Pseudoalteromonas aliena: B0W48_01990
Help
Entry
B0W48_01990 CDS
T04815
Name
(GenBank) exonuclease SbcD
KO
K03546
DNA repair protein SbcC/Rad50
Organism
paln
Pseudoalteromonas aliena
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
paln00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
paln03400
]
B0W48_01990
DNA repair and recombination proteins [BR:
paln03400
]
Prokaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
RecBC pathway proteins
B0W48_01990
Archaeal homologous recombinant proteins
B0W48_01990
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
AAA_23
SbcC_Walker_B
AAA_29
SMC_N
ABC_tran
AAA_22
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AQP98674
UniProt:
A0A1Q2GU82
LinkDB
All DBs
Position
complement(437244..440894)
Genome browser
AA seq
1216 aa
AA seq
DB search
MKITAVRIHNLASIVDAEIDFTIAPLKDAGLFAITGDTGAGKSTFLDAICLALYTKTARL
RGDKGNLIEFNGDSIKLNDARNLLRRGTWEGYAEVDFLGQDKQLYRARYTISRTHKKVTG
KLKVAEHTLVTLPDETLIADKSHTIKEVESKIGLNFDQFSRAVLLAQHEFAAFLKATGDE
RAQLLECLTGTDKFSRIGVRIFERHKEQVAKLEALKAGLQSYTLLTSDELELQQTKLTDL
KAQTEHTKKELTKTEKALNWYQQATVLEQNLLQAQQTQQQASSALESITSQSEQAKQAKQ
ALEIKDNRSRFTQLTDQNTTLNQQISSLKSVDHLAVINERNTALVKHTELLNNANEQKQN
AAPVIVKARELDSNIALQTQTVKGAESQITKEQSQFDDLKQQLKQSNNELEIANIDSTKS
QQWLNEHAQLHILAKDWSYYQQSFNTYLNAQQQLTANAAQNQTLNSELANQSDLLNTQNN
KVQQCEAVLTSEQSALQILNNQLNEFNAEHCDAQLKNIDYLKEQRERYKQFNADLKQSTQ
RQQVLNQQLNESQQAHVLLNQHLITSEQALKGNEYALNQARLRTSENVEHLRTELRPNEP
CLVCGATEHPYAVNQNQQLNNLITDFENAFNAAKKQFDHAQSELHKHQTQHAVLTAEHEQ
LEQVIQTAKAKQLDIKNTMQGARSELNDLTPDQLEVTYKQLTQQKAQYFEQQKRQRTLQT
KVNELQVALKAEQQAQQQLSNKHLELTHNQNQLTSKHSELSAQINELGTTLNNQFENSNF
WQQLQANTLELTELNEQVTQYQQTQTQLEQSQKRQHTANEQIKQLTPLISKSELSLKTLN
EELAKAKALLNATQSERLALFNNEQISADDYQAKLTSAQEQLQSQVQASQKAYDDAIKQR
DEHAITLKNVEQRLLENSQELATLEARYNQWFTDFKAQYSNATHEQVKILLTLSSETIKA
HLTQHEQLTQALTDANAALKQQQLTLDKHNNSDKPTQDAEALNTQLNSLNEQQTQLQNSL
LATNTAIEQHNQNAKALEGKQAVLATLKTQVEQWHLLNKVLGDATGKTMRNLAQTQTLKI
LLHYANSHLKTLNKRYELTAIAQTLDIAIIDRDMADEQRSVNTLSGGESFLVSLALALGL
ASLSSNKVQINSLFIDEGFGTLDSETLSIAMDALDSLQAQGRKVGVISHVSEMSERVATQ
VHVSKKPGGYSTVEVL
NT seq
3651 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaataaccgcagttcgtattcataatttagcctccattgttgacgctgaaatagac
tttactatagccccattaaaagatgcaggcttgtttgcgataacaggcgataccggtgca
ggtaaaagtacctttttagatgccatttgtttagcgctttatactaaaacagcacgttta
cgtggcgataaaggtaatttaattgagtttaacggcgacagcataaagctcaatgacgcg
cgtaatttactgcgcagaggtacttgggaaggctacgccgaggttgactttttaggccaa
gataaacagctttatcgcgcgcgctatacaatttcacgcactcataagaaagtaacaggc
aaacttaaagtagcagagcacaccttagtaactttgccagacgaaacccttatagctgac
aaaagtcacacaataaaagaagtagagagtaaaatagggcttaactttgatcagttctcc
cgtgccgtacttttagcacaacatgagtttgctgcatttttaaaagccactggcgatgag
cgagcgcaacttttagagtgcttaacaggcaccgataaatttagccgtattggcgtgcgt
atttttgaacgccataaagagcaagtagcaaagcttgaagcgcttaaagcaggccttcaa
agctataccttattaacgagcgatgaacttgagctacaacaaaccaagttaaccgattta
aaagcgcaaaccgaacacactaaaaaagagctaaccaaaaccgaaaaagcacttaactgg
tatcaacaagctacagtgcttgaacaaaatctactacaagcacagcaaacccagcaacaa
