Lactobacillus acidophilus NCFM: LBA0273
Help
Entry
LBA0273 CDS
T00231
Symbol
trcF
Name
(GenBank) transcriptional repair coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
lac
Lactobacillus acidophilus NCFM
Pathway
lac03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
lac00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
LBA0273 (trcF)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
lac03400
]
LBA0273 (trcF)
Enzymes [BR:
lac01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
LBA0273 (trcF)
DNA repair and recombination proteins [BR:
lac03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
LBA0273 (trcF)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
TRCF
UvrB_inter
Helicase_C
CarD_TRCF_RID
ResIII
Cas3-like_C_2
RecG_dom3_C
TniB
SLFN-g3_helicase
UB2H
AAA_22
EryCIII-like_C
DprA_WH
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AAV42166
UniProt:
Q5FMA8
LinkDB
All DBs
Position
263464..266961
Genome browser
AA seq
1165 aa
AA seq
DB search
MRLTEILNKDQDLNNFILKTKQVKNSLITGANAGAFSLLLKQIISKLNEPLILVEENENK
AQNLYGELSAILDSEQVQIFSLDATIATQTAVSSPDELSSRIQALSFLLSKKAGIVITTP
QGLQYKLSNPTDFAQAKRVFIPEKEYELTELNNWLVHSGYQKEALVAKPGEFAIRGDILD
IYPLDRENPVRIEFFGDEIDTVKEFNLATQRSTQEIDLVEITAAQDRVFSSDAIKKAAEK
IRKDMADAPAPEKAVKDHFTVALDNLDTGGLPQNYSFLVDYLIEKPSSLLDYLAPNGQIL
IDDFPLIKQSVETVDEQNAAFISDELKTGAMLPGQKLRADFDKVLSQDKHHRIYFSLFQR
SMGRLRLGQMLNWQTREPEQFFSQMPLIKSELESYKKSGQTVILQADNNKRARQIDQTMV
DFGLSLPIVGEDEIIEGQCQIVVAGYTSGFTLPTVKLVYLTERELFNKRPQRKKRIKTLE
NAQRLRNYTELKPGDYVVHINHGIGRFEGIKTLENNGVKRDYITITYQRGDQLFVPADQL
SLVQKYVGSEGKTPHINKLGGSEWAKTKRKVQSKVEDIADDLIELYAKRESEKGFAFSPD
DDLQRKFDDAFPYPETADQLRSIKEIKEDMEKPKPMDRLVVGDVGFGKTEVALRAAFKAV
QDNKQVAFLVPTTILAQQHYETIQDRFKDFPVNIAMLSRFQTPAESKEIIEGLKDGKIDL
VVGTHRILSKDVEFKNLGLLIVDEEQRFGVKHKERLKQLKANIDVLTLTATPIPRTLHMS
MVGVRDLSVMETPPQNRYPIQTYVMEQIPSVVKDACLREMQRDGQVFYLHNRISDIDETV
EKLQQLIPNARIASAHGRMSQNQLEDILYRFLNREFDILVTTTIIETGIDMPNVNTMIIE
DADHYGLSQLYQLRGRIGRSARLAYAYFLYQPNKVLTEVGEKRLDAIRDFTELGSGFKIA
MRDLSIRGAGNMLGAQQHGFIDSVGYDLYSQMLSDAIKERKGKKTVKKSNAEIDLKLEAY
IPDSYIGDQEEKIEFYKKIKAVNNQEELDKIEDELIDRFGDYPVSVENLLAVAGLKVNAD
LAQVLNVLKISDDKIKVEFNNNASHELEGPNIFKALEHVDLKARISMNQEKRMVVLLQLP
DEMKNRVLFNELTTFLQAASDIVQR
NT seq
3498 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgcgtttaacagaaatattaaataaagatcaagatttaaataattttattcttaaaacc
aaacaagtaaaaaattcactaatcactggcgctaatgccggtgcttttagtctgctttta
aaacaaattatttctaaactaaatgaaccacttattttagttgaagaaaatgaaaataaa
gcacaaaacttatacggtgaattaagtgcaattttggatagtgagcaagtgcaaatattc
tcacttgatgctacgattgctactcaaactgctgtcagttctcctgatgaactaagtagt
agaattcaagcacttagttttttattgagtaaaaaagcggggattgttataactacgcca
caaggcttgcaatataaactatctaatccaacagattttgctcaagctaagagagtattt
ataccggagaaagaatatgaactaacagaattaaataattggttagttcattctggttat
caaaaggaagctttggtggctaagcctggtgagtttgcaattcgtggagatattttagat
atttatcctctagatagagaaaatccagttagaattgaattctttggtgatgaaattgat
acagttaaggaatttaatttagcaacacagcgtagtacgcaagaaattgatctagttgaa
