Lactobacillus johnsonii DPC 6026: LJP_0958
Help
Entry
LJP_0958 CDS
T01960
Name
(GenBank) ATP-dependent nuclease, subunit B
KO
K16899
ATP-dependent helicase/nuclease subunit B [EC:
5.6.2.4
3.1.-.-]
Organism
ljh
Lactobacillus johnsonii DPC 6026
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ljh00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
ljh03400
]
LJP_0958
Enzymes [BR:
ljh01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
LJP_0958
DNA repair and recombination proteins [BR:
ljh03400
]
Prokaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
AddAB pathway proteins
LJP_0958
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
ADDB_N
PDDEXK_1
F5_F8_type_C
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AEB93284
LinkDB
All DBs
Position
1022515..1025991
Genome browser
AA seq
1158 aa
AA seq
DB search
MINVITGRQVDNLQNEIIDQAVKSYYQDKRHDVFIIVPNHIKFTTEVRALSKLSVLTNKK
QVAVKKLHILSFSRLAWYFLRDEAIKLPQILDDAASVMLLEQIVKDHQDELKLFQNQTQV
TSGALRQMYEAILSVRAGNIELDNIDEKKLNEETSYKIHDLRIIYDEFIERLSEKFATKD
EMQLLLNEFLAKSNNLSTMEFYFSDFSHFSLQELTSVRLISKKAKNTTLAFKTKIGKIDN
NAEPGDYDYVVQRTIGQLEHFWQNQQLDYQTQEYPLTQTSPSSLLNGVWTKTSGFDERLS
KFLQPVKADSRYAEAYFVARTIYQQVALNNYRYQDFLVLAPNLSEYETYLTPILRQNQIP
FFNDLQREMKYHPLVVAVENLQQIFKRGFQTDNVIALMKTQLFIPDWYKNSARYQNDVDL
LENFVLAHGIKGKLWTKSLKSFVDADVIALDKSEKEVEDLDRLRDYFIDALTKFFEQLDK
EEDPQAGVTVFWNFLIKNRVAKRLESWRKEANDTGDLQLAQQPEQVWSTLTDLLKDYLLV
ANKFSVDQFFDLLISGFSEANFSQIPSTLDAVNISELGMVQGQGYKQVFIIGATSTNLPQ
IEKIPGFFSSENLEQLNEGNEANGYLEDQQKINNLDQNYQFGNALSLASDKIYISYPVIN
TANEQLEPSIFYKQLLKLTRADEFAQHDLPQNNGDVLTFITNPEASLGYLTYLKNKAATD
VESLLDMTEEKIGEIAKNVLEGSSFKNIPQDLSPELAQQLYGDRIETSVSQLETYYQNSF
EYFLNYGLHLKKRFENELDVIQAGNYYHETFDYLVKRIKEKKLNFADLTEEKLGELLIEV
REELKEEGRYRQLLNDPFNKYLFHKLDQTTANVAHYWHSNVNKTTFRPQYSELSFGKNQK
VSGLSYSWKDDNNKKKIVDLRGKMDRVDLAQVNDRVLGEVIDYKSSAKKFDLGLFANGIS
MQMISYLEVLKNNNKFFAQGKDLDVLGAFYQSITSSLERLSSEKMILSNYQIKDLAKEST
KKLMYNGILIADEEMLDLIEPGMEKDRAVSDLYTSVKRKVNGDISWPQNQSFTPDQLDLL
LAYNSYLIKNAGNEILSGKIELDPYSYGQQTSLTYSDFKDIFFFDAMLKENNYHKIKSID
KKTLLTLIREKLDLDGEE
NT seq
3477 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgattaatgtaattactggtagacaagtagacaacttgcaaaatgaaataattgatcaa
gctgttaagtcatactaccaagataaaagacacgatgtttttattatcgtgccaaaccat
attaagtttaccacagaagtacgcgcacttagcaagctctctgttttaacaaataaaaaa
caagttgcagtaaaaaaattgcacattctttctttttcacggctagcttggtatttcttg
agagatgaggcaattaaactaccacaaattctagatgatgccgctagtgtcatgctacta
gagcaaattgttaaagatcatcaagatgaattaaaactatttcagaatcaaactcaagtt
acatctggtgccttaagacaaatgtatgaggctattttatctgtacgagccggcaatatt
gagttagacaatattgatgaaaagaaattaaatgaagaaactagctataaaattcatgac
ttaagaattatttatgatgagtttattgaacgtttatcagaaaaatttgctaccaaagat
gaaatgcaattattgcttaatgagttcttagcaaaaagcaataacttgagtacgatggaa
ttttatttttctgatttttcacatttttctttacaagagttaacctcggttcgtttaatt
tcaaaaaaagcaaaaaatacaactttagcttttaagacaaaaattggcaaaattgataat
aacgctgaaccaggtgactatgactacgtagtgcaacgtacaatcggccaattagagcat
ttttggcaaaatcagcaattagattatcaaactcaagagtatccacttactcaaacaagt
cctagctctttactaaatggagtttggacaaaaacgagtgggtttgatgaacgtttaagt
aagtttttgcagccagtcaaagcagactcgcggtatgcagaagcctattttgttgcgcga
acaatttaccaacaggtagccttaaataactatcgctatcaggattttctagttttagca
cctaatttaagtgaatatgaaacatatttaactccgattttaaggcaaaaccagattcct
ttctttaatgatttgcaaagagaaatgaaataccatcccctagtagttgctgttgaaaat
ctacagcaaatctttaagcgtggttttcaaacggataatgtaattgctttaatgaagacg
cagttattcatccctgactggtacaaaaattctgctcgctatcaaaatgatgttgaccta
cttgaaaattttgtcttagcccacggtataaaagggaagctatggacgaaatcactaaag
agttttgtagatgcagatgtaattgccttagataaatctgagaaagaagtagaggatctt
gatcgactacgagattactttattgatgctttaactaagttttttgagcaacttgataaa
gaagaggatccccaagctggagtaacagttttctggaattttctaattaaaaatcgtgtt
gcgaaacgtctagaaagttggcgcaaagaagctaatgataccggtgatttacaattagcc
cagcaaccagagcaagtttggtcaactttaactgacttattaaaggactacttactggta
gcaaataagttttctgtagatcaattttttgatctgttaatcagcggctttagtgaagcc
aatttttcacaaattccgtctactcttgatgcagttaacatttctgaattaggtatggtt
caaggccaaggatataaacaggttttcattattggtgcaactagtactaacttgcctcaa
attgaaaaaataccaggtttctttagctctgaaaatttagaacagctaaatgaaggaaat
gaagctaatggatacttagaagatcagcaaaagatcaataacttagaccaaaattaccaa
tttggaaatgctttgagcttggctagtgataagatttatatttcttatccagtaattaat
actgcaaatgaacaattagaaccttcaattttttataagcagttattaaagttaacccgt
gctgatgaatttgcccaacatgatttacctcagaataatggagatgttttaacttttata
actaatccagaagcaagtttaggttacctgacttacttaaaaaataaagcagctactgat
gtagagtctctactagatatgacggaagaaaaaattggtgaaatagcgaaaaatgtgctt
gaagggagcagttttaagaatatacctcaagatctttcgcctgagctagcacagcagctg
tacggtgatcgtattgaaacttccgtttcacaactagaaacgtattatcaaaattctttt
gaatactttctaaactatggcttacatttgaagaaacgctttgaaaatgaacttgatgta
attcaagcgggaaactactaccatgaaacttttgattatcttgttaaaagaattaaagaa
aagaagttaaactttgctgatctaacggaggagaagttaggcgagcttttaattgaagta
agagaagaattaaaagaagagggcagatatcgtcagcttttaaatgatccattcaataaa
tacctattccataagttagatcaaactacagctaatgtagctcattactggcatagcaat
gtaaataagacgacttttagaccgcagtattccgaattaagttttggtaaaaatcaaaag
gtaagcggtctttcatatagctggaaagatgataataataaaaagaagattgtagatctt
cggggaaagatggatcgagttgatttggctcaagtaaatgatcgagttttaggtgaagtg
attgattataagtcatccgcaaaaaaattcgacctaggtttatttgcaaacggaatttca
atgcagatgatttcctacttagaagttttaaaaaacaataacaagttttttgctcaaggt
aaggatttagatgttttaggtgcattttatcaaagtattactagtagtcttgaacgattg
agtagtgaaaagatgatcctaagcaattatcaaattaaggatttagctaaagagagtact
aagaaattgatgtataacggcatcttaattgcagatgaagaaatgctagatctaatagaa
cctggaatggaaaaagatcgtgctgtctctgatctatataccagtgttaaacgaaaagta
aacggcgatattagctggccacaaaaccagagttttactccagatcaactagatttgcta
ttagcttataactcctacttaataaaaaatgctggtaatgagattttgtcaggaaagatt
gagctagatccttattcttatgggcaacaaacatcccttacttattctgactttaaagac
atattcttctttgatgcaatgcttaaagaaaataactatcataagattaaatctattgat
aaaaagacacttttgaccctaataagagaaaaattagacttggatggtgaagaatag
DBGET
integrated database retrieval system
