Strawberry lethal yellows phytoplasma (CPA): SLY_0474
Help
Entry
SLY_0474 CDS
T02674
Symbol
rpoB
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta chain
KO
K03043
DNA-directed RNA polymerase subunit beta [EC:
2.7.7.6
]
Organism
nzs
Strawberry lethal yellows phytoplasma (CPA)
Pathway
nzs03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
nzs00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
SLY_0474 (rpoB)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
nzs03021
]
SLY_0474 (rpoB)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
nzs03400
]
SLY_0474 (rpoB)
Enzymes [BR:
nzs01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
SLY_0474 (rpoB)
Transcription machinery [BR:
nzs03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
SLY_0474 (rpoB)
DNA repair and recombination proteins [BR:
nzs03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
SLY_0474 (rpoB)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb2_6
RNA_pol_Rpb2_3
RNA_pol_Rpb2_2
RNA_pol_Rpb2_7
RNA_pol_Rpb2_45
RNA_pol_Rpb2_1
DUF5887
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AGL90394
UniProt:
R4S0S7
LinkDB
All DBs
Position
complement(405826..409548)
Genome browser
AA seq
1240 aa
AA seq
DB search
MAYRNVKYGKKVERRNYSKIIYDVDLPNLIEIQNKSFNWFLKDGIEELLQDFCPIESYNG
DLKIYFGECYSTGPKYSVEESKTKDASYVIQLFVKATLENTLTGETKKSSVLLTELPLIT
DTGTFIINGKERVAVSQIVRSSSVYYSSTFDVKLNKNLYSGQVIPARGAWIEYEEGSKEI
LYVKLDRSKKIPLSNFIYALGFNNREIIEKVFGKSPLLNSSFVKEEDMDTGNALIELYSK
IRQGEKVPVDTARDFIRKRLFDQKKYDLTTVGRYKFNKKLDVLARAEKTYLVHDFVNLET
KEIILPKHTFLTKDKIEILRKNRHFLLQELFDAQHNLENETDEEILTYKKDPQSRELYIK
TNILNFRTGEIIFPKDTLVTDEVIKRLRESIQLLDGKVIEFFLRSKDVYQKDLERTGVFN
EILEVYLSKDEHDNLQHKVQIVGNNQKETKKHITLSDIIASISYYLNLYEGIGNVDDIDH
LGNRRLRLIGELLKNQFRIGLTRAEKHIKDMISVSKFSEVGPGELVNFGFLNGVIKTFFA
NSRLSQFMDQINPLAELTQKRRVSALGVGGINRDRAGVEVRDVHNSHYGRLCPIETPEGP
SIGLIASLAIYAKVDDYGFIQTPFFKVFVQNGASYVSNQIEYLTADQEKEEIIASSGYEL
NSDATFQKDKVIARKNGEIGIYPKEQVTYADISPKQIVSIATASIPFLEHNDSSRALMGS
NMQRQAVPLLVTESPIVGTGIEYRAAKDSGSLIIASQPGIVTYVDAKKIVTSDQEGNKKE
YQLTTFEKSNQDTLILQKPIVSLGDNIQKGDILVDGPSTNQGELALGRNVLVAFMTWEGY
NYEDAIIISEELVKNDVYTSVHINKYSVQTRELKKGSGKEEITREVPNVGADAIKNLDER
GIIIPGSEVKEGDILVGKITPQGNVDPTPQEKLIQIVIGEKAREYKDSSLRVPYGEGGIV
QSVQYFSRKNGDILPPGVNENIRVFIAKKRKISEGDKMAGRHGNKGVISRILPKEDLPFM
EDGTTIDVMLNPLGVPSRMNIGQILEIHLGMSAKNLNIKVATPVFDGVNDQDLKEISQEA
NLELDGKKVLYDGRTGEPYENRISVGVMYMIKLSHMVDDKLHARNVGPYTLVTQQPMRGK
IREGGQRYGEMENWAVHAHGAAYTLQEFLTIKSDDIIGRNQTYSAIVQGKQLPKPNIPES
FRVLIKELQALGLYVELIKTDTKENEVNKSLIDYKKEGYN
NT seq
3723 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcttacagaaatgttaaatatggtaaaaaagtagaacgtcgtaattattccaaaata
atttatgatgtggacttgcctaatttaattgaaattcaaaataaatcttttaattggttt
ttaaaagatggcattgaagagttgttgcaggatttttgtcctatcgaaagttataacggc
gatttaaaaatttattttggcgagtgttattctacagggcctaaatatagtgtcgaggaa
tctaaaaccaaagatgcgagttatgttattcaattatttgttaaagctactttggaaaac
actttaactggagaaactaagaaaagtagtgttttgttgacagagctacctttaataact
gatacaggaacttttattattaatggtaaagaaagagtggctgtttctcaaattgttcgg
tcttctagcgtttattattcaagtacttttgatgttaaacttaataaaaatttatattca
ggccaagttattcctgccagaggagcttggattgaatatgaagaaggatccaaagagatt
ttatacgttaaactagatcgttctaaaaaaatccctttatccaattttatttatgcttta
ggatttaataatagagaaattattgaaaaagtttttggaaaaagtcctcttcttaattct
