Mycoplasmopsis columbina: NCTC10178_00490
Help
Entry
NCTC10178_00490 CDS
T06777
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
mcom
Mycoplasmopsis columbina
Pathway
mcom03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
mcom00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
NCTC10178_00490 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
mcom03021
]
NCTC10178_00490 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
mcom03400
]
NCTC10178_00490 (rpoC)
Enzymes [BR:
mcom01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
NCTC10178_00490 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
mcom03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
NCTC10178_00490 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
mcom03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
NCTC10178_00490 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
VEU77061
UniProt:
A0A449B8Z7
LinkDB
All DBs
Position
1:complement(597851..602248)
Genome browser
AA seq
1465 aa
AA seq
DB search
MNKALKNKIQNSAPIERITLSLANREDVASWSHGEVTKPETINYKSYKPEKEGLFDELIF
GPTTDYKCPTCGTKYKKSDENTICLKTAMCEKYRPQILPKISRRSRMGHIHLENPVVHFW
FFKIDHSIISKLLGLRVANHSRSVSKADLEKLIYYKSHIVLENGGLKSLNKNTIIDISEA
AVVYRDALEELQSRYTPDSEEYEVITESLEELLEYATSKVGKDYGIDFYEYNEIIHEYSD
ARISTGSKAIEYLLKNINLEEEAAYVENEIKAINAQINNNPASSKVQERAKLYKRLAVIN
SFINSKQDPLDMLIYDLPVIPADLRPLVQLDGGRHSTSDINELYRRIIIRNNRLKKWNES
DAPMLIKQNEYRMIQEAVDSLIDNARKKPNPVTSKDGRPLKSISDALTGKKGRFRQNLLG
KRVDYSGRSVIVVGPELKMHQVGIPREMAAKLFEPWIIRELIKGDNSINSIKAGKKAIEN
LDPIIWPYVEKAIEGRPVLLNRAPTLHRLSIQAFEPVLIRGKAIKLHPLTCTPFNADFDG
DQMAVHVPISDEAVREARELMLASKNILGPKDGEPIINPGQDIILGIYYLTMEQKGVDGE
GSYYSTYDELITAYENGRVHLHARVVLPVEEINKTYLNLQDEKYIVSTVGKFIFNRLFPE
SFEFIFGKYVDSVTEKETLHTSSNASELKHYAYPYGTNFKEIIQNMPINLPLGKKDVAKI
VRKVYNRYVAIINMEAIASIINDINEIFEMQETNPNELANRLAQLRDYKDDELDVSHVSI
LENIIREEYKEIQEKINYFKAKTAPIWEVKDYTKLLEKVWFRYTNIVASILDDIKQTGYH
FSTISGTTIAVSDVLTDPTIKQKIAEGDKHIEKLKQYFEEGHITDDERYSFSIAKWTEIK
NKIEQDLKALTKKYPTNPLFMMFTSGARGNSSNFVQLAGMRGLMNNNTKILKADAENERV
VRSTVEIPVKSSFLDGLTAYEFYSSTHGARKGLTDTALNTAKSGYLTRRLVDVAQGIVVK
EEDCGTDYGFVVQDIKDTKTNTVIESLAERIEGRFANKPILDAYGNVLVQANKLITPEIA
QKIVDAGIEKVEIRSVLSCYTRNGVCKKCYGKDLALNRVVNIGEAVGVVAAQSIGEPGTQ
LTMRTFHTGGVAGVEDITGGFGRLMELIDAYDSPWGKPAVIAKEYATVLDITPRKDANGN
ILNEKAITLEITNIDGKKEQRILDVKNDRRLRVKVGDSLVPGQKIVEGPVILNELLKVAD
TRAVQNYLLKEVQRLYRIQGITISDKYIEIIIRQMLSKILILDPGDSNFFSGSLVDILSY
QRESARLIKEGKKPPFGEVKIKGAKQTPLLSDSFLAAASYQETPKILVNASIATQTDRLQ
GLKENIILGHKIPAGTNSHYEEGGKYDIRDPKSYFKDKYDSTLETHGNDYDEDDDLDLEE
EFDLLADFEQENEVLEDTTSEDLEF
NT seq
4398 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaataaagcattaaaaaataaaattcaaaatagtgctccaattgaaagaattactctt
tctctagctaacagagaagatgttgctagttgatcacatggtgaagttactaaacctgaa
acaattaattacaaaagttataaaccagaaaaagaaggtttatttgatgaattaattttt
ggacctacaactgattacaaatgtccaacttgtggtactaaatataaaaagagcgacgaa
aacacaatttgtttaaaaacagcaatgtgtgaaaaatatagaccgcaaattttgcctaaa
atttcacgtcgtagtagaatgggacacattcatttagaaaatccagtagtacatttttga
ttctttaaaatagatcactcaattatttccaaattacttggtttaagagtagcaaatcat
tcacgttcagtttctaaagctgatttggaaaaattaatctattacaaaagtcatattgtg
ctagaaaatggtggtttaaaatcattaaacaaaaataccattattgacatttctgaagct
gctgttgtgtatcgcgatgctttagaagagttacaatctcgttatactcctgatagtgaa
gaatatgaagtaattactgaatcattagaagaattattagaatatgcaacttctaaagtt
ggtaaagattatggtattgatttttatgaatacaatgaaattattcatgaatattcagat
gccagaatttcaacaggttcaaaggcaattgaatatttattaaaaaatattaacttagaa
gaagaagccgcttatgttgagaatgaaattaaagcaattaatgcacaaatcaacaacaac
ccagcttcaagtaaagttcaagaaagagctaaactttacaaaagattagcagtaattaat
tcatttattaactcaaaacaagatccacttgacatgttaatttatgatttgccagttatt
cctgctgatttacgtccgttagttcaacttgatggtggtcgtcattcaacaagtgatatt
aatgaactttatcgtcgtattattataagaaacaaccgtcttaaaaaatgaaatgaatca
gatgcgcctatgcttattaaacaaaatgagtatagaatgatccaagaagcagttgattca
ttaattgataatgctcgtaaaaaaccaaatccagttacttcaaaagatggccgtccttta
aaatcaatttcagatgcattaaccggtaaaaaaggtagattccgtcaaaatttacttgga
aaacgtgttgattattcaggtcgttcagttattgttgttggaccagaattaaaaatgcac
caagtaggtattccaagggaaatggctgccaaattatttgaaccttgaattattagagaa
ttaattaaaggcgataattcaattaattcaattaaagctggtaaaaaagcaattgaaaac
ttagatccaattatttgaccttatgtggaaaaagcaattgaaggaagacctgttctttta
aaccgtgctccaaccttacaccgtttatcaattcaggcctttgaacctgttttaattcgt
ggaaaagcaattaaattacacccacttacctgtactccatttaacgctgacttcgatgga
gatcaaatggctgttcacgtgcctattagtgatgaagcagtaagagaagctcgtgaatta
atgcttgcttcaaaaaatattcttggaccaaaagatggtgaaccaattattaaccctggt
caagatattattttaggtatttattatcttactatggaacaaaaaggcgttgatggtgaa
ggtagctactattcaacttatgatgaattaattactgcttatgaaaatggtagagtacat
ttacatgctagagtagttttaccagttgaagaaattaataaaacttatttaaatcttcaa
gacgaaaaatatattgtttcaacagttggtaaattcattttcaatagacttttccctgaa
agctttgaatttatttttggtaaatatgtagatagtgtaaccgaaaaagaaactttacat
acttcaagtaatgctagtgaattaaagcactatgcttatccatatggaaccaatttcaaa
gaaattattcaaaatatgcctattaatttaccacttggtaaaaaagatgtagctaaaatt
gttcgtaaagtttacaatcgttatgttgcaatcattaacatggaagcaatcgcttcaatt
atcaatgatattaatgaaatttttgaaatgcaagaaactaatccaaatgaattagcaaat
cgtcttgcacaattaagagattacaaagatgatgaattggatgtttcacacgtttcaatt
cttgaaaacatcattagggaagaatacaaagaaattcaagaaaaaatcaactatttcaaa
gctaaaaccgcgccaatttgagaagttaaagattatacaaaactacttgaaaaagtatga
tttagatatacaaatattgttgcttctattttagatgacattaaacaaacaggttatcat
ttctcaactatttctggaacaaccattgcagttagtgatgtgttaactgacccaacaatt
aaacaaaaaattgctgaaggtgacaaacacattgaaaaattaaaacaatattttgaagaa
ggccacattacagatgatgaaagatattcatttagtattgctaagtgaactgaaattaaa
aataaaattgaacaagatttaaaagctctaactaagaaatatccaactaacccgcttttc
atgatgtttacgtcaggagcccgtggaaattcatctaactttgttcaattagctggtatg
cgtggtttgatgaataacaacactaaaattcttaaagccgatgcggaaaacgaacgtgtt
gttcgttcaactgttgaaattcctgttaaatcatcattccttgatggtcttactgcttat
gaattctattcatcaactcacggggctcgtaaaggtcttaccgatactgccttaaacaca
gctaaatcaggttatttaactcgtcgtttagttgacgttgcacaaggaattgttgttaaa
gaagaagactgtggaacagattatggtttcgttgtacaagatattaaagatacaaaaact
aatactgttattgaaagcttagcagagagaattgaaggacgttttgctaataaaccaatt
ttagatgcttatggaaatgttcttgttcaagctaacaaattaattactccagaaattgca
caaaaaattgttgatgcaggtattgaaaaagtcgaaattcgttcagtactttcatgttat
acccgtaatggtgtatgtaaaaaatgttatggtaaagatttagctcttaaccgtgttgtt
aatattggtgaggcagttggtgttgttgcagcacagtcaattggtgaacctggtactcag
ttaaccatgcgtactttccatacaggaggggttgctggtgttgaagatattactggtggt
tttggtcgtttaatggaattaatcgatgcttatgattctccatgaggtaaaccagctgtg
attgctaaagaatacgcaactgttttagatattactccacgtaaagatgcaaatggaaac
attttaaatgaaaaagcaattactttagaaattactaacattgatggtaaaaaagaacaa
agaattcttgatgttaaaaatgatcgtcgtttaagagtaaaagttggtgattcattagtt
ccaggtcaaaaaattgtcgaaggaccagtgattttaaacgaattactaaaagtggcagat
acaagagctgttcaaaattacttgttaaaagaagttcaaagactttaccgtattcaaggt
attacaattagtgataaatatattgaaattatcattcgtcaaatgctttcaaaaatttta
attttagatccaggtgattcaaactttttctcaggttcattagtagacattttaagctat
caaagagaaagtgctcgtttaattaaggaaggtaaaaaacctccttttggtgaagttaaa
attaaaggagctaagcaaactccacttctttcagattcattccttgcagcagcatcatat
caagaaacacctaaaattcttgttaatgcttctattgcgacacaaactgatagattgcaa
ggtcttaaagaaaatattattcttggtcacaaaattcctgctggaacaaactctcattac
gaagagggtggaaaatacgatattagagatccaaaatcatactttaaagataaatatgat
tcaactctagaaacacatggtaatgattatgacgaggatgatgatttagatcttgaagaa
gagtttgatcttttagctgactttgaacaagaaaatgaagttttagaagatactacttct
gaagatttagaattttaa
DBGET
integrated database retrieval system
