Pseudophryne corroboree (corroboree frog): 135008921
Help
Entry
135008921 CDS
T11513
Symbol
COL2A1
Name
(RefSeq) collagen alpha-1(II) chain isoform X1
KO
K19719
collagen type II alpha
Organism
pcob Pseudophryne corroboree (corroboree frog)
Pathway
pcob04510
Focal adhesion
pcob04512
ECM-receptor interaction
pcob04518
Integrin signaling
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
pcob00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
135008921 (COL2A1)
04518 Integrin signaling
135008921 (COL2A1)
09140 Cellular Processes
09144 Cellular community - eukaryotes
04510 Focal adhesion
135008921 (COL2A1)
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pcob00536
]
135008921 (COL2A1)
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pcob00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
135008921 (COL2A1)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
VWC
VWC2L_2nd
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
135008921
NCBI-ProteinID:
XP_063808304
LinkDB
All DBs
Position
2:complement(203397788..203457076)
Genome browser
AA seq
1488 aa
AA seq
DB search
MFSFVDSRTLVLFAATQVILLALVRCQDQDILDAGSCVQDGQKYSDKDVWKPEPCQICVC
DTGTILCDEIICEDTKDCPNAEIPFGECCPICPTEQSSTTSGQGGLKGQKGEPGDIKDVL
GPRGPPGPQGPFGEQGPRGDRGDKGDKGAPGPRGRDGEPGTPGNPGPPGPPGPPGLGGNF
AAQMTGGFDEKAGGAQMGVMQGPMGPMGPRGPPGPSGSPGPQGFQGNPGEPGEPGAGGPM
GARGPPGPAGKPGDDGEAGKPGKSGERGPPGPQGARGFPGTPGLPGVKGHRGYPGLDGTK
GEAGAAGVKGESGASGEAGAPGPMGPRGLPGERGRPGPSGSAGARGNDGLPGPAGPPGPV
GPAGAPGFPGSPGSKGEAGPTGARGPEGAQGSRGESGTPGSPGPSGASGNPGTDGIPGAK
GSSGAPGIAGAPGFPGPRGPPGPQGATGPLGPKGQTGDPGIAGFKGEQGPKGEIGPSGPQ
GAPGPAGEEGKRGTRGEPGAAGPLGPPGERGAPGNRGFPGQDGLAGPKGAPGDRGVPGLG
GPKGANGDPGRPGEPGLPGARGLTGRPGDAGPQGKVGPTGAAGEDGRPGPPGPQGARGQP
GVMGFPGPKGANGEAGKPGEKGLVGAPGLRGLPGKDGETGSQGPNGPAGPAGERGEQGPP
GPSGFQGLPGPPGPPGEGGKPGDMGVPGEAGAAGLVGPRGERGFPGERGSSGPQGLQGPR
GIPGTPGTDGPKGAGGPSGPNGAQGPPGLQGMPGERGTSGIPGAKGDRGDSGEKGPEGAP
GKDGARGLTGPIGPHGPSGPNGEKGESGPPGPSGIVGARGAPGDRGETGPPGPAGFAGPP
GGDGQPGIKGEQGESGQKGDAGAPGPQGSSGAPGPQGPTGVNGPKGARGAQGPAGATGFP
GAAGRVGPPGSNGNPGPPGPPGSAGKDGPKGVRGDGGPAGRAGDPGLQGPSGPPGEKGEP
GEDGTSGPDGPPGPQGLSGQRGIVGLPGQRGERGFPGLPGPSGEPGKQGSPGGAGDRGPP
GPVGPPGLTGPSGEPGREGNPGSDGPPGRDGSTGVKGDRGETGPLGAPGAPGSPGAPGPV
GPTGKQGDRGESGPQGPLGPSGPAGARGLAGPQGPRGDKGEAGESGERGQKGHRGFTGLQ
GLPGPPGTAGDQGATGPAGPSGPRGPPGPVGPSGKDGSNGLPGPIGPPGPRGRGGETGPA
GPPGQPGPPGPPGPPGPGIDMSAFAGLSQPEKGPDPLRYMRADQASANLRQHDVEVDATL
KSLNNQIESIRSPDGSKKNPARTCRDLKLCHPEWKSGDYWIDPNQGCTVDAIKVFCNMET
