Paenibacillus barcinonensis: HUB98_03710
Help
Entry
HUB98_03710 CDS
T06922
Name
(GenBank) type IV secretion protein Rhs
Organism
pbac
Paenibacillus barcinonensis
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RHS_repeat
DUF6531
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
QKS55507
LinkDB
All DBs
Position
complement(872399..878602)
Genome browser
AA seq
2067 aa
AA seq
DB search
MKNNICRKYVSIALIIAIITGLFGNVVPTVTYAEELGKQNASSEKDLSPSEIIPLIAEQF
DRTEDFIQDYLNQGYTLNEVITALYKARDEQIGFDEALQSVRPQEVNESATVTSDVYTDS
AVAEETPITGVEADQSSIMQRYETFAVEEELTTPPNTDLEKEKEEKEEGDKSTEGEEKDP
DVPSDQSEGEKEPEETAPPTETTNDDKAPPQTNQDLGPEPTAPSSENTSTLEGKPAAESK
ETPSSQGSVESTSPTSISENISKPVSKKGVVKESNDASLTNKKQSDSSSPSKQKSKSEVK
PLAGQTSIPDPGKHIAEKAPVYSKKSFNEAPYTVGENGETISTLSGGLMLEHVDASLPGR
AGMSFSLERQYNSNSAQFYDPAVGTNTYEYPVYNYFLTYQAVKKKIITKYYVKYKLNKWV
QEDYNGDGIKDNDSYIVETPTILQGIYTTEAEARKAASTQILLWNPAESRTEQQTRSGTL
SSLPSSISYSQGGFSGTLNKSGTVQVISGQYQPARTITAPTQTCTNSIAGKYDSKGNWIQ
TNAGTPCPETKTVTVEGKTITLTRTSVTATKACPSPNKSATANSICTKSWEARYDGSVSI
PESDTRVYSQSYSGNVVKPGQYSSERYDSWTKASPYTYRYAYSVREQPWVEQETTEGPAE
TITLFTDGTPNWSGVNDDKNYVNSNPGLDISSSMDSSYKYYIASSPSAEIRAYQVGSNFD
VTYYNKTLPAAADKRAPLGKGWSWKLPFTETENGKSYMNMADGGRYEIAGNTLKGYDWEG
ITVNPDTSVTVNGESSSLVMTAADGLTKQYFSADGRLLQISDGQKNDVQFFYENNSVYNS
KLLTQVKDAIGNTIRISYSSSAVTIVQGNRTVTYNKQTKNGIELLDSVIDPLGRKTTYSY
KLADAKFNLPGFSPERAALNPYALLTSVQHNTGAKTFYEYENGTVKRYIGEDSFNDAYRV
LSRKDQITYENGSTEDFNRQTYSYTSDIGASFSQDTTFAVLVSNGLTNTQYKYRKDFINN
DTPAQFYLDGSVVSAEGKTQTTTNTYGKTVKGRSYVAPTPTVTTVTDNQTKDVLTTTVQL
DDYGNITSVTDETGRTTTSTYDDTRHWLTSVTDMVDVTNKKYTALTRDNLGNIKQIVNRK
DSASGELLTQADYTYDSYGNLLTQRISDGKEERNATLEYDGRYQNAFPTRLSTLVTDVDG
QTTPVSTSAEYDMSTGDLISSTDAEQRTTKYRLDAIGRTVEVTQTDGTTLRADYDDINNT
IKVTDELGQQRINKWNSLGQAIENGYFSGNSYIVSQRTGYDPYSRVSWTDDALGNRTRNL
YDNWSRIVMTTGADGTSTAMKYDDVTRTATSTDAEGYIQIVTHDKWGKGIKTEEKTQLEQ
VVRTLEKTKYDNISGNTLEQTDGNGNITAFNYDVMGLLRQVTSPNGEQTQYSYDLTGNLI
KTIDPAGNIKENIYDQLNRRIQTKDKSGNSTKSYYTPGGNLTKYVDRNGNTFTYEYDLRG
NLIRKASSDETISFAVDAVGKRTSMTDRTGTTGYQYDQATEQLTRLTYPDGLAIEFTYDL
NGNRTAMKGPFSNTVYYTYDTMNRMVSVGTLKDIPDSQYAYYLNGLLKSSQAQNGVNDRK
TYIGLDLVGLEQVRDQVTLGLYNYSYDNNKNITKRVQQGVQDDFTYDQLNRIVTASGNNE
QYNYDKQGNRLTMQSDKEVNAVNTEYHYDTQDRLTQVTTDTATVGYQYNGDNLLVERTEN
GLTTRYYYDDGAQIIAEAEVRNGTPEFKANYIRGTKLEAIVYADASKAYVQTNGHGDITE
