Orientia tsutsugamushi Boryong: OTBS_0207
Help
Entry
OTBS_0207 CDS
T00531
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta prime chain
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
ots
Orientia tsutsugamushi Boryong
Pathway
ots03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ots00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
OTBS_0207 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
ots03021
]
OTBS_0207 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
ots03400
]
OTBS_0207 (rpoC)
Enzymes [BR:
ots01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
OTBS_0207 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
ots03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
OTBS_0207 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
ots03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
OTBS_0207 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Biotin_lipoyl_2
RPOC_hybrid
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CAM79273
UniProt:
A5CC92
LinkDB
All DBs
Position
complement(193466..197656)
Genome browser
AA seq
1396 aa
AA seq
DB search
MVDITDFFKKTNKADSSQAFNQVRINIASPEQIRSWSYGEVTKPETINYRTFKPEKDGLF
CAKIFGPVKDYECLCGKYKRMKYRGIVCEKCGVEVTTSKVRRERMGHIELASPIAHIWFV
RSLPSRISILLDMNLKDLERVIYFEAYIVMDPGLSPLHKGDLLTEEMLQQAQNEYGEDNF
IVGIGAEAIRTLLAELDLKSLRNALQEEVNNVINSDFKRKKILRRLKLIEDFIGSGNKPE
WMIVTVLPIIPPELRPLVMLDAGRFASSDLNELYRRLINRNNRLKYLKKEEDGVPGIVLR
NEQRMVQLSADTLFDNGKRGKAVKNSNKRPFKSLSDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRS
VIVVGPELKLHQCGLPKQMALELFKPFVYAELERCGIATTIKAAKRIVELGTPDVWNALA
KVIKHHPVLLNRAPTLHCLSIQAFEPVLIEDKAIQLHPLVCTAFNADFDGDQMAVHVPLS
TEAQLEARVLMMSTNNILSPANGRPIIVPDKDIVLGLYYLTLSIDGEIGEGRLFGSMAEI
HHALFNKVVSLHSKIKFRKHIINADGDKVMALVNTTPGRLMLGELLPDGDNISFDVVNKV
MTKKGISAIVDMVYRYYGQKATVVFADKLMKLGFKYACISGISFGMDDMIVPETKSKHVN
DTLLEVQEFERQYSEGLITSGEKYNKVIDAWSRYTDRVANDMMKGIAAGDQTSVGLTNQE
RLNSIFMMADSEARSSVTQIKQLIGSKGLIAKASGEIIDRPILSNFCEGLTVFECFIGIP
GTRKGLADTAVKTKVSGHLSRKLSESAHGYFVKREDCGTTNGLIITAVVEGGVIVVTLAE
QVLGRVAVSNVYCPITKVLILQQGEMIDEYKVELINTAGINSIKVRSVLTCELQEGVCAK
CYGRDLSTGKLVAIGTAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAATRGVEASSFEAIVDGR
VKIINPNFVVNSNNKSVIMSRSCEVILADNVGQEITRYKAQYGSILLVTDGQEVTKGTSL
VAWDPYAMPIVTEKSGYVMFKDMIDGVSVKDIIDESTGIVNRVIIEPKQGRGEVVLRPRI
CLLDQNKQPLTLSNGLEAEYFLPVNSILSVEEGANVSAGDILARIPREFAGTKDITGGLP
RVIELFEARKPKNHAVIAEIDGCVKFGKDYKSKRRLILQPNDECQEPIEYILPKGRHVTV
NEGDVVKKGDMLIEGSPVLQDILKVMGVEALGLYIINEIQAVYRLQGVKIDNKHIEVIIT
RMLQKVEITDSGDSNFVIEEKVNKREVINTNKKLKVKGLREAQYRPILQGITKASLQTQS
FISAASFQETTRVLTEAAIAGKVDKLEGLKENVIVGQTIPAGTGFYINEIKKIARQRDKE
IIAAKDAELQENNTEA
NT seq
4191 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggtcgatattactgatttttttaaaaagactaacaaagctgatagttcacaagcattt
aatcaggttaggattaatattgcaagtcctgagcagatacgttcatggtcttatggagaa
gtaacaaaaccagaaacaattaattatcgtacatttaaacctgaaaaagatggtttgttt
tgtgcaaaaatttttgggccagttaaagattatgaatgtttatgtggcaagtacaaacgg
atgaaatatcgaggtattgtttgtgagaaatgcggggtagaggttacgacttcaaaagtc
agacgagagagaatggggcatatcgaattagctagcccaattgctcatatttggtttgtg
aggtcattaccttcgcgtataagtattttattagatatgaatcttaaggatttagagagg
gtaatatattttgaagcttatatagttatggatcctgggttatctcctttacataaaggt
gatttattaactgaggaaatgcttcagcaagcacagaatgaatatggtgaagataatttt
atagttggtataggagctgaagctatacgtactttgttagctgaattggatttgaaaagt
ttacggaatgcattgcaagaagaagttaataatgttattaattctgactttaaaagaaaa
aagattcttagacgattaaagcttattgaagattttataggttctggtaataaaccagag
tggatgatagttactgtattgcctattattccacctgaacttaggccgcttgtgatgcta
gatgctgggcgatttgcatcttcagatttaaatgagctttatagaagattgattaaccgt
