Lytechinus variegatus (green sea urchin): 121422898
Help
Entry
121422898 CDS
T11173
Name
(RefSeq) neurogenic locus notch homolog protein 1-like isoform X1
KO
K02599
Notch 1
Organism
lvg Lytechinus variegatus (green sea urchin)
Pathway
lvg04330
Notch signaling pathway
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
lvg00001
]
09130 Environmental Information Processing
09132 Signal transduction
04330 Notch signaling pathway
121422898
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EGF
hEGF
EGF_TEN
EGF_CA
EGF_2
CUB
EGF_Teneurin
EGF_DL_JAG
EGF_3
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
121422898
NCBI-ProteinID:
XP_041474070
LinkDB
All DBs
Position
10:31451484..31506116
Genome browser
AA seq
2179 aa
AA seq
DB search
MDFRILLTLCILVAIYSSSSEAVGECNSSPCSNGATCLEGEDHFICVCVPRYIGPTCDTL
LDVSVYDGTCGGSFFGSAGVLTSPGFPGVYSPNARCLYLIGIPNAQNILITITAFNLEFN
KDYLEIGSGDFGPLSGRLQQLTGNSLSLPYEVTVSNRQAWLYFYSDVNNEEQGFQVQYIA
DLDACASSPCQNSGTCVDGDFSFNCVCTSGWTGDTCNTNIDECASDPCQNGATCSDQING
YVCSCDSGWTGTHCDININECSSDPCANGGSCVDGVNSFACTCLSGYTGTLCETDIDECA
SNPCFNGATCEDQVNQYTCSCASGWTGVHCELDIDECNSNPCRNGATCFDSNNAYNCRCA
PGYTGTNCESDINECASQPCLNLGVCQDAVNGYTCVCSDGYTGTNCDQNIDECTSSPCIN
GNCVDGINRYSCNCDPGWHGINCDLDYDECGVSPCHNGGGCINGLNMFTCVCTAGWTGTT
CLEDVDECESSPCVNAIGCTNGRNLYTCTCRNGWTGTNCDVDINECISNPCNNSGLCING
DNMYTCDCQNGFEGVHCEIEIDECLSRPCQNNGECTDQINGYTCNCLLGFEGPQCQFEID
ECASNPCFFGDCIDMIARYSCVCAVGYTGITCRENVNECDSNPCLNGGSCDDLLAAYQCA
CASGWTGDTCQQNINECESSPCQNGGNCADSVNGYICSCMAGYTGTFCQTEINECDSTPC
QNGAQCTNLINAYSCICTFGYTGAQCQTDINECGSSPCQNSGNCIDQVNGYLCNCLDGFT
GTHCETNILECASNPCQNGASCVDRVNGYQCNCANGWVGTRCETNFNECASNPCLNGASC
VDGLNQFTCTCPGGWTGTTCDIDIDECNSSPCRNGAQCQNLLNRYQCVCASGWQSTNCDV
DFNECASNPCQNAGTCINQQNRYTCTCQPGWDGTNCQLNIDECFSGPCFNGATCNDLING
YECECAPGWNGTTCGDDIDECLSNPCQNGAPCSNQENRFVCTCPPGYDGDMCENDINECN
SSPCENGATCTNLIDGFTCDCRNGYGGVRCEIEINECESDPCLNGADCNNNLGAWECFCA
PGFTGIMCQSDIDECVSSPCQNNGTCLNERNHYTCECMDGYQGYNCETETNECYSNPCTN
GGTCTNLINEFECACLSGFTGDRCQIEIDECSSAPCLNSATCVDLVNGYRCDCPPGWTGN
TCNTDIDECASSPCQNSGVCNNGQNEYTCRCINGWQGINCNDDINECLSNPCENGGECIN
LNDAFNCRCPTGYIGSTCGIDYNECNSQPCLNGGTCYDQIGSFLCVCDRGWTGTNCNTDI
DDCASDPCQNGGACNDYLNRYECICASGYDGTNCQIDQDECASNPCINGGVCTDGPNMFT
CACPSGWTGQTCQLDFDECASVPCGNNGVCQNEFNLYTCECQAGFTGSNCEINIDECASA
PCMFLGSCIDQANGYSCNCRRGFSGTNCEIDENECLSNPCHNGGTCRDQPGFFFCTCPLG
YSGIFCQINDDDCDSSPCLNGGSCFDRVNEFLCVCTSGWTGNQCQSGVDECSSDPCLNGA
ACLDGINSYTCICPQGFEGNICQTNINECTPDSCVNGVCQDGINSVTCLCPEGYTGAQCE
TYIATSCEDIVTVSSCRFVEIQSPGYPSPYENNADCFWFLKSPESTRMRIVFIAFSLEGE