tctttcgtcaaagaagaagatatggatacaggaaacgctttgatagaattgtattccaaa
attcgtcaaggggaaaaagttccagttgatacagcaagagattttatcagaaaaagactc
tttgatcaaaaaaaatatgatcttacaacagttggaagatataaatttaataaaaaactt
gatgttcttgcgcgagcagaaaaaacttatttagttcatgatttcgttaatcttgaaaca
aaagaaataattttgcccaagcatacgtttttaactaaagataaaatagaaatattaaga
aaaaaccgtcattttttattgcaagaattatttgacgctcaacataatttagaaaacgaa
acagatgaagaaatccttacttacaaaaaagaccctcaaagtagagaattatatattaaa
actaatattttaaattttcgtactggtgaaattattttccccaaagatactttagtgact
gatgaagttattaaacgattaagagaaagcattcaattgcttgatggaaaagtgattgaa
tttttcttacgttccaaagatgtttatcaaaaagacttagaacgcaccggtgtttttaat
gaaattttagaagtttatctttccaaagatgaacacgataatttacaacataaagttcaa
attgttggaaataatcaaaaagaaacaaaaaaacacattactttatctgatattattgca
agtattagttattatttaaacctttatgaaggcatcggaaatgttgatgatatcgatcat
ctaggaaaccgccgcttaagattaattggtgaattattaaaaaaccagtttcgcattggt
ttaacaagagctgaaaaacacattaaagatatgatttctgtaagtaaatttagcgaagtt
ggtccaggcgaattagtgaatttcggttttttaaatggtgtcattaaaactttttttgcc
aattctcgtttatctcaatttatggatcaaatcaatcctttagctgaattaacccaaaaa
agacgagtttctgctttgggtgttggtggaattaatcgtgatcgtgcaggggttgaagta
agagacgttcacaattctcattatggtagattgtgtccgattgaaactccagaaggtcct
tcgattggtcttatagcttcgcttgctatttatgctaaggttgatgattatggctttatc
caaactcctttttttaaagtgtttgttcaaaacggtgcctcttatgtttctaatcagata
gaatatttaactgccgatcaagaaaaagaagaaattattgcttcatcaggatacgaatta
aattctgatgctacttttcaaaaagataaggtaattgctagaaaaaacggagagataggg
atttaccccaaagaacaagttacttatgccgatatttctcctaaacaaattgtctctatt
gctactgcatcaatcccctttttagaacacaatgattcttcaagagctttaatgggttcc
aatatgcaacgtcaagcagttcctttgttggttaccgaatctcctattgttggtacagga
attgaatatcgtgccgctaaagattcaggttctttgattatagcatcccaaccaggaatt
gttacttatgttgatgctaaaaaaattgtgacaagtgatcaagaaggaaacaaaaaagaa
taccaactaactacttttgaaaaatcgaaccaagacactttaattttgcaaaaacccatc
gtatctttaggcgacaacatccaaaaaggcgatattttagttgacggaccttctactaat
caaggagaattagcacttggaagaaatgttttagttgcttttatgacttgggaaggttat
aattatgaagacgctattattatttctgaagaattagtaaaaaacgatgtttatacttct
gttcatattaataaatattcagttcaaaccagagaattaaaaaaaggcagcggtaaagaa
gaaattactcgagaagttcctaacgttggtgctgatgccattaaaaatcttgatgaaaga
ggaatcattattcctggatcagaagttaaagaaggagatattttggttggaaaaattact
cctcaaggtaatgtagatcccacccctcaagagaagttgattcaaatagttatcggcgaa
aaagctcgtgaatataaagattcttctttaagagttccttatggagaaggcggaattgtt
caaagcgttcaatatttttctagaaaaaacggtgatattttgcctcccggtgttaacgaa
aacattcgcgtttttattgctaaaaaaagaaaaattagcgaaggcgataaaatggctgga
cgtcacggaaacaaaggtgttatttcccgtattttgcctaaagaagatctaccttttatg
gaagacggaaccactattgatgttatgttaaaccctttaggtgttcctagtaggatgaat
attggtcaaattttagaaattcatttgggaatgtctgctaaaaatctcaacatcaaagtg
gctactcctgtttttgacggcgttaatgatcaagatttaaaagaaatttctcaagaagct
aatttagaacttgatggcaaaaaagttttgtatgacggaagaactggtgaaccttatgaa
aatcgtatttctgttggagtaatgtatatgatcaaattatcgcatatggtagatgataaa
ttacatgctcgtaatgttggtccttatactttggtaactcaacagccgatgagaggaaaa
atccgagaaggcggtcaaagatacggtgaaatggaaaactgggccgtgcatgctcatgga
gccgcatatactttgcaagaatttttaacaattaaaagtgatgatattattggtagaaac
caaacatacagcgctattgttcaaggaaaacaattgccaaaacccaatatcccagaaagt
tttcgagttttaattaaagaattacaagctttaggtttatatgtagaacttattaaaaca
gatactaaggaaaatgaagttaataaatctttaattgattacaaaaaggaaggttataat
taa
DBGET
integrated database retrieval system
