Candidatus Phytoplasma sacchari: O7R10_01525
Help
Entry
O7R10_01525 CDS
T09130
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
psah
Candidatus Phytoplasma sacchari
Pathway
psah03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
psah00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
O7R10_01525 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
psah03021
]
O7R10_01525 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
psah03400
]
O7R10_01525 (rpoC)
Enzymes [BR:
psah01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
O7R10_01525 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
psah03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
O7R10_01525 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
psah03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
O7R10_01525 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_A_CTD
Apocytochr_F_C
Peptidase_M23
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
WBL31276
UniProt:
A0ABY7M0M0
LinkDB
All DBs
Position
complement(333922..338001)
Genome browser
AA seq
1359 aa
AA seq
DB search
MDLNMKVEDLFFSPKILKELRSIGINILRDFDSYSLSDLKYLLNEEILKDIIPILKNIFL
PSSLENLNLSQDLINIFKNNKIYNLRSLLETDENFLKKLIVKNSFFADQIKNIFSFYQYK
NLNFHDIIDIKNKKNSIINSNKEYGSREYDYFKIRLASSHEIRQWSYGEIVNYETINYRT
AKPEIGGLFCPKIFGPVKDLQCFCSKKTTLRKGQICLKCGVEITEQKVRRERMGHIELAS
PIVHTWYLNSSPSRLAILLGIKAKELSEIVYYASYIVFDPGKTNLEKKQIISEIQYGQYL
EHYGNNFIALTGAEAIKTMLEELNLNEIISELRIFLKKVSKQKRDNIIKRLEIIESFNKS
DNKPEWMVMDVIPVLPADLRPIVPLDGGRFATTDINDLYRRILNRNNRLKKQIKQKAPRL
IIKNEKRMLQEAVDALFDNAKTSKKNNSNIERNKNLKSLSEMLRGKQGRFRQNLLGKRVD
YSGRSVIIVGPDLKIHQCGIPRQMAFILFKPFILNKLQEVKGIDRKNATILYEKMNEYVL
SILEEVVKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPKLIDGKAIRLHPLVTPAFNADFDGDQMAVY
LPLSIEAQAEARLLMLVSNNILDPKNGSPVLSPSQDMVLGNYYLTIEKSKYFISECFNCK
KEEITDLEYKHRNEGKFFFDLKEAELAFYNKEIELHTRILVKASNIDSNFTDEQNKKYLI
TTLGKLIFNRILPSNFNYIQEPTIFNLETKTPDIYFIPKNGNPKDFLPKVPITEPFKKKF
VSMIIDYVFKKSNITETSKMLDNIKDLGFKYSTIAGITISHFDINVYSKKKELLIEVENK
ISEIEKWYDNGFLTISEKKSLVIKEWKIVRDKIQDGLMQEFDKNNHLFMISDSGARGNAS
NFSQLSGMRGLMNSPKGEILEIPVKSSFKEGLTVSEFFISTHGARKVSTDTALKTAESGY
LTRRLVDVAQDNIIMKEECGSDKGIFIEAIVRDEKEIISLEQRIFGRFSAENIINPVTQE
LILNKNELITKEIISKIIESNIKKVKIRSVLNCNFDHGICSRCYGLNLATNKNVEIGEAV
GVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVLAVSDITQGLPRIQELFEARKPKGKSVISECNGFV
KDIKNINSNFYEIKIVSDEDNKKEFVYNVLINSEILVHKNIHVKAGQKLTNGSIDLRELL
RITNVEETQKYILEEVQKVYQSQSVFISDKHIEIIIRQMFKQVLIIYEGDTDLLPGLEVS
IKDFRKENMKMIKNNKSLAVARPILLGITRASLKSDSLLSAASFQETTKILIDAAIKGQI
DYLYGLKENVIVGGLIPAGTGILETLSFKYPKNKISENI
NT seq
4080 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggatttaaatatgaaagttgaagatttatttttttctcctaaaatattaaaagagtta
agatctattggtatcaatattttaagagattttgattcttatagtttatccgatttaaaa
tatttattgaatgaagaaattttaaaagatattattcctattttaaaaaatattttttta
ccatcttctctagaaaatcttaatttatcacaagatttaattaatattttcaaaaataat
aaaatatataatttacgttctcttttagaaacagatgaaaattttttaaaaaaattgatt
gttaaaaatagttttttcgcagatcaaattaaaaatattttcagtttttatcaatataaa
aatttaaattttcatgatattatagatattaaaaacaaaaaaaatagtattataaatagc
aataaagaatatggaagtcgtgagtacgattattttaaaattcgtttagcttcttctcat
gaaataagacagtggtcttatggtgagattgttaattatgaaactattaattatcgtact
gcaaaacctgaaataggaggtcttttttgtcctaaaatttttgggcctgtaaaagattta
caatgtttttgttcaaaaaaaactacattaagaaaaggtcaaatttgtttgaaatgtgga
gttgaaattactgaacaaaaagtaagaagagaaagaatggggcatattgaattagcatct
cctatagtacatacttggtatttaaatagttctcctagtaggttagctattttattaggt
