Paramecium tetraurelia: GSPATT00007239001
Help
Entry
GSPATT00007239001 CDS
T01055
Name
(RefSeq) hypothetical protein
KO
K12818
ATP-dependent RNA helicase DHX8/PRP22 [EC:
5.6.2.6
]
Organism
ptm
Paramecium tetraurelia
Pathway
ptm03040
Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ptm00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03040 Spliceosome
GSPATT00007239001
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03041 Spliceosome [BR:
ptm03041
]
GSPATT00007239001
Enzymes [BR:
ptm01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
GSPATT00007239001
Spliceosome [BR:
ptm03041
]
Complex C
Other components
Step II factors
GSPATT00007239001
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Helicase_C
IBR
DEAD
IBR_1
IBR_2
AAA_19
AAA_22
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4_2
zf-RING_5
zf-C3HC4
OB_NTP_bind
HA2_N
zf-RING_2
ABC_tran
RRM_1
T2SSE
HA2_C
AAA_30
AAA_29
zf-Nse
KH_1
zf-RING_6
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
5022209
NCBI-ProteinID:
XP_001436424
Genoscope:
GSPATT00007239001
UniProt:
A0CE10
LinkDB
All DBs
Position
undetermined
AA seq
1905 aa
AA seq
DB search
MNSKVIINQNTLRDVEMVYEKAIRMISCLKEKHKLITRIRLVDSDKAIFQELAKGMAQLI
DNLRKGGDVHLIFQSNLPYFEVQLDLELFIVEPKKMKECLLRKQLRELGLKNIQFKSKEC
REHIIADDFINLEDEFKKDECAELLKERFDTFKVQDEQAIIEILKKYLKKNLIETYNREL
IDIRFYINQDFDIVIEYKINDNQLNLQKKIKRRRWSEIKDAISHFYTYQYLQEITLSMME
QMFYVDEIELMELRQCVQQIVQNCQSSYNENLKYPLSIYKSRFWDILGILPRSLNTHNRF
GQCKIIIIQNQSRLFFLNHQKIIENKLIKNDITLFQTYTQLIADSKQRLDLIKKNVSSSN
TQSLIKQKRELIEKLLILPELEQEIQGLQILEQWKLNQSNQDNEEDFILQMPEETYDQIK
AITDKIAQTKQIYEEYHRVLNKVKNDVINFQGFKTIQQNKIYLTNLYKRVLQEKQRVTQK
LPIYFKKRELIDSIQQSQVILLIGATGSGKSTQLVQYVYEEIELRGKIICVEPRMIAARS
LAKRVAEEMHTKLGGSVAYLNEYDQLDDDNKIIFTQDRIILNILQKDPLLNDYEVVIIDE
AHERNMNTDILLGLLKDIINKRKDLKIIIMSATMDEELFSNYFQCKAFKVEGKLFDVKIK
YQNSYSDNYIDQIQSLIQNKIIYKVMNQSYQQRHVLIFLAGIDEIQRLLYLFQDYQDMDE
FLFLGLHGQMTQDEQFDVFQETKKIKIIFSTRVAETALTINDVSVVIDIGVDRFSEYDQK
RGMQITKISWISQAQANQRAGRAGRTRQGKCYRLYSEQEYQTQMQEHKTPEIQRCCLDLV
VLRIKSFNKDPFEFEFIQSPNRQAMKSSQEYLIDIKALDEQGNITVLGKFMSQIQTEPRM
SRILIEAYYKNVFRETLSIICVMLNNQSLYLKNTDVSNKIECLNEMGDFFTYSRVYWDFK
SLTNSNLSNFQIKQKCFQKGYHYKTLKNCEKAFDEMEKAFSYFDLQLYENQEIKNKILWN
SDSTREECVMTCFLTAFYPDLCVYNGNPYIGYTFLKSKRNVRIYGSSTLSLLNHFPKYII
CSDLYSSNYFDFCRVAQEVKLEKLKEILKPSQIEEIENFVPDKYQYQQLRNVSSSLLNHL
IHTFNQYSYDEQEKRFQYYCNNDQDNGIFEIWSLKPIDLEFYQKDYYEKMKSYLYFRLYG
QGMLVYFKHGAQIHVTQQCTSSELVIVQFSSSPFNIEEIQQILDEQHLYYNNLFQINANR
FGYCGQIFTNSQEIAYQITYVLNEKAKYRLELQNQQEQQERQRLFTIKPREIRNRVIKSS
VELIFYGSENKGFGFIQFKNQEEAEEFFIKTISIVQFKGRPQDLKIYQDQKSKIRISNVP
YNANEYELLRYLQDLAQQKNCPKPQSLNLIGKEQTETKDWNHEIHKVFEKYTGEKPLHLD
IRSDKNNYRIIVRVMTTTNPIKLEEMRKQINFTNNILGFSSITMKIEYKIIKIISKNILV
QNEEKINDIKKELQAKYSEDLLKIFSSGENMIIIGKNPNFVRQASLMLHGVLNGYNLKVN
LRKYVFKQVLRDNQFYQDLLSLQDLHGFKFNTKLLQQGAIKVYLNQDSLIEIQNAINSMI
KQHVSNNLIVNIRNYSFKPLLTIKDNIMFMLQQKYNVSIDFILQKKQIIIYGNNEQAQKC
KDHLLKSLSKSPEAQKQDLCEICYGELTEKYVLALCNHFFCKNCLYESIKAQNNPPYKCP
QQSCDNLISLSDLQQILCEIEFSKLLDQSFKRYKDQHADEYIGCLTPDCEEFFKKLTQNK
EQFYYCQSCLQSFCFLCKRNAHPQISCEEAKKLFIDGKDLDESELLKMNIKRCPKCQMGV
