Candidatus Kinetoplastibacterium sorsogonicusi: CKSOR_00470
Help
Entry
CKSOR_00470 CDS
T05428
Symbol
mfd
Name
(GenBank) Transcription-repair-coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
kso
Candidatus Kinetoplastibacterium sorsogonicusi
Pathway
kso03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
kso00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
CKSOR_00470 (mfd)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
kso03400
]
CKSOR_00470 (mfd)
Enzymes [BR:
kso01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
CKSOR_00470 (mfd)
DNA repair and recombination proteins [BR:
kso03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
CKSOR_00470 (mfd)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
Helicase_C
UvrB_inter
TRCF
CarD_TRCF_RID
ResIII
MFD_D3
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AWD32582
UniProt:
A0A3S7JA78
LinkDB
All DBs
Position
489628..493077
Genome browser
AA seq
1149 aa
AA seq
DB search
MQDKIVSNIILNLKKHKHFSYSKPSLSGDSWLISQIASIYNKKIPIVIFTSNQLETIRLM
DEIKLFFIDANIKYLDNWETLPYEAFSPSKNIVSNRLKTLYSLMNNETDILILSISTAMH
RLCPPEFLAKYTFYFKIGNKLNIELLKNQLIIANYIHTKKVIEQGEFCIRGNIVDIFPMG
SIYPYRIDLFDNIIETIYTFDIETQRSIKKIEKINILPGHEFPLDNNSKNYFRTKLREEF
SWNPSKTIPYTSISDNNNFPGIEYYLTLFFENTSTIFDYINKNSLCIVNDDIKHKIIQFL
DNVNSRYEFLKNNIELPALKPSKVFLQTQEFIDILYSFKLLIFENINNENIKNLLDKYKF
SKDIKDIDIIKKIDEITKEGKKIIFSFSSERKYEIYLKILNDYNIDYEEVDSIKKALNSK
KYVILSKLNIYNSFYLKHLNIIFVSEYEIFNKFHKKNIHNNKDTKKINYSNIYKDISEIQ
IGHPIVHIDYGVGLYNGMVHVSIDNQETEFLKIEYANKNNLYVPIQNLNKISRYQGLNED
SLIINNLGTDRWKKSKLKAEKQIKDIAAELLSIYSERSIKKGFQFKIPDQDYKIFCDSFG
FEETPDQLSAIDSILQDMQSEKPMDRLICGDVGFGKTEIALRAAFVAVANNKQVAILCPT
TLLAEQHMETFTERFANWPVNIIELSRFKTLKENQETISKINKGQVDIIIGTHKLLSKKI
KFQNLGLLIIDEEHRFGVAQKETLKELKKDIDIITLTATPIPRTLSMTLEGIKDFSIIST
PPKKRLSIKTFIRKNYKDNIKEALTRELNRGGQIYFVHNDIDTIYAQQSILKSIMPEIKI
GIVHGKLPEKELEYTMQGFYRQKYDVLLCTTIIENGIDIPNANTIIINRADKLGLAQLHQ
LRGRVGRSHHQAYAYLIVPDDDQINKKAQQRLDVIKNMENLGSGFYLAIHDLEIRGSGQI
LGDSQSGNIQEIGLYLYNEMLDQSIKDLQNTKSISSENILLTSNCEVNLNVPTLISENYC
NDVSSRLSIYKRLSDTNNLDGILEIKYELIDRFGKIPEYTNNLLFAHQIRILGDKLGILK
INLNKNKAIIQISESNIDSLSTKIIKLISFNKEYNLNFKKDNKIEILLNNENLKLQVNYI
CNFLEKLYI
NT seq
3450 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgcaagataaaattgttagcaatattattttaaatttaaaaaaacataaacatttttca
tattctaaaccatctttatcaggagattcatggttaatatcacaaattgcatctatatat
aataaaaaaataccaattgtaatatttacaagtaatcaattagaaactatacgtttaatg
gacgaaattaagctattttttattgatgcaaatataaaatatttagataattgggaaact
ttaccttatgaagcattttctcctagcaaaaatatagtatcaaatcgtttaaaaactttg
tattcattaatgaataatgaaactgatatattaatattatcaatttctacagctatgcat
agattatgtcctcctgaatttttagctaaatatactttttattttaaaattggcaataaa
ttgaatattgaattattaaaaaatcagttaattatagcaaattatatacatactaaaaaa
gttatagaacaaggagaattttgtattagaggaaatattgtagatatatttcctatggga
tcaatatatccatatcgaatagatctatttgataatattatagaaactatttatacattt
gatatagaaacacagagaagtataaaaaaaatagaaaaaataaatattttacctggacat
