Candidatus Ishikawaella capsulata: ICMP_524
Help
Entry
ICMP_524 CDS
T04149
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
icp
Candidatus Ishikawaella capsulata
Pathway
icp03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
icp00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
ICMP_524 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
icp03021
]
ICMP_524 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
icp03400
]
ICMP_524 (rpoC)
Enzymes [BR:
icp01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
ICMP_524 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
icp03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
ICMP_524 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
icp03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
ICMP_524 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BAH83371
UniProt:
C5WDG5
LinkDB
All DBs
Position
complement(592679..596926)
Genome browser
AA seq
1415 aa
AA seq
DB search
MNDILDFFKKNNKIQEFDNIKISLASPEIIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCSR
IFGPVKDYECLCGKYKRLKHRGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPIAHIWFLKSL
PSRISLLLDIPLRDIERILYFECYVVIEAGMTNLERCQILTEDQYLDSLEEFGDEFEAKM
GAEAIQDLLKSMDLSKEFSQLHEDLNDTNSETKRKKISKRIKLVESFVHSGNKPEWMILN
VLPVLPPDLRPLVPLEGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLSAPDIIIRNEKRMLQ
EAVDALLDNGRRGRAVTGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPY
LRLHQCGLPKKMAIELFKPFIYGKLELQGLATTIKAAKKLVEDEESIVWDILDEVIREHP
ILLNRAPTLHRLGIQAFEPILIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHIPLTLEAQLEA
RALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDKINAQGEGMILKDAKEAENLYHSG
LAALHARIKVRITEYTKINEEEFTQKTSIIDTTIGRAILWTIVPKGLPYSIVNNVIGKRS
ISTMLNRCYRLLGLRSTVIFADKIMYTGFAYAARSGASVGIDDMVIPPKKYDIISEAESE
VSYIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANERIAKAMMENLSLDTVINREGNQEQQISFN
SIFMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGAR
KGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDLVVIEYDCNTKEGLLMTSVMEGGDIKEPLCERVL
GRVTAQDILKPGTNEVLIPQNTLLDESLCSILEEHSVDTLKVRSVVTCETNFGVCARCYG
RDLARGHLINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRMATESSIQIKNPGKIKL
ENAKLVVNYANKKIIISRNVELKIIDNFGRIQENHKVPYGAILAKSDNEQVNAGEVVAHW
DPHTIPIITEVKGCIRFVDMVEGQTITRQTDELTGISSIIVLDSSERTTIGKDLRPTLKI
VDMYGHDVLVPGTEIPAQYFLPGGAILQLEDGVNINSGDILARVPQESGGTKDITGGLPR
VADLFEARCPKEAAILAEMSGIVAFGKETKGKRRLLITPINDANNPYEDMIPKCRQLNIF
EGEYVEKGDVISDGPESPHDILRLRGIQEVTHYIVNEVQGVYRLQGVKINDKHIEIIIRQ
MLRKATILTPGDSNFLEGEQVEYSRIKISNSKLKANGKVGATYRRDLLGITKASLATESF
ISAASFQETTRVLTEASVAGKYDELRGLKENVIVGRLIPAGTGYSYHQSRIMRKRKKALS
RSRLITTGSGSITANEASANLTALLNANVDDKNIK
NT seq
4248 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
gtgaatgatatacttgatttttttaaaaaaaacaacaaaatacaagaatttgataatatt
aaaatatctttagcttcaccagaaattattcgttcttggtcttttggagaagtaaaaaaa
ccagaaacgattaactaccgtacttttaaacctgaacgtgatggtttgttttgttcacgt
atttttggtccggtaaaagattatgaatgtttatgtggtaaatataagcgtttaaaacac
cgtggagtgatttgtgaaaaatgtggtgtcgaagtcactcaaactaaagtacgtcgtgaa
cgtatgggacatattgaattagcctcaccaattgcacatatttggtttctaaaatcatta
ccttctcgtataagtttattattagatataccgttaagagatatagagcgcatattgtat
tttgagtgttatgtggttattgaagcaggtatgactaatctggaaagatgccaaatttta
actgaagatcagtatttagattctttagaagaatttggtgatgaatttgaggccaaaatg
ggagctgaagcgattcaagatttactaaaaagtatggatttatctaaggaattttctcaa
ttacatgaagatttaaatgacactaattctgaaactaaacgtaaaaaaattagtaagcgc
atcaaattagtagaatcttttgttcattctggtaataaaccagaatggatgatcttaaat
gttcttccggtactcccaccagatttgcgtcctctggtgccactagaaggtggtcgattt
gctacttctgatctaaatgatctttaccgtcgagtaattaatcgtaataatcgtttaaaa
