Mycoplasmopsis columboralis: NCTC10179_00260
Help
Entry
NCTC10179_00260 CDS
T06766
Symbol
vacB
Name
(GenBank) VACB-like ribonuclease II
KO
K12573
ribonuclease R [EC:
3.1.13.1
]
Organism
mcou
Mycoplasmopsis columboralis
Pathway
mcou03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
mcou00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
NCTC10179_00260 (vacB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
mcou03019
]
NCTC10179_00260 (vacB)
03016 Transfer RNA biogenesis [BR:
mcou03016
]
NCTC10179_00260 (vacB)
Enzymes [BR:
mcou01000
]
3. Hydrolases
3.1 Acting on ester bonds
3.1.13 Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
3.1.13.1 exoribonuclease II
NCTC10179_00260 (vacB)
Messenger RNA biogenesis [BR:
mcou03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
RNA degradosome components
Ribonucreases
NCTC10179_00260 (vacB)
Transfer RNA biogenesis [BR:
mcou03016
]
Prokaryotic type
tRNA degradation factors
NCTC10179_00260 (vacB)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNB
S1
CSD2
OB_RNB
SOTI
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
VEU76095
UniProt:
A0A449B6B2
LinkDB
All DBs
Position
1:complement(338927..341128)
Genome browser
AA seq
733 aa
AA seq
DB search
MKIEEIYQFIKTSKAKNFLEIARHFKIKPKDNHLLNKALAALQKDCRVFRNEKDEYYAPE
LVETTSGVFVASPKGSFGFVDYDIDEENKTKKSVFVKSFNFNGAITNDVVQVNVYVNPHD
ENNLNYGVITNILERKNDSIIGFIKQKNNTFYFVPSDQRFKNCTWALMPSGVTYKLNDLV
VARILKYDAKIVYISVAKVITNEADPMVFVKAYLESIKAPDNFPEFLKDEINQIPDDIYS
DDLSNRVDLRDKLIVTIDGDDTKDFDDAINVEKLSNGNWKLGVYIADVSYYVKENTLLDK
EALNRGTSTYLVDRVIPMLPEKLSNGICSLNPDEDRFVLGCEIEINQFGENVKTNIFQGI
INSKFRLTYKNVNAFYENGFIDTTNHPHLSEQLEQMLYQAKELSLIIHNFKTNQGYIDFE
IDEPKIKLDELGHVKDIVISERGFSEVLIEDFMVRANEVVAKTLYDKKLPVLYRVHEVPN
EEKLQSLINALEVVNLPTPEFKYYEITPKLFANFVEQVKSKRDDDFVKLLFLRTMQKAVY
SQNNIQHFGLASEFYCHFTSPIRRYPDLIIHRIIRDYLIDKKPLQIEKLQAQLDIFGDLN
TASEQKAVQTERKVNDLKFAEYLKSKVGQSFKAQILSVLNFGFFVEFEFKASGLVHKSNL
FDGDFEINETVTKLVSKNKIYTIGDVVEVTVINVDLLEGKVDCVLTSQYPQFLNKLNKDK
EERNKRNAKRVEK
NT seq
2202 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaattgaagaaatatatcagtttataaaaacttcaaaagccaaaaactttttagaa
attgctcgacattttaaaatcaaacctaaagataatcacttgctcaataaagctctagca
gctttgcaaaaagattgtcgtgtttttagaaatgaaaaagacgaatactatgctccagaa
ttagtggaaaccacttcgggagtttttgtcgcttctcctaaaggtagttttggatttgtt
gattatgatattgatgaagaaaacaaaactaagaaaagtgtttttgtaaaatcatttaat
tttaatggtgctattaccaatgatgttgtacaggtaaatgtttatgtgaatccacacgat
gaaaataacttaaactatggtgttatcactaacattttagaacgtaaaaatgattcaatt
attggttttatcaaacaaaagaacaacactttttattttgttcctagtgatcaacgtttt
aaaaattgtacctgagcattgatgccttcaggtgtgacttacaaactaaatgatttagtt
gtggcaagaattttaaaatatgatgccaaaattgtttacattagcgttgctaaagtaatt
actaacgaagctgatccaatggtttttgttaaagcttatttagaatctattaaagcgcca
gataattttccggaatttttaaaagatgaaataaatcaaattcctgatgatatttattca
gatgatttaagtaaccgagtagatttaagagataagttaattgtcaccattgatggagat
gatactaaagattttgatgatgctataaacgttgaaaaactttcaaatggtaactgaaaa
cttggagtgtatattgctgatgtttcttattatgtaaaagaaaataccttacttgataaa
gaagctttaaatcgtggtactagcacctatttagttgatcgagttattccgatgcttcca
gaaaagttgtctaatggaatttgttcacttaatccagatgaagatcgttttgtattagga
tgcgaaattgaaattaatcaatttggcgaaaatgttaaaactaatatttttcaaggaatt
attaatagtaagtttagattaacttataaaaatgttaatgctttttacgaaaatggattc
atcgatactaccaatcacccgcatttaagcgagcaactcgaacaaatgctttatcaagct
aaagagttaagtttaattattcacaatttcaaaactaaccaaggatacattgattttgaa
attgatgaacctaaaattaaattagatgaactaggacatgttaaagacattgtaattagt
gaacgtggttttagtgaagttttaattgaagactttatggttagagccaatgaagtagtt
gctaaaactttatatgataaaaaacttcctgtgttataccgggtgcatgaagttccaaat
gaagaaaaacttcagagtttaattaatgctttagaagttgtgaatttacctactcctgaa
tttaaatattatgaaatcacaccgaagttatttgctaattttgttgagcaagtaaagagc
aaacgtgatgatgattttgttaaattgttgtttttgcgtactatgcaaaaagcagtatat
tcacaaaataacatccagcactttggattagcaagtgagttttattgtcactttacttct
ccgattcgaagatatccagatttaattattcaccgcattattcgggattatctaattgat
aaaaaaccactacaaattgaaaaattgcaagctcaattagatatttttggtgatttaaac
accgccagcgaacaaaaagcggttcaaactgaacgtaaggttaacgatcttaaattcgca
gaatacttaaaatcaaaagttggacaaagttttaaagcacaaattttaagcgtattaaat
tttgggttttttgtggaattcgaatttaaagcaagtggattagtgcataaaagcaatctt
tttgatggcgattttgaaattaatgaaacagtaacaaaattagtttcaaaaaacaaaatt
tataccattggtgatgtagtggaagtaacagttattaatgttgatttacttgaaggaaag
gttgattgtgtactaacttcacaatatccacagtttttaaacaaattaaataaagataaa
gaagaacgtaacaaaagaaatgcaaaaagagttgaaaaatag
DBGET
integrated database retrieval system