GETCVYPNPSKIPRKNWWTSKTKDKKHIWFGETINGGFQFSYGDDSSAPNTASIQMTFLR
LLSTDASQNITYHCKNSIAFIDEASGNLKKALLLQGSNDVEIRAEGNSRFTYNALEDGCK
KHTGKWGKTVIEYRTQKTSRLPIVDIAPMDIGGADQEFGVDIGPVCFL
NT seq
4467 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttcagctttgtggattcaaggacactagtgctgttcgcagccacccaagtcatatta
ttagcgcttgtacgatgccaagatcaagatattctggatgcggggagctgcgtgcaggat
gggcagaagtatagtgacaaagatgtgtggaaaccagaaccctgtcaaatctgtgtctgt
gacactgggactattctctgcgacgagataatctgcgaggacactaaagactgcccaaat
gctgagatcccctttggagagtgctgccccatctgcccaactgaacagtcctccaccacc
agtgggcaaggtgggctaaagggacaaaaaggcgaacctggtgatattaaagatgtttta
ggaccaagaggacctccaggaccacagggaccatttggtgaacaagggccaagaggtgat
cgtggagataagggtgacaaaggtgctcccggaccccgtggaagagatggtgaacctggt
acacctggaaacccaggaccccctggcccacccggacctcccggccttggcggaaacttt
gctgctcagatgactggaggttttgatgaaaaagctggaggcgcacaaatgggtgttatg
caaggaccaatgggccctatgggacccagaggacctcctggaccatcaggctcacctgga
cctcaaggtttccaaggaaatcctggtgagcccggagaacctggtgctggtggtcctatg
ggtgctcgtggtcctcctggccctgctggaaagcctggcgatgatggtgaagctggaaaa
cctggcaaatctggcgaacgcggaccaccaggaccacagggtgctcgaggatttcccgga
actcctggacttcctggagtaaaaggacacaggggttacccaggtcttgatggcacaaag
ggtgaggctggtgctgctggtgtcaagggtgaaagtggtgcttctggtgaggctggtgct
cctgggccaatgggtccccgtggtctccctggtgagagaggtcgtcccggtccttctggt
tctgctggggctcgtggtaatgatggtcttccaggtccagctggtcctccaggacctgtt
ggcccagctggtgctcctggtttccctggttcccctggctctaagggtgaagctggtccc
actggtgctcgtggtcctgagggtgctcaggggtctcggggagaatctggaacacctggg
tcacctggaccttctggcgcttctggtaatcctggtactgatggtattcctggagctaaa
ggttcaagtggtgctcctggtattgctggcgctcctggtttccccggcccacgtggccca
cctggtccacagggtgccactggtcctcttggtcccaaaggtcagacgggtgacccaggt
attgcaggtttcaagggtgaacaaggtcccaagggtgaaattggaccttcaggtcctcag
ggagctcctggcccagctggtgaagaaggtaaaagaggtacccgtggtgagcctggcgct
gctggtccacttggtcctcctggtgaaagaggtgctcctggtaaccgtggtttccctggt
caagatggtcttgccggaccaaagggagctcctggtgatcgtggtgttcctggtcttggt
ggtcccaagggtgctaatggtgatcccggccgccctggtgaacctggtctccctggtgct
agaggtctcactggtcgccctggagatgctggtcctcaaggaaaagttggtccaactggt
gctgctggtgaagatggtcgtcccggacctcctggacctcagggtgctcgtggtcaacct
ggagtcatgggtttcccaggacctaagggtgccaatggtgaagctggcaagcctggtgag
aaaggattggttggtgctcctggtctgagaggtctgcctggaaaagatggggaaactggt
tcccaaggtcccaatggccccgctggtcctgctggtgagagaggtgaacaaggacctcct
ggtccatctggcttccagggacttcccggccccccaggtcctcccggcgagggtggcaaa
ccaggagacatgggtgttccaggagaagctggtgctgcaggtcttgttggaccaagaggt