YDYVQIGDGTDFDNPVWQFSGDERPNPPVYTQSNRAWIRFTTDDSKGDIGFSLEVQDECY
PGSQYACLSNPCMNGGQCMDQGADYDCTCASGFTGTNCEIAIANVPCISNPCYNNGVCSN
LVNGFSCTCMLAWTGRQCLTPVNPCDPFPCVNGGTCLADGSCNCPPGFVGDNCGIIDACN
SNPCLNNGGCETTSTGFNCTCAAGFSGDRCDRRSCSVPPEKDCFNGGTCYVNTVTTEAFC
DCPPTWTGDICQTDTDECLTSNPCQSFQECTNTVGGFTCACRSGRTGLQCLDDIDECASS
PCQNSRPCINGDNQYTCVCAPDYLGTNCEVQAGCTSNPCLNGAACIPNGAAYTCQCETGF
EGDNCQTVAGSSSSSVLEVLQEPKWIATIVGAVLGIIFIIVVCTVLVKTCQSNKNRRIRY
DAEQAARHHGDGALDDGRLSAMSRQHGIPSSASKNHADDNLYGFLPPDNGAHATVAEVNS
YEAPWPITTDEFEPPRTVL
NT seq
6540 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggattttaggattttacttactctatgcatattggtcgccatttattcttctagctca
gaagcagtaggagaatgtaacagctctccttgcagcaatggagcaacttgtttggagggc
gaagatcacttcatctgcgtttgtgttccgcgctacatcgggcctacctgcgatactcta
ttggatgtatcagtttatgacggaacgtgtggtggaagcttctttggttcagctggagtt
cttacctctcctggtttcccgggggtatactcacccaacgcacgatgtctttatctaatc
ggaatccccaacgctcagaacatcctgatcaccattactgcctttaacctcgaattcaac
aaggattacttagaaattggcagtggcgatttcgggccattatcgggtcgcctccagcag
ctcacaggaaatagcttatcattgccgtacgaagtaacggtcagcaaccgccaagcttgg
ctctacttctacagtgatgtaaacaacgaagaacagggttttcaagtccagtacatcgca
gatctggatgcatgcgcttcgtctccatgtcaaaactcgggcacgtgtgttgatggagat
ttttcattcaactgtgtatgtacatctggttggactggggatacatgtaacacgaatatt
gatgagtgtgccagtgatccttgtcaaaacggagctacttgcagtgatcagatcaatgga
tatgtctgctcttgcgattctggctggacgggtacacactgcgacattaacattaatgaa
tgttctagcgacccatgcgccaacggaggatcttgtgttgatggtgtcaacagctttgcg
tgtacatgtctgtcgggatacactggtacactttgcgaaacagatattgacgagtgcgcc
agcaatccttgttttaatggagcgacctgtgaggatcaggtcaaccaatatacatgctca
tgtgcttcggggtggacaggtgtacactgtgaactcgatatcgatgaatgtaacagcaac
ccttgtaggaatggagccacttgttttgatagcaacaatgcatataactgcagatgtgca
cctgggtatacaggaactaattgcgaatcagatattaacgagtgtgcaagccagccttgt
ctgaatttgggtgtatgtcaagatgcagttaatggatacacctgcgtctgtagcgacgga
tacacgggaacaaactgtgaccaaaatattgatgagtgtacaagttcaccatgcataaac
ggtaattgtgttgatgggatcaaccgttactcctgtaattgtgaccccggctggcatgga
atcaattgtgatctggattatgatgaatgtggagtttcgccgtgtcataatggaggcggt
tgtatcaatggacttaacatgttcacgtgtgtttgtactgctggctggacgggtacaaca
tgtctggaagatgtggacgaatgtgaaagcagtccctgtgtgaatgctattggatgtacc
aacggtcggaatttatatacctgtacgtgtcgtaatggatggaccggaacaaactgcgat
gttgacatcaacgaatgtatcagcaacccgtgcaacaatagtggtctatgcatcaatgga
gataacatgtatacttgtgattgtcaaaacggcttcgagggagttcattgtgaaatagag
attgatgaatgtttaagtcggccatgtcagaataacggagaatgcacagatcagatcaat
gggtatacatgtaactgtttacttggatttgaaggaccacaatgtcaattcgagatcgac
gaatgcgcaagtaacccttgcttctttggtgattgtattgatatgattgcccgctattca
tgtgtctgtgcggtcggctacactggaataacatgtagagagaatgttaatgaatgtgat
agcaacccctgtctcaacggagggagctgtgacgatctgctggcggcgtatcagtgcgca
tgtgcgtcaggatggactggtgatacatgccagcaaaacatcaatgaatgtgaaagctca
ccgtgtcaaaatggtggaaactgtgcggattcggtcaatggttacatctgctcttgtatg
gcaggctacacgggaacattctgccaaacagaaatcaacgaatgtgactcgactccttgc
cagaatggtgcacagtgcacgaatttgataaatgcttattcttgcatttgcaccttcggg
tatacgggtgcccagtgccagacagatatcaatgagtgtggcagtagtccatgtcaaaac
agtgggaactgcattgaccaagtcaatggatatctgtgtaactgtctggatggtttcact
ggaacacattgcgaaacgaacattttggaatgtgccagtaacccttgtcagaatggtgcg
tcgtgcgtggatagagtgaatggctatcaatgtaactgtgccaatggttgggttggaaca
cgctgtgaaactaacttcaatgaatgcgccagcaacccttgtcttaatggagcgtcttgt
gtggatggtctgaatcagttcacatgtacatgccctggtggttggaccggaacaacctgt
gatatagatattgatgagtgcaacagttcaccatgtcgcaatggtgctcagtgtcaaaac
ttattaaatcgctatcagtgtgtatgtgcttctggatggcaatctaccaattgtgacgtt
gattttaatgaatgtgcttccaacccttgtcaaaacgctggtacctgtatcaatcaacaa
aacagatatacatgtacatgccaaccaggatgggacgggactaactgccagctaaatatc
gatgagtgtttcagtggaccctgttttaatggagcaacttgtaacgatctgataaacgga
tatgagtgcgaatgtgcaccagggtggaatggcactacgtgtggagacgacatcgacgaa
tgtctttcgaacccatgtcaaaacggtgcaccatgctccaaccaagaaaatagatttgtc
tgcacctgtcccccagggtatgatggcgatatgtgtgagaatgatatcaacgaatgcaac
agttctccctgtgagaatggggctacatgtacaaacctcatcgatggattcacttgtgat
tgtcggaatggttacggaggagtcagatgtgaaatcgaaatcaatgagtgtgaaagtgac
ccatgtttgaatggagctgattgtaataataaccttggtgcctgggagtgtttctgcgcc
cctggatttaccggaatcatgtgtcaatcagatattgatgagtgtgtgtcttctccgtgc
cagaataatggaacttgtctcaatgaaaggaaccactacacatgtgaatgcatggacggc
taccagggctataactgcgaaacagaaaccaacgaatgctacagcaacccgtgtaccaat
ggaggaacctgtaccaatctcattaatgagtttgagtgtgcttgtctttctggttttact
ggagatcgatgccaaatagaaatcgacgaatgcagtagtgcaccatgtttgaattctgcc
acctgtgtggatctagtgaacggatatagatgtgactgccctcccggctggacaggaaac
acttgtaatacggatattgatgaatgtgcaagttcgccttgtcaaaatagtggtgtttgc
aacaacggtcaaaatgaatacacttgtaggtgcatcaacggatggcaaggaataaactgc
aatgatgatataaatgagtgtctaagtaacccgtgcgagaatggtggcgagtgtatcaac
cttaatgacgccttcaattgcagatgcccaacaggctacatcggaagcacttgcgggata
gactacaatgagtgcaacagtcaaccgtgtctcaatggagggacctgttatgatcagatc
ggatcgtttttatgtgtctgtgatagaggttggactggaactaactgtaacacggacatc
gatgattgtgcaagcgatccttgtcaaaatggtggtgcatgtaatgattatctcaaccga
tatgaatgtatatgcgcaagtggatatgatggaactaattgtcaaatagatcaagatgag
tgcgccagcaacccttgtatcaatggaggagtatgtacggatggaccaaacatgtttact
tgcgcatgcccaagtggctggactgggcagacatgtcaattagattttgacgaatgcgca
agtgtgccttgtggaaacaatggtgtctgtcagaatgaatttaatctctacacttgtgaa
tgccaagctggttttaccggaagcaactgtgaaataaatattgatgaatgtgcaagtgca
ccgtgtatgttccttggatcatgtatcgatcaggctaatggatattcgtgtaactgcaga
cgagggttttctggaacaaattgcgaaattgacgaaaatgaatgtctcagcaacccttgc
cacaacggaggaacatgcagggatcagccgggtttctttttctgtacctgtcctcttggt
tatagtggaatattctgccaaataaatgatgatgattgcgactcctctccttgtttgaat
gggggttcgtgttttgatcgagtaaacgaattcctttgtgtgtgtacatccggatggacg
ggaaaccaatgccagtcaggtgtcgatgaatgttccagcgatccgtgtctcaatggagcc
gcctgtttggatgggatcaattcatatacatgcatatgtccccaaggatttgaaggcaat
atatgccaaaccaatatcaatgagtgcactccggattcctgtgtaaatggcgtctgtcaa
gatggaataaactctgtcacatgcctatgtccagagggatatacaggcgcacaatgtgaa
acatacatcgcaacatcatgcgaagatatcgtgactgtgtcgtcatgtcggtttgtcgag
atacaatcacctggttatccatctccgtacgaaaacaacgcagactgtttttggtttttg
aagtctcctgaaagcaccaggatgcgaatcgtcttcatcgcattctccctggaaggggag
tacgactacgttcagatcggggatggaacggacttcgacaatcctgtttggcagttttcg
ggcgatgagcgtccaaacccgccggtgtacacacaatcgaatcgggcttggattcgcttc
acgactgacgattccaaaggtgatatcggattttccctggaagttcaagacgaatgctac
ccgggtagccagtacgcctgtcttagtaacccctgtatgaatggaggacagtgtatggac
caaggagccgactacgactgcacatgcgcatcgggattcactggaacaaactgtgaaatc
gctattgccaacgtaccatgtatcagcaacccgtgttataataatggtgtgtgcagtaat
ctcgtaaatggtttttcgtgcacatgtatgctcgcctggactggtcgacagtgtcttaca
cctgttaacccatgcgacccgttcccttgtgtgaatggagggacttgcctggcagatgga
tcatgtaattgcccaccaggatttgttggagacaactgtgggattatagatgcttgcaat
tcaaacccatgtttgaataacggaggctgcgagactacctcaactggattcaactgcaca
tgcgcagcagggttttcaggtgaccgatgtgacagacgatcatgtagtgttcctccagag
aaggattgtttcaatggtggcacatgctatgtaaacacagtaactactgaagctttttgt
gattgcccaccaacttggaccggtgatatatgccaaacagatacagatgaatgccttaca
agcaacccatgtcaatccttccaggagtgtacaaatacggtcggtggtttcacttgtgca
tgccgcagtggaaggactggtcttcaatgcttagacgatattgatgagtgtgcaagcagc
ccttgtcagaatagcagaccgtgtattaatggtgacaatcaatatacatgcgtttgtgca
ccagactatttaggcactaattgcgaagtacaagctggttgtacaagtaatccttgtctg
aatggagcagcttgtatccctaatggagcagcttatacctgtcagtgtgagactggcttc
gagggagataattgtcaaacagttgcaggctcatcatcgagcagtgtcctggaagtctta
caagagcctaagtggatcgcaactatcgttggtgctgttttgggtatcatatttattatc
gtcgtctgcactgtcctcgtcaagacttgccaatcaaataaaaatcgtcgaatccgttat
gatgctgagcaggcggctcgtcaccatggcgacggtgctttagatgacgggagattatca
gcaatgtctcgtcagcatggtattccctcatcagctagcaagaatcatgctgatgataat
ctctatggctttcttcctccagataatggcgctcacgcaacggttgctgaggtgaatagt
tatgaagcaccttggccaatcacaacagacgaatttgagccaccaaggacggtattatag
DBGET
integrated database retrieval system