ataaaagctaaagaattatcggaaatagtttattatgcttcttatattgtttttgatcct
ggtaaaacaaatttagaaaaaaaacaaataataagtgaaattcaatatggtcaatattta
gaacattatggaaataatttcattgctttaactggtgctgaagctattaaaactatgtta
gaagaattaaaccttaatgaaataattagtgaattaagaatttttcttaaaaaagtttct
aaacagaaaagagataatattattaaaagactggaaataatagaatcttttaataaatca
gataataaacctgaatggatggttatggatgtaattccagttttaccagcagatctaagg
cctatagttcctctagatggaggacgtttcgcaactactgatattaatgatttatatcga
agaatacttaatcgtaataatcgtttaaaaaaacaaattaaacaaaaagccccgagatta
attattaaaaatgaaaaaagaatgcttcaagaagctgttgatgctttgtttgataatgca
aaaacaagtaaaaaaaataattctaatattgaaagaaataaaaatttaaaatctttatca
gaaatgttgagaggaaaacaaggtcgttttcgtcaaaatcttttaggaaaaagggttgat
tattcaggaagatctgttattatagttggtccagatttgaaaatacatcagtgtggtata
ccaagacaaatggcttttattttatttaaaccttttattttgaataaattgcaagaagtt
aaagggattgatagaaaaaatgctactattttatatgaaaaaatgaatgaatatgtattg
agcattttagaagaagttgttaaagaacacccagttttattaaacagagctccaactttg
catcgtttaggtatacaagcttttgaacctaaattaatagatggaaaagcaatcagatta
catcctttggtaactcctgcttttaatgctgattttgatggtgatcaaatggctgtttat
ttacctttatctatcgaagcacaagctgaagcacgtttattaatgttggtttctaacaat
attttagatcctaaaaatggtagtcctgttttatctccttctcaagatatggttttaggt
aattattatttaactattgaaaaaagtaagtattttatttcggaatgttttaattgtaaa
aaagaagaaataactgatttagaatataaacatagaaatgaaggaaaatttttttttgat
ttgaaagaagccgaattagcgttttataataaagaaattgaacttcatactcgaatatta
gttaaagcttctaatatagattctaattttactgatgaacaaaataaaaaatatcttatc
actactttaggaaaattaatttttaacagaattttaccttctaattttaattatattcaa
gaaccaaccatatttaatttagaaacaaaaactcctgatatttattttattcctaaaaat
ggtaacccaaaagattttttaccaaaagttcctattacagaacctttcaaaaaaaaattt
gtatctatgattatagattatgtttttaaaaaaagcaatattacggaaacttcaaaaatg
ttagataatataaaagatttaggttttaaatattctacaatagccggaattactatttcg
cattttgatattaatgtttattcaaagaagaaagaattattaatagaagttgaaaataaa
atttcagaaatagaaaaatggtatgataatggttttttaactatttcagaaaagaaaagt
ttagtaattaaagagtggaaaattgttcgtgataaaattcaagatggtttaatgcaagaa
tttgataaaaataatcatttatttatgataagtgatagtggagctcgtggtaatgcctct
aatttttctcaattatctggaatgagaggattaatgaatagccctaagggtgaaatttta
gagattcctgtcaaaagttcttttaaggaaggattaactgtatctgaattttttatttca
actcatggtgctcgtaaagtatctactgatactgctttaaaaacagcagaatctggttat
ttaactcgtagattggttgatgtagctcaggataatatcattatgaaagaagaatgtggt
agtgacaaaggtatttttattgaagctattgttagagatgaaaaagaaattatttcatta
gaacaacgtatatttggacgtttttctgcagaaaatattattaatcctgttacccaagaa
ttaattttgaataaaaatgaattaattacaaaagaaattattagcaaaattatcgaatct
aatatcaaaaaagttaaaattagaagcgttcttaattgtaactttgatcatggtatttgt
tcgagatgttatggtttgaatttagctacaaataaaaatgtagaaattggagaagcggtt
ggtgttatagctgctcaatccattggagaacctggaacacaattaactatgagaactttt
catactggaggtgttcttgctgtttctgatattactcaaggtttacctagaattcaggaa
ctttttgaagctagaaaaccaaaaggaaaatccgttattagtgagtgtaatggttttgta
aaagatataaaaaatattaactctaatttttatgaaataaaaattgtttcagatgaagat
aataaaaaagaatttgtttataatgttttaataaattctgagattttagttcataaaaat
atacatgtaaaagctggacaaaaattaactaatggttctatagatttaagagaattatta
agaattactaatgttgaagaaactcaaaaatatattttagaagaagtacaaaaagtttat
cagtctcaaagtgtatttattagtgataaacatattgaaattattattcgtcaaatgttt
aaacaagttttaattatttatgaaggtgatactgatttattgccaggtttagaagtttca
ataaaagattttcgaaaagaaaatatgaaaatgattaaaaataataaatcattagctgta
gcgagacctattttattaggcataacaagagcttctttaaaaagtgattctttattatca
gctgcttcttttcaagaaacaactaagatattaattgatgcagcgatcaaaggacaaata
gattatttatacggtttgaaagaaaatgttattgtaggtggtcttatcccagcaggaaca
ggtattttagaaactctatcttttaaatatcctaaaaataaaatatcggaaaatatttga
DBGET
integrated database retrieval system