Leuconostoc gelidum JB7: C269_02105
Help
Entry
C269_02105 CDS
T02322
Name
(GenBank) transcription-repair coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
lge
Leuconostoc gelidum JB7
Pathway
lge03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
lge00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
C269_02105
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
lge03400
]
C269_02105
Enzymes [BR:
lge01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
C269_02105
DNA repair and recombination proteins [BR:
lge03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
C269_02105
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
TRCF
UvrB_inter
DEAD
CarD_TRCF_RID
Helicase_C
ResIII
Cas3-like_C_2
UB2H
RecG_dom3_C
AAA_22
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AFS39866
LinkDB
All DBs
Position
431024..434542
Genome browser
AA seq
1172 aa
AA seq
DB search
MLTHFLAQSDTIKHLNEQATDGSSQLLLGVNGSARAASVAALYQENPRQMLVVTDTQVHA
DQLFSDLSSLMTNVFNFPAEESLATEIAISSPDLRLQRVASLLALRKGEAKVIVTSLAGV
ERLLPKPETVDAAKLSLTVGQTYQLNDIKKTLMMMGYTPTKLVQGAGEFAQRGSIIDIYP
LTSDEPIRLDFFDDELDQLKNFDVSTQKSTTVLKKYHVQPATDFIVSETQYDIAKQTIET
AFNNYRKELTGVAKKHATEGFSATQHVLNEHGRVNQLLPYATHFFEGETTLLDYFSDDVL
VFVDEFTRLKDMQIQQLTYDQEWLDKQLSAYQLIPGQVLRADFADLLTQNQSAVIYLANF
QRGLNNIKFTNIEEVTTRPANQYYGQIETLRTDLQYAQDAGMTVILLINDEKQSHHLSES
LSDFKVPIIETRQVQPNQAQIMKGNLAIGFEWPKLHLIVLTAHELFTQTRQVAPRQRKIN
NAERLKSYSELNVGDYVVHINHGIGRYEGLQTMTVDGGKQDYLSIAYQKNAKIFIPVTQL
NLIQKYIGASDAAKAPKLNKLGGVEWAKTKRQVAAKIEDIADDLLDLYAKREAQQGYAFP
PDDTEQLKFDMAFGYPETPDQIRSIEEIKVDMQKVRPMDRLLVGDVGFGKTEVALRAVFK
AVHAGKQVAFLAPTTILVQQHYETMLARFNDFPNIKIGVLSRFQTTAQNKFVIKQLNEHQ
IDIVVGTHRLLSKDVDFLDLGLLIIDEEQRFGVKHKERLKQLRHSVDVLTLTATPIPRTL
NMAMVGARDLSIIETPPANRYPIQTYVLEADWIIVRNAIEKELARGGQVFYLHNRVADID
RVASQIEDLVPSARVGAIHGQMSETQLESVLYDFLNGNYDVLVTTTIIETGVDIPNANTL
IVENADHMGLSQLYQLRGRVGRSARLAYAYFTYPFSRTPSEEAEKRLEAIRDFTELGSGF
RIAMRDLSIRGAGDILGKQQHGFIDSVGYDMYTKMLKDAVATKQGQTVTTSKPTETDAEL
ILGVLAYLPDTYVPDNAQKIELYTRIRQARTDKEFEEIETDMLDRFGDMPDEVARLLLVG
QIKQLADQAQVTNIRRQKQQLAIVFNSDATSTLAGEAIFETLANVPLKVAVRTETGNLQI
SITVNDVAESSIWLNILRDFLLVVITRQQVTK
NT seq
3519 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttaactcattttttagcgcaatcggatacaattaaacatcttaatgagcaagcgact
gatggttcttcacagttgcttttaggcgtcaatggtagtgcacgagctgcgagcgtcgca
gccttatatcaagaaaatccacgtcaaatgttagtcgttacagacacacaagtgcatgct
gatcaactattttcagatttatcaagtcttatgacaaatgtttttaattttcctgcagaa
gagtctttggcaacagaaattgctattagttcacctgacctacgattgcagcgagttgct
agtttattagccttgcgaaaaggcgaggctaaagttattgtgacaagtctagctggagtt
gaacgtttactacccaaaccagaaacagttgatgcggcgaaattgtcattgacagttggt
caaacttatcagttaaatgatatcaaaaaaaccttaatgatgatgggttatacacctaca
aaattagtgcaaggtgctggtgaatttgcacaacgtggttctattattgatatttaccca
ttgactagtgatgagcctattcgtttagacttttttgatgatgaattggaccaattgaaa
aattttgatgtatcgacacaaaaaagtacgactgtacttaaaaaatatcatgtgcagcca
gcgactgatttcattgtctcagagacgcagtatgatattgctaaacaaacgattgagacg
