Methanobrevibacter smithii: Msm_0058
Help
Entry
Msm_0058 CDS
T00539
Name
(GenBank) DNA helicase II
Organism
msi
Methanobrevibacter smithii
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
UvrD-helicase
UvrD_C
PDDEXK_1
AAA_19
UvrD_C_2
Cas_Cas4
AAA_30
AAA_11
DEAD
ResIII
Dna2
DUF4145
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ABQ86263
UniProt:
A5UJ85
LinkDB
All DBs
Position
complement(54271..58788)
Genome browser
AA seq
1505 aa
AA seq
DB search
MPTNFEFLKEDYPDLFDWAHDMEKKVKQDPNGAINSGSKFFERILNILLENARIHPKETY
VEKIIDLKNKKVIDSKSEKLLQKARKYRNDDRHSDSSSNERVALAFLKVIFNISVWFMED
YNNEIIHNSDFDTNILTQIEKESQVSKEDIEKFENKLLNMLEFKMEQINRKKEEVVNLVE
DNYILKEDVGKIVNDAVNLAMIQSSEDKASLENKILNLSKENEELKRGFESKFNDLKINY
SENNKEELVNFIADNYYSKEDVGKIVNDAVNLAMIQSSEDKANFKKELLNLSKKYDSSRK
NLEDKIDNLTMEYSNADLSKFVTDNYAPKDEIYKIVSNEIENLKKESDEDKLNLEKMMLI
INEENELMRKDFESKLNSINEQTSDKSNKELENLIIKDYVPKSDLKKHIDLAIKEFAKTH
NIEISEIYNPPEEILIENQPKFVPSKPKKQKIKPKKLNEDQEAAVMYDGKKPLLIEAGPG
SGKTTVLIERVKYLLNNKGIDPESLLVITFTKKAANELKTRLSEETDNISELDVQKMQIS
TIHGFCAKILEKAGYVNLSIIGDDLGEKINMFVRKHLEELGFTGIAYASKRDAKNIINKY
EEYCTFGVDSQNLIKYIQDNYPISQDYIDFVEQYMEENEGKFPKMEVKENKEFKQSYYNA
LYLQVAKSYPIYKELMEKENVIDFGHMQLKALEYLRENPDSVFKNILIDEFQDTDPIQME
IFKILMKNCDSATFVGDIDQSIYGFRGSYDNYFEQLSNEYDVKRISLNTNYRSTNQIIDV
SEALIKPQRDVHSEKDLKGNRDIDFPIYYISNEDKDNEAENICEFIKYLKETGKIDNYNE
IAVLTRSVTSNGNCIKPLMNLLNENNIPYAIKGNKDLLDKDEIKSILTLIYYVISEDKDH
HIMNSWEKKWLNLKAFTDTDFKMKLCNLSDETKEILFNIQEQYENDVVAAEKDVSIEVTG
KKSRVRSFGGVFKKYNKPEFENGQEILKDIVNKVSFPYLNVQNLEKWGIKNKDDLAFFDK
LFEIRENILSEDIEYKNKLTILEIYMRLLEINDYFNADFINNPNNQDEISNLAFISNTLY
NYEQMYYNKAIRGAFWFLYTNIEDYGSSNVDPNGVQLMTVHKAKGLEFPVVIVASFSDKK
FPSKFISPNPDNGYIHGKPAFFTPYEFLKYKDFENESEEVLIHEEEENRIIYVAMTRAQD
ILVLSSLVPPSDKENEITYKGSSLVEDLLINKNYAMSLQAKEIEIPKTVCKKPDFEEELL
ELSFTSLKSYLQCPFRNKLLNHFHFKISDKTQITYGKVIHKALEVINKRIKATGEYLGDD
EVKNIVENLFYTNPNIAYDRKQKLKTDKLDDIVDNVIHYYHTFGNKIKVIDSEVQFNVKN
KDYGITGAIDLIYETDDGKIGLLDYKYTSSEAKYMKWHKKQLYVYVGVLKSLEEWKNKEI
SELKVYAIKSRKLVGIPVDYDKINEIMQEMDTVAKNIDENKYPRQKDQHCNKCAFKRICG
IDYVN
NT seq
4518 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgccaacaaattttgaatttttaaaagaagactatcctgatttatttgattgggctcat
gacatggaaaaaaaagttaaacaagaccctaatggagctattaattcaggttctaaattt
tttgaaagaattttaaatatattacttgaaaatgccagaattcatcctaaagaaacatat
gttgaaaaaataattgatttaaaaaataagaaagtcattgattccaaatcagagaaattg
cttcaaaaagcaagaaaataccgtaatgatgatagacatagtgattcttcgtcaaatgaa
agagtggcattagcttttttaaaagttatatttaatatatctgtatggtttatggaggat
tataataatgaaattattcataattctgattttgatacaaatattttaacccagattgaa
aaagaaagtcaagtatctaaagaagacatagaaaaatttgaaaataaattgttgaatatg
ttagaatttaagatggaacaaataaatcgtaaaaaagaagaggtagttaatcttgttgaa
gataattatattcttaaggaggatgtcggtaaaatagttaatgatgctgtgaatttggct
atgatacaatctagtgaagataaagctagtcttgaaaataaaatacttaatctttcaaaa
gaaaacgaagaattaaaaagaggttttgaatctaaatttaatgatcttaaaatcaattat
tctgaaaataataaagaagaattggtaaattttattgcagataattattattctaaagaa
gatgtcggtaaaatagttaatgatgctgtgaatttggctatgatacaatctagtgaagat
aaagctaattttaaaaaagaactacttaatctttcaaaaaaatatgattcttcaagaaaa
aatcttgaagataaaattgacaatttaacaatggaatattctaatgctgatttaagcaag
tttgttacagataattatgctccaaaagatgaaatttataagatagtttctaatgaaatt
gaaaatttaaaaaaagaatcagatgaggataaacttaatttagaaaaaatgatgttaatt
attaatgaggaaaatgaattaatgagaaaagattttgaatctaaattaaatagtattaac
gagcaaacatcggataaaagtaataaagagcttgaaaatttaattattaaggattatgtt
cctaaaagtgatttaaaaaagcatattgatttagcaattaaagaatttgcaaaaactcat
aatatagaaattagtgaaatttacaatcctcctgaagaaattttaattgaaaatcaacct
aaatttgttccatctaaacctaaaaaacaaaaaataaaacctaaaaaattaaatgaagat
caagaagcagctgttatgtatgatggtaaaaaacctcttttaattgaagcaggcccaggt
tctggtaaaactacagttttaattgaaagggtaaaatatcttttaaataataaaggtatt
gatcctgaaagtttacttgttattacttttacaaaaaaagcagctaatgaattaaaaaca
agattaagtgaagaaacagataatatatcagaattagatgttcaaaaaatgcagatatct
actattcatggtttttgtgctaaaattttagaaaaagcagggtatgttaatttaagtatt
attggtgatgatttaggtgaaaaaattaatatgtttgttagaaaacatcttgaagagtta
ggattcactggaatagcttatgcttctaaaagggatgctaaaaacattattaataaatat
gaggaatattgtacttttggtgttgattcacaaaatcttataaaatatattcaagataat
tatccaattagtcaagattacattgattttgtagaacaatatatggaagaaaatgaaggt
aaatttcctaaaatggaagttaaggaaaataaggaatttaaacaatcttattacaatgcc
ttgtatttacaagtagctaaatcttatccaatttataaagaattaatggaaaaagaaaat
gttattgattttggtcatatgcaactaaaagcactggaatatcttagagaaaatccagat
tctgtttttaaaaatattttaattgatgaattccaggatactgatcctattcaaatggaa
atttttaaaattttaatgaaaaattgtgatagtgctacttttgtaggagatattgatcaa
agtatttatggttttagaggttcttatgacaattactttgaacagttatctaatgaatat
gatgttaaaagaataagtttaaatacaaattatcgttcaactaatcagataattgatgtg
tctgaagcacttattaaacctcaaagagatgttcattctgaaaaggatttaaaaggtaat
agggacattgatttcccgatttattatatttctaatgaagataaagataatgaagcagaa
aatatctgcgaatttattaaatatttaaaagaaactggtaaaattgataattataatgaa
atagctgttttaacaaggtctgttactagtaatggtaattgtattaaaccattaatgaat
ttacttaatgaaaataatattccttatgctattaaaggaaataaagatttactggataaa
gatgaaattaaatctattttaacattgatttattatgttatttcagaagataaagatcat
catataatgaactcctgggaaaagaaatggcttaacttaaaggcatttactgacactgat
tttaaaatgaagctctgtaatttgtctgatgaaacaaaagaaattctttttaatattcag
gaacagtatgaaaatgatgttgttgcagctgaaaaagatgtgagtattgaagtcactggt
aaaaaaagtagagttagaagttttggtggagtatttaaaaaatataataaacctgaattt
gaaaatggtcaagaaatattaaaagatattgtaaataaagtcagttttccttatttaaat
gttcaaaacttagaaaagtggggaattaagaataaagatgatttggctttttttgataaa
ttatttgaaattcgtgaaaatattttatctgaagatattgaatataaaaacaaattaact
attttggaaatttatatgcgattattagagataaatgattattttaatgcagatttcatc
aataatcctaataatcaagatgaaattagtaatttagcttttatatcaaatacattatat
aattatgagcaaatgtattataataaagctattcgtggtgctttttggtttttatatact
aatattgaggattatggatcttcaaatgtggatcctaatggtgttcaattaatgactgtt
cataaagctaaaggattggagtttccagttgttattgtagcttcattttctgataaaaaa
ttcccatctaaatttataagtccaaatcctgataatggttatattcatggaaaacctgct
ttttttactccatatgagtttttaaaatataaagattttgaaaatgagtcagaagaagtt
ttaattcatgaagaagaagaaaataggataatttatgttgcaatgacaagagctcaagac
attttagttttatcttcacttgttcctccatcagataaagaaaatgaaattacttataaa
ggttcttctttagttgaagatttacttataaataagaattatgctatgtctcttcaagca
aaagaaattgaaattccaaaaaccgtttgtaaaaaaccagattttgaagaggaattatta
gagttaagtttcacttctttaaaatcatatcttcaatgtccgtttagaaacaaattatta
aatcattttcattttaaaatttctgataaaactcaaattacttatggtaaagtaattcat
aaagctttagaagtaattaataaacgcataaaagctactggtgaatatttgggtgatgat
gaggttaaaaacattgttgaaaacttgttctacacaaatcccaacattgcttatgataga
aaacagaaattaaaaacagataaattagatgatattgttgataatgttattcattattat
catacatttggaaataaaataaaagtaattgattctgaagttcaatttaatgtaaaaaat
aaagattatggtataaccggagctattgatttaatatatgaaactgatgatggtaaaatt
ggtttattggattataaatatactagttctgaagctaaatatatgaaatggcataaaaaa
cagttgtatgtttatgttggtgttttaaaatcattagaggaatggaaaaataaagaaatt
agtgaactaaaagtttatgcaattaaatcaaggaaattagtgggcattcctgtggattat
gataagattaatgagattatgcaagaaatggatactgtggcaaagaatattgatgaaaat
aaatatcctcgtcaaaaagatcaacattgtaataaatgtgcgtttaaaagaatttgtgga
atagattatgtaaattaa
DBGET
integrated database retrieval system