QKNEGCLHLHCTNCENHFCWVCLHQANLSQDIYAHLRSQHGGYFQ
NT seq
5718 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaattctaaagtgattattaatcaaaacacattaagagatgttgaaatggtatatgag
aaggctatcagaatgatttcctgtttgaaagaaaaacacaaattaataacaaggattaga
cttgttgatagtgataaagctatatttcaggaattagccaaaggaatggcataattgatc
gataatttaaggaaaggtggtgatgtacatttgatatttcaatcaaatctaccttacttt
gaagttcaattagatttagaactattcattgtagaaccgaagaagatgaaagaatgtttg
ttgaggaaatagttacgtgagttgggattaaaaaatatttaatttaaatctaaagagtgt
agagaacatataattgccgatgattttataaatctggaggatgagttcaaaaaagatgaa
tgcgctgagttgttgaaagagaggttcgatactttcaaggtttaagatgaataagccatc
atagaaatattaaagaaatatttaaaaaagaatctcatagagacatataatagggaatta
atcgatatcagattctacatcaatcaggatttcgacatagttattgaatataagattaat
gataactaattgaatctctagaaaaaaataaagagaagaaggtggagtgaaattaaagat
gccatctctcatttttacacttactaatacttgcaagagataacattatccatgatggaa
tagatgttttacgtagatgaaatagaattaatggaattaaggtagtgtgtctaatagatt
gtctaaaattgctaatccagttacaacgagaacttgaaataccccctttccatctataaa
tcaaggttttgggatatactgggtatattacctaggagtttaaatacacataatagattt
ggtcaatgcaaaattatcattatatagaattagagtagactcttctttttgaatcatcag
aagattattgaaaacaaattaattaaaaatgatatcaccttattttaaacatacacttaa
ttaatagctgacagtaagcaaagacttgatttgattaaaaagaatgtgtcttcaagtaat
actcaaagtttgattaagcagaaaagagagttaatagaaaaattattaattcttcctgaa
ttagaacaagaaatataaggtctataaattcttgagtaatggaagttgaattaatcaaac
taggacaatgaagaagattttattctatagatgcctgaagaaacctatgattaaataaag
gcaatcacagataagattgcataaacaaaacaaatatatgaagaatatcacagagtgttg
aataaagtcaaaaatgatgtcataaacttttaaggttttaagaccatttaacaaaataaa
atatatttaacaaatttgtataaaagagtgctctaagaaaagcagagagtgacttagaaa
ttgcctatttattttaaaaaaagggagttgattgatagcatacaataaagtcaggtaatt
cttttgataggagctacaggatcaggtaaatctacataattggtataatatgtatacgaa
gaaattgagttgagagggaaaatcatatgtgtagagccaagaatgatagctgcaagaagt
ttggcaaagagagtagctgaggagatgcataccaagcttggagggagtgttgcttatttg
aatgaatatgattaattagatgatgacaacaagattatatttacttaggatagaataata
ctaaacatcttgcaaaaagatcctcttttaaatgattatgaagttgtgatcatagatgaa
gcacatgaaagaaatatgaatactgatattttacttggattactaaaggatataataaat
aaaaggaaggatcttaaaataataataatgagtgctacgatggatgaagaattatttagt
aattatttttagtgtaaagcatttaaagttgaaggtaagttattcgatgtaaagattaag
tattaaaattcatattcagacaattacatagattaaatctaatcattaatttaaaacaag
ataatttataaggttatgaatcagtcatattaataaagacatgtccttatatttttggca
ggaatagatgaaattcaaaggctactttatttattttaggattattaagatatggatgaa
tttctatttttaggattgcatggtcagatgacataggatgaacaattcgatgttttctaa
gaaactaagaagatcaaaatcattttttctactagagtagctgaaacagctcttacaatt
aatgatgtaagtgttgttattgacatcggagttgatagattcagtgaatacgattaaaaa
agaggaatgcaaattacaaaaattagttggatatcttaagcttaggctaatcaaagagca
ggtagagcaggaagaacgagacaaggaaaatgttatagattatactcggaataggaatat
tagacatagatgtaagaacataagacacctgaaatttagagatgttgtctagatttagtt
gtgttgagaatcaaatcatttaataaagatccatttgaatttgaatttatacaatctcct
aatcgttaagctatgaaaagtagctaagaatacttaatagatatcaaagcactagatgag
caagggaacattacagtcttaggaaagtttatgtcataaatctaaacagagccaagaatg
agtagaatcttaattgaagcctattacaaaaatgtatttagagaaactctctccattatt
tgtgtaatgcttaataatcaatcattgtacttgaaaaacacagatgtttctaataaaata
