Pantherophis guttatus (corn snake): 117664504
Help
Entry
117664504 CDS
T07329
Symbol
COL1A1
Name
(RefSeq) collagen alpha-1(I) chain isoform X1
KO
K06236
collagen type I alpha
Organism
pgut
Pantherophis guttatus (corn snake)
Pathway
pgut04510
Focal adhesion
pgut04512
ECM-receptor interaction
pgut04518
Integrin signaling
pgut04820
Cytoskeleton in muscle cells
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
pgut00001
]
09130 Environmental Information Processing
09133 Signaling molecules and interaction
04512 ECM-receptor interaction
117664504 (COL1A1)
04518 Integrin signaling
117664504 (COL1A1)
09140 Cellular Processes
09144 Cellular community - eukaryotes
04510 Focal adhesion
117664504 (COL1A1)
09142 Cell motility
04820 Cytoskeleton in muscle cells
117664504 (COL1A1)
09180 Brite Hierarchies
09183 Protein families: signaling and cellular processes
00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pgut00536
]
117664504 (COL1A1)
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pgut00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
117664504 (COL1A1)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
COLFI
VWC
VWC2L_2nd
DUF6166
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
117664504
NCBI-ProteinID:
XP_034271332
UniProt:
A0A6P9BJA7
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
1455 aa
AA seq
DB search
MFSFVDSRLLLLIAATVLLTKGQNEEDVEPGSCTHNGKIYRDKSLWRPKKCVLCLCDYGN
TLCDTIVCKDVSNCLNAVVSPGECCAVCPGSDSIPAYPDVTGVEGPKGDPGPKGDRGLPG
PAGKNGIPGQPGLPGLPGPPGPVGIGGNYAPQMSYGYDEKSGGAGLAVPGPMGPAGPRGL
PGPPGAPGPQGFQGPPGEPGEPGSSGPMGPRGPAGPPGKNGDDGEAGKPGRPGERGPSGP
QGARGLPGTAGLPGMKGHRGFSGLDGAKGDAGPAGPKGEPGSPGENGAPGQVGPRGLPGE
RGRPGPAGPAGARGNDGAAGAAGPSGPTGPAGPPGFPGPAGPKGETGPQGARGGEGAQGA
RGEPGPAGPAGASGPAGNPGSDGQPGAKGAPGAPGISGAPGFPGARGAAGPQGPSGAPGP
KGNSGEPGAPGNKGDAGAKGESGPAGVQGPPGPPGEEGKRGSRGEPGPSGLPGPAGERGA
PGSRGFPGADGIAGPKGPPGERGAPGPAGPKGSTGEAGRTGEPGLPGAKGLTGSPGSPGS
DGKTGPAGPAGQDGRPGPAGPPGARGQAGVMGFPGPKGSAGEPGKPGERGAPGAGGASGA
PGKDGDAGAQGPPGPAGPAGERGEQGPSGAPGFQGLPGPAGAPGESGKPGEQGVPGDVGA
PGPSGARGERGFPGERGAQGPAGPPGPRGSNGAPGNDGAKGDAGAPGAPGGQGPPGLQGM
PGERGAAGLPGAKGDRGDPGAKGADGSPGKDGPRGLTGPIGPPGPAGSPGDKGEAGPSGP
SGATGARGAPGDRGEPGPAGPAGFAGPPGTDGQPGAKGEPGDAGAKGDAGPPGPSGATGP
AGPAGPIGAPGPKGARGNAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPSGNIGLPGPPGPSGKEGSKGP
RGETGPAGRPGEAGPAGPPGPSGEKGSPGADGPAGAPGTPGPQGIAGQRGVVGLPGQRGE
RGFPGLPGPTGEPGKQGPSGSAGERGPPGPVGPPGLAGPPGEAGREGAPGAEGAPGRDGA
AGPKGDRGETGPAGAPGAPGAPGAPGPVGPAGKNGERGESGPAGPAGPAGPAGARGPAGA
