Pedobacter ginsengisoli: CPT03_08085
Help
Entry
CPT03_08085 CDS
T05145
Name
(GenBank) hypothetical protein
Organism
pgs
Pedobacter ginsengisoli
Brite
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pgs00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
CPT03_08085
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ATP56435
UniProt:
A0A2D1U4B7
LinkDB
All DBs
Position
1969798..1973076
Genome browser
AA seq
1092 aa
AA seq
DB search
MRSTFFTLVFILFAGLQWANAQDGFKGINYQAVARNTNGTVLSNQAVKVKISILGGSANG
PVQYMEEHSVNTNQLGLFTLQIGKGTPGTGTFAGIPWQNANQFAKVELAVGGGSYNALGN
TQLMSVPYALYAASGNPGPAGPAGPQGVQGIQGTVGAKGDKGDKGDIGNTGPAGPVGAAG
PIGAKGEQGIAGAVGPQGLKGDKGAPGVAGAVGPVGPAGAVGPQGAKGDQGDPGVAGAVG
PIGPAGAVGPQGAKGDQGDPGVAGAVGPIGPAGAVGPQGAKGDQGDPGVAGAVGPMGPVG
PAGAMGNPGAVGPIGPIGPVGPQGPQGDINGLPAGGDLTGTYPSPVVAGIQGKPVSNIAP
AAGQILKFDGAQWLPGAPGGGGLTLPFIANENSAATLFSIDNAGDGTSIEGINSTTTSSI
AAVRGIISSTAPGGFSSAVRGINNGTGGLGIGVWGSQAGSGWGVYGSTPNGLGVYGNSSA
NGTGVYANSNTGTGLTATSNNGVPASISIFNNANANSALSVSTVGNGTVLNVTTTGNGAG
VKSTTGSGFAIHGITNEQISAGIIGDNKGAGEAVVGRTTSDIAGAVVGRNDGGGYGVRGF
IATNTSNTGVGVLGQVGLNNSTGMAGKFENFNQTNTEANILDVVSNSNGNIPDNTLGNAS
SFKLDNTNSVGAAVRAEVNTIFGNFGAAGVFGVSSGTGGRAGLFYASNPAGNGASLISIT
DGNGNAITANAGKDGNGVETNVDGAGNALYAWVPTFSQGRAGRFEIFNEDNDNEVISVKT
VGNGTAGNFMVDRTTGTSPAVKGEVNSQFANFGTAGIFGESSGTGGYAGLFYSSNPAGNG
PAILALSEGNGNGITANAGGNGDGVEASVDGGGNAISGFVPNFGTGKAGRFANFNSANGQ
PVVHVTTNGTGNTLLVNHQGPSGSIAVYQSASVNVARINKAGRGFFNGGTQNSGADIAES
FDVTGHISTYEPGDILIISVDKDRAVEKSNTPYSSLVAGVYATKPGVLLTEENIDTDLSG
QVPMGVIGVIPTKVCLEGGSIQRGDLLVTSSTSGVAMKADPDKVKVGQVIGKALESYTTG
NIGKIKVLVSIK
NT seq
3279 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagaagtacattttttactttagtatttattctttttgcaggactgcaatgggccaat
gctcaggatggttttaaaggaataaattaccaggccgttgccaggaataccaatggcaca
gtcctctccaatcaggctgtaaaagttaaaatctcaatactgggaggatcagctaatggt
cctgtacagtatatggaagaacattctgtaaacacaaaccaactgggactctttacgctt
cagataggcaagggaacacctggaacaggtacatttgctggtataccatggcaaaatgcc
aatcaatttgctaaagttgaactggcggttggtggtggctcatacaatgcactgggtaac
acacagttaatgagtgttccctacgctttatacgctgcttccgggaaccctggtcctgcc
ggcccagctggtccgcaaggtgtacaagggattcagggtactgttggtgctaaaggtgac
aaaggcgacaaaggagatataggtaataccggacctgctggtccagtgggtgcagctggt
cctattggcgctaagggtgaacagggtattgcaggtgcagttgggcctcagggattaaaa
ggtgataaaggagcccctggagttgcaggtgcagtcggacctgttgggcctgcgggtgcc
gttggacctcagggtgcaaaaggtgatcagggagatcctggagttgcaggtgcagtcgga
cccattgggcctgcgggtgctgttggacctcagggtgcaaaaggtgatcagggagatcct
ggagttgcaggtgcagtcggacccattgggcctgcgggtgccgttggacctcagggtgca
aaaggtgatcagggagatcctggagttgcaggtgcagtcggaccaatgggtcctgtagga
ccggcaggtgctatgggtaacccaggagcagttggacctattggacctattggtccagta
ggtccacagggtccacaaggagatataaatggtttaccggcaggcggcgatcttacaggg
acctacccgagtcctgttgtagctggaattcaaggcaaaccggtttctaacattgcaccg
gctgcaggtcagatactcaaatttgatggagctcaatggcttccaggtgctcctggcgga
ggtggcttaacattgccatttattgctaatgaaaatagtgctgccactttattctccata
gataatgccggagatggaacatcaatagaaggtataaattcaaccactacttccagtatt
gccgcagtaaggggtataatatccagtaccgctccaggaggtttttcaagtgctgtacgt
ggtattaacaatggaacgggaggattgggtataggcgtatggggctcacaggcaggcagc
ggctggggtgtatacggatcaactccaaacggtttaggtgtatatggaaattcatcggca
aatggtacaggtgtatatgccaatagcaatacaggaacaggactcacagccacaagtaat
aacggtgttccagcaagtatatcgatttttaataatgccaacgctaacagtgcattaagt
gtttctacagtcggtaacggaactgtattaaatgtaaccactaccggaaatggagccggt
gttaaaagtactaccggatcaggatttgccatccatggtattacaaatgaacaaatatca
gcaggtataataggagataataagggtgccggagaagcggttgtaggccgcacaaccagt
gatattgctggtgccgtagtaggccgtaatgatggcggtggctatggtgtaagagggttt
atagccactaatacttcaaatactggtgtgggtgtacttggccaggtaggtttaaataac
agtactggtatggcaggtaagtttgagaacttcaaccaaaccaatacagaagcaaatatt
cttgatgtagtcagtaactcaaatggaaatattcctgataataccttaggtaatgcatca
tcttttaaattagataatacaaatagtgttggtgcagccgttcgtgcagaagttaatact
atattcggaaattttggagcagccggtgtttttggtgtgtcctccggtacgggtggtcgt
gcaggtttgttttatgcatccaatccggcaggtaatggagcatcactaatatcaattacc
gatggtaatggcaacgccattaccgcaaatgcaggaaaagatggtaatggagtagaaact
aatgtagatggagccggtaatgcattatatgcctgggtacctacattttcgcaaggccgg
gcaggccgatttgagatcttcaatgaagacaatgataatgaagttatttcagttaaaaca
gtgggtaatggtactgccggtaatttcatggtagatcgtaccacaggcacatcgcctgcc
gttaaaggtgaagtcaattcacagtttgcaaacttcggtactgcaggtatatttggtgaa
tcttcagggaccggtggctatgcaggcctgttctattcatcaaatcctgctggtaatggc
cccgctatccttgcactttcagaaggaaacggaaatggtataacagcaaatgctggaggt
aatggcgacggagttgaagcatcggttgatggagggggaaatgcgatatctggatttgta
cccaatttcggtaccggaaaagcaggcagatttgcgaatttcaacagtgctaatggacaa
ccagtagtacatgttaccactaacggaacaggaaatacgctgctggttaaccatcagggg
ccatctggaagtatagccgtttaccaaagcgcaagcgtaaacgtagcccgtatcaataag
gcaggaagaggttttttcaatggaggtacacaaaacagcggagccgatattgccgaatca
tttgatgttacggggcatatatcaacatacgagccaggagacatcttaatcatttcagtc
gacaaagacagagctgtagaaaaatcgaacacaccttattccagcctcgttgccggtgtt
tatgcaacaaaaccaggagtattgctaaccgaagagaatattgatacagatttgagcgga
caggtaccaatgggagttattggggtcatcccaactaaagtttgtcttgaaggtggttcc
attcaaagaggcgaccttctggttacatcctctacctctggtgtagctatgaaagcagat
ccggataaagttaaagttgggcaggtaattggtaaagctctggaatcttatacaacagga
aacattggaaagatcaaagttctggtaagcattaaataa
DBGET
integrated database retrieval system