gcaagctcagcgcttgaaagtattacctcacaaagcgagcaggcaaaacaagctaaacaa
gcgcttgaaataaaagataaccgcagccgctttactcaattaactgatcaaaacacaacg
ttaaatcagcaaatttcatcgcttaaaagtgttgaccatttagcggtcattaacgagcgt
aatacagcacttgttaagcataccgagctgcttaataacgctaatgagcaaaaacaaaat
gcagcgcccgtaatagttaaagcgagagagctcgacagcaacattgctttgcaaacccaa
acggtaaaaggcgctgagtcacaaataaccaaagagcaatctcagtttgatgatctcaaa
caacagcttaagcaaagcaataacgagctagaaattgccaatatcgactcaactaaaagc
cagcaatggcttaatgagcatgcacagctgcacattttagcaaaagactggagctactat
cagcaaagctttaatacctacttaaatgcacagcagcaattaaccgcaaacgctgcgcaa
aaccaaactcttaatagtgagcttgcaaatcagagtgatcttttaaatacgcaaaataat
aaagtgcagcagtgcgaggcggtgctcaccagtgagcagtctgctttgcagatattaaat
aatcagcttaatgaatttaatgcagagcactgcgacgcgcagctaaaaaatattgattac
ctaaaagagcagcgagagcgctataagcaatttaacgcagacctaaaacaaagcactcaa
cgccagcaagtgctcaatcaacagctaaatgaaagccagcaagcccatgttttacttaat
cagcatttaataaccagtgagcaagcgcttaaaggcaacgagtacgcacttaaccaagcg
cgtttaagaaccagcgaaaacgtagagcatttacgtactgaacttcgccctaatgagcct
tgtttagtgtgcggcgcaactgagcacccgtatgcggtaaatcaaaatcagcaattaaat
aacttaattactgattttgaaaatgcttttaatgccgctaaaaagcaatttgaccatgca
caaagcgagctgcataagcatcaaactcaacatgccgtattaactgctgaacacgaacaa
cttgagcaagtaatacaaacggcaaaagccaaacagctcgacattaaaaataccatgcaa
ggcgcacgtagtgagcttaacgacttaacgcctgatcagcttgaagtgacttataagcaa
ttaacgcagcaaaaagcgcaatactttgagcagcaaaaacgccaacgtacactgcaaact
aaagtaaatgagctgcaggtagcacttaaagcagagcagcaagcacaacagcaacttagt
aataaacaccttgagcttacacacaatcaaaaccagttaacgagtaagcatagcgagcta
agtgcgcaaattaacgagctgggtacaacgctcaataatcaatttgaaaacagtaatttt
tggcagcaattacaagccaatacgcttgaacttaccgagctgaacgagcaggttacgcag
tatcagcaaactcaaacgcaacttgagcaaagccaaaaacgtcaacacacagctaatgag
caaataaagcagctcaccccacttataagtaaaagcgaactgtcgttaaaaacgcttaat
gaagaactcgcaaaagctaaagcgctattaaacgctacgcaaagtgagcgcttagcttta
tttaataatgagcaaataagcgcagacgactaccaagcaaaacttacaagtgcgcaagag
caactgcaatcgcaggttcaagcgagtcaaaaagcatatgacgacgctataaaacaacga
gatgagcacgccataacgcttaaaaatgtagagcaacgcttacttgaaaacagccaagag
ctagcaacgcttgaggcacgttataaccagtggtttactgactttaaagcgcaatatagc
aatgcaacgcacgaacaggtcaaaattttactaacgcttagtagcgagactattaaagcg
catttaactcagcacgagcagttaactcaagcgctaacagatgcaaacgccgcattaaaa
cagcagcaacttactcttgataaacacaacaatagtgataagccaacgcaagatgcagag
gctttaaatacgcaattaaatagcttaaacgagcaacaaacgcagctgcaaaattcacta
ctagcaactaataccgctattgaacaacataaccaaaatgcgaaagcgcttgaaggcaaa
caagctgtgttagctacgcttaaaacgcaggttgagcagtggcatttgcttaataaagta
ttgggcgatgcaacgggtaaaaccatgcgtaacttagcgcaaacacaaactttaaaaata
ctactgcactatgcaaatagtcatttaaaaacacttaataaacgctacgagcttactgct
attgcgcaaacgctcgacattgctattatcgaccgcgacatggccgacgagcaacgctct
gttaatacactctcaggcggtgaatcgtttttagtatcgctagcgcttgcgcttggttta
gcatcgctttcatcaaacaaagtacaaatcaattctttgtttattgacgaagggtttggt
acgttagacagcgaaaccctaagcattgcaatggacgctttggattctttgcaagcacag
ggcagaaaagtaggcgttatttcgcacgttagcgaaatgagtgaacgcgtagccacgcaa
gtacatgtaagtaaaaagcctggtggatattccaccgttgaagttttataa
DBGET
integrated database retrieval system