LRDTNGALLNKYQYDVWGNLESKEEKVHNPFLYSGELWDDTTHLQYLRARWYDPNTGRFN
NEDTFEGELYDPLSLNLYAYVKNNPLIYVDPSGHREEMSPGGGGGGVSPVSRITYSTPKT
TRSSSNLKLVKPPSVDSLKAEVRSIQASKVSQTVKSTTANSKIVYPSKPHTNKTPGHWEA
MTDKATKLAQSKDVVKVYLNKGMGNEIKGISPNRRPDIMSVRRDGKIDQYEVPSKTDRVS
DLIKRMQDNQRLMGNRAGDIYILPPKK
NT seq
6204 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
ttgaagaataatatttgtagaaaatacgtatccatcgctttaattattgctatcatcaca
ggcctatttggaaacgttgtgcctacagttacatatgcagaagagttagggaaacaaaat
gcttcctcggaaaaagacctttctccatcagaaattattcctctgattgcagaacagttt
gataggacggaagactttatccaggactacctaaatcagggctataccttaaatgaagtg
attactgcattatataaagctagagacgaacagattggatttgacgaagctttacagtct
gtacgcccacaggaagttaatgaatccgctacggtcacgagtgatgtttatacggattcc
gctgtagctgaagaaacaccgattacgggtgtggaagctgaccaatccagcattatgcag
cggtatgaaacgttcgcggtggaagaggaactgactaccccgccaaatacagaccttgag
aaagagaaagaggagaaagaagagggagacaagtcaactgagggcgaggaaaaagatcca
gacgtccctagtgaccagtcggaaggtgaaaaagagcctgaagaaacagcaccaccgaca
gaaactacaaatgatgataaagccccacctcaaacgaatcaggatttaggtccagaacca
acagcaccttcaagcgaaaacacttctacccttgaaggaaagccggctgctgagtccaag
gaaacaccctcatcacaaggaagtgtagaaagcacatctcctacgtcgatatcagaaaac
atatccaaacctgtgtctaaaaagggagtggttaaggagagcaatgacgcttcacttacg
aataaaaagcaatcggattcatcatcaccatcgaagcaaaagtcaaaatcagaagtaaaa
ccacttgcaggacaaacgagtatcccagatccagggaaacatattgcagaaaaagcacct
gtttatagtaaaaagtcgtttaacgaggcaccttataccgtgggtgaaaacggagaaacc
atttcgaccttgagtggtggtcttatgttggagcatgtcgatgcgtctttacctggacgt
gcaggaatgtccttttcattggaaaggcaatacaactcgaattcagcccagttttatgat
ccggccgtgggaacgaatacatatgagtatccggtctacaattattttcttacgtatcag
gcagtgaagaaaaaaatcattaccaaatattatgtcaaatacaaactcaataagtgggtt
caagaagattataatggtgatggaataaaagataatgactcttacattgtggaaacccca
actatcttacaaggtatctatactactgaagccgaggctcggaaagcagctagtactcaa
attttactatggaatccagccgaaagccgaacagagcaacaaactcgtagtggaactctg
agcagtcttccttccagtataagttatagtcaaggcggatttagtggcactttaaacaaa
tcaggtactgttcaagtcatttctggacaatatcagccagctcgtacaatcactgctcca
acgcaaacttgtactaattctattgctggaaaatatgactctaaagggaactggatacag
accaatgcagggactccatgtccggaaacgaaaacagtgactgtagaggggaagacaatt
acgcttacccgtacttcggtgacagctacgaaagcttgtccttctccgaacaagtcagcc
acggctaattctatttgtaccaaatcgtgggaagcacgctatgatggatcagtgtctatt
ccagagtcagacacccgagtatactcccaaagttattccggcaatgttgttaagcctggg