gaatgtttaaatgaaatgggtgatttctttacttattctagagtttattgggattttaaa
tcactcactaattccaatttaagcaatttccaaataaaatagaaatgtttctaaaaagga
tatcattacaagacattaaaaaattgcgaaaaagcctttgatgaaatggaaaaggctttt
agctattttgatttgtagttgtatgaaaattaagaaataaaaaataaaattctgtggaat
tcagattcaacaagagaagaatgtgtgatgacatgctttttaacagcattctatcctgat
ttatgtgtttataatgggaatccgtatattggatacacatttctgaaatcaaaaagaaat
gtaagaatctatggatctagcactttaagtttgttgaatcatttccctaaatacattata
tgttcagatttgtattcttcaaattactttgatttctgcagagtggcccaagaagtaaaa
ttagagaaactaaaggaaatcttaaaacctagttaaatagaagagattgagaactttgtt
ccagataagtatcaataccaatagctgagaaatgtttcatcctccttattaaatcatcta
atccatacgtttaactaatactcatacgatgaataggaaaaaagattctaatattattgt
aataatgatcaagacaatggaattttcgaaatttggtctttaaaaccaatagatcttgaa
ttttactagaaggattattatgagaaaatgaaaagctatctctattttagactttatgga
taaggcatgcttgtttatttcaaacatggagcatagatacatgttacctagtaatgtact
tcatctgagttagtgatagttcaattttcttcatctccttttaatattgaagaaatccaa
tagattcttgatgaataacatttatactacaataatctgttctagataaatgccaacaga
tttggatattgtggatagatattcactaatagttaagaaattgcctatcaaataacctat
gtcttaaatgaaaaagccaagtacagattggaattataaaattaacaggaataataggaa
agataaaggttgttcactataaaaccaagagaaataagaaatagagtaatcaaatcatct
gtggaattaattttttatggttctgagaataaaggatttggatttattcaatttaaaaat
taagaagaagcagaagaattttttattaaaaccatttccatagtacaatttaaaggaagg
ccgtaggatttgaaaatttattaagatcaaaaatctaaaataagaatatcaaacgtacct
tataatgcaaatgaatatgaattactcagatatttataagatttggctcaataaaagaat
tgtcctaaaccacagtcattgaatttaattggcaaagagtagactgaaactaaggattgg
aaccatgaaatccataaagtatttgaaaagtatactggtgaaaaaccccttcatttagat
attcgatctgataaaaataattataggataatagtgagggtgatgaccactacaaatcca
ataaagttggaggaaatgagaaaacaaatcaactttactaacaatatattagggttctca
tcaataacaatgaaaattgaatataaaataataaaaataatcagtaaaaatatattggta
taaaatgaagaaaaaataaatgatataaaaaaagaattgtaggctaaatattcagaagat
ctattgaaaatattctcatcaggtgaaaatatgattattattggtaagaatccaaatttt
gtaagataagcatctttgatgttgcatggtgttcttaatggatataatttaaaagtcaat
ttgagaaaatatgtctttaagtaggtattaagggataactaattttatcaagatctttta
tcattacaagatttgcatgggtttaaatttaatactaagttattgtaataaggtgcaata
aaagtgtatttaaatcaggattctttaattgaaatttagaatgcaatcaactcaatgatc
aaatagcacgtctcaaataatcttatcgtaaatataagaaattattcctttaaaccatta
ttaactatcaaagacaacattatgtttatgttacaataaaaatacaatgttagcatagac
tttatactttagaaaaaacaaataattatctacggaaacaatgaataagcatagaaatgt
aaagatcatttattgaaatctctatcaaagtctccggaagcttaaaaataagatctttgt
gaaatttgttatggcgaactaactgaaaaatatgtacttgctttatgtaatcactttttc
tgcaaaaactgcctttacgaatccattaaagcataaaataatcccccttataaatgccca
tagcaatcttgtgataatttaataagtctctccgatctttaatagattctttgcgaaata
gaattttctaaattactagattaaagctttaaaagatataaggattaacatgctgatgag
tacataggatgcctaacacctgattgtgaagaattctttaaaaagttaacataaaacaaa
gaataattctattattgctaaagctgtttacaatcattttgtttcttatgtaagcgaaat
gcacatccctaaataagttgtgaagaggctaaaaaattatttattgatggaaaagactta
gatgaatcagaattacttaaaatgaatatcaaaagatgccctaaatgtcaaatgggagtt
cagaaaaatgaaggttgtctccatcttcactgcacaaattgtgaaaaccatttctgttgg
gtctgtttgcattaagctaacttaagtcaagatatttatgcacatttaagaagttaacat
ggaggatatttttaatga
DBGET
integrated database retrieval system
