KEGG   Mycoplasmopsis fermentans JER: MFE_02560
Entry
MFE_02560         CDS       T01325                                 
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta' chain
  KO
K03046  DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:2.7.7.6]
Organism
mfr  Mycoplasmopsis fermentans JER
Pathway
mfr03020  RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:mfr00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03020 RNA polymerase
    MFE_02560 (rpoC)
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03021 Transcription machinery [BR:mfr03021]
    MFE_02560 (rpoC)
   03400 DNA repair and recombination proteins [BR:mfr03400]
    MFE_02560 (rpoC)
Enzymes [BR:mfr01000]
 2. Transferases
  2.7  Transferring phosphorus-containing groups
   2.7.7  Nucleotidyltransferases
    2.7.7.6  DNA-directed RNA polymerase
     MFE_02560 (rpoC)
Transcription machinery [BR:mfr03021]
 Prokaryotic type
  Bacterial type
   RNA polymerase
    Core subunits
     MFE_02560 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:mfr03400]
 Prokaryotic type
  SSBR (single strand breaks repair)
   NER (nucleotide excision repair)
    TCR (transcription coupled repair) factors
     DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
      MFE_02560 (rpoC)
SSDB
Motif
Pfam: RNA_pol_Rpb1_1 RNA_pol_Rpb1_5 RNA_pol_Rpb1_2 RNA_pol_Rpb1_3 RNA_pol_Rpb1_4 AMP-binding
Other DBs
NCBI-ProteinID: ADN68868
LinkDB
Position
288435..292910
AA seq 1491 aa
MSNFIDKNKLNKDREIEKITLSLATKDDVLQWSNGEVTKPETINYKSYKPERDGLFDELI
FGPTTDHKCPVCGTKYKRSDEGTQCSKTPLCEKSKATILAKISRRSRMGHIHLQNPVVHF
WFFKIDHSIISKLLGLRVAKSSKTVSKTDLEKLIYYKSHIVLESGGIKALQKNAIIDIAE
AAVIYRDALLEIRSKYSEESEEYEIINESLEELESYATSKMGKDYGIDFYEYNEIIHEYS
DAIISTGSKAIEYLLEHVDLQKEAQLIEDEIKKINRSIKDKNHTGTRGQERSKLYKRLAV
INAFINSGQDPKSMLIYDLPVIPADLRPLVQLDGGRHSTSDINELYRRIIIRNNRLKKWE
ETDAPMLIKQNEYRMIQEAVDSLIDNARKKPNPVTSKDSRPLKSISDALTGKKGRFRQNL
LGKRVDYSGRSVIVVGPELKMHQVGIPREMAAKLFEPWIIKELIKGDNQINSIKAGKKAV
ENLDPIIWPYVEKAIQGRPVLLNRAPTLHRLSIQAYEPVLIRGKAIKLHPLSCTPFNADF
DGDQMAVHVPISDEAVREAKELMLASRNILGPKDGEPIINPGQDIILGLYYLTQEATDDK
VIGEGRYFGSYDEMMTAYENKLVSLHARVVLPISEINKRVIPADGQDRYIVSTVGKFIFN
SIFPDSFEFIFGKYVERNIKEVDGKKVISEKEVLHTSGDKNQLKNYLLPYGMNFPEIIKN
MPLNLPLGKKDIAKIVRRIFDRYVAIVTMEDLAAIISDLNSETINNLFDNCANLVDYNKN
TIPVWHTENLVRIIKEEYEKINEELMIEYRKVDQEIGWRVSDYTKMLERVWFRYTNFVAD
VLDKLKALGYHYSTISGTTISISDVTTLPSTKDKIKEGDKYIEQLRDYFEQGLLTDDERY
ALTIQKWAEIKDSIEKDLKEVTKTDPDNPLFMMFTSGARGNSSNFVQLAGMRGLMNNNTK
ILKADAENERVVRSTVEIPVKSSFLDGLTAYEFYSSTHGARKGLTDTALNTAKSGYLTRR
LVDVAQGIVVREDDCGTDYGFEVKDILDTKTNTIIESLGERIEGRFSNVPIYHPRTKEMI
