Lucilia sericata (common green bottle fly): 119605332
Help
Entry
119605332 CDS
T08270
Name
(RefSeq) collagen alpha-1(I) chain-like isoform X1
KO
K19719
collagen type II alpha
Organism
lsq
Lucilia sericata (common green bottle fly)
Pathway
lsq04512
ECM-receptor interaction
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
lsq00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
119605332
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
lsq00536
]
119605332
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
lsq00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
119605332
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
TILa
VWC
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
119605332
NCBI-ProteinID:
XP_037814299
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
1555 aa
AA seq
DB search
MHLKHLKIFWLFITACVLLQIVTAAASEAEDAKVKTGKRVKRIKKLKTPKKLAERPQAEE
PKPEVADLDDLENYDYNNYDEDVDTGADVEKYETHEEGTVEPSTPRIRAADNVIAAFSCH
FEGNWYRENDEFTSERDGCVHNCVCFEGEVICRAPADCKPNVGIEDSQLPEEIPVTTAKP
MPPTPTHPQTPAYNPYDGVVNGPRGDRGFTGAQGPAGEPGYPGSPGNPGIPGNPGPPGPI
PDMSYYHQQLAAEYANTDKGPTAPLYAAPQFIQATAGQPGPRGPPGNMGPSGPQGFQGIR
GEPGEPGLQGPPGPVGPRGLPGPPGKDGTPGEDGEPGLQGLAGTPGPRGLPGLPGQPGLK
GHRGFPGLDGAKGDQGAPGEKGSTGGMGPVGPVGATGPAGPRGERGREGAAGQPGARGLD
GNPGTPGQPGAIGKPGPPGFPGIPGAKGDMGHMGPKGDQGLQGPRGEAGRPGATGENGLP
GPAGKDGMPGDKGSMGAPGMAGPQGFPGPRGPDGLPGSPGEPGIKGAPGQPGERGYKGDQ
GIKGESGQPGPRGLPGTVGPEGKRGKRGMRGPTGPAGPTGERGSPGLPGLPGPDGPIGPK
GTPGDRGIQGPVGDKGSPGDIGPPGVPGLQGLRGLPGRVGPAGRQGAPGERGIPGADGKP
GDQGPQGLQGLPGPMGMPGDKGIPGENGKTGEPGAQGPPGPRGDNGKDGLPGAQGPPGPS
GQDGARGEPGPTGPRGFQGLPGVAGSPGAPGKDGAQGPPGPQGPLGPVGLRGERGYPGER
GSIGQPGTPGERGEPGNPGHDGPPGAPGKPGDKGHMGAPGMMGMPGHKGLPGPAGVKGER
GSPGQMGPEGPSGRPGDRGPQGNVGPPGAPGETGERGEPGNPGTPGEQGANGVPGERGPI
GPAGPPGFPGAPGLAGLPGAKGDRGLMGIKGEQGIPGPHGNPGEQGLPGPIGLTGPKGAR
GETGLRGEPGLSGLPGRPGDAGPVGQPGSPGLPGVAGQPGLKGNPGEAGRPGMPGNPGLQ
GPPGLEGQKGETGSDGPAGPPGPQGPQGPHGDRGMPGLPGPPGAAGLRGLRGAPGEPGQQ
GKPGKEGAPGPQGIAGPSGNPGPIGEQGPEGPPGKAGPPGIAGRPGDKGPPGQQGNQGPA
GNPGLPGPPGPMGPMGPLGERGPKGETGLPGVEGPMGLRGKAGPPGPEGVKGETGEPGPK
GIKGHRGLIGLQGMPGAPGLKGDTGLPGVPGAPGKPGEMGMRGPQGRDGNPGPAGQAGPP
GPRGYNGNDGKPGPMGPAGPPGPPGPPGETLGYDVAALTALLNQGQTKGVDVLGDQPMLD
QFGEGLTDEEKHALVLKAYEHVKASFIRLTRPNGQQSAPAKTCRDLFAAYPEYNSGEYWI
DPNDGDPQDAILVYCEKERRATCIRPQPKQTKVISYKGMEEEAWLSEMPSGMKIHYKTDS
YQMGFLQLMSAKATQQITFHCKNTVAYKDEEKDTLRNGLKLLSWNDAELTADGPQRLRYE
AVEDGCRKRSNSWNKSVLTYTTEKSQRLPIVDIAVRDVRDANQEFRIELGAACFY
NT seq