gaatttcctttagataataattctaaaaattattttagaactaagctaagagaagaattt
tcttggaatccatccaaaacaattccatatacatcaattagtgataataataattttcct
ggaatagaatattatttaacacttttttttgaaaatacttcaacaatatttgactatatt
aataaaaattcattatgtattgttaatgatgatattaaacataaaattattcaatttctt
gataatgtcaattcaagatatgaatttttaaaaaataatattgaactgccagcactaaaa
ccaagtaaagtttttttacaaacacaagaatttatagatatattatatagttttaaacta
ttaatttttgaaaatattaataatgaaaatattaaaaatttattagataaatacaaattt
tcaaaagatattaaagatattgatattattaaaaaaattgatgaaataactaaagagggt
aaaaaaattatattttctttttcttctgaaagaaaatatgaaatttatttaaaaatatta
aatgattacaatattgattatgaagaagttgattctatcaaaaaagcattaaattctaaa
aaatatgtaattttatctaagttaaatatttataatagtttttatttaaaacatttaaat
attatattcgttagtgaatatgaaatatttaacaaatttcataaaaaaaatatacataat
aataaagatactaaaaaaataaattacagtaatatatataaagatatttcagaaattcaa
attggtcatccaatagtacatatagattatggtgtaggactttataatggtatggttcat
gtaagtatagataatcaagaaactgagtttcttaaaatagaatatgcaaataaaaataat
ttatatgtgcctattcaaaatttgaataaaatatctagataccaaggattaaatgaggat
tctttaataattaataatttaggtactgatagatggaaaaagtctaaattaaaagctgaa
aaacaaattaaagatatagctgctgaattattaagtatatattcagaaagatctataaaa
aaaggatttcaatttaaaattccagatcaagattataaaattttttgtgattcttttggt
tttgaagaaactcctgatcaattatcagcaattgattcgatattgcaagatatgcaatct
gaaaaacctatggatagattaatttgtggcgatgtaggttttggtaaaacagaaatagca
ttaagagctgcatttgttgcagtagctaataataaacaagtagctattttatgtcctaca
acattattagctgaacaacatatggaaacttttactgaaagatttgctaattggcctgta
aatattatagaactatctagatttaaaactttaaaagaaaatcaagaaaccatatctaaa
attaataaagggcaagtagatataattattggtactcataaacttttatcaaagaaaata
aaatttcaaaatttaggtttattaattatagatgaagaacatagatttggtgtagctcaa
aaagaaactttaaaagaattaaaaaaagatatagatataataacattaacagctactcct
ataccaagaactttaagtatgacattagaaggaataaaagatttttctattatttctact
ccaccaaaaaaaagattatctataaaaacttttattagaaaaaattataaagataatatt
aaagaggcattaacaagagaattaaatagaggaggtcaaatttatttcgtacataatgat
atagatacaatatatgcacaacaatctattttaaaatctattatgccagaaataaaaatt
ggtattgtacatggaaaattaccagaaaaagaattagaatataccatgcaaggattttat
agacaaaaatatgatgttctgctatgtactacaataatagaaaatggtatagacattcca
aatgctaatacaattattataaatagagcagataaattaggattagctcaattgcatcaa
ttaagaggtagagtaggtagatcacatcatcaagcatatgcatatttaattgtacctgat
gatgatcaaatcaataaaaaagcacaacaacgtttagatgttattaaaaatatggaaaat
ttgggttcaggattttatttagctatacatgatttagaaattcgtggttctggtcaaatt
ttaggagactcgcaatctggtaatattcaagaaataggtttatacctatataatgaaatg
cttgatcaatcaattaaagatttacaaaatacaaaatcaattagcagcgaaaatatatta
cttacatcaaattgtgaagtaaatctaaatgtaccgacattaattagtgaaaattactgt
aatgatgtttcttcaagattatctatttacaaaagattatctgatacaaataatttagat
ggtatattagaaattaaatatgaattaatagatagatttggtaaaattccagaatataca
aataatttattatttgcacatcaaattagaattttgggagataaattaggtatattaaaa
attaatttaaataaaaataaagctataatacaaatatctgagtcaaatatagattcatta
tcaactaaaattattaagcttatatcttttaataaagaatataacctaaattttaagaaa
gataataaaatagaaatattattaaataatgaaaatttaaagttacaagtaaattatatt
tgtaactttttagaaaaattatatatataa
DBGET
integrated database retrieval system
