Mycoplasmopsis columbina: NCTC10178_00586
Help
Entry
NCTC10178_00586 CDS
T06777
Symbol
vacB
Name
(GenBank) exoribonuclease II
KO
K12573
ribonuclease R [EC:
3.1.13.1
]
Organism
mcom
Mycoplasmopsis columbina
Pathway
mcom03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
mcom00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
NCTC10178_00586 (vacB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
mcom03019
]
NCTC10178_00586 (vacB)
03016 Transfer RNA biogenesis [BR:
mcom03016
]
NCTC10178_00586 (vacB)
Enzymes [BR:
mcom01000
]
3. Hydrolases
3.1 Acting on ester bonds
3.1.13 Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
3.1.13.1 exoribonuclease II
NCTC10178_00586 (vacB)
Messenger RNA biogenesis [BR:
mcom03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
RNA degradosome components
Ribonucreases
NCTC10178_00586 (vacB)
Transfer RNA biogenesis [BR:
mcom03016
]
Prokaryotic type
tRNA degradation factors
NCTC10178_00586 (vacB)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNB
S1
OB_RNB
S1_RRP5
CSD2
RNase_II_C_S1
BclA_C
RepB-RCR_reg
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
VEU77147
LinkDB
All DBs
Position
1:703081..705192
Genome browser
AA seq
703 aa
AA seq
DB search
MVNEQQIENLIKQNPYIDFLNLAKKAKIKIQDNKKLTQILFRLKDAYRITEPKKGFYVAL
EHSSDIKGVLKFVQEGKFAFIDLENSQNISESYFVPKNEFNGAINNDLVSASVYKMLDKD
KEKQFAAVKKVLERSVTQITGIYEKGDKFPIFKPINKIYNSLKFKVLGSEITVESDDIVL
AQIVDNKNGLTGIKFIKKISSTSNPMGFVQALISEKNVPSSFPKEVMDHAHFIPDEIANE
NQSERLDLRNELIVTIDGNDTKDFDDAINVKQIDENTYELGVHIADVSHYVHENDPIDIE
ALNRGTSIYLMDRVIPMLPEKLSNGICSLNPNVDRFTMSIIMKIDKEGNTLSTDLKQTII
NSKYRLTYDRVNEFINENKKFEDENLNQMLEKAVALAKIIRNFKNNQGYIDFEIVEPYIK
LDENGKVIDILTKATGFAENLIEDFMVRANEEVAKYLTRHKFPAMYRIHEKPSEEKLDYF
ISVLNELNINVNIDRNKITPKSFQKIINAIKEQRHDEFLKILFLRTMSKAIYAAENIGHF
GLASEDYCHFTSPIRRYPDLVIHRIIRDLVLNKKLDRISHYKMNLPLIAQQNSNSEQNAV
QIERDTNDLKYAEYWNSRIGQIIKGQVVSIQSFGMFVEFSNKTEAMVHISNMCDTPFETN
ELKTELISENKKIKLGDFVDVVIIGADIANGKVDAALANCPVK
NT seq
2112 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggttaatgaacaacagatagaaaatttaattaaacaaaatccttatattgatttttta
aatttagctaaaaaagcaaaaattaaaattcaagataacaaaaaattaacacagattttg
tttagattaaaagatgcttatagaattactgaacctaaaaaaggtttttatgttgcttta
gaacactctagtgatattaagggtgttttaaaatttgttcaagagggtaaatttgctttt
attgacttagaaaactcgcagaacataagtgaaagttattttgttcccaaaaatgaattt
aacggcgcaattaacaatgatttagtttcagcaagtgtctacaaaatgcttgataaagat
aaagaaaaacaatttgcggccgttaaaaaagttcttgaaagaagtgtcacacaaattacc
ggaatatatgaaaagggtgataaattccctatttttaaacctattaataaaatttacaat
tctttaaaatttaaagttttaggaagtgaaataacagttgaaagtgatgatattgtttta
gctcaaattgtagataataaaaatggacttacaggaattaaattcattaaaaaaatttct
tctacttctaatccaatgggctttgtgcaagccttaattagtgaaaaaaatgttccttct
tcttttccaaaagaagtaatggatcatgcacattttattcctgatgaaattgctaatgaa
aatcaaagtgagagacttgatttaagaaatgaattaattgttactattgatggtaacgat
acaaaagattttgatgatgctattaacgtaaaacaaattgacgagaacacttatgaatta
ggtgtccatattgcagatgtttcacattacgttcatgaaaatgatccaattgatattgaa
gctttaaatagaggaacttcaatttatttgatggatagagttatccctatgcttcccgaa
aaattatctaatggtatatgttctcttaatcccaatgtagatcgctttacaatgtcaatt
atcatgaaaattgataaagagggaaacacattaagcacagatttaaagcaaacaattatt
aattcaaaatatagattaacatatgatagagttaatgaatttattaatgaaaataaaaaa
ttcgaagatgaaaatttaaatcaaatgttagaaaaagctgttgctttagctaaaatcatc
agaaatttcaaaaataatcaaggctacatagattttgaaattgttgaaccctacattaaa
ttagatgaaaacggaaaagttatcgatatattaactaaagcaactggatttgctgaaaat
ctcattgaagatttcatggttagagcaaatgaagaggtggctaaatatttaacaagacac
aagtttcctgctatgtatagaatccatgaaaaaccaagcgaagaaaaactggactatttt
atttctgttttaaatgaactaaatattaatgttaatattgatcgtaataaaataactcca
aaatcatttcaaaaaatcattaatgcaattaaagaacaaagacatgacgaatttcttaaa
attttatttttaagaacgatgtctaaagctatttacgctgcagaaaatattggccatttt
ggtttagctagtgaagattattgccattttacaagtcctatacgtagatatccagatctt
gtgattcatagaattataagagacttagttttaaataaaaaacttgacagaatttcacat
tacaaaatgaatttgccattaattgctcaacaaaattctaattctgaacaaaacgcagta
caaattgaacgtgatactaatgatttaaaatatgctgaatattgaaattcaagaattggc
caaattatcaaaggacaagttgtaagtattcaatcatttggtatgtttgttgaattttca
aataaaactgaagcaatggttcatatttctaatatgtgcgatacaccttttgaaacaaat
gaattaaaaacagaattaatttctgaaaataaaaaaattaaacttggtgattttgtagat
gttgttattattggagcagatatagctaatggaaaagttgacgctgctttagctaattgc
cctgtaaaatag
DBGET
integrated database retrieval system