gcatttaataactatcgcaaagagctgactggtgttgcaaaaaaacatgcgacagaagga
ttttcagcaacacaacatgtgttaaatgagcatgggcgtgtgaaccaattattaccttat
gcgacccatttttttgagggtgaaacaactttattggattatttttcggatgatgttttg
gtctttgtggatgaattcacgcgattaaaagatatgcagatccaacagttaacttatgat
caagaatggttagacaagcagttgtcagcctatcaactcattcctggacaagtgttacgc
gcagactttgctgatctgttaacgcaaaatcaaagtgcggttatttatttagcaaatttt
caacgtggcttgaataacattaagttcaccaatattgaagaagtcactactcggccggct
aaccaatactatggtcaaattgagacacttagaactgatttacagtatgcacaagatgcg
ggtatgacggttattttattgattaacgatgaaaaacaaagccaccatctcagcgagtct
ttaagtgattttaaggtaccaattattgaaacccgtcaggttcaaccaaatcaggcgcag
ataatgaaaggcaacctggccataggatttgaatggcctaaattacatttaatcgtatta
acagcacatgaattgtttactcaaactcggcaagtggcgccaagacagcgtaaaattaat
aatgcggagcgtttaaagtcatatagtgaattaaatgttggtgactacgttgttcatatc
aatcatggtattggtcgttatgaaggtttacagacaatgacagttgatggtggtaaacaa
gattatttatctattgcctatcaaaaaaatgctaagatttttattccagtcacgcagttg
aatttaatccagaagtatattggtgcgtcagatgctgcaaaagcacctaaattaaataaa
ctcgggggtgttgaatgggctaaaactaagcgccaagtggcagcaaaaattgaagatatt
gctgatgatttattagatctttatgccaagcgtgaagcgcaacagggatatgcttttccg
ccagatgatacagaacaattgaaatttgacatggcatttggttatccagaaacaccagat
caaatccgctctattgaagaaattaaagttgacatgcaaaaagtgcgaccaatggatcgt
ctattagtaggggatgttggctttggcaaaacagaggtggccttgcgtgcagtttttaaa
gcagtacatgcgggaaaacaggtggcatttttagcaccaacaacaattttagtccaacaa
cattatgaaacgatgttagcacgcttcaatgattttccaaatattaaaattggcgtactg
agtcgtttccagacaactgcacaaaacaaatttgtgatcaaacaattaaatgaacatcaa
attgatattgttgttggcacacatcgcttgctgagtaaagatgttgattttttagatctt
ggtctgttaattattgatgaggaacaacgttttggggtaaaacataaggaacggctcaag
caattgcgtcatagcgttgatgtattaaccttaactgcaacaccgatcccacgaacattg
aatatggcgatggttggtgcgcgagatttatcaattattgaaacgcctccggccaatcgt
tatccgattcaaacctatgttctagaggcagattggataattgtgagaaatgccattgaa
aaggaacttgcccgtggtggtcaggtattttatttgcataatcgcgtagccgacattgat
cgtgttgctagtcaaatagaggatttagtgccatctgcacgtgttggtgccattcatgga
caaatgtctgaaacacagttagaaagtgttttatacgatttcttaaatggcaactatgat
gttttagtcacaacaacaattatcgaaacaggtgttgatattcccaatgcaaatacgtta
attgttgaaaacgcagatcatatgggtttgtcacaactatatcaactacgtggtcgtgtc
ggccgttcagctcgtttagcatacgcctactttacttatccgttttcaagaacaccaagt
gaagaagcggagaaacgtctagaagcgattcgtgattttacagaattgggttcaggattc
cgtattgccatgcgtgatttaagtattcgtggcgcaggtgatatactgggtaaacaacag
catgggttcatcgattcagttggttatgatatgtatacgaagatgttaaaagacgctgtt
gccacaaaacagggccaaacagtgacaacgagcaaaccaacagaaacagatgccgaatta
attcttggcgtactggcttacttaccagatacttatgtgcccgataatgcacaaaaaatt
gaattatatacacgtattcgtcaagcacgaacagataaagaatttgaagaaatcgaaact
gacatgcttgaccgttttggtgatatgccagatgaagtggctaggcttttgcttgttggt
caaatcaaacaactggctgatcaggcacaagtaacgaatataagacgacagaagcaacag
ttagcaatagtatttaattctgatgcgacgtcgacattagccggtgaagcaatttttgaa
acattggccaatgtgccattaaaggtggcggtgcgaacagagaccggtaatttacaaatt
agcataacagtcaatgatgtggctgagagtagtatttggttgaatattttacgtgatttt
ttgttggtcgtaatcacacgtcagcaagtaacgaaatga
DBGET
integrated database retrieval system