Lactobacillus johnsonii NCC 533: LJ_0277
Help
Entry
LJ_0277 CDS
T00158
Name
(GenBank) transcription-repair coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
ljo
Lactobacillus johnsonii NCC 533
Pathway
ljo03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ljo00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
LJ_0277
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
ljo03400
]
LJ_0277
Enzymes [BR:
ljo01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
LJ_0277
DNA repair and recombination proteins [BR:
ljo03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
LJ_0277
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
UvrB_inter
TRCF
Helicase_C
CarD_TRCF_RID
ResIII
Cas3-like_C_2
MFD_D3
UB2H
CdvA
IstB_IS21
RecG_dom3_C
AAA_30
DUF1131
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AAS08260
UniProt:
Q74LA7
LinkDB
All DBs
Position
310370..313867
Genome browser
AA seq
1165 aa
AA seq
DB search
MNITELIKKDKELNNFIEKAPVEKRSLLTGVNSGAFAAVLMQMLKVWQQPLILVEDNEEK
AQTLLDELGNLLPDDMVFSFPVDATIATQTAIASPDELSQRLQTLEFLAEKRAGIVVVTP
QALQYKLSDPRDFTKAKKIFKPEAEFDLDKLTEWLTQAGYRRESIVARPGEFARRGDIVD
IYPLDQENPIRIEFFGDEVDTVKEFDSATQRSLEEKDSISIGPALDRVFSPHNFQEAVEK
IKQDMSESIAEEESVKNHFVKAIDLLEAGGLPDNYAFLIDYLLPRSFNLIDYLDKDGLLL
FDDWQSIKKNVADVDAQNEAFISEEIKAGAMLNSQKLRHSFERVVQKSKQAQILFSLFQK
GMGRLKFDQILNFTTREVQQFFSQMPLIKSELTRFSNEGNTVILQADSETRAKQIAQNLV
DYGVDIPVVKADQLLSNKAQITVGNFAHGFALPSLDLVYLTERELFNQRPHHRKRVKTLE
NAQRLRNYNELKPGDYVVHVNHGIGRFEGIKTLDVDGKKRDYITITYQHHDQLFVPADQL
GLVQKYVASEGRVPHINKLGSSEWTKTKKRVQSKVEDIADDLIELYAKRESEKGFAFSPD
DDLQKEFEDAFPYPETPDQLRSIREIKADMESPKPMDRLLVGDVGFGKTEVALRAAFKAI
RDGKQVAFLAPTTILAQQHFETMQDRFKDFPVNCALLSRFQTPAEVKEIVEGVKSGKIDM
VVGTHRLLSKDVQFKDLGLLIIDEEQRFGVKHKERLKELKANIDVLTLTATPIPRTLHMS
MVGVRDLSVMETPPTNRYPIQTYVMEEMPSIVREAVLREMKRNGQVFFLHNRIDDIDKVV
SQLEELIPEAKIEYIHGRMSENQMEDIMYRFSKNEFDILVTTTIIETGVDMPNVNTMIVE
DADHYGLSQLYQLRGRIGRSARLAYAYFLYQPNKVLTEIGEKRLSAIRDFTELGSGFKIA
MRDLSIRGAGNMLGKQQHGFIDSVGYDLYAQMLDEAIKKRKGKKVAVKSNAEVQFNLEAY
IPDDYIADQEQKIEFYKKIKGINHQKEADNIADELIDRFGDYPLAVENLLNVSTIKADAD
LAQVVSLTQKSDDKLQVIFNNQASEELEGPNIFKALEHVSLRARINMDPQKRLNVMLELE
KNMSTRQLFNELHTFLEAASEIVQK
NT seq
3498 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaacattacagaattaataaaaaaagataaagagttaaataattttattgaaaaagct
ccagtagaaaaaagatcgcttttaactggagtaaattcaggtgcttttgccgctgtactg
atgcaaatgctaaaagtttggcagcagccattgattttagttgaagataatgaagaaaag
gcgcagacgcttttagatgaattgggaaacttattgcctgatgatatggtatttagtttt
ccagttgatgctacaattgctacccaaacggctattgcatctccggacgaacttagtcaa
agattgcagaccttagagtttttagctgaaaagagagcggggattgttgtagtaacgcct
caagctttacagtataagttgagtgatccgagagattttactaaggcaaaaaagatattt
aagcctgaggcagaattcgatttagataagttaactgaatggcttacgcaggcagggtat
cgcagagaaagcattgtagcccgtcctggagaatttgctcgtcgaggagatattgttgat
atttatcctttggatcaagagaatccgattcgaattgaattctttggggatgaagttgat
accgtaaaggagtttgattcagctacacagcgtagtttagaagaaaaagacagtatttca
attggcccagctctagatcgagtattttcaccacataattttcaagaagcggtagaaaaa
ataaagcaggatatgagcgaatcaattgctgaagaagagagcgttaaaaatcattttgtt
aaggcaattgatttattagaagctggtggtttaccagataactatgcctttttaattgat
tatttacttccgcgatctttcaatttaattgattatttagataaagatggcttattacta
tttgatgattggcagtccataaaaaagaatgtagctgatgtggatgctcaaaatgaagct
tttatttccgaagaaataaaagccggagcaatgctgaatagtcaaaaattacgccatagt
tttgagcgagttgttcaaaaatcaaagcaagctcagattttattctcgcttttccaaaaa
ggaatgggccgattaaaatttgatcaaattcttaactttaccacacgagaagttcaacag
ttctttagtcaaatgcctttgattaaaagtgagctaacacgattttctaatgaaggaaat
acggttatcttgcaagctgattcggaaactcgtgccaagcaaatcgctcaaaatttagtt
gattatggtgttgatattccggttgtaaaagcagatcaacttttatcaaataaagctcaa
ataactgtaggtaattttgcacatggttttgctttacctagtttagatttggtttattta
actgaacgagaattattcaatcaaagaccacatcaccgcaaacgtgttaagactcttgaa
aatgctcaacggttaagaaactataatgaattaaaaccaggcgattatgttgttcatgtc
aatcatggtattggacggtttgaaggaattaaaacattagatgtagatggtaaaaaacgt
gactatatcactattacttatcaacatcatgatcagctatttgtccctgctgaccaatta
ggtttagtacaaaaatatgtggcttctgaaggcagagttcctcatattaataaattggga
agctctgagtggactaagactaaaaaacgggttcagtcaaaagttgaagatatcgcagat
gatttgattgaactgtacgcaaaacgtgaatctgaaaaaggatttgctttcagtccggat
gatgatttacaaaaagaatttgaagatgcttttccatatcctgaaactccagatcagctt
cgttcaattagagaaattaaggctgatatggaaagtccgaagccaatggatcgactttta
gtgggagatgtaggctttggtaaaactgaagttgccttgagagctgcttttaaagcaatt
cgggatggaaaacaagttgcctttttagctccaactactattttggcgcaacaacatttt
gaaaccatgcaagaccgctttaaagattttccagtcaattgtgcgcttttatcacgtttt
caaactcctgctgaagtgaaggagatagttgaaggtgtaaaaagtggcaagattgatatg
gtcgttggaacacaccgcttgctctcaaaagatgtccaatttaaagacctaggcttgtta
attattgatgaagaacagcgatttggagttaagcataaggaaaggctaaaagaattaaaa
gccaatatcgatgttttgactttgactgctactccaatccctcgtactttacatatgtcg
atggtaggagtacgagatctttcagttatggagacgccacctactaaccgttatccaatt
caaacttatgttatggaagaaatgccaagtattgttcgtgaggccgtccttagagaaatg
aaacgtaacgggcaagtatttttcttacataatcggattgatgatatcgataaagttgtt
agtcaattggaagaactgattccagaagctaaaattgaatatattcatggtcgcatgagt
gaaaatcaaatggaagatattatgtatcgtttttcaaaaaacgaatttgatatcttggta
acaacaacaattattgaaacgggcgttgatatgccaaatgttaatactatgattgttgaa
gatgcagatcattatggattaagtcagctatatcaattacgtggtcgaataggcagaagt
gcccgtttagcctatgcctatttcctttatcaaccaaataaagtcttaactgagattggt
gaaaaacggcttagtgcaatccgcgactttaccgaattaggatcaggctttaaaattgcc
atgcgtgacttatcaattcgaggagccggtaatatgcttggaaaacagcagcatggcttc
attgatagtgtcggctatgatttatatgctcaaatgctagacgaagcaattaagaaacgt
aaaggtaaaaaagttgcggttaaatctaatgcagaagttcaatttaatttggaagcttat
attccagatgattatattgcggatcaagaacaaaaaattgaattctataaaaaaattaag
gggatcaatcatcaaaaagaggcagacaatatcgcagacgaattaattgatcgctttggt
gattatccacttgctgtagaaaaccttttgaatgtatctacgattaaggcagatgcagat
ttagctcaggttgtgtcccttactcaaaaatcagatgataagttacaagtcatttttaat
aatcaggcgagtgaggaattagaagggccgaatatttttaaggccttagaacatgtttct
ctaagagcacgaattaatatggatccgcaaaagagattgaatgtaatgcttgagcttgag
aaaaatatgagtactagacaattatttaatgagcttcatacattcttagaagcagctagt
gagattgttcaaaaataa
DBGET
integrated database retrieval system
