Mycoplasmopsis agalactiae 5632: MAGa6840
Help
Entry
MAGa6840 CDS
T01192
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA directed RNA polymerase beta' chain
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
mal
Mycoplasmopsis agalactiae 5632
Pathway
mal03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
mal00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
MAGa6840 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
mal03021
]
MAGa6840 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
mal03400
]
MAGa6840 (rpoC)
Enzymes [BR:
mal01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
MAGa6840 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
mal03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
MAGa6840 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
mal03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
MAGa6840 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CBH40887
UniProt:
D3VRE0
LinkDB
All DBs
Position
complement(802669..807105)
Genome browser
AA seq
1478 aa
AA seq
DB search
MSSFNKKIAKDIKKIKISLAAQDDVKNWSCGEVTKPETINYKSYKPERDGLFDELIFGPT
TDFKCPICGTKYKKSDENTICEKTPMCQKYQPVILPKMVRRSRMGHIHLENPVVHFWFFK
IDHSIISKLLGLRIANSNKTVSKGDLEKLIYYKSHIVLEDGGLKKLQKNAIIDISDAAII
YADALEELKERFEKDTEEYEIISEALAELESYAVSQTGQDYGIDFYEYNEIIHEFSKAKI
STGSKAIEYLLENIDLKAEAEFIESEIEKINQHFDNNPTASIKAQERSKLYKRLAVVNAF
IHSGQDPKSMLIYDLPVIPADLRPLVQLDGGRHSTSDVNELYRRIIIRNNRLKKWEETDA
PMLIKQNEFRMIQEAVDALIDNSRKKPAPVTSKDNRPLKSISDTLTGKKGRFRQNLLGKR
VDYSGRSVIVVGPELKMHQVGVPREMAAKLFEPWIIKELINGDSHINSIKAGKKAIENLD
PIIWPYVEKAIEGKVVLLNRAPTLHRLSIQAYEPVLIRGKAIKLHPLSCTPFNADFDGDQ
MAIHVPISEEAVREARELMLASKNILGPKDGEPIINPAQDIILGLYYLTMEKAAAIDGDK
VVGEGKFFATYDEMLLAYENKLVSLHARIALPISEINKKRLNYSPENKYIISTVGKFIFN
RAFPESFEFIFGKHVEYVNKTDVNGEVKLSEKEVVYTSNNKNQLEQFLLPYGQNFAEVIA
KMPLNLPLSKKDVAKIVRRVYDKYVAIVTKSDVASVINQINANEINQIFDLCAELKDFNG
KPIDVNHVEILEKIIVEEYKAISQEIIVRERTEEPIWTVNDYTKLLEIVWFKYTNIVANV
LDNIKELGYKFSTISGTTISISDVITHQDTKSRIAEGDKYIELLKDYFDQGLMTDDERYN
ATIAKWAAIKDDIEKDLKKLTKLYPDNSLFMMFNSGARGNSSNFVQLAGMRGLMNNNTKV
LKADAENERVVRSTVEIPVKSSFLNGLTAYEFYSSTHGARKGLTDTALNTAKSGYLTRRL
VDVAQGITVREEDCGTDYGFQVKDILDTKTNTVIEALYDRIEGRFTNKAIYDKNGKLIVD
ADELITPEIATEIVENGIKKVEIRSVLSCYTPNGVCKKCYGKDLALNRVVNIGEAVGVIA
AQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGVEDITGGFGRLIELIDAYDSPWGRPAVIANYYGRIID
IKRVKEGSESVEYDVITQEYKTRDGKVNTVEYKTRAGRKIRVKINDKVTPGQKIVEGPIV
LNNLLRVGDTRLVQNYILKEVQKLYRLQGITISDKYIEIIIRQMLSKILITDSGDSDFFN
GSLVDIHVYQKESARLISEGKKPPFGEVKIKGAKQIPLLSDSFLAAASYQETPKILVNAS
IKAQVDRLKGLKENIILGHKIPAGTNSNFEENGKYDLRNPKSYFADKYDPDIKTVKFVAD
ENEILNMEHRVEIQHIFDEFQSEAFNANMIEFTDDSDN
NT seq
4437 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagtagttttaataaaaaaatagctaaagacattaagaaaattaaaatatcattagca
gctcaagacgatgttaaaaattgatcatgtggtgaagtaactaagcctgagacaattaac
tataagagctataaaccagaacgtgatggtttatttgatgagcttatttttggccctaca
actgactttaaatgtccaatttgtggtactaaatataagaaaagtgacgaaaacactatt
tgtgaaaagacacctatgtgtcaaaaatatcaacctgttattttgccaaaaatggtaaga
agaagcagaatgggtcacatacatttagagaatccagttgtgcacttttgatttttcaaa
attgaccactcaattatttctaagttattaggactaagaattgctaattccaataagact
gtttcaaagggagatctggaaaaattaatctactacaagagtcatattgttttagaagat
ggtggtcttaaaaagctacaaaagaatgcaattattgacatttcagatgctgctattatt
tatgcagatgcacttgaagagttaaaagaaagatttgaaaaagacactgaagagtatgaa
ataattagtgaagcattagctgaattagaatcatatgctgtttcacaaactggtcaagac
tatggtattgacttttatgaatacaatgaaattattcatgaattttctaaggctaaaatt
tcaactggttctaaggctattgaataccttttagaaaatattgaccttaaagctgaagct
gaatttattgaaagtgaaattgaaaaaatcaatcaacactttgataataatccaactgcg
tcaattaaagcacaagagagatcaaagctatacaaacgtttagcagttgtcaatgccttt
attcactcaggacaagatcctaagtcaatgcttatttatgatcttcctgttattccagca