QGPRGDKGESGEQGERGMKGHRGFSGLQGPPGPPGSPGEQGPSGASGPAGPRGPPGSAGS
SGKDGLNGLPGPIGPPGPRGRTGDVGPAGPAGPPGPPGPPGPPSGGFDFSFLPQPPQEKA
HDGGRYYRADDANVMRDRDLEVDTTLKSLSLQIENIRSPEGTRKNPARSCRDLKMCHGEW
KSGMYWIDPNQGCNLDAIEVYCNMETGQSCVYPTQATIAQKNWYTSQNFKEKKHVWFGET
MPDGFQFEYGSEGSNPADVAIQLTFLRLMSTEASQNITYHCKNSIAYMDQQTGNLKKSLL
LQGSNEIEMRGEGNSRFTYSVIEDGCTSHTNTWGKTVIEYTTTKTSRLPIIDVAPMDIGA
PDQEFGLDIGPVCYL
NT seq
4368 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgttcagctttgtggattcccggttactgcttttgatagcagcaactgttctactcacc
aaaggacaaaatgaagaagatgtcgaacctggaagctgcacacacaatggaaaaatctac
cgagacaaatcactttggaggcctaaaaagtgtgtgttgtgcctgtgtgactatggtaac
acactgtgtgataccattgtatgtaaagatgtgtcaaactgcctcaatgctgtagtctct
ccaggcgaatgttgtgcagtttgtcctggatccgattctattcctgcttacccagatgtc
accggtgtagagggtcctaaaggagatccaggccccaaaggagacaggggacttccaggc
cccgctggcaaaaatggcatcccaggacaacccggtctccctggacttccaggcccccct
ggtcccgttggcattggtggaaactatgctcctcagatgtcttacggttatgatgaaaaa
tctggtggcgctggccttgctgttcctggtccaatgggtccagctggtccccgtggtctt
cccggaccccctggtgctcctggcccccaaggtttccaaggtccccctggtgagcctggc
gagcctggttcttctggtccaatgggtcctcgtggcccagccggtccacctggcaagaat
ggtgatgatggtgaagctggaaaacctggccgtcctggtgagcgtggtccttctggccca
cagggtgcccgtggccttcccggaactgctggtctcccaggcatgaagggacacagagga
ttcagtggtcttgatggtgctaaaggtgatgctggtcctgcaggccctaagggtgagcct
ggcagccctggtgaaaatggtgctcccggacaagtaggcccacgtggtcttcctggtgag
agaggacgtccaggccctgctggcccagctggtgctcgtggtaatgatggtgctgctgga
gctgccggtccctcaggtcccactggtccagctggtcctcctggattccctggtcctgct
ggtcctaagggtgaaactggtcctcaaggtgctcgtggaggtgaaggcgcacaaggtgct
cgtggagagcctggcccagctggtcctgctggcgcatctggccctgctggaaatcctggt
tctgatggccaacctggtgccaaaggtgcacctggtgctcctggtatttctggtgctcct
ggcttccccggtgctcgtggagcagctggaccacaaggtcccagtggtgctcccggtccc
aagggtaatagcggtgaacctggtgctcctggaaacaaaggagatgctggagctaaaggt
gaatctggtcccgctggtgtccaaggcccccctggtccacctggtgaggaaggcaagaga
ggatcccgtggtgagccaggaccttctggattgcctggacctgctggcgaacgtggtgct
cctggaagccgtggtttccctggtgctgatggcattgctggtcccaagggccctcctggt
gaacgtggagctcccggccctgctggacctaaaggatctactggtgaagctggacggact
ggtgagcctggtcttcctggagccaagggtctgactggtagccctggtagccctggttct
gatggcaagactggacctgctggccctgctggtcaagatggtcgtcctggacctgcaggt
ccacctggtgcaagaggtcaagctggtgtgatgggattccctggacctaaaggttctgct
ggtgaacctggcaaacctggtgagagaggtgctcccggagccggtggggctagtggtgct
cctggcaaagatggtgatgctggtgcccaaggtcctccaggcccagctggtcctgctggt
gaaagaggtgaacaaggtccatctggtgctcctggcttccagggtcttcctggtcccgct
ggtgcccctggtgaatctggaaagcctggtgaacaaggcgtccctggtgatgttggtgct
