Paenibacillus sp. JDR-2: Pjdr2_2517
Help
Entry
Pjdr2_2517 CDS
T00977
Name
(GenBank) Collagen triple helix repeat protein
Organism
pjd
Paenibacillus sp. JDR-2
Brite
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:
pjd00536
]
Heparan sulfate / Heparin
Extracellular matrix molecules
Pjdr2_2517
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
IBV_3A
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ACT01172
LinkDB
All DBs
Position
2889586..2893551
Genome browser
AA seq
1321 aa
AA seq
DB search
MKRRKPIKGASGNPNRHKYKIKGFGQETGTVLHLLQELRTIIPIVLQEAPTPQAVICLQE
LLSRLLKITECSRIKNANKARLVARIELALLTAKITPFATLSVGIALQQLINVLLSIVRQ
GCLDPSYTSRLITIISSIQAILANALRCHCQPGATGATGPGGPAGPQGAQGAQGAQGPQG
AQGPQGAQGAQGAQGVEGAPGVQGVQGLVGATGATGAVGDPGETGSTGPAGEAGATGPTG
ATGVTGPTGSGGGEPGATGNTGATGATGATGDMGETGETGVTGVTGETGATGATGATGAT
GAAGATGATGETGATGAAGAMGATGPTGATGETGATGATGATGATGETGATGVTGETGAT
GAKGATGATGETGVTGATGATGATGETGATGATGATGETGETGATGATGATGATGATGTT
GATGATGVTGATGATGETGATGATGATGTTGATGSTGVTGATGPIGVTGATGPTGATGET
GATGATGETGVTGATGATGATGATGAMGAIGATGTTGATGATGETGATGATGATGATGTT
GVTGATGETGVTGATGPTGATAATGATGETGATGTTGVTGATGATGAAGATGATGATGET
GATGATGATGATGATGETGATGATGATGETGETGATGATGATGEMGATGETGATGATGAT
GATGETGATGATGSTGATGVTGGTGATGTTGVTGVTGETGATGVTGEIGATGATGSTGTT
GETGATGLTGATGATGITGTTGTTGGTGATGATGATGETGATGATGATGATGETGATGAT
GETGATGATGATGATGETGATGATGATGATGLTGATGATGATGETGVTGATGATGATGAT
GATGLTGATGATGATGETGATGATGATGETGATGVTGETGATGATGETGATGATGETGAT
GATGATGVTGATGLTGATGATGETGATGATGTTGETGATGLTGATGATGVTGATGVTGET
GVTGPTGATGATGATGSTGATGATGVTGVTGATGATGATGATGATGATGVTGATGATGAT
GATGATGETGATGATGATGATGATGVTGATGATGPTGATGATGATGATGESGVTGATGAT
GATGATGATGATGATGETGATGATGATGETGATGATGATGATGETGATGATGVTGVTGAT
GATGSAGATGATGATGATGPNILTEGFSGFISTLNLSASQQLTNWSTASPYFTSASFNAT
TGNYTVPVTGRYEILATINYSTTAAISLSLGAGVNPSFAVQRTSPTATTLISGLFPLLNV
NVTLLNLRAILGNGTVTLSGDVTLNAGDVVGLFYNADGLTVALVLGGANSGGIVWSMHRL
T
NT seq
3966 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
ttgaaacgccggaaaccgattaaaggcgcttcgggaaatccgaatagacataaatacaaa
ataaaaggatttggacaagaaacgggtacggtactgcatcttctgcaagagctaaggacg
attatacccattgtgctgcaagaagctccgacacctcaggcagtaatatgccttcaggaa
cttttgagcaggctgcttaaaataacggagtgctcgagaataaaaaacgcgaataaagcc
cgcctggttgccagaatagagctggctctcttaacggctaagataactccttttgcaacc
ctgagcgtcggtattgcattgcagcagctgataaatgttttgttgtctatcgtgaggcag
ggctgtcttgatcccagttatacgagccggttaataacgattatttcttctattcaggcg
atattggctaatgcgttaagatgccattgccaaccgggtgcaacgggagctaccgggccg
ggaggacctgcggggccgcaaggtgcgcagggggcgcaaggagcacaggggccgcaagga
gcacaggggccgcaaggagcgcaaggagcacaaggagcacaaggagtagagggtgcacca
ggagttcaaggtgtgcaagggcttgttggagcaaccggtgcgacgggggcggtaggtgat
cctggagagacgggttcaaccggtccagccggtgaagcaggagcaactgggccaacaggg
gcaaccggtgtaacagggccaacaggcagtggcggaggtgaacccggagctacaggtaat
actggcgcaacaggagcgacaggtgcgacgggagacatgggcgagacgggagagacggga
gtcacgggagtcacgggcgagacgggggcaacgggtgcgacaggtgcgacgggagcgacg
ggagcagcgggggcgacgggtgccacgggcgaaacaggagcaacgggagcagcgggagca
atgggtgcgacggggccgacaggagcaacgggtgagacgggtgcgacaggagccacaggt
gcgacgggagccacgggcgagacaggtgcgacaggagtaacaggcgagacgggagcgacg