4668 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgcatttaaaacatttaaaaatcttttggttgtttatcaccgcctgtgttctactgcaa
attgtaactgccgctgcctctgaggctgaagatgctaaagtcaagacaggcaaacgtgtt
aaacgcattaagaaactaaaaactcccaaaaagctagcggaacgaccacaagctgaagaa
cctaaaccggaagtagcagacttagatgatttggaaaattatgattataataattatgat
gaagatgtagatactggcgctgatgtggaaaagtatgagacacatgaggaaggtactgtt
gaaccttcaactcctcgcatccgagctgctgataatgttatagctgccttttcctgccat
ttcgagggtaattggtatcgtgaaaatgatgagttcactagtgaacgtgatggttgtgtt
cataattgtgtgtgctttgagggtgaagtaatttgtcgggctccagccgactgtaaacca
aatgttgggattgaggatagtcagcttcctgaggaaattccggtaactacagcgaaacct
atgccgccaactccaacccatccacaaacaccggcttataatccttatgatggcgttgta
aatggtcctagaggtgatcgtggttttactggtgcccagggacctgctggtgaacctggc
tatcccggttctcccggtaatccaggcattcccggtaatcctggtccacctggtcccata
cctgatatgagttattatcatcaacaattagctgctgaatatgccaatactgataaaggt
cctaccgctcctttatatgctgctcctcaatttatacaagctacagcaggtcaacctggc
cctcgtggtccccctggtaatatgggtccttctggtcctcaaggctttcaaggtatacgt
ggtgaaccaggtgaacctggtttacaaggtcctccgggtccagtaggaccacgtggttta
cctggacctcctggtaaagatggtacgccgggtgaagatggtgagccaggtcttcaaggt
ttagctggtactcctggtcctcgtggtttgcccggtctccctggacaacctggtttaaag
ggtcatcgcggttttcccggtctagacggtgctaagggtgatcaaggtgctcctggtgag
aaaggttccacaggaggtatgggtccagtgggcccagttggtgctactggtcctgctggt
ccccgcggtgaacgtggtcgtgaaggtgctgccggtcaacctggtgctcgtggtttagat
ggcaatcctggtactcctggccaacctggtgctattggcaaacctggtcctcccggtttt
cctggcattcctggtgctaaaggtgatatgggtcatatgggtcccaaaggtgatcaaggt
ttgcagggtccccgtggtgaagctggtcgtcctggtgctactggtgaaaatggtttgcct
ggtcccgccggtaaagatggtatgcctggtgataaaggttctatgggtgctcctggtatg
gctggtcctcaaggttttcccggtcctcgtggtcccgatggtttgcctggtagtcctgga
gagcctggtattaagggtgctcccggtcaacccggtgaaagaggttacaaaggtgatcag
ggtataaaaggtgaatctggccagccaggtccacgcggtttaccaggcactgtaggtcca
gaaggtaaacgcggtaaacgtggtatgcgtggtccaactggtcctgctggaccaactggt
gaacgcggctctcctgggttacctggtttgccaggtcctgatggtcccattggtcccaag
ggtactcccggtgatagaggcattcaaggtcctgtaggcgataaaggcagtcctggtgat
attggtcctcctggtgtacccggtctgcaaggtctacgtggtttacctggacgtgtgggt
cctgctggtcgtcagggagctcctggtgaacgtggtatcccaggtgctgatggcaaaccg
ggtgaccaaggtcctcaaggtttacagggtctacccggtccaatgggtatgcctggtgat
aaaggtattcctggtgaaaatggcaaaactggagaacccggtgctcagggaccacctggt
cctcgtggtgataatggcaaagatggtttaccgggtgcccagggtccacctggtccttct
ggtcaagatggtgctagaggtgaacctggtcctactggtcctagaggtttccaaggttta
cctggtgtagcaggaagtcccggtgctcctggtaaagatggtgctcaaggtccacctgga
ccacaaggtcctttgggtcctgtgggtttgagaggagaacgtggttatcccggagaaaga