cctggtccttctggtgcaagaggcgagagaggtttccctggtgaacgtggcgcccaaggt
cctgcaggtcctcctggaccccgtggttccaatggtgctcctggtaatgatggtgctaag
ggtgatgctggtgctcctggagctcctggtggtcaaggtcctcctggtcttcagggtatg
cctggtgaacgtggtgctgctggtcttcctggtgccaagggagatagaggtgacccaggt
gccaaaggtgctgatggttctcctggcaaagatggacctagaggattgactggacccatt
ggcccacctggaccagctggttctcctggtgacaagggtgaagctggcccctctggacct
tctggcgccactggtgcacgtggtgctcctggagaccgtggtgaacccggacctgctgga
cctgctggatttgctggaccccctggaactgatggacaaccaggtgctaaaggtgaaccc
ggtgatgctggtgctaaaggtgatgctggtcctcctggtccctctggagctactggtcct
gctggccctgctggtcctattggtgctcctggccccaaaggtgctcgtggaaatgctggt
ccccctggtgctactggattccccggagctgctggaagagttggacctcctggcccatct
ggcaacattggtcttcctggcccacctggccctagtggaaaggaaggaagcaaaggaccc
cgtggtgagactggacctgctggacgccctggtgaagctggacctgctggcccacctgga
ccttctggtgagaaaggatctcctggtgctgatggacctgctggcgcccctggtactcct
ggcccacaaggtattgctggacaacgtggtgtagttggtcttcctgggcaacgaggagag
agaggattccctggacttcctggccccactggtgaacccggcaaacaaggtccatctggt
tccgctggtgaacgtggtcctcctggcccagttggaccccctggattggctggaccccct
ggtgaagctggacgtgagggtgctcccggtgctgaaggtgctcctggacgtgacggtgct
gctggtcccaagggtgatcgtggtgagactggcccagctggtgctcctggtgctcctggc
gcccctggtgcccctggccctgttggtcctgctggcaagaacggagagcgtggtgagagt
ggtcctgctggtcctgctggtcccgctggtcctgctggtgctcgtggtcctgcgggtgca
caaggtcctcgtggtgacaagggtgagagtggtgaacaaggtgaaagaggcatgaaggga
cacagaggattctctggtcttcagggtccccctggtccccctggctctcctggtgaacaa
ggtccctctggtgcatctggtcctgctggtccaagaggtccccctggatctgctggttcc
tctggcaaagatggtctgaatggtctccctggtcccattggcccacctggacctcgtggt
cgtactggtgatgttggccctgctggtcctgctggacctcctggacctcctggtccccca
ggcccacctagcggtggctttgacttcagcttcctgccccaacctcctcaggagaaagct
catgatggtggccgctactatagagctgatgatgctaatgtaatgcgtgaccgtgacctg
gaagttgacactaccctcaagagcctttctcttcagattgagaacatccgtagccctgaa
ggtacccgtaagaacccagcccgtagttgccgtgacctgaagatgtgccatggagaatgg
aagagtggcatgtattggattgatcccaaccaaggctgcaatctggatgccatcgaagtc
tattgtaatatggagactggtcagagctgtgtctacccaactcaggccactattgcacag
aagaactggtataccagccagaacttcaaggagaagaaacatgtctggtttggagagact
atgcccgatggcttccagtttgaatatggtagtgagggatccaacccagctgatgttgcc
atccaactgaccttcttgcgcctgatgtccactgaggcttcccagaacatcacctaccac
tgcaaaaacagtatagcttacatggatcaacaaaccggaaacctgaagaaatctctgctc
ctccagggctccaatgaaattgaaatgagaggagagggcaacagccgtttcacctattca
gttattgaggatggctgcacgagtcacaccaacacttggggaaagacagtcattgaatac
acgacaacaaaaacttcccggttgcccatcattgatgtggctccaatggacattggtgct
ccagaccaggaattcggcttggatattggaccagtctgctacttgtaa
DBGET
integrated database retrieval system