agattattagatttatctgctcctgatattattatacgtaacgaaaaacgtatgcttcaa
gaagcagttgatgcactgttagataatgggcgtcgtggtcgtgccgttacaggatcaaat
aaacgtccgttaaaatcactagcagatatgataaagggtaaacaaggaagattccgtcaa
aatctattaggtaagcgagttgattattcaggtcgctctgtcattactgtaggtccatac
ttacgtttacaccaatgtggactacctaaaaaaatggctatagaattatttaaacctttt
atttatggtaagcttgaattacagggtttagctactacaattaaagcagctaaaaaactg
gtagaagatgaagaatcaatagtatgggatatacttgatgaagtaattcgtgaacaccct
attttattaaatcgtgccccaactttacatcgtttaggtattcaagcatttgaaccgatt
ttaattgaaggaaaggcaattcagttacatccattagtatgtgcagcctataatgcagat
tttgatggtgatcaaatggcggttcatataccattaacattagaagcacaattagaagca
cgtgcgttaatgatgtctactaataatatcctctctcctgcaaatggcgaacccataatt
gttccttctcaagatgttgtgctcggtctttattacatgaccagagataagattaatgca
caaggagaaggcatgatattaaaagatgcaaaagaagcagaaaatttatatcattctggt
ttagctgccttacatgctcgcattaaagttcgtattaccgagtatactaaaattaacgaa
gaagaatttactcaaaagactagtataattgatactacaattggtcgtgccatcttatgg
acaatagtacctaaaggtttaccttattcaatagttaataatgttatagggaaaagatct
atttctaccatgctgaatagatgctatagactcttaggcttgagatccactgttattttt
gctgacaaaattatgtatactggatttgcttatgcagcacgttcaggtgcctcagttggt
attgatgatatggtgattcccccgaaaaaatacgatattatttccgaagctgaatcagag
gtttcatatattcaggaacagtttcagtcaggtttagttactgctggagaacgttacaac
aaagttattgatatatgggccgcagccaatgaaagaattgccaaagctatgatggaaaat
ctttctcttgatacggttattaatcgggaaggcaatcaagagcaacaaatatcatttaac
agtatttttatgatggcggattcgggtgcacggggttcagccgctcaaattcgtcaatta
gctggtatgcgtggtcttatggcaaaaccagacggttcaattattgaaacccctataacg
gcaaattttcgtgaaggtctaaatgtacttcaatattttatttccactcatggagcacgt
aaaggtctagctgatactgcattaaaaacagcaaattctggctatttaacccgtcgttta
gttgatgtagctcaagatttagtggtaattgaatacgattgtaataccaaagaaggtctt
ttgatgacttctgtcatggaagggggggatatcaaagaaccattatgtgaacgtgtatta
ggtagagttacagctcaagatatattaaaaccaggtactaatgaagttttaatacctcaa
aatactcttttagatgaatctttgtgttctattttagaagaacattctgttgatacatta
aaagtacgttcggtagtaacatgtgaaacaaacttcggtgtttgtgctcgatgctatgga
agagatttagctcggggtcaccttatcaataaaggtgaagcgattggagtaatagcggca
caatctattggtgaacccggaacgcaattaactatgcggacgtttcatataggtggagca
gcatcgcgtatggcaactgaatcgagtattcagatcaaaaatcccggtaaaatcaaatta
gagaatgctaaattagtagtaaattatgctaataaaaaaataattatttctcgcaatgta
gaattgaaaataattgataattttggtcgtatacaagaaaaccataaagttccttatggg
gctattctagctaaaagtgacaatgaacaagtaaatgctggagaagtagtagcacattgg
gatccccatactatacctataataactgaagtaaaaggttgtattcgttttgtagatatg
gttgagggacaaacaattacacgtcaaacagatgagttaaccggtatttcttctataata
gttctagatagttcagaacgtacgacaataggcaaagatttacgtcctacattaaaaata
gttgatatgtatggtcatgatgtattagttcctggcactgagataccagctcaatatttt
ttacctggaggtgctattcttcaattagaagatggagttaacattaattcaggtgacata
ttagcacgtgttccccaggaatctgggggtaccaaagatattacaggaggtttaccacga
gtagctgatttattcgaagctaggtgtccaaaagaagctgctattctagcagagatgagt
ggtattgttgcttttggtaaagaaactaaaggaaaacggcgtttgctgattacccctatt
aatgatgctaataatccgtatgaagacatgattcctaaatgcaggcagttgaatattttt
gaaggtgaatatgttgaaaaaggtgatgttatatcggatggacctgaatcaccacatgat
attttgcgtttacgtggtattcaggaggtaacacattatatagttaatgaagtacaaggt
gtctatcgtttacagggtgtaaaaattaatgataaacacattgaaattattattcgccaa
atgttacgtaaagctactattttaacaccaggcgattcaaactttctggaaggagaacaa
gtagaatactctcgtatcaaaatatctaatagtaaactaaaagctaatggtaaggttgga
gctacttacagaagagatttactcgggattactaaagcatctttggctaccgaatcgttt
atttctgcagcttcttttcaagaaaccacacgtgtattaacagaagcctcagttgcagga
aaatacgatgagttacgtggtctgaaagaaaacgttattgtaggtcgtttaattcctgcg
ggtactggttattcttatcatcaatcccgtataatgcgtaaacgtaaaaaagcattatct
aggtctaggttaataactacagggtcagggtcgataactgcaaatgaagcttcagctaat
ttaacagcattattaaatgctaatgttgatgataaaaatattaaataa
DBGET
integrated database retrieval system