attactgctgcacaggacagagtattttcaagtgatgctattaaaaaagcagctgaaaaa
atcagaaaagatatggcagatgctccggcaccggagaaggcggtaaaagatcattttact
gtagcgctagataatttagatactggtggtttgcctcaaaattattcatttctagttgat
tacttaattgaaaaaccaagtagtttattagattatttggcccccaatggacaaatttta
atagatgacttccctttaattaagcaatctgtagaaactgtcgatgagcaaaatgctgca
tttattagcgatgaacttaaaaccggtgcgatgctacctggacaaaaattacgtgctgat
tttgataaggtattatcacaagataaacatcatcgaatttatttttcattatttcaaaga
agtatggggcgtttgcgcttaggacagatgcttaattggcaaacgcgtgaaccagaacaa
ttctttagccaaatgccattaattaaatcggagcttgaatcttataaaaagtctggccaa
accgttattttacaggcagacaataataaaagagcacgacagattgaccaaacaatggtt
gattttggcttgagtttaccaatcgttggcgaagatgaaattattgaaggacaatgtcaa
attgttgtggcaggttatacaagcggatttactttgcctacagttaagttggtctattta
actgagcgtgaactttttaataaacgtcctcaacgcaaaaagcggattaagactttagaa
aatgctcaaagattacgtaactatactgagttaaagcctggagattatgttgtacatatt
aatcacggtataggacgctttgaaggaattaaaactttagaaaataatggcgtaaaacgt
gactatatcacaattacttatcagcgcggtgaccagctttttgtacctgcagatcaatta
agtttggtgcaaaaatatgttggctcggaaggtaaaacgccacatattaataaacttggc
ggcagtgaatgggccaaaactaaacgtaaagttcaatcaaaggttgaagatattgcagat
gatttgattgaactttatgctaaacgtgaatcagagaaaggctttgcattttcaccagat
gatgatctgcaaagaaaatttgatgatgcctttccatatcctgaaactgcggatcagctt
cgttcaattaaagaaattaaagaagatatggaaaagcccaagccaatggatcgtttggtt
gttggtgacgttggttttggtaaaacagaagttgcccttcgtgcggcctttaaggcagtt
caagataataagcaagttgcttttttagttcctacaaccattttggcccaacaacactat
gaaactattcaagatcgttttaaagattttccagtgaatatagcaatgttatctcgtttt
cagacacccgctgaatcaaaggaaattattgaaggcttaaaagatggaaaaatagatctt
gtggttggcactcatagaattctatcaaaagatgtagaattcaaaaatttaggattatta
attgttgacgaagagcaaagattcggtgttaaacataaagagcgactaaagcagttaaaa
gccaatattgatgttttaactttaactgctacaccaattcctcgtacgcttcatatgtcg
atggtaggtgtgcgtgatttatcagttatggaaacgccgcctcaaaacagatatccaatt
caaacttatgtaatggaacaaattccaagtgtagtaaaagatgcttgtttaagagaaatg
caacgtgatggtcaagtcttttatttacataatagaattagtgacattgatgagaccgta
gaaaaattacaacaacttatacccaatgccagaattgcaagtgcacatggacggatgagt
caaaatcaactagaagatattttatatcgttttttaaatagagaatttgatattctagtt
acaacaacaattattgaaactggtattgatatgccgaatgttaatacgatgattattgaa
gatgcagatcactacggtttgagtcagctttatcaattgcgtggaagaattgggagaagt
gcaagattagcttatgcatattttctttaccaacctaataaggtattaactgaagtagga
gagaagcgtttagatgctattcgcgattttacagaattaggatctggctttaaaattgct
atgcgtgatttatcaatcagaggtgctggaaatatgcttggcgctcagcaacatggtttt
attgatagcgttggatatgatttatattcacaaatgttaagtgatgcgattaaagagcgt
aaaggtaaaaagacagtgaagaaatctaatgcggaaattgatctaaaacttgaagcgtat
attcctgattcatatattggtgatcaagaagaaaagattgaattttataaaaagatcaag
gctgttaataaccaagaagaattagataaaattgaagatgaattaattgatcgttttggt
gactatccagtatccgttgaaaatttacttgctgttgcgggacttaaagtaaatgcagat
ttagctcaagtattaaacgtgctaaagattagtgatgataagatcaaagttgaatttaat
aataatgcttcacatgaattagaagggcctaatatttttaaggctctagaacatgtggac
ttaaaagcacgaattagtatgaatcaagaaaagcgaatggtagtcttattacaattacca
gatgaaatgaagaatcgagtattgtttaatgaactaacaacgtttttacaagctgcaagt
gatattgtacagagataa
DBGET
integrated database retrieval system