ggtgcgaagggggcgacaggagcaacgggcgagacgggtgtgacgggagccacaggtgcg
acgggggcaacgggtgagacaggagccactggtgcgacgggggcaacgggcgagacaggc
gagacgggagccacaggtgcgacaggggcaacaggtgcgacaggtgcgacagggacgacg
ggagcaacgggagcgacgggagtaacgggtgcgacaggagcgacgggcgagacaggagcg
acgggagccacaggtgcgacaggaacaacgggtgcgacaggatcgacaggtgttacggga
gcgacaggaccgataggtgttacgggagcgacaggaccgacaggagcgacgggcgagacg
ggtgcgacaggtgcaacaggcgagacgggagtaacgggggcaacaggtgcaacaggtgca
acgggagcgacgggagcgatgggtgcgataggagcaacgggtacgacgggagccacggga
gccacgggcgagacgggtgcgacaggagcaacaggagcaacaggagcaacgggaactacg
ggagtgacaggtgccacgggtgaaacgggagtcacaggtgcgacggggccgacaggagcc
acagctgcgacaggagctacgggcgagacaggtgcgacagggacgacgggagtaacggga
gcgacaggagcaacgggagcagcaggagcaacgggtgcgacgggagcaacgggtgagaca
ggggcaacaggtgcgacaggtgcgacaggtgcgacgggagccacaggtgagacaggagcc
acaggtgcgacgggagcaacgggcgagacaggtgagacgggagccacaggtgcgacagga
gccacaggtgagatgggggcaacgggcgagacaggtgcgacaggagccacaggtgcgacg
ggggcaacgggtgagacaggagcaaccggagccacggggtcgacgggagcaacgggagta
accggagggacgggtgcaacaggaacgacgggcgtaacgggagtcacgggcgagacgggt
gcgacaggggtgacgggcgagattggagcaacaggagccacggggtcgacaggaacaacg
ggggagacgggagcaacgggattaacgggggcgacgggtgcgacgggaataacgggtacg
acaggaaccacgggaggcacaggtgcgacaggagcaacaggagccacgggcgagacaggt
gcgacaggggcaacaggagccacgggagctacgggcgagacaggagcgacgggagccacg
ggcgagacaggagcgacgggagctacaggagcaacgggagccacgggcgaaacaggtgcg
acgggggcgacaggagcaacgggagcgacgggattaacgggagcgacgggggcgacagga
gcaacgggcgagacgggtgtgacgggagcaacaggtgcgacgggggcgacaggagcaacg
ggagcgacgggattaacgggagcgacgggggcgacaggagcaacgggcgagacaggagct
acgggagcaacgggagccacgggcgagacaggtgcgacaggagtaacaggcgagacggga
gcgacgggtgcgacaggtgagactggagccacgggtgcgacaggtgagactggagccacg
ggtgcgacaggtgcaacaggtgtgacaggagcgacggggcttactggagcaacaggtgcc
acgggcgaaacaggtgcaacgggagcgacaggaacaacgggcgagacgggagcaacggga
ttaacgggcgcgacaggagctacgggtgtgacaggggcaacaggtgtaacgggcgagaca
ggtgtaacggggccgacaggagccacgggtgccacgggagccacggggtcgacaggagct
acgggagcgacgggtgtaacgggtgtaacgggtgcgacgggtgccacgggagcaaccgga
gccacgggagcgacaggagctacgggagtaacgggagcgacgggggcaacaggagcaacg
ggagcaacaggagcaacaggcgagacgggagcgacaggggcaacgggagcgacgggagca
acaggtgcgacgggagtaacaggagccacaggagcgacggggccgacaggagcaacggga
gcgacgggggcgacaggagcaacgggcgagtcgggtgtgacgggagcaacaggtgcgacg
ggggcgacaggagcaacgggagcgacgggggcgacaggagcaacgggcgagacaggagct
acgggagcaacgggagccacgggcgaaacaggagcgacgggagctacaggagcaacggga
gccacgggcgaaacaggagcgacgggagccacaggtgtgacgggagtaacgggagccaca
ggggcgacaggatcagcgggagcaacaggagcaacgggagcaacaggagccaccggcccg
aacatattgacggaaggtttttcggggtttattagtacgttgaacttgtcggcaagccag
cagttgaccaactggtcgacggcgtcaccgtattttacaagcgccagctttaatgcgacg
acaggcaattatacggttccggtaaccggcagatacgagattctggcaacgatcaactat
tcgacaacagccgcaatctccttatcattgggggcgggcgtcaatccctcctttgccgtc
caacggacatcgccaacggccacgacgcttattagcggtttattcccgcttcttaatgtc
aatgtcacgcttctcaaccttagggccatcttgggaaatggcacggttaccttatccggt
gacgtgactttaaatgcgggtgatgtagtcgggttgttttacaatgcggatgggcttacc
gttgcgttggtattaggcggtgctaactcgggaggaattgtctggagtatgcaccgttta
acttaa
DBGET
integrated database retrieval system
