Plasmodium falciparum 3D7: PF3D7_0909400
Help
Entry
PF3D7_0909400 CDS
T00095
Name
(RefSeq) exoribonuclease, putative
KO
K12619
5'-3' exoribonuclease 2 [EC:3.1.13.-]
Organism
pfa
Plasmodium falciparum 3D7
Pathway
pfa03008
Ribosome biogenesis in eukaryotes
pfa03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
pfa00001
]
09120 Genetic Information Processing
09122 Translation
03008 Ribosome biogenesis in eukaryotes
PF3D7_0909400
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
PF3D7_0909400
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
pfa03021
]
PF3D7_0909400
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
pfa03019
]
PF3D7_0909400
03009 Ribosome biogenesis [BR:
pfa03009
]
PF3D7_0909400
03016 Transfer RNA biogenesis [BR:
pfa03016
]
PF3D7_0909400
Transcription machinery [BR:
pfa03021
]
Eukaryotic type
RNA polymerase II system
Other transcription-related factors
Transcription termination factor
PF3D7_0909400
Messenger RNA biogenesis [BR:
pfa03019
]
Eukaryotic type
mRNA degradation factors
5'-3' decay
5' exonucleases
PF3D7_0909400
Ribosome biogenesis [BR:
pfa03009
]
Eukaryotic type
Pre-60S particles
RNases
PF3D7_0909400
Transfer RNA biogenesis [BR:
pfa03016
]
Eukaryotic type
tRNA degradation factors
Rapid tRNA decay (RTD) pathway factors
PF3D7_0909400
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
XRN_M
XRN_N
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
813371
NCBI-ProteinID:
XP_001351966
PlasmoDB:
PF3D7_0909400
UniProt:
Q8I358
LinkDB
All DBs
Position
9:424171..428106
Genome browser
AA seq
1311 aa
AA seq
DB search
MGVPTFYRWLVTRYPKIAKAVYETRDSDVYSRRTKYDENGEYFKVHDLNDYVNNTDELHC
SDNINGYFDNMYLDMNGIIHLCSHSDNSKRAKSNEEIFLNVFLYVERLFDIIEPKKLLYM
AIDGVAPKAKMNQQRSRRFKSISCSEIEKRAYLELKERFIAENKMVPEETTYWDSNVITP
GTEFMHELSIALKYFIEHKITNDEKWKNVVVIFSDSNVCGEGEHKIFNFIKSQRAQPGYD
PNTRHVIHGMDADLIMLSLASHEPYFYILREIIDLDPKSEEKEKTKKKEYVGMLKSYDDL
HFCTRYAKKEKKLFNKYNDPNYANVTISKNASLNYEYWNELQILDLTILREYLLKDLFFD
TSFNMERCLDDFIFICFFCGNDFLPHLPSISIAGGSIDQLILLYQKVLPTLGDYLINEGS
INLKSFTKYISFIAEVERETFVSQYDFKKKREKRELQQKDSLKRAKCVDDPTDQVLQYLE
KSDVNNKTNKAQQGEINTHKEPNSMLPNKSENITTPATSLVSKKMLYESKIQSMQPMRNI
KYKDKKGEKSINFLVRPVSNVEKPINNEQEEDHSLNSDLLQKGETFVNNDTLQDGDTLQN
NNNNDNNNDNTNEHNNNNNDNSLFSNNDIFSNNDACSNNDTCSNNDTLSNTEVLPKDSYD
ENKKLDDINEFNLLLKEAIKKANECENPKEDVELGGDENPDIIRMKYYKSKFHLDDNDAI
EDFIKDVVYKYVEGLAWVLAYYFQSCPMWHWYYPYYYAPLSSDLIVDNITFNFEKDEPLL
PFEQLLCVLPANSSHCLPKMYKQLMLHKDSPIIDFYPHTFKEEQNGKKYKYQWIILLPFV
DKERIIKHARPLHDTLNNDEKKRNRRGLNKIYVSSNHPLSKTITKSIKNYLKEVKEKESL
KNEDALINMQNKEDIENFHNAERNEANMNDEQQDNEQKDTVSNNNNNNNNNENQNIINKN
DNNNNNNNKNNTYDVYFKNMNITIPITTNRNINLFGYLNCKHEESDVHILKKIFKFSSNF
SSTCNSAFYLQPEFEKHSSALLKNHIRPKNVLNVLDINNEERKLRFNAPAAKRMILNSLS
NNHPQIYSFTKYNQSRNQETNHHYHNPNHYSNDPRLNNAYHYNNKVRDNMQNYNNSANYN
YTKTPKNYNYHHNQNFQDQNYNNNFPNLSHKNNNMYQMPKKNLTYSHEHKKDVTYNNYNN
SRNTYNKDNTNYESPYNVSYNSHYNNNNYIKHKNDPKSFSNNNIYNNNPAHSYHHNNYKN
YSNNYHNYHNEGNYYKKDPYHNNSSNNNNNTTGTNKKNNYYNNRSMPYKDK
NT seq
3936 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgggagtacccaccttttacagatggctagttacaaggtatccaaaaatagccaaagca
gtttacgagaccagagatagtgatgtatattcaagaagaacaaaatatgatgagaatgga
gaatattttaaagtacacgatttaaatgattatgttaataatacagatgaattacattgt
tcagataatatcaatggatattttgataatatgtatttagatatgaatggaattattcac
ctatgttcacatagcgataatagtaaaagagcaaaaagtaatgaagaaatatttcttaat
gtttttttatatgtagaaagattatttgatattatagaacccaagaaacttctttatatg
gctattgatggtgttgcacctaaagcaaaaatgaatcaacaaagaagtagaagatttaaa
tctatatcgtgttcagaaatagaaaagagagcatatttagaattaaaggaacgatttata
gctgaaaataaaatggtacctgaggaaacaacctattgggatagtaatgttataactcca
ggtactgaatttatgcatgaattatctattgctttaaaatattttattgaacacaaaatt
acaaatgatgaaaaatggaaaaatgttgttgttatattttctgattctaatgtatgcgga
gaaggagaacataaaatatttaattttataaaatcgcaaagagcacaaccaggttatgat
ccaaatactagacatgtaatacacggaatggatgctgatttaattatgctttctttagct
agtcacgaaccatatttttatatattaagagaaattattgatttagatccgaaatcagaa
gaaaaagaaaaaacgaaaaaaaaagagtatgtaggtatgcttaaaagttatgatgattta
catttctgtacgagatatgctaaaaaagaaaaaaaattatttaataaatataatgatcca
aattatgctaatgttaccattagtaagaatgcgtcacttaattatgaatattggaatgaa
ttgcaaattctcgatttaaccatattaagagaatacttattaaaagatctgttttttgat
acaagctttaatatggaaagatgtttagatgattttatatttatttgttttttttgtgga
aatgatttcttacctcatttaccatccatttctatagcaggaggaagtatagatcaatta
atattattatatcaaaaggttctaccaacattaggagattatttaattaatgaaggttct
attaatttaaaatcttttacaaaatatatatctttcatagcagaggtggaaagggaaacc
tttgtttctcaatatgatttcaagaagaaaagagaaaaaagggaattacaacaaaaggat
tcattaaaaagagcgaaatgtgtagatgatccaacagatcaggttctacagtatttagaa
aaatcagatgtaaacaacaagacaaataaagctcaacaaggtgaaattaatactcataaa
gaacctaatagtatgttaccaaataaatcggaaaatattacaactcctgcaactagtctt
gtttcaaaaaaaatgttatatgaaagtaaaattcaaagtatgcagcctatgagaaatatt
aagtataaagataagaaaggtgaaaaaagtattaattttctagttcgccctgtatcaaat
gttgagaaacctataaataatgagcaagaggaagatcactcattgaatagtgatttgtta
caaaaaggtgaaacatttgttaataatgatacattacaagatggtgataccctacaaaat
aataataataatgataataataatgataatactaatgaacataataataataataatgat
aatagtttattttctaataacgatatattctcaaataatgatgcatgttcaaataatgac
acgtgttctaataatgatacattatcgaatactgaggtgttaccaaaagattcttatgat
gaaaataaaaaattagatgatattaacgaattcaatttattattaaaagaagctattaaa
aaagcaaacgaatgtgaaaatccaaaagaggatgtagaattaggaggagatgaaaatcca
gatattataagaatgaaatattataaatctaaatttcatttagatgataatgatgctata
gaagattttattaaagatgttgtttataaatatgttgaaggattagcttgggttctggca
tattattttcaatcttgtcctatgtggcattggtattatccatattattatgctccatta
tcatcagatttaattgttgataatataacctttaattttgaaaaagatgaaccattatta
ccattcgaacaattattatgtgtcttaccagctaattcaagccattgtttaccaaaaatg
tataaacaattaatgttacataaagattcacctattatcgatttttatcctcatactttt
aaagaagaacaaaatggaaaaaaatataaataccaatggattatattacttccatttgtt
gataaggagagaataattaaacacgcaagacctttacatgatacattaaataatgatgaa
aaaaaaagaaataggaggggtctcaataaaatatatgttagctcaaatcatccattatcg
aaaacaataacaaaatctattaaaaattatttaaaagaagttaaagaaaaggaatcatta
aaaaatgaagatgcattaataaatatgcaaaataaagaagatattgaaaatttccataat
gctgaacgaaatgaagctaatatgaatgatgaacaacaagataatgaacaaaaggacact
gtaagtaataataataataataataataataatgaaaatcaaaatataatcaacaaaaat
gataacaataacaacaacaacaacaagaacaatacatatgatgtttattttaaaaatatg
aatataaccattccaataactaccaacagaaatattaatctctttggatatttaaattgt
aaacatgaagaaagtgatgtacatatacttaaaaaaatatttaaattctcatcgaacttt
tcatcaacttgtaatagtgctttctatttacaaccagaatttgaaaaacattcatcagca
ctcttgaagaaccatattagacccaaaaatgttttaaatgtactagatataaataacgaa
gaaagaaaattaagatttaacgcaccagctgctaaaaggatgattttaaatagtttaagc
aataatcatccacaaatctattctttcacgaaatataaccaatcaagaaatcaagaaacg
aatcatcattatcataatcctaatcattattcaaatgatcctaggttaaataatgcttac
cattataataataaagtaagagataatatgcaaaattataataatagtgcaaattataat
tatacaaagacaccaaaaaattataattatcatcataatcaaaatttccaagatcaaaat
tataataataacttcccaaacttgtcacataaaaataataatatgtatcaaatgccaaaa
aaaaatctcacatattcacatgaacataaaaaagatgtaacttataataattataataat
tctagaaatacatataataaagataacacaaattacgaatccccatataacgtgtcatac
aattcgcattataataataataattatatcaagcataaaaatgatcccaagtcattctca
aataataatatatataataataatcccgctcatagttatcatcataataattataaaaac
tatagtaataattatcataattaccacaacgaaggaaattattataaaaaggatccctac
cataacaacagcagcaataataataataacacaactggaaccaataaaaaaaataactac
tataataatagatcaatgccttataaggataaatga
DBGET
integrated database retrieval system