LDADQLITPQIAEEIVKAGIKSVEIRSVLSCYTKNGVCKKCYGKDLALNRVVNIGEAVGV
VAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGVEDITGGFGRLMELIDAYDSPWGKPAVIAEHYGKI
TKIEDKKDTLGNASDYQAITLEYEDEEGNTQSKIYAARKDRRLRVKKGDKVIPGQKIVEG
PIILNELLKVADTRSVQNYLLKEVQRLYRLQGITISDKYIEIIIRQMLSKIVITDPGDSK
FFSGNLVDIFAYQRESARLISQGKKPPFGEVKIKGAKQTPLLSDSFLAAASYQETPKILV
NASIAAQSDKLEGLKENIILGHKIPAGTNCNFEEKGKYDIRDPRSYFQSKFAENSDFPNP
NFEDNLNNLQSQLDEFNSVDPEELAIEEEMGIEEVYEDDYYSDLDENNDNN
NT seq 4476 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgagtaactttatagacaaaaacaagttaaataaagatcgtgaaattgaaaaaattact
ctttctttagctactaaagatgacgttcttcaatgatcaaatggtgaagtaactaaacca
gaaacaattaactataaaagttacaaaccagaacgagatggtctttttgatgaattaatt
tttggaccaacaactgaccacaaatgtcctgtttgtggtactaaatataaaagaagtgat
gaaggaactcaatgttcaaaaactcctttatgtgaaaaatcaaaggctacaattttagct
aaaatttcacgtcgtagccgtatgggtcacattcatttacaaaatcctgttgttcacttt
tgattcttcaaaattgatcactcaattatttctaaattacttggtttaagagttgcaaaa
agttctaaaacagtttcaaaaacagatttagaaaaacttatttactacaaaagccacatt
gttttagaaagtggtggcattaaagctcttcaaaagaatgcaattattgatattgctgaa
gctgcagttatttatcgtgatgctttacttgaaattagaagcaaatattctgaagaatca
gaagaatatgaaattattaatgaatcactagaagaattagaatcatatgcaactagtaaa
atgggtaaagattatggtatcgacttctatgaatacaatgaaattattcacgaatacagt
gatgctattatctcaacaggttctaaagctattgaatacttattagaacatgttgactta
caaaaagaagctcaattaattgaagatgaaattaagaaaatcaatcgttcaattaaagat
aaaaatcacacaggcacaagaggccaagaacgttcaaaactttacaaacgtctagctgta
attaatgccttcattaactcaggtcaagatccaaaaagcatgcttatttatgatcttcca
gttattccagctgacttacgtccacttgttcaattagatggtggccgtcactcaactagt
gatattaatgagctttatcgtcgtattattattagaaacaatcgtcttaaaaaatgagaa
gaaaccgatgctcctatgcttattaagcaaaatgaatatcgtatgattcaagaagcggtt
gactcattaattgataatgcacgtaaaaaaccaaatcctgttacttcaaaagatagccgt
cctcttaaatcaatttcagatgcattaacaggtaaaaaaggtcgttttcgtcaaaactta
cttggtaaacgtgttgactattcaggtcgttcagttattgttgttggaccagaattaaaa
atgcaccaagttggtattcctcgtgaaatggctgctaaattatttgaaccttgaattatt
aaagaattaattaaaggtgacaaccaaattaactcaattaaagctggtaaaaaagctgtt
gaaaatttagatcctattatttgaccttatgttgaaaaagcaattcaaggtcgtccagtg
cttcttaaccgtgcacctacattgcaccgtctttcaattcaagcttatgaacctgtttta
attcgtggcaaagctattaaacttcacccactttcatgtactccatttaacgctgacttt
gatggtgaccaaatggcagtccatgttcctattagtgatgaagcagttagagaagccaaa
gaattgatgctcgcttcaagaaatattcttgggcctaaagatggtgaacctattatcaac
ccaggtcaagatattattttaggtctttattacttaactcaagaagctacagatgataaa
gtaattggcgaaggtcgttattttggatcatatgatgaaatgatgacagcttacgaaaat
aaacttgtttcacttcatgctcgtgttgttttaccaattagtgaaatcaataaaagagtt
attccagctgatggtcaagaccgttacatagtttcaactgttggtaaatttatcttcaac
tcaattttcccagatagctttgaatttatctttggaaaatatgttgaaagaaatattaaa
gaagtggatggcaaaaaagtaatcagtgaaaaagaagtattacacacttcaggtgataaa
aatcaacttaaaaattacttattaccttatggtatgaatttccctgaaattattaaaaac
atgccacttaacttacctttaggtaaaaaagatatagctaaaatagtacgtcgtattttt
gaccgttatgtagctattgttacaatggaagacttagctgctattattagtgacttaaat
agtgaaacaattaacaacttatttgataattgtgctaatttagttgattacaacaaaaac
actattcctgtatgacatacagaaaacttagtacgtataataaaagaagaatacgaaaaa
attaatgaagaattaatgattgaatatcgtaaagttgatcaagaaattggctgaagagtt
agtgattatacaaaaatgcttgaaagagtatgatttagatatacaaactttgtggctgat
gttttagacaaacttaaagctttaggatatcattattcaacaatttcaggtaccactatt
tcaattagtgatgttactactttaccttcaacaaaagacaaaattaaagaaggagacaaa
tatatcgaacaattaagagactactttgaacaaggccttttaactgatgatgaaagatat
gctttaacaattcaaaaatgagccgaaattaaagactcaattgaaaaagacttaaaagaa
gttacaaaaaccgatccagataacccattatttatgatgtttacttctggtgctcgtggt
aactcatcaaactttgttcaattagctggtatgcgtggacttatgaataacaacactaaa
attcttaaagctgacgctgaaaatgaacgtgttgttcgttcaactgttgaaattccagtt
aaatcatcattccttgatggtcttacagcttatgaattctattcatcaacccatggtgct
cgtaaaggtcttaccgatacagctcttaacacagctaaatcaggttacttaactcgtcgt
ttagttgatgtggctcaaggtatcgttgttcgtgaagatgattgtggaactgactatggt
ttcgaagttaaagatattcttgatacaaaaacaaatacaattattgaatcacttggtgaa
agaattgaaggtcgtttttcaaacgttcctatttatcatccaagaactaaagaaatgatt
cttgatgcagatcaattaattactcctcaaattgctgaagaaattgttaaagctggtatt
aaatcagttgaaattcgttcagtactttcttgctatactaaaaatggtgtatgtaaaaaa
tgttatggtaaagacttagctcttaaccgtgtagttaacattggtgaagctgtcggagtt
gttgcagctcaatcaattggtgaacctggtacacagcttaccatgcgtacattccatact
ggtggtgttgctggtgttgaagatattactggtggttttggtcgtttaatggaattaatc
gatgcctatgattcaccatgaggtaaaccagctgttattgcagaacactatggcaagatt
acaaaaatagaagataaaaaagatactttaggtaatgctagtgattatcaagctattact
cttgaatatgaagatgaagaaggcaatacacaaagcaaaatttatgctgctcgtaaagat
cgtcgtcttagagttaaaaaaggtgataaagttatccctggacaaaaaattgttgaagga
cctattatccttaatgaattacttaaagttgctgacactcgttcagttcaaaactactta
ttgaaagaagtacaaagactttatcgtcttcaaggtatcacaattagtgataaatatatt
gaaatcattattcgtcaaatgctttcaaaaattgttattactgatccaggagatagtaaa
ttctttagtggtaacttagttgatatctttgcttaccaacgtgaaagtgcacgtttaatt
tcacaaggtaaaaagcctccttttggtgaagttaaaatcaaaggtgcaaaacaaactcct
ttattatcagattcattcttagctgctgcttcataccaagaaactccaaaaattcttgtt
aatgcatctattgctgctcaatcagataaacttgaaggacttaaagaaaacattatttta
ggtcacaaaattcctgctggtacaaactgtaattttgaagaaaaaggtaaatatgacatc
cgtgatccacgttcatatttccaaagtaaatttgcagaaaactcagattttccaaatcca
aactttgaagataacttaaataatttacaaagtcaattagatgaattcaacagtgttgat
cctgaagaattagcaatagaagaagaaatgggaatcgaagaagtttatgaagatgattac
tactcagatttagatgaaaataatgacaacaattaa

DBGET integrated database retrieval system