caatattcttctgaacggtatgattcttggactaaagcatctccttacacttaccgttac
gcttattccgtgcgagagcagccatgggttgaacaggaaacaacagaaggaccggctgaa
accattactttattcacagatggcacaccaaattggtctggggtaaacgatgataaaaat
tatgtgaatagcaatcctggcttagatatttcttcttcaatggatagtagttacaaatac
tatatagcttctagtccatcagcggagatacgagcttatcaagtaggtagtaactttgat
gtcacctactacaacaaaacgcttcctgccgcagcggacaaacgtgcaccattgggtaaa
ggctggtcttggaaactgcctttcactgaaacggagaatggcaagtcgtatatgaacatg
gcagatggtggccgctatgaaattgcaggaaatacgcttaaagggtatgactgggaagga
attacagtaaatccagatacttcggtaacggtaaatggggaaagctcatcattagtcatg
actgctgcagatggcttaaccaagcaatatttttctgcggatggacgcctactccagatt
tctgatgggcagaaaaatgatgttcaatttttctatgaaaataactcggtatataacagc
aaattgttaacccaagtgaaggatgctataggtaatacaattcgtatcagctatagttct
tcagctgtaacgatcgtgcaaggaaaccgcacagtcacgtataacaaacagacgaaaaat
ggcatagaactactcgattcggtcatcgatccgctgggacgaaaaacaacgtattcttat
aaactggctgatgccaagtttaacctgcctggattcagcccggaacgtgcggcacttaat
ccgtacgctttgctgacatctgtacaacataacacgggtgccaaaacgttctatgaatat
gagaatggaacagttaagcgttacattggtgaagattcgttcaatgatgcctatcgtgta
ctttctcgtaaagatcagattacgtatgaaaatggatcaacagaggatttcaatcgtcag
acttacagctacacttcagatataggagcatcattttcacaggatacaacttttgctgtc
ttggtgagtaatggattaaccaacacacaatataagtaccgtaaagattttattaacaat
gatacaccagcccagttctatctggatgggagtgtagtaagtgcagagggtaaaactcaa
acaacaacgaatacctatggtaaaaccgttaaagggcgtagttatgttgcaccaacacca
actgtcaccacggtaacggataaccaaaccaaggacgtcttaacaactacggtacagttg
gatgactacggtaatattacttcggtaacggatgaaactggacgcaccaccaccagtacg
tatgatgataccagacactggttaacgagtgttaccgacatggtggatgtaaccaacaag
aaatatacggctcttacacgggataacctgggtaacattaagcaaattgtgaaccgtaaa
gacagtgccagtggtgaactgttgacacaggcagattacacctatgattcttatggtaac
ttgttaactcaacggatatcggatggcaaagaggaacgaaatgcgacactcgaatatgat
ggtcgttatcagaacgcatttccaactcgtctaagtacgttagtgactgatgtggacggt
caaacaacacctgtaagtacatcggcggaatatgatatgtccacaggtgatttaatttca
tccacggacgcagagcagcgcactactaaatatcgcttggatgcgattggtcgtactgtc
gaagtaacgcaaacggacggaacgacgcttcgtgcagattacgatgatataaacaataca
atcaaagtgacagatgagcttggtcaacagcgaataaacaaatggaattcacttggtcag
gcgatagagaatggttatttctcagggaacagctatatcgtgtctcaacgtactggatat
gatccatacagccgggtgtcttggacagacgacgcactgggaaaccgtactcgtaatcta
tatgataactggagtcgtatagtaatgactactggagcagatggtacgtccacagccatg
aaatatgatgacgtgactcgcacagcgacaagtaccgatgcggaaggctatatccagatt
gtaacccacgacaagtggggcaaaggtatcaaaacagaagagaaaacacaattggaacag
gtagtacgtacactggagaaaactaaatatgacaacatcagcggcaatacgttggagcaa
acagacggcaacggcaacatcactgctttcaattacgatgtgatggggctacttcgccaa
gtgactagccctaacggcgaacagacacaatacagctatgatttgacaggtaacttgatc
aagacaattgatccagcgggtaacatcaaagaaaatatttatgatcagcttaatcgccgg
attcagacgaaggacaagtcaggtaatagcacgaagagctactatacacctggcggcaat
ctgacaaaatatgtggatcgcaatggtaatactttcacatatgagtatgacttacgaggt
aacttgatccgtaaagcgagttccgacgaaacgattagctttgctgttgatgctgtgggt
aaacgtacgagcatgacagaccgtacaggtacgacgggctaccaatacgatcaagcaacg
gaacaattgacacgactgacctatccagatggacttgcaatcgagttcacctatgattta
aacggtaaccgaactgcgatgaaagggccattctccaacacggtttactacacgtatgat
acgatgaatcgaatggtatctgtgggtacgttgaaggatataccggattcacagtacgcg
tattatctcaatggattgctcaaatcgtcacaggctcaaaatggtgtgaatgatcgtaaa
acgtatatcggtctggatttggttggtctggagcaagtgcgagatcaagttacgcttggt
ttgtacaattatagttatgataacaataaaaatataacgaagcgtgtacagcagggtgta
caggatgactttacgtatgatcagcttaatcgcatagtcacggctagtggaaataatgag
cagtacaactatgataaacaaggtaaccgcttgacgatgcagtcggacaaggaagttaac
gcggttaacaccgagtatcactacgatacccaagatcgtttgactcaagtcaccacagat
acagcaacggtcggatatcagtacaatggtgacaatctgctggttgagcgtactgaaaat
ggtttaaccacgcgttactactatgatgatggagctcagatcattgcagaagccgaagtg
cgaaacggcacgccggaattcaaagccaactatattcgcggaactaaactggaagcaatt
gtttatgccgatgctagtaaggcgtatgtacaaacgaacggacacggagatattaccgag
ttgagggataccaatggtgcgttgttaaacaaatatcagtatgatgtctggggcaatctg
gagtcgaaagaagaaaaggtccataatccgttcttgtactctggtgaattatgggatgat
actactcatttgcagtatttacgggcgcgatggtatgatccaaatacgggaaggtttaat
aatgaggacacctttgagggtgagctatacgatccactgagtttgaacttgtatgcgtat
gtgaagaacaatccactaatttatgttgatccgagtggtcatagagaagaaatgagtcca
ggtggcggtggaggaggggtttctccggtaagccgaataacttatagtacacctaaaact
acaagatcatcaagtaatttaaaactcgtaaagccaccgtctgttgactcgcttaaagct
gaagtaagatcaatacaagcttccaaagtaagtcaaacagtaaaatccactacggctaat
tctaagattgtatatcccagtaagccccatactaataaaacacctggtcactgggaggca
atgaccgacaaagctacaaaattagctcaaagtaaggatgtagttaaggtatatcttaat
aaaggcatggggaatgagataaagggcatcagcccgaatagaagacctgatataatgtcg
gttagaagagatggtaaaatagatcaatatgaggttcctagtaaaactgatagagtctct
gatttaataaaacggatgcaggataatcaaagacttatggggaatagagcaggggacatc
tatattttgccaccaaaaaaataa
DBGET
integrated database retrieval system
