DNA Replication Elongation Factors
Elongation factors (bacterial)
DNA polymerase III holoenzyme
ICMP_195 (dnaE)
DNA repair and recombination proteins [BR:
icp03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
MMR (mismatch excision repair)
DNA polymerase III holoenzyme
ICMP_195 (dnaE)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DNA_pol3_alpha
DNA_pol3_finger
PHP
HHH_6
DNA_pol_IIIA_C
tRNA_anti-codon
HROB
HHH_3
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BAH83055
UniProt:
C5WCJ9
LinkDB
All DBs
Position
complement(237574..241050)
Genome browser
AA seq
1158 aa
AA seq
DB search
MSEPRFVHLRIHSDYSMIHGIAKIDQLVKKAALLGMPALGITDFTNLCGFIKFYRATYKF
GIKPIIGADFKVKNSISPNILTKLTILASNNVGYKNLTLLISRAYQKGYGTNGPCIKREW
LMALKSGLIVLSGGYSGDIGYGLIHKNHELVNHSLEFYKKHFPSNFYIEISRTGSKIEEQ
YLALAIKLAMVENIPLVATNEVYFLSKIDFEAHEIRVAIHQGHILNDSNRSYKYNEQQYM
RTENEMCNLFKDIPEALINSVEIAKRCNVRITLGKYFLPQFPTGNLNPQQFLINKATSGL
EERLKFIFPDPNIRIEKRKEYDKRLNIELNIINKMGFPSYFLIVMEFVQWSKDNCIPVGP
GRGSGAGSLVAYALQITDINPLEFNLIFERFLNLERVSLPDFDIDFCMEKRDMVIEHVSN
IYGKDAVAQIITFGTMTAKSVIRDVGRVLGYPYGFVERISKMIPSDIGITIERAFTLEPK
LSELYKIDEDVKSIIDMARKLEGVIRNASKHAGGLVISPTRITDFTPLHCDENGNNPITQ
FDKDDIEYIGLVKFDFLGLRTLTIINWAIEMINLTRNNQSITPVNIASIPLNDKKTFQIL
QQAKTTAVFQLESKGMRDLIKRLKPDCFEDIIALIALFRPGPLQSGMVDNFINRKHGREK
VSYPDIKCQHESLKPILESTYGIILYQEQVMQIAQVLAGYTLGKADILRYAMGKKQPIEM
VKQRSFFKRGSEKKGISSEMALKIFSMLEKFAGYGFNKSHSTAYALISYQTLWLKTHYPA
QFMAAVLTAYMDNTNKIVSLIDECRMMGLTILPPDINVSLYTFYVNDLGKIVYGMGAIKG
IGKTAIENIIYARNQGGRFIDLLDLCNRIDTKKLNQSMMKKMILSGCCDSLGSHRAAMIN
SLSQAFNIAVQNSIARLHGQADMFNGAIESKHFYPKEVSVWPDHLRLQGERDTLGLYLTG
HPINTYLEEIKFYNKGLWIKDINSHYEGNKIIVIVGLLTTIRSFLTKNNKKISMCYLEDH
SGSLEVIIFSDILEIYQPLLKKDNILIINGKIQYDNFRKRQQIVAQKIMNLKEARKKYVR
GISLWLTSSQVTNRFLSTLKKYLSFHCGGSIPLYVYYKNTDAQIKFTFSKKWYISLNDSL
IEDLKYLVGFNQVKLEFD
NT seq
3477 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtctgagccgcgttttgtacatttaagaatacatagtgattattctatgatacatggt
atagcaaaaatagatcagttagtgaaaaaagctgctttgttaggtatgccagctttagga
attactgattttactaatttgtgtggttttataaaattttatcgtgctacatataaattt
ggtattaaacctatcataggagctgattttaaagtaaaaaattccatatcacccaatata
ttaacaaaattaactattttagctagtaataatgtgggttataaaaatttaactctacta
atttcacgtgcatatcaaaaaggatatggaactaatggaccttgcataaaacgtgaatgg
ttaatggcattaaaatcaggattaattgttctttcaggaggttatagcggtgatattgga
tatggcctaatacataaaaaccatgaattagttaatcatagtcttgaattctataaaaaa
cattttcctagcaacttttatatagaaattagtcgtacagggagcaaaattgaagaacaa
tacttagcgttagcaattaaattagctatggtagaaaatatacctctagtagcaactaat
gaagtatattttttatctaaaatagattttgaagctcatgaaatacgagtagctatacat
caaggtcatatattaaatgattctaatagatcatataaatataatgagcaacaatatatg
cgtactgaaaatgagatgtgtaatctttttaaggatattcctgaagccttaatcaatagt
gtagagattgctaaacgttgtaatgtaaggattacattaggtaaatattttcttcctcaa
tttcctactggtaatctgaatccacaacaatttttgattaataaagcaacttctggatta
gaagaaagacttaaatttatttttcctgatccaaatatccgtatagaaaaacgtaaagaa
tatgataagcgtctgaatattgaactaaatattattaataaaatgggatttcctagttat
ttccttattgttatggaatttgtacaatggtcaaaagataattgcattcccgttggtccc
ggaagaggatctggtgcaggttctttagttgcatatgcactacaaattactgatattaat
cccttagaatttaatctaatttttgaaagatttttaaacttagaacgtgtttctttgcct
gattttgatattgatttttgtatggaaaaaagagatatggtaattgaacatgtatctaat
atttatggtaaagatgcagttgcacagatcataacatttggtactatgacagcaaaatca
gttatccgtgatgtaggacgcgtgcttggatatccttatggatttgtggaacgtatttca
aagatgataccatcagatataggtattactatagaaagagcatttacacttgagccaaaa
ttatcagaattatataaaatagatgaagatgttaaatctattattgatatggcaaggaaa
ttagaaggagtaatacgtaacgcaagtaaacatgctggtggattagtgatttctcctaca
agaattacagattttacaccacttcattgtgatgagaatggtaataatcctattacacaa
tttgataaagatgatattgagtatataggtttagtaaaattcgattttttaggtttacgt
actttaacaattattaattgggctatagaaatgattaatcttactagaaataatcaatct
ataacccctgttaatattgcttctattccacttaatgataaaaaaacttttcaaatacta
cagcaagcaaaaaccacagcagtatttcaactagaatcaaaaggtatgagagatcttatt
aaaagattaaaacctgactgttttgaggatataatagcactaattgctctttttcgtcct
ggtccactacaatctggaatggtagataattttatcaatcgtaaacatggacgtgaaaaa
gtatcttatcctgatattaaatgtcaacatgaaagtttaaagccaatattagaatctacc
tatggtattattctatatcaagagcaagttatgcaaatcgctcaagtattagcaggatat
actttaggtaaagcagacatattgcgttatgctatgggaaaaaaacaacctatcgaaatg
gttaaacaacgctcattttttaaaagaggatctgaaaagaagggtattagcagtgaaatg
gcacttaaaatattttctatgttagaaaaatttgccggttatggttttaataaatcacat
tccacagcttatgcacttatctcatatcaaacactttggttaaaaacacactatccagca
caatttatggcagcggttttgaccgcatatatggataatactaataaaatagtttcttta
atagatgaatgcagaatgatgggattaacaattttacctcctgatattaatgtaagttta
tatacattttatgtaaatgatttaggtaaaattgtgtatggtatgggtgcaattaaaggt
ataggtaaaacagctatagaaaatattatttatgcacgtaaccaaggtggtagatttata
gatcttttagatttatgtaatcgcattgatactaaaaagcttaatcaaagcatgatgaag
aaaatgattttatcaggttgttgtgatagtttaggttcccatagagctgctatgataaat
agtttatctcaagccttcaatattgctgtgcagaattcaatagctaggttacatgggcaa
gcagatatgtttaatggagcaattgagtcaaaacacttttatccaaaagaagtatcagtt
tggccagatcatcttcgtttgcaaggtgaacgggatactctaggattatatttaactggt
catcctattaatacatatttagaagaaattaaattctataataaaggattatggataaaa
gatattaattctcattatgaaggtaataaaattatcgttatagttggtttactgacaact
atacgtagttttttaactaaaaataataaaaaaattagtatgtgctatttagaagatcat
tcaggtagtttagaggtaataattttttccgatattttagaaatttatcagcccttatta
aagaaagataatatcttaattattaatggaaaaattcaatatgataattttagaaaaaga
caacaaattgttgctcaaaaaataatgaatcttaaggaagcgcgtaaaaaatatgttcga
ggaatatctctatggttaacgagttcacaagttactaatcgtttcttaagcaccctaaag
aaatatttaagttttcattgtggtggatcaattccactatatgtttattataaaaataca
gatgcacagataaaattcactttcagtaaaaaatggtatatttccttaaatgattcttta
atcgaagatctaaaatatttagtaggatttaatcaagtaaaattagaatttgattaa
DBGET
integrated database retrieval system