Numenius arquata (Eurasian curlew): 141466330
Help
Entry
141466330 CDS
T11436
Symbol
COL1A2
Name
(RefSeq) collagen alpha-2(I) chain isoform X1
KO
K06236
collagen type I alpha
Organism
narq Numenius arquata (Eurasian curlew)
Pathway
narq04510
Focal adhesion
narq04512
ECM-receptor interaction
narq04518
Integrin signaling
narq04820
Cytoskeleton in muscle cells
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
narq00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
141466330 (COL1A2)
04518 Integrin signaling
141466330 (COL1A2)
09140 Cellular Processes
09144 Cellular community - eukaryotes
04510 Focal adhesion
141466330 (COL1A2)
09142 Cell motility
04820 Cytoskeleton in muscle cells
141466330 (COL1A2)
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
narq00536
]
141466330 (COL1A2)
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
narq00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
141466330 (COL1A2)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
141466330
NCBI-ProteinID:
XP_074006293
LinkDB
All DBs
Position
7:complement(62218358..62256476)
Genome browser
AA seq
1367 aa
AA seq
DB search
MLSFVDTRIALLLAVTSYLATGQHLCGNSLGFIFFPQGPRGDKGPQGERGPPGPPGRDGE
DGLPGPPGPPGPPGLGGNFAAQYDPSKAADFGPGPMGLMGPRGPPGASGPPGPPGFQGVP
GEPGEPGQTGAQGPRGPPGPPGKAGEDGHPGKPGRPGERGIAGPQGARGFPGTPGLPGFK
GIRGHNGLDGQKGQPGTPGTKGEPGAPGENGTPGQPGARGLPGERGRVGAPGPAGARGSD
GSAGPTGPAGPIGAAGPPGFPGAPGAKGEIGPAGHVGPSGPAGPRGEIGLPGSSGPVGPP
GNPGANGLPGAKGAAGLPGVAGAPGLPGPRGIPGPPGPAGPGGARGLVGEPGPAGAKGES
GNKGEPGAAGPAGPPGPSGEEGKRGSNGEPGSAGPPGPAGLRGVPGSRGLPGADGRAGVM
GPAGNRGASGPVGAKGPNGDAGRPGEPGLMGPRGLPGQPGSPGPAGKEGPVGFPGADGRV
GPIGPAGNRGEPGNIGFPGPKGPTGEPGKPGEKGNVGLAGPRGAPGPEGNNGAQGPPGVT
GNQGAKGETGPAGPPGFQGLPGPSGPAGEAGKPGERGLHGEFGAPGPAGPRGERGPPGES
GAVGPTGPIGSRGPSGPPGPEGNKGEPGNVGAAGPPGPAGSGGIPGERGVAGVPGGKGEK
GAPGLRGDAGATGRDGARGLPGAIGAPGPAGGAGDRGEGGPAGPAGPAGARGIPGERGEP
GPVGPSGFAGPPGAAGQPGAKGERGPKGPKGESGPTGAIGPMGASGPPGPAGAAGPAGPR
GDAGPPGMTGFPGAAGRVGPPGPAGITGPPGPPGPAGKDGARGLRGDVGPVGRTGEQGIA
GPPGFAGEKGPSGEAGSQGPPGTPGPQGILGAPGILGLPGSRGERGLPGISGATGEPGPL
GVSGPPGARGPSGPVGSPGPNGAPGEAGRDGNPGNDGPPGRDGAPGFKGERGAPGNPGPS
GALGAPGPHGQVGPSGKPGNRGDPGPAGAVGPAGAFGPRGLAGPQGPRGEKGLPGDKGPR
GLPGLKGHNGLQGLPGLAGQHGDQGPPGNNGPAGPRGPPGPSGPPGKDGRNGLPGPIGPA
GVRGSHGSQGPAGPPGPPGPPGPPGPNGGGYEVGYDAEYYRADQPSLRPKDYEVDATLKT
LNNQIETLLTPEGSRKNPARTCRDLRLSHPEWSSGFYWIDPNQGCSADAIRAYCDFATGE
TCIHANPDNIPTKNWYINKNPKDKRHVWFGETINGGSQFEYNNEGVTSKDMATQLAFMRL
LANQASQNITYHCKNSIAYMDAETGNLKKAVILQGSNDVELRAEGNSRFTFSVLEDGCSR
KNNEWGKTIIEYRTNKPSRLPILDIAPLDIGGADQEFGLDIGPVCFK
NT seq
4104 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgctcagctttgtggatacgcggatcgcgttgctgctcgcagtaacttcatacctagcc
acaggccaacatctctgcggtaactcactgggttttattttcttcccacagggccctaga
ggagacaaagggccgcagggagaaaggggtccaccaggtccaccaggcagagatggtgaa
gatggtctaccaggtcctccaggcccccctggtcctccaggtcttggcggaaacttcgct
gctcaatatgatccatctaaagcagctgattttggcccaggacctatgggtttgatggga
cctagaggcccacctggagcatctggaccccctggccctcctggttttcaaggtgttcct
ggtgagcctggtgaacctggtcaaacaggtgcccagggtcctcgtggtccccctggtcct
ccaggaaaggctggtgaagacggtcaccctggcaaacctggaagacctggcgagaggggc
attgctggccctcagggtgctcgtggtttccctggaactcctggtctgcccggctttaag
ggaattaggggacacaatggtctggatggtcaaaagggacaacccggtactcctggcacc
aagggagaacccggtgcccctggtgaaaatggaacccccggacaacctggcgctcgtggt
ctccctggtgagagaggaagagtaggtgcccctggaccagctggcgctcggggaagcgat
ggcagcgctggccccaccggacctgctggccccattggtgctgctggtcccccaggcttc
ccaggtgctcctggtgctaagggtgaaattggacctgctggtcacgttggtcccagtggt
cctgctggtcccagaggagagattggacttcccggctctagtggtcctgttggcccccca
ggcaaccccggtgctaacggtctcccaggggctaaaggtgcagctggtcttcctggtgtc
gctggtgctcctggtctgcccggtccccgtggtattcctggtcctcctggccccgccggt
cctggtggtgcgagaggacttgttggtgaaccaggccctgctggtgccaagggagaaagc
ggcaacaagggtgaacctggtgcagctgggcccgctggccctcctggtcccagtggtgag
gaaggcaagagaggcagcaacggtgaacctggctctgctggtccccctggccctgctggt
ctgagaggtgtgcctggatctcgcggtctccctggagctgatggcagagctggtgtcatg
ggacctgctggtaaccgtggtgctagtggtcctgttggtgctaagggtcctaatggtgat
gctggccgtcctggtgagcctggtcttatgggtccaagaggtctcccagggcagcctgga
agcccaggccccgctggcaaggaaggtccagttggtttccctggagcagatggcagggtt
gggccaatcggtccggctggcaatcggggtgagcctggcaacatcggattccctggaccg
aagggtcccactggtgaacctggcaaacctggtgaaaaaggcaatgttggtcttgctggc
ccccggggtgctcccggtccagagggaaacaacggtgctcaaggtcctcccggagtcact
ggcaaccaaggtgcaaagggtgaaacaggtcccgctggccctcccggcttccagggtctg
ccaggtccctcgggtcctgctggtgaagctggtaaaccaggcgaaaggggtcttcacggc
gaatttggtgcccctggtcccgctggccccagaggtgagcgtggtcctcctggtgaaagc
ggtgctgttggtcccaccggtcccattggaagccgtggtccatctggcccaccaggccct
gaaggcaacaagggtgagcctggcaatgttggtgctgctggtcctcctggtcctgctggc
tccggtggaatcccaggagagagaggtgttgctggtgttccaggaggcaaaggtgaaaag
ggtgccccaggtctgagaggcgatgctggtgccacaggaagagatggtgcccggggtctc
cctggtgctattggtgctcctggccctgctggtggtgctggtgatcggggtgaaggaggt
cctgctggtcccgctggtcccgctggtgcccgtggtatccctggtgaacgtggtgagcct
ggtcccgtaggtcccagtggatttgctggacctcctggtgcagctggtcagcctggtgct
aaaggagagcgtggcccgaaaggacctaagggtgaaagtggaccaacgggtgctattggc
ccaatgggtgcctccggaccaccaggtcccgctggtgctgctggtcctgctggccctcgt
ggtgacgctggtcctcctggtatgactggtttccctggtgctgctggaagagttggtcct
cctggccctgctggcatcactggtccccccggtcctcctggcccagctggcaaagacggt
gcccgaggtctgcgtggtgatgttggccccgttggccgtactggtgaacagggtattgct
ggcccacctggttttgctggggagaaaggtccatctggagaggctggttctcaaggtcct
cctggtaccccaggtcctcagggtattcttggtgctcctggcatccttggtctgcctggc
tctcggggagaacgtggtcttccaggcatctccggagcaacaggtgaacctggtcccctg
ggtgtttctggtcctcctggtgcccgtggtccctccggtcctgtgggttctcctggtcca
aacggtgctcctggtgaagctggtcgtgatggcaatcccggaaacgatggtcctccaggc
cgtgatggtgctcctggtttcaagggcgagcgaggtgctcctggcaaccctggtcccagc
ggtgctctgggtgctcccggtcctcatggccaagttggtccttctggaaagcctggaaat
cgtggtgatcctggtcctgctggtgctgttggacctgctggtgcttttggtccaagaggt
cttgctggcccacaaggtccacgtggtgagaaaggtctccctggtgataagggccctcga
ggtctgcctggcttgaagggacacaatggattgcaggggcttcctggtcttgctggccaa
cacggtgaccaaggtcctcctggtaacaacggccctgctggcccaaggggtccacctggt
ccttctggtcctcctggtaaagatggtcgcaatggtctccctggaccaatcggccctgct
ggtgtgcgtggctctcacgggagccaaggccctgctggtccccctggtcctcctggtccc
cccggtcctcctggccccaacggtggtggatacgaggttggctatgacgcagaatactac
cgggctgaccagccttccctcaggcccaaggattatgaagttgatgccactctgaaaaca
ttgaacaaccaaatcgagaccctgctgaccccagaaggctccagaaagaacccagctcgc
acctgccgtgacctgagactcagccaccccgagtggagcagcggtttctactggatcgat
cctaaccagggctgctctgcagatgccattagagcctactgtgactttgccactggtgag
acctgcatccacgccaaccctgacaacatccccacgaagaactggtacatcaacaagaat
cccaaggacaagagacacgtatggttcggtgaaactatcaatggtggcagccagttcgaa
tacaacaacgaaggagtaacctcgaaggacatggccacccaacttgccttcatgcgcctg
ctggccaaccaggcctcccagaacatcacctaccactgcaagaacagcattgcctacatg
gatgcggaaactggcaaccttaaaaaggctgttatactgcagggatccaacgacgttgag
ctccgagctgagggcaacagcagattcacattcagtgtgctcgaggatggctgctctaga
aagaacaatgaatggggcaaaacgatcattgaatacagaacaaacaagccgtctcgcttg
cccatcctcgacatcgcacctttggatattggcggcgctgaccaagaattcggtttggac
attggcccagtctgtttcaaatga
DBGET
integrated database retrieval system