gaacgtggtttcccaggtgaacgtggctcatcaggtcctcaaggtctccaaggtccacgt
ggtattcctggtactccaggtactgatggccctaagggtgctggtggcccatctggtcct
aatggtgcccaaggtcctcctggtcttcaaggcatgcctggtgagagaggaacttcaggt
atccctggagctaaaggtgacagaggtgactctggtgagaaaggaccagaaggtgctcct
ggaaaagatggtgcaagaggtttgactggtcctattggtccacatggtccaagtggtcct
aatggagagaaaggagaatctggtcctcctggcccatctggcattgttggcgcccgtggt
gctcctggtgatcgcggagagactggcccacctggtcctgctggttttgctggtccacct
ggtggtgatggtcaacctggcattaagggtgagcagggtgagtctggtcagaagggtgat
gctggtgctcctggtcctcaaggttcatcgggtgctcctggccctcagggcccaactggt
gttaatggtcctaaaggagctcgtggtgcccaaggtccagctggtgctactggattccct
ggtgctgccggcagggttggtcctcctggttccaatggaaaccctggtcctcctggtcct
cctggatctgctggtaaagatggaccaaagggtgttcgtggtgatggtggccctgctggt
cgtgctggtgacccaggtcttcaaggtccctctggtcctcctggcgagaagggagagcct
ggtgaagatggtacttctggtcctgatggtccccctggtcctcaaggcttgtctggacag
cgtggtattgttggtcttcctggtcagcgtggtgagagaggtttccctggccttccagga
ccctctggtgagcctggaaaacaaggaagccctggaggtgctggtgaccgtggaccccct
ggccctgttggcccacctggtttgactggaccttctggagagcctggacgtgaaggaaac
cctggaagtgatggtcctcctggtcgcgatggttccaccggtgtgaagggtgaccgtggt
gagactgggcctcttggtgcacctggtgcccctggctctcctggtgcccctggccctgtt
ggcccaactggaaaacaaggagatagaggtgaatctggtccacaaggtcctttgggtcca
tctggtccagctggagctcgtggtctggcaggtcctcaaggtccacgtggtgataagggt
gaggctggtgaatcaggagagagaggacagaagggtcacagaggattcactggtcttcag
ggtctgcccggacctccaggtactgctggtgatcaaggtgctaccggtcccgctggtcct
tctggcccaagaggtcctcctgggcctgttggtccctctggcaaagatggttctaatggt
ctgcctggtccaattggtccacctggtcctcgtggtcgtggtggtgaaactggtccagct
ggtcctcctggtcaacctggtccacctggtccccctggtcctcccggccctggcattgac
atgtctgcatttgctggcctatcccagccagagaaaggaccagatcctctccgttacatg
cgtgccgatcaggcttccgcaaacctccgccagcatgatgttgaggttgatgccactttg
aaatcactgaacaaccagatcgagagcatccgtagtccagatggaagcaagaaaaaccca
gctcgtacttgccgtgacctgaaactgtgccaccctgaatggaagagtggtgactactgg
attgaccccaaccagggctgtactgtggatgccatcaaagtcttctgcaacatggaaact
ggagaaacatgtgtataccccaacccaagcaagatcccaagaaagaactggtggacaagc
aagaccaaggacaagaagcacatctggtttggagagacaatcaacggtggcttccaattc
agttatggtgatgacagctcagcacccaacactgccagcattcaaatgaccttcctccgc
ctgctgtctacggacgcatcacagaacatcacctaccactgcaagaacagcattgctttc
atagatgaggcatcaggcaacctgaaaaaagctctccttctccagggctcaaatgatgtt
gagatcagagctgagggcaacagccgattcacatacaacgccttggaagatggctgcaag
aaacacactggcaaatggggaaagacagttattgaatacaggacacagaaaacttcccgc
ctgcccatcgtagacattgcacctatggatattggtggagctgatcaggaatttggcgtt
gacattggcccagtttgcttcttgtaa
DBGET
integrated database retrieval system