gatttacgtccattagtgcaattagatggtggtcgtcactcaactagtgatgttaatgaa
ctttaccgtcgtatcattatcagaaacaatcgtttgaaaaaatgagaagaaactgacgct
cctatgctgattaagcaaaatgaatttagaatgattcaagaagcagttgatgctttaatt
gataattctagaaaaaaaccagcaccggttacttcaaaagataaccgtccacttaagtca
atcagtgacacattaactggtaaaaaaggtagatttagacaaaaccttttaggtaagcgt
gttgactactcaggtcgttcagttattgttgttggccctgaattaaaaatgcaccaagta
ggtgtgcctcgtgaaatggcagcgaaattgtttgaaccttgaattataaaagaattaatt
aatggcgatagccacattaattcaattaaagcaggtaaaaaagcaattgaaaacttagat
ccaattatttgaccttatgtagaaaaagctatagaaggcaaagtcgtgcttttaaaccgt
gcaccaacattgcaccgtttatcaattcaagcttatgaacctgtgcttattcgtggtaaa
gcaattaaacttcaccctctttcatgtactccatttaacgccgactttgacggtgaccaa
atggcaatccacgtacctattagcgaagaagcagtgcgtgaagctagagaattaatgtta
gcttctaaaaacattttaggtcctaaagatggtgaacctattattaaccctgcacaagat
attattcttggtctttactacctaacaatggaaaaagcagctgctattgatggtgataaa
gttgttggtgaaggtaagttcttcgcaacttatgatgagatgctattagcttatgaaaat
aagttagtttcacttcatgcacgtatagcacttcctattagtgaaattaacaaaaagaga
ctaaattactcacctgaaaataaatacattatttcaactgttggtaaatttattttcaac
agagcattccctgaaagttttgaatttatttttggtaaacatgtcgaatatgtcaataaa
acagacgtaaacggcgaagttaagctaagtgaaaaagaagttgtttacacttcaaataat
aagaatcaattagaacaattcttacttccttatggtcaaaattttgctgaagtaattgca
aaaatgccacttaacttaccactaagcaaaaaagacgttgctaaaattgtacgtagagtt
tatgacaaatatgttgctattgtaactaagagtgatgtagctagtgttataaaccaaatt
aacgccaacgaaataaatcaaatttttgacttatgcgctgaattaaaagactttaacggc
aaacctattgatgttaatcatgttgaaattcttgaaaaaattattgttgaagaatacaag
gctatttcacaagaaataattgttagagaaagaactgaagagcctatttgaacagttaat
gactatactaaattattagaaatcgtttgatttaaatacacaaacattgttgctaatgtt
ttagataacattaaagaattaggctacaaattctcaacaatttcaggtacaacaatttca
attagtgacgttattactcaccaagatactaagagcagaattgctgaaggcgataaatac
attgagctattaaaagactactttgatcaaggtttaatgactgatgatgaaagatataat
gctactatcgctaagtgagctgctattaaggacgatattgaaaaagaccttaagaaatta
actaagctttatccagataactcattatttatgatgtttaattctggtgcccgtggtaac
tcaagtaacttcgtgcaattagctggtatgcgtggacttatgaacaacaacactaaggtg
cttaaggccgatgctgaaaacgaacgtgtggttcgttcaaccgttgaaattccagttaag
tcatcattcttaaatggtcttacagcctatgagttctactcatcaacccacggtgctcgt
aagggacttaccgatacagcgcttaacacagctaaatcaggttacttaaccagaagatta
gttgacgttgcgcaaggaattacagtaagagaagaagactgtggtactgactatggcttc
caggttaaagacattttagacacaaaaaccaatactgtcattgaagctttatatgacaga
attgaaggaagattcaccaacaaagctatttatgataaaaatggcaaattaatcgttgat
gctgatgaattaattacacctgaaatagctactgaaattgtcgaaaatggcattaaaaaa
gtagaaattcgttcagtgctttcatgttacacacctaatggtgtatgtaaaaaatgttat
ggtaaagaccttgctcttaaccgtgtagttaacattggtgaagcagttggtgttattgct
gctcaatcaattggtgaacctggtactcagcttaccatgcgtacattccatactggtggt
gttgctggtgttgaagatattactggtggttttggtagattaattgagttaattgacgcc
tatgattcgccttgaggtcgtccagctgttatagctaattactatggacgtattattgat
attaaacgtgttaaagaaggctctgaatcagttgaatatgatgttattacacaagagtac
aaaactcgtgatggcaaagttaatacagttgagtataaaactagagctggcagaaaaatt
agagttaaaatcaacgacaaagttactcctggtcaaaagattgtggaaggcccaattgtc
cttaacaaccttttaagagtcggtgacacacgtttagtgcaaaattacattcttaaagaa
gtacaaaagctataccgtttacaaggtattacaattagtgacaaatatattgaaataatt
attcgtcaaatgctttctaagattttaattaccgactcaggtgattcagatttctttaat
ggatcattagttgacattcatgtgtatcaaaaagaaagcgctcgtttaatttcagaaggt
aaaaaacctccttttggcgaagtaaaaattaaaggtgcaaaacaaattccattactttca
gattcattcctagctgctgcttcatatcaagaaactccaaagattttagttaacgcttct
attaaggcacaagttgacagacttaaaggactaaaagaaaacattattttaggccacaaa
atacctgccggaactaactcaaactttgaagaaaacggaaaatatgacttgcgtaatcct
aaatcatattttgctgataaatatgatccagatattaaaacagtcaagtttgtagctgat
gaaaacgaaattttaaacatggaacacagagttgaaattcaacacattttcgatgaattc
caatcagaagcctttaatgcaaatatgattgaatttactgacgattctgataattaa
DBGET
integrated database retrieval system