aataatcgattaaaatatttgaaaaaagaagaagatggagtccctggtattgttttgcgt
aatgagcaaaggatggttcagttatcagcagatactttatttgataatggtaaacgtggt
aaagctgttaaaaatagtaataagcgtccttttaagtctttaagtgatatgcttaaaggt
aaacaagggcgttttaggcaaaatttacttggtaaaagagtagattactctggccgttct
gtgatagtagttggaccagagttaaaattacatcaatgtggcttgcctaaacaaatggct
ctggagctctttaagccatttgtttatgctgagcttgagcgttgtggcattgctactact
attaaggcagctaagcgaatagttgagttaggaactccagatgtctggaatgcgttagca
aaggtaattaaacaccacccggtactgttaaatcgtgcgcctacgttgcattgcttgagt
atacaagcatttgaacctgtattaattgaagataaagcaatacagttacatcctttagtt
tgtacagcctttaacgctgattttgatggtgaccagatggcagtgcatgttcctctttct
actgaagcacagttagaagctagagtattgatgatgtcaaccaataatattcttagtcca
gctaatggaaggccgattattgttcctgataaagatatagtgctaggcctttattattta
actttatctattgatggtgaaattggagaaggcagattatttggtagcatggcagaaata
catcatgctctgtttaataaagttgtgagtttacatagtaagataaaatttagaaaacat
attattaatgctgatggagataaggttatggctttagttaatactactccaggaagatta
atgttaggtgagttattacctgatggtgataatataagttttgatgtagttaataaagta
atgactaaaaaaggcatctcagcgattgttgatatggtatatcgttactatggtcaaaag
gctactgttgtttttgctgacaagcttatgaaattaggatttaagtatgcttgtatttca
ggtatttcatttggtatggatgacatgatagttcctgaaactaaatctaaacatgtcaat
gatactttacttgaggttcaggaatttgagcggcaatactctgaagggttaattacttct
ggtgaaaaatataataaagtgattgatgcatggtcaagatatactgacagagtagcgaat
gatatgatgaaaggtattgctgctggagaccaaacttctgttggattaactaatcaggaa
agattaaattcaatttttatgatggcagactctgaagctagatcttctgttactcaaatt
aaacagttaatagggagtaaaggattaatagctaaggcgtcaggagaaattattgataga
cctatcttgtctaatttttgtgaaggattgacagtttttgaatgttttattggaattcca
ggaacacgtaaaggtttagctgatactgctgtaaagacaaaagtttcaggccatttatct
cgtaagttaagcgaatctgctcatggttattttgttaaaagagaggactgcggtactaca
aatggacttatcattactgctgttgttgaaggaggagtaattgtagttactttagcagag
caagttttaggtagagtggcagttagtaatgtttattgtccgattacaaaggtgttaata
ttgcaacaaggagagatgatagatgagtataaggttgagttaattaatacagcaggaatt
aactctattaaggtacgttctgttcttacttgcgaactgcaagaaggagtatgcgctaaa
tgttatggtcgtgatttatctactggtaagttagttgctataggaacagcagtaggtatt
gttgcggctcaatctattggtgagcctggaactcagttaactatgagaacgttccatatt
ggtggtgcagctactagaggagttgaagcttcatcttttgaggcaatagttgatggtaga
gttaagattataaatccaaattttgtagtaaactctaataacaagtctgttattatgagt
agatcatgtgaggtaatattggctgataatgtaggtcaagaaataacaagatataaagct
caatatggttctatactactcgtgactgatggacaagaagttactaaaggtacatcttta
gttgcatgggacccatatgcaatgcctattgttactgaaaaatctggttatgttatgttt
aaagatatgattgatggagtttcagttaaggatataatagatgagtctactggtattgtt
aatagagtaattattgagcctaaacagggtagaggtgaggttgttttaagacctagaatt
tgcttattagatcagaataagcagcctcttactttatcaaatggattagaagctgagtac
ttcttaccagtgaattcaatattgagtgttgaagaaggagcaaatgtgagtgctggggat
attttagctcgtattcctcgagagtttgctggtactaaagatattactggtggtttacca
agagtaatagaattatttgaagctcgtaaacctaaaaaccatgcagttatagctgagata
gatggttgtgtaaaatttggaaaggattataagtctaagcgtcgcttaatactacagcct
aatgatgagtgtcaggagcctattgaatacattttacctaaaggtcgtcatgtaacagtc
aatgaaggggatgttgttaaaaaaggcgatatgttgattgaaggaagcccagtattacaa
gatattttaaaagttatgggtgttgaagcattaggattatatataatcaatgaaattcaa
gcagtttatagacttcaaggagttaaaattgataataagcatattgaagttattattacc
agaatgctgcaaaaagttgaaattactgactcaggagatagtaattttgttattgaagaa
aaagtaaataaacgcgaagtaattaatactaataaaaaattaaaagtaaaaggattaagg
gaagctcaatatcgtccaatattacagggtattactaaagcatcattacaaactcaatcg
tttatatctgctgcttcatttcaggaaactacacgagttcttactgaagctgctattgct
ggtaaagtagataagcttgaaggattaaaggaaaatgtcattgtaggacaaacaatacca
gctggtacagggttttatattaatgaaattaaaaagatagcacggcaacgtgataaagaa
attattgcggctaaggatgcagaattacaggaaaataatactgaagcataa
DBGET
integrated database retrieval system