ggttctattggtcaacccggtacacctggcgaaagaggagaacctggcaacccaggtcat
gatggaccaccgggcgctccaggtaaaccaggcgataaaggtcacatgggtgcccctggt
atgatgggtatgcctggtcataaaggtctccctggtccggctggtgttaaaggtgaacgt
ggtagtcctggtcaaatgggccctgaaggtccttcgggtcgtcctggtgatcgtggtcct
caaggtaatgttggtcctcctggcgctcctggtgaaactggtgaaagaggtgaacctggt
aatccaggtactcccggtgaacaaggtgctaatggtgtgcccggcgagagaggtccaatt
ggtcctgctggtcctcctggattccctggagctcctggcttagctggtctacccggcgct
aaaggtgatcgtggtttgatgggcattaagggtgaacaaggcattcctggtcctcatggt
aatcctggcgaacaaggtttacccggtcctataggcttaactggaccaaagggtgctcgt
ggtgaaactggtctaagaggagaacccggcttaagtggtctaccaggacgtcccggtgat
gcgggtccagtgggtcaacctggtagccccggtttacctggtgtagctggtcaacctggt
cttaaaggaaacccaggagaagcaggacgtcccggtatgcctggcaatcctggcttacaa
ggacctcccggattagaaggacaaaaaggtgaaactggtagtgatggtcctgcaggtcct
cctgggcctcaaggacctcaaggtcctcatggtgatagaggtatgccgggattacctgga
ccaccaggtgctgctggcttaagaggtttgagaggtgcacctggagaacccggacaacaa
ggaaaacctggaaaagaaggcgctcccggtcctcaaggcatagctggtcctagtggcaat
cctggtccgataggcgaacaaggtcccgagggtcctcccggcaaagcaggtcctcctggt
attgctggacgtccaggagataaaggtcctccaggtcaacaaggtaatcagggtcctgcc
ggtaatccaggtcttccgggtcctccaggtcctatgggtccaatgggtcctctgggagaa
cgtggtcctaagggtgagacaggcttaccgggtgtagaaggtcccatgggcttaagaggc
aaagctggtcctcccggccccgaaggtgttaaaggtgaaaccggtgaaccgggtcccaaa
ggtattaaaggtcacagaggcttaataggtttacaaggtatgcctggtgcaccaggtcta
aagggtgatactggtcttcccggagtaccaggagctccaggaaaacccggcgaaatgggc
atgagaggtccccagggaagagatggtaatccaggaccagcaggtcaagcaggtccaccc
ggccccagaggttataacggcaatgatggcaaaccaggtcccatgggtccagctggtcct
ccaggaccgccaggtccacccggcgaaactttgggctatgatgtagcggccttaacagcc
ttactaaatcagggacaaaccaagggtgtagatgttttaggcgaccaacctatgctcgat
caatttggtgaaggtttaaccgatgaagagaaacacgctttggttttgaaggcctacgag
catgtaaaggcctctttcatacgcttaactcgaccaaatggccaacaatcagcaccagct
aaaacttgccgtgacctatttgctgcctatcccgaatacaattctggagaatattggatt
gatcctaatgatggtgatccacaagatgctattctagtgtattgtgaaaaggaaagacgt
gccacctgtattcgacctcaacccaaacagactaaggtaattagctataaaggaatggaa
gaggaggcgtggttaagcgagatgccatcaggcatgaaaatccactataaaacagattcc
tatcaaatgggcttcctacaattgatgtcagccaaggccactcagcaaataacattccat
tgtaagaacactgtggcctacaaggacgaggagaaggataccttaagaaatggtttgaaa
ttgttatcgtggaatgatgctgaactaacagccgatggccctcaacgtttgcgatatgaa
gctgttgaagatggttgcagaaaacgttctaatagctggaataaatccgttctaacctat
accaccgaaaaatcccaacgtttgccgattgtcgatatagcggtacgcgatgtccgtgat
gcaaatcaagaattccgcattgagttaggagcagcttgtttctattag
DBGET
integrated database retrieval